genome.fa.s66.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold66
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4623749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

This is table  16  of  26  ( 3105 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2668135--2668335	88	2.3	88	87	1	287	19	31	13	34	1.91
2668311--2668532	95	2.4	94	85	6	322	20	32	12	34	1.89
2668599--2668694	30	3.3	29	84	7	124	34	32	16	16	1.92
2668618--2668704	28	2.9	30	80	16	101	33	29	17	19	1.95
2668834--2669155	39	7.6	39	74	17	257	26	25	20	27	1.99
2668856--2669203	48	7.8	48	73	17	311	25	25	20	28	1.99
2668765--2669207	87	5.0	87	94	1	708	26	25	20	28	1.99
2669204--2669724	27	16.9	33	74	16	408	19	32	13	33	1.91
2669204--2669683	61	7.9	60	79	13	379	20	32	13	33	1.92
2669233--2669433	88	2.3	88	89	1	305	19	32	13	33	1.92
2669293--2669586	121	2.4	115	80	11	329	20	33	13	32	1.91
2669409--2669630	95	2.4	94	84	6	313	19	33	12	34	1.90
2669697--2669792	30	3.3	29	84	7	124	34	32	16	16	1.92
2669716--2669802	28	2.9	30	80	16	101	33	29	17	19	1.95
2669809--2670875	49	22.8	48	72	15	672	25	25	18	30	1.98
2669932--2670252	39	7.5	39	72	18	239	26	26	20	27	1.99
2669863--2670482	87	7.0	87	89	3	882	27	25	19	27	1.99
2670271--2670419	39	3.6	39	74	15	154	28	26	20	25	1.99
2670455--2670875	199	2.1	200	87	1	607	23	25	18	32	1.97
2670397--2670875	150	3.2	148	83	2	523	24	25	17	32	1.97
2671650--2671699	19	2.6	19	96	0	91	34	12	18	36	1.87
2672608--2673044	221	2.0	221	98	0	847	28	19	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2676031--2676097	24	2.8	24	93	0	107	44	25	4	25	1.72
2676031--2676155	24	4.9	26	81	5	105	47	20	6	26	1.74
2679682--2679746	32	2.0	32	100	0	130	24	21	15	38	1.92
2680301--2680354	24	2.2	24	93	6	92	48	25	7	18	1.74
2680341--2680399	26	2.4	25	85	5	75	49	20	6	23	1.73
2680351--2680414	27	2.4	27	86	2	85	43	20	4	31	1.72
2680351--2680428	27	2.9	26	82	1	84	47	19	6	26	1.73
2690450--2690496	14	3.1	15	75	9	51	48	0	6	44	1.28
2690489--2690539	17	3.0	17	80	8	50	56	1	5	35	1.35
2692748--2693011	139	1.9	133	82	6	323	55	4	6	34	1.44
2693018--2693057	21	1.9	21	85	10	55	62	2	2	32	1.22
2693923--2693999	20	3.9	19	71	8	64	38	12	9	38	1.76
2693923--2694000	40	2.0	39	84	2	102	38	12	10	38	1.78
2694013--2694067	20	2.8	20	100	0	110	40	10	14	34	1.81
2694928--2694983	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
2694936--2694990	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
2702482--2703220	27	27.0	27	90	2	1138	23	34	14	27	1.93
2702482--2703220	82	9.0	81	91	3	1117	23	34	14	27	1.93
2703203--2703932	32	22.8	32	96	0	1246	31	35	18	14	1.91
2704460--2704534	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2704460--2704537	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2705447--2705502	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2705455--2705509	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
2709888--2709925	19	2.1	19	85	5	51	34	10	2	52	1.50
2710886--2710918	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2717895--2717921	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2721631--2721661	12	2.6	12	100	0	62	51	9	16	22	1.73
2738035--2738795	86	8.8	85	80	6	725	30	28	16	24	1.96
2738037--2738795	114	6.6	112	80	7	715	30	28	16	24	1.96
2738035--2738730	28	24.4	28	80	6	704	31	28	16	24	1.96
2738972--2739135	54	3.1	54	75	8	156	24	26	15	34	1.95
2748916--2748973	17	3.3	18	76	9	57	44	0	0	55	0.99
2748902--2748950	20	2.4	21	76	10	57	40	0	0	59	0.98
2750092--2750145	3	18.0	3	92	0	90	31	1	0	66	1.02
2750912--2750997	40	2.2	40	81	8	104	27	19	16	36	1.93
2751185--2751227	17	2.4	19	88	7	63	41	4	0	53	1.21
2752386--2752429	23	2.0	22	81	4	52	52	2	2	43	1.26
2752822--2752899	31	2.6	28	77	15	75	44	1	3	50	1.28
2754553--2754586	8	4.4	8	88	7	52	85	0	14	0	0.60
2757072--2757122	19	2.7	20	78	6	61	52	1	0	45	1.12
2757296--2757341	25	1.9	23	86	8	65	63	13	4	19	1.46
2759223--2759257	7	4.9	7	96	3	61	2	42	0	54	1.15
2761610--2761642	16	2.1	16	88	5	50	63	0	0	36	0.95
2762813--2762902	15	5.7	15	72	12	56	40	2	3	54	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762851--2762900	16	3.2	15	88	5	55	42	2	2	54	1.23
2762868--2762927	22	2.7	22	77	10	68	46	0	0	53	1.00
2763970--2764003	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2764354--2764430	41	1.9	40	82	12	95	55	1	0	42	1.07
2764420--2764464	19	2.2	22	84	11	60	62	2	0	35	1.08
2765366--2765405	18	2.3	18	95	4	73	62	0	0	37	0.95
2766225--2766295	17	4.2	18	71	16	62	50	0	0	49	1.00
2766235--2766284	27	1.9	26	84	8	66	52	0	0	48	1.00
2766237--2766304	32	2.1	34	86	5	95	52	0	0	47	1.00
2766312--2766364	15	3.7	14	80	12	54	32	3	0	64	1.12
2768862--2769050	96	2.0	92	94	4	333	46	15	18	19	1.85
2770586--2770620	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2771292--2771322	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2777387--2777465	20	3.8	20	82	12	88	34	16	11	37	1.85
2781680--2781974	153	1.9	153	83	2	378	38	16	16	29	1.90
2787792--2787849	28	2.0	29	87	9	84	63	3	10	22	1.40
2788045--2788128	39	2.2	40	81	12	104	55	2	2	39	1.26
2793179--2793398	78	2.8	79	79	8	243	32	13	24	29	1.94
2793334--2793448	51	2.3	51	85	0	149	30	11	26	31	1.91
2793433--2793502	28	2.5	28	84	11	90	27	17	32	22	1.96
2793488--2793604	51	2.3	51	82	4	148	32	11	26	29	1.91
2793543--2793763	79	2.8	78	77	9	216	33	14	23	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2796114--2796143	13	2.3	13	94	0	51	40	10	20	30	1.85
2796119--2796196	33	2.4	33	82	0	93	43	15	16	24	1.86
2796160--2796213	20	2.7	19	83	11	65	46	16	12	24	1.82
2796963--2797114	42	3.5	43	81	12	184	44	12	26	16	1.83
2797107--2797683	60	9.6	60	81	6	549	27	20	27	24	1.99
2810683--2810802	51	2.4	51	78	2	134	35	15	21	27	1.93
2810818--2810931	51	2.2	50	83	4	138	29	11	27	31	1.91
2810685--2810941	130	2.0	130	80	4	295	33	12	24	28	1.92
2810937--2810991	28	2.0	28	85	0	74	32	14	27	25	1.95
2810979--2811090	51	2.2	51	91	0	179	34	11	23	30	1.90
2810807--2811091	158	1.8	158	80	4	351	32	11	25	29	1.91
2811030--2811248	79	2.8	78	86	5	289	33	15	24	27	1.95
2813602--2813626	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2813602--2813683	33	2.5	33	90	2	130	43	13	14	28	1.83
2813716--2813744	13	2.2	13	100	0	58	41	13	13	31	1.84
2818445--2818500	19	2.9	19	86	2	76	35	14	17	32	1.90
2824104--2824134	14	2.2	14	94	0	53	9	6	16	67	1.39
2827720--2827765	23	2.1	22	88	8	67	39	36	2	21	1.66
2827681--2827800	34	3.5	34	82	6	143	38	31	2	27	1.70
2827770--2827847	22	3.5	22	83	0	93	41	25	1	32	1.64
2827701--2827838	57	2.4	57	76	9	156	39	28	2	29	1.69
2831071--2831095	12	2.1	12	100	0	50	40	32	0	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831068--2831149	34	2.4	34	89	0	119	37	34	2	25	1.69
2831117--2831173	22	2.6	22	82	0	78	38	33	1	26	1.67
2834815--2834876	11	5.9	11	75	19	53	29	1	1	67	1.09
2834814--2834882	29	2.3	31	75	20	76	30	1	1	66	1.09
2834831--2834896	31	2.2	30	81	10	80	31	1	0	66	1.01
2836851--2836901	22	2.3	23	80	10	61	47	1	0	50	1.12
2836852--2836906	27	2.1	27	87	9	80	43	1	0	54	1.10
2836852--2836906	24	2.2	26	84	15	71	43	1	0	54	1.10
2837431--2837474	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2837575--2837603	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26