genome.fa.s66.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold66
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4623749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306066--2306117	11	4.6	11	79	11	61	40	0	0	59	0.97
2306337--2306366	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2306523--2306556	6	5.5	6	86	6	50	64	0	35	0	0.94
2308708--2308776	24	2.8	24	72	8	68	50	1	0	47	1.09
2309091--2309120	14	2.1	14	93	0	51	40	0	0	60	0.97
2310213--2310244	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2310434--2310479	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
2311111--2311158	22	2.2	22	81	7	53	58	2	6	33	1.35
2311953--2311994	21	2.0	22	85	4	59	40	4	0	54	1.21
2312471--2312502	16	2.0	16	93	0	55	43	21	0	34	1.53
2315073--2315097	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2320845--2320869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2320818--2320888	32	2.2	32	94	0	124	36	18	12	32	1.88
2320828--2320910	19	4.6	19	77	20	79	34	16	13	34	1.88
2320857--2320910	21	2.7	19	85	5	72	33	16	12	37	1.87
2323020--2323096	37	2.1	37	95	0	136	28	10	18	42	1.83
2324099--2324206	53	2.0	53	98	0	207	28	16	11	43	1.82
2324959--2325036	12	5.4	16	69	25	50	47	0	0	52	1.00
2324956--2325036	27	3.0	27	78	10	94	48	0	0	51	1.00
2325002--2325029	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2332378--2332464	45	1.9	45	90	4	140	54	17	1	27	1.50
2333658--2333715	18	3.5	17	74	25	61	53	1	0	44	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334204--2334245	22	1.9	22	85	9	59	38	4	2	54	1.34
2335950--2335982	12	2.8	12	90	0	57	39	18	0	42	1.50
2337353--2337407	22	2.5	22	82	11	67	47	1	0	50	1.11
2354152--2354212	26	2.4	25	80	2	77	44	1	1	52	1.20
2354510--2354594	18	4.9	18	68	21	56	48	0	0	51	1.00
2355510--2355541	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2356208--2356295	32	2.8	30	77	10	77	43	2	0	54	1.12
2356216--2356265	16	3.1	16	73	23	50	44	0	0	56	0.99
2356226--2356295	16	4.4	16	74	18	65	44	0	0	55	0.99
2356253--2356298	23	2.1	21	84	8	56	43	0	0	56	0.99
2356249--2356298	25	2.1	24	85	10	68	44	0	0	56	0.99
2361222--2361294	26	2.8	26	77	2	76	43	0	0	56	0.99
2361245--2361281	12	3.2	12	85	7	51	37	0	0	62	0.96
2361237--2361293	20	2.7	20	78	15	62	45	0	0	54	0.99
2363602--2363660	19	3.0	19	82	9	66	55	0	0	44	0.99
2364189--2364246	30	1.9	30	89	3	89	41	0	0	58	0.98
2364230--2364276	24	1.9	25	86	4	69	44	0	0	55	0.99
2365262--2365331	22	3.1	22	76	19	74	61	1	0	37	1.05
2372762--2372805	21	2.0	21	86	4	61	54	2	0	43	1.12
2380638--2380709	37	1.9	37	85	0	99	26	18	9	45	1.80
2383979--2384032	24	2.4	22	75	6	54	37	5	1	55	1.34
2384081--2384128	5	9.0	5	90	4	60	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384090--2384131	6	7.2	6	91	8	61	80	0	0	19	0.70
2384087--2384128	12	3.8	11	87	12	68	80	0	0	19	0.70
2384526--2384567	21	2.0	21	81	9	50	66	0	0	33	0.92
2389164--2389204	22	2.0	20	85	9	55	53	4	2	39	1.35
2390935--2391000	29	2.3	30	82	12	84	60	0	0	39	0.97
2394333--2394374	2	21.0	2	90	0	66	47	2	2	47	1.28
2396199--2396237	18	2.2	18	90	0	60	51	17	12	17	1.76
2398157--2398184	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2398494--2398567	26	2.8	26	74	12	69	39	0	1	59	1.06
2398925--2398968	18	2.4	19	84	3	54	77	0	22	0	0.77
2399019--2399044	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2400898--2400928	10	3.2	10	95	4	55	80	0	0	19	0.71
2401465--2401499	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2406684--2406717	16	2.2	16	89	5	52	61	0	0	38	0.96
2407918--2407957	17	2.4	17	82	0	53	55	17	0	27	1.43
2409553--2409620	34	2.1	32	81	8	75	58	1	1	38	1.16
2410411--2410467	24	2.4	25	76	5	64	54	0	0	45	0.99
2412219--2412278	30	2.1	28	90	6	93	58	0	0	41	0.98
2412219--2412281	31	2.1	28	88	8	90	58	0	0	41	0.98
2412242--2412292	20	2.4	21	90	6	77	56	0	0	43	0.99
2412242--2412295	21	2.5	22	85	8	76	55	0	0	44	0.99
2412322--2412355	16	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412348--2412424	32	2.4	32	80	4	93	48	5	3	42	1.44
2412445--2412478	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2412952--2413013	21	2.8	22	78	9	63	41	1	6	50	1.38
2413079--2413119	15	2.7	15	96	0	73	46	9	4	39	1.58
2413516--2413544	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2413813--2413848	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2414723--2414781	28	2.1	28	81	12	68	49	3	1	45	1.28
2418496--2418534	20	2.0	20	85	10	53	58	10	0	30	1.31
2420882--2420928	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2422767--2422798	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2422917--2422959	3	14.3	3	90	0	68	32	4	0	62	1.15
2424802--2424846	23	2.0	23	82	8	56	44	4	4	46	1.43
2424903--2424937	18	1.9	18	94	0	61	51	5	0	42	1.25
2425185--2425271	27	3.2	26	75	15	77	60	0	0	39	0.97
2433067--2433105	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2434966--2434994	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2438397--2438435	2	21.5	2	80	19	50	48	0	0	51	1.00
2438850--2438894	14	3.2	14	80	0	54	44	6	2	46	1.42
2439462--2439526	15	4.3	15	69	21	55	55	1	0	43	1.09
2440361--2440394	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2441499--2441586	37	2.5	36	85	9	110	30	29	7	31	1.86
2441487--2441586	34	2.8	33	82	15	114	32	29	7	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442262--2442320	30	2.0	29	83	12	75	42	1	5	50	1.34
2443541--2443577	17	2.1	19	90	10	60	40	0	2	56	1.13
2447155--2447197	17	2.4	18	84	7	61	62	0	13	23	1.31
2447490--2447522	16	2.1	16	88	5	50	36	0	9	54	1.32
2447991--2448033	6	7.2	6	86	0	59	46	2	18	32	1.62
2450223--2450254	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
2451358--2451397	20	2.0	20	85	0	53	25	0	5	70	1.08
2453070--2453111	21	2.0	21	86	9	59	50	0	4	45	1.23
2455468--2455515	20	2.6	18	75	12	51	45	14	0	39	1.45
2455470--2455512	20	2.2	20	86	0	59	48	16	0	34	1.46
2462022--2462100	39	2.1	39	82	2	97	50	7	0	41	1.31
2462029--2462108	38	2.1	39	80	2	90	53	7	1	37	1.37
2462473--2462534	29	2.1	30	90	3	99	43	0	1	54	1.09
2465651--2465835	96	1.9	96	96	0	343	29	11	23	35	1.90
2466313--2466379	29	2.3	29	92	0	107	47	16	10	25	1.78
2470279--2470463	96	1.9	96	96	0	343	29	11	23	35	1.90
2470941--2471007	29	2.3	29	92	0	107	47	16	10	25	1.78
2474907--2475091	96	1.9	96	96	0	343	29	11	23	35	1.90
2475569--2475635	29	2.3	29	92	0	107	47	16	10	25	1.78
2481257--2481287	7	4.6	7	92	8	55	90	9	0	0	0.46
2481257--2481287	13	2.3	14	94	5	55	90	9	0	0	0.46
2481531--2481570	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483027--2483082	22	2.6	21	75	10	60	48	0	0	51	1.00
2483441--2483491	12	4.4	11	81	13	66	54	0	3	41	1.19
2484029--2484090	24	2.6	23	75	7	61	33	3	1	61	1.22
2484606--2484744	51	2.7	52	80	1	163	34	15	8	41	1.77
2487607--2487767	80	2.0	80	98	0	313	39	14	11	34	1.82
2489162--2489244	41	2.0	41	100	0	166	25	16	12	45	1.82
2489879--2489944	32	2.1	32	88	0	96	36	22	18	22	1.95
2490027--2490052	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2490169--2490194	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2490708--2490746	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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