genome.fa.s69.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold69
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2104606

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1637903--1637971	29	2.3	29	85	2	93	33	2	10	53	1.49
1646485--1646536	22	2.4	22	81	12	63	65	0	1	32	1.04
1649264--1649447	34	5.4	34	88	0	262	25	7	26	40	1.82
1649749--1649811	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
1653877--1654061	34	5.5	34	86	0	255	26	7	25	40	1.82
1659921--1659955	18	1.9	18	94	0	61	25	5	17	51	1.67
1722368--1722425	19	3.3	19	65	22	54	44	10	10	34	1.73
1726921--1727050	70	1.9	69	93	1	224	41	10	16	31	1.82
1729162--1729199	16	2.3	17	90	4	60	0	13	0	86	0.56
1729338--1729392	22	2.4	23	87	3	85	0	29	16	54	1.42
1729382--1729484	35	2.9	35	82	7	102	6	18	16	58	1.60
1729404--1729505	36	2.9	36	88	1	134	6	17	20	54	1.65
1729593--1729774	94	1.9	93	87	1	265	12	23	14	50	1.77
1729782--1729966	93	2.0	93	91	0	298	9	28	14	47	1.76
1733212--1733239	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
1733407--1734075	155	4.3	154	76	8	535	27	16	15	40	1.89
1735002--1735091	46	1.9	47	86	6	130	24	11	24	40	1.87
1735410--1735551	36	4.1	34	70	14	103	35	10	19	33	1.86
1735850--1735890	16	2.6	16	82	17	50	34	14	29	21	1.93
1735975--1736038	32	2.0	32	87	6	94	45	17	23	14	1.84
1740063--1740135	22	3.3	22	67	17	69	53	16	10	19	1.72
1740042--1740113	23	3.2	22	66	18	58	50	12	12	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1740042--1740176	45	3.0	45	94	1	234	52	12	11	22	1.72
1740202--1740321	52	2.3	52	97	0	222	50	17	13	18	1.77
1741355--1741381	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1741336--1741397	33	1.9	32	87	9	90	30	14	12	41	1.83
1742731--1742808	21	3.7	21	87	3	113	37	12	15	34	1.86
1742845--1742912	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1742847--1742909	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1742866--1742890	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1742952--1742977	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1742932--1742998	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1745328--1745669	52	6.5	54	68	16	173	29	26	12	31	1.92
1745502--1745669	52	3.2	53	77	11	177	30	26	11	31	1.92
1745653--1745730	29	2.7	30	86	5	99	23	30	19	26	1.98
1745331--1745732	213	1.9	212	88	3	612	28	26	13	31	1.94
1756131--1756185	12	4.4	12	86	13	67	83	10	5	0	0.79
1756132--1756195	13	4.6	14	79	11	60	84	9	6	0	0.78
1756145--1756195	8	6.4	8	78	14	52	86	9	3	0	0.70
1756131--1756185	13	4.4	12	84	13	67	83	10	5	0	0.79
1757179--1759144	55	34.3	57	88	5	2098	26	28	20	24	1.99
1758369--1758454	27	3.1	27	62	15	68	27	23	19	29	1.98
1758803--1758885	26	3.1	26	62	16	60	32	31	19	16	1.94
1759927--1759994	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1759929--1759991	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1759948--1759972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1760034--1760059	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1760014--1760080	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1762409--1762750	52	6.5	53	70	17	196	29	26	12	31	1.92
1762523--1762598	27	2.7	29	90	6	113	25	34	19	21	1.96
1762734--1762811	29	2.7	30	86	5	99	23	30	19	26	1.98
1762412--1762811	213	1.9	212	89	3	617	28	27	13	31	1.94
1766445--1766487	21	2.0	21	82	13	52	65	23	2	9	1.34
1769407--1769431	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1773144--1773202	24	2.5	25	81	8	70	44	5	0	50	1.24
1778331--1778355	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1780013--1780059	2	24.0	2	84	4	60	53	0	4	42	1.20
1781977--1782016	2	20.5	2	89	5	64	55	0	0	45	0.99
1783401--1783428	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1785816--1785848	9	3.6	9	92	8	57	0	12	0	87	0.53
1787594--1787618	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
1789644--1789811	38	4.3	38	72	13	105	41	2	0	55	1.15
1789680--1789715	10	3.4	10	92	7	54	36	0	0	63	0.94
1789713--1789741	6	5.0	6	91	8	51	65	0	0	34	0.93
1791646--1791677	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1794343--1794367	8	3.1	8	100	0	50	12	12	0	76	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1796139--1796179	20	2.0	20	90	0	64	46	7	7	39	1.60
1797689--1797734	17	2.7	18	80	9	53	39	2	2	56	1.24
1797908--1798017	55	2.0	55	94	3	195	28	15	8	48	1.73
1798554--1798581	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1799217--1799736	260	2.0	260	96	0	968	31	25	21	21	1.98
1802444--1802469	12	2.2	12	100	0	52	30	0	23	46	1.53
1806487--1806544	21	2.7	23	77	22	63	56	0	5	37	1.21
1807385--1807416	16	2.1	16	88	11	50	56	6	3	34	1.40
1816413--1816479	6	11.2	6	96	0	80	43	0	56	0	0.99
1816421--1816480	6	10.0	6	98	0	84	40	0	60	0	0.97
1825793--1825817	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
1825967--1826071	16	6.6	16	73	13	74	57	2	1	38	1.25
1826030--1826080	16	3.1	16	80	8	59	54	1	0	43	1.11
1827864--1827910	16	2.9	16	77	17	53	38	4	0	57	1.18
1827864--1827902	18	2.3	16	86	8	51	38	5	0	56	1.22
1828047--1828084	14	2.9	14	80	11	53	42	0	0	57	0.98
1828427--1828485	23	2.5	23	76	12	57	28	1	5	64	1.24
1828405--1828486	34	2.4	34	79	4	92	34	1	3	60	1.22
1828392--1828542	11	13.5	11	71	16	87	35	1	1	60	1.19
1828503--1828548	23	2.0	23	86	0	65	34	2	0	63	1.07
1832717--1832750	1	34.0	1	87	0	50	2	94	0	2	0.38
1835595--1835844	129	1.9	128	80	5	290	37	21	12	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1837623--1837687	32	2.1	32	94	2	114	53	4	12	29	1.58
1837883--1837994	55	2.0	57	85	3	156	41	15	1	41	1.57
1838441--1838491	19	2.6	20	90	3	77	27	15	13	43	1.85
1841018--1841066	13	3.8	13	83	0	71	28	20	14	36	1.92
1841482--1841520	20	2.0	20	84	0	51	23	38	20	17	1.93
1842967--1843007	20	2.0	21	90	4	66	39	2	21	36	1.67
1843637--1843663	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1843648--1843699	19	2.7	19	90	3	77	28	19	13	38	1.89
1843733--1843784	20	2.6	21	81	9	63	40	13	15	30	1.86
1844631--1844659	15	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
1847339--1847400	26	2.4	27	84	10	78	53	1	0	45	1.10
1847375--1847456	28	2.9	29	78	10	89	46	2	0	51	1.14
1847527--1847559	18	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
1847966--1848094	63	2.0	64	81	10	149	49	0	0	50	1.00
1849981--1850313	58	5.8	58	78	5	201	48	15	9	26	1.76
1850042--1850256	116	1.9	115	79	6	247	50	16	7	26	1.71
1850175--1850257	19	4.3	19	68	20	55	54	18	3	24	1.59
1850100--1850257	58	2.7	58	92	2	257	51	17	5	25	1.66
1852397--1852698	128	2.4	126	80	5	322	34	11	15	38	1.84
1852456--1852778	64	5.1	63	74	8	219	35	13	14	36	1.85
1852456--1852780	126	2.6	126	80	4	316	35	12	15	36	1.85
1864389--1864463	31	2.5	29	81	12	98	53	1	0	45	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1865509--1865552	22	2.0	22	95	0	79	50	11	18	20	1.77
1866326--1866361	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
1870319--1870644	118	2.8	118	80	4	320	39	11	14	34	1.83
1882516--1882555	21	1.9	21	85	10	55	20	32	12	35	1.90
1884560--1884842	79	3.6	77	80	6	291	28	24	12	34	1.91
1884777--1884896	51	2.4	51	85	5	163	30	20	12	37	1.89
1884830--1885098	79	3.4	79	82	7	316	29	22	12	35	1.90
1884699--1884949	130	1.9	129	86	4	353	29	21	12	36	1.90
1884621--1885051	208	2.1	208	82	5	514	29	24	12	34	1.92
1884828--1885167	79	4.3	78	78	6	278	28	22	12	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13