genome.fa.s69.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold69
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2104606

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1890727--1890781	21	2.7	21	77	5	69	38	10	14	36	1.81
1890769--1890794	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1896203--1896421	27	8.1	27	88	1	278	19	33	17	28	1.95
1896203--1896421	81	2.7	81	89	0	339	19	33	17	28	1.95
1896396--1896485	34	2.8	32	81	15	114	22	27	14	35	1.93
1896570--1897224	52	12.6	50	73	10	329	25	23	15	34	1.95
1896570--1897173	104	5.8	104	70	11	390	25	24	15	34	1.94
1896950--1897064	61	1.9	61	88	0	176	22	24	15	37	1.93
1896949--1897076	61	2.1	61	85	0	175	23	23	14	38	1.92
1896804--1897279	216	2.2	217	87	3	701	25	23	14	36	1.93
1897934--1897958	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
1903452--1903476	13	1.9	13	100	0	50	48	8	24	20	1.76
1911936--1911996	8	7.5	8	75	14	54	83	11	0	4	0.79
1911936--1911996	26	2.4	25	89	10	97	83	11	0	4	0.79
1913442--1913639	27	7.3	27	84	0	261	18	36	16	28	1.93
1913442--1913639	54	3.7	54	86	0	288	18	36	16	28	1.93
1913622--1913711	33	2.7	34	96	3	164	18	32	12	36	1.88
1913731--1913791	32	1.9	32	86	0	86	29	24	18	27	1.98
1913818--1914094	49	5.5	49	76	7	182	25	25	17	30	1.97
1914015--1914312	52	5.6	52	70	14	201	24	26	15	33	1.95
1914056--1914404	104	3.3	104	73	12	346	25	25	15	34	1.94
1913999--1914441	217	2.0	217	93	0	751	25	24	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1915170--1915217	20	2.4	20	92	0	78	45	10	10	33	1.72
1919044--1920791	62	28.4	61	80	6	1593	25	22	19	33	1.97
1919044--1920797	123	14.2	122	78	6	1560	25	22	19	33	1.97
1920775--1921050	43	6.4	42	75	9	209	20	26	13	40	1.89
1920800--1921044	85	2.9	84	80	9	221	20	26	11	42	1.84
1921785--1921912	50	2.6	50	91	1	204	27	13	14	44	1.83
1923999--1924437	79	5.6	79	77	5	442	26	22	15	34	1.94
1924372--1924488	51	2.3	51	83	0	135	30	19	13	35	1.91
1924293--1924536	130	1.9	130	84	3	330	29	20	13	36	1.92
1924218--1924591	207	1.8	206	82	2	489	28	21	14	35	1.93
1924426--1924769	79	4.4	79	77	7	326	28	25	12	34	1.92
1924293--1924566	130	2.1	128	82	4	327	29	21	14	35	1.93
1924138--1924726	286	2.1	285	80	5	654	27	23	15	34	1.94
1924220--1924647	207	2.1	207	80	1	482	28	23	14	34	1.93
1924478--1924772	158	1.9	158	83	5	393	28	25	12	33	1.92
1927127--1927151	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
1933628--1933660	3	11.0	3	100	0	66	0	0	33	66	0.92
1934074--1934106	4	8.5	4	86	6	50	24	3	72	0	0.98
1934482--1934551	30	2.4	29	79	11	79	38	1	0	60	1.06
1935749--1935789	21	1.9	22	90	5	66	53	17	0	29	1.44
1936466--1936534	30	2.2	30	82	10	75	42	1	0	56	1.08
1936484--1936537	15	3.5	16	76	16	60	42	1	0	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936502--1936551	20	2.5	20	84	15	68	44	0	0	56	0.99
1936502--1936560	21	2.9	21	85	12	70	45	0	0	54	0.99
1936543--1936579	18	2.1	18	89	0	56	48	0	0	51	1.00
1937113--1937193	43	1.9	41	85	5	108	38	2	3	55	1.31
1937880--1937909	15	1.9	16	93	6	53	46	0	3	50	1.18
1940865--1940906	21	2.0	21	90	0	66	38	14	14	33	1.86
1942026--1942069	19	2.2	20	84	4	54	36	15	9	38	1.80
1948877--1948931	21	2.7	21	80	5	69	34	14	20	30	1.92
1951382--1951681	79	3.8	79	82	2	365	27	26	14	32	1.94
1951618--1951760	48	2.9	48	83	3	151	30	23	8	37	1.85
1951687--1951782	48	2.0	47	85	6	120	31	18	10	39	1.85
1954833--1954896	33	2.0	32	87	3	92	31	7	21	39	1.82
1956940--1956979	20	2.0	21	90	5	64	5	22	50	22	1.68
1957242--1957282	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
1965131--1965158	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1965855--1966235	169	2.2	170	81	6	412	36	14	25	22	1.93
1966139--1966613	49	9.8	49	86	3	656	31	17	26	25	1.97
1966080--1966613	98	5.4	98	90	4	783	31	17	26	25	1.97
1966080--1966613	190	2.7	190	90	4	807	31	17	26	25	1.97
1966139--1966617	98	4.9	98	92	3	799	30	17	26	25	1.97
1967000--1967025	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1967783--1968112	49	6.9	48	86	4	454	29	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1967776--1968112	98	3.5	98	90	5	517	29	17	27	25	1.98
1968121--1968266	33	4.4	34	93	4	228	17	19	34	28	1.95
1968252--1968693	33	13.6	34	81	10	321	30	14	33	21	1.93
1968286--1968693	67	6.3	63	81	11	327	29	14	34	21	1.93
1968280--1968755	31	14.9	31	81	10	288	29	14	34	21	1.93
1968351--1968755	93	4.3	93	80	11	333	28	15	33	22	1.94
1977081--1977108	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1977172--1977196	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1979162--1979225	33	2.0	32	90	3	101	31	9	21	37	1.85
1979261--1979313	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
1985208--1985238	16	1.9	16	93	0	53	19	12	12	54	1.70
1986057--1986095	22	1.9	20	85	15	53	41	10	5	43	1.61
1987195--1987248	22	2.4	23	78	3	65	18	12	14	53	1.72
1987605--1987798	58	3.3	58	85	2	203	26	15	12	45	1.81
1987658--1987872	29	7.4	29	65	17	88	26	12	14	46	1.80
1987603--1987864	116	2.3	116	82	4	296	25	13	14	46	1.81
1987648--1987866	58	3.8	58	80	7	248	25	12	15	46	1.81
1987648--1987922	116	2.4	117	78	2	277	27	13	13	46	1.80
1989143--1989250	45	2.4	45	81	4	119	38	11	7	42	1.68
2002086--2002139	28	1.9	28	85	7	74	37	20	22	20	1.95
2002173--2002244	28	2.6	28	86	0	99	26	19	31	22	1.97
2002116--2002407	107	2.7	108	87	3	401	29	14	28	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2002285--2002355	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
2002340--2002470	51	2.5	52	82	5	165	33	11	24	30	1.91
2004803--2004828	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2004782--2004848	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2004868--2004935	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2004890--2004914	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2004871--2004933	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2004971--2005049	21	3.8	20	81	5	77	34	15	13	36	1.87
2005058--2005098	7	5.7	7	94	5	73	12	0	0	87	0.53
2005057--2005098	15	2.9	15	96	3	77	11	0	0	88	0.53
2005832--2006409	55	10.3	55	87	7	706	23	20	29	27	1.99
2005987--2006074	26	3.3	26	65	20	72	20	18	34	27	1.96
2007394--2007442	14	3.5	14	88	5	64	0	4	10	85	0.71
2007393--2007444	19	2.9	18	80	8	61	0	3	9	86	0.69
2007403--2007445	13	3.4	12	84	15	52	0	2	11	86	0.67
2025486--2025557	28	2.6	28	86	0	99	26	19	31	22	1.97
2025407--2025720	107	2.9	107	85	5	386	29	15	27	27	1.96
2025598--2025668	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
2025653--2025783	51	2.5	51	84	9	174	32	11	25	30	1.91
2028088--2028114	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2028154--2028285	19	7.9	18	71	28	114	38	15	11	34	1.83
2028176--2028264	13	5.9	13	72	27	70	35	15	13	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028157--2028283	32	4.0	32	97	0	236	37	15	11	34	1.84
2028341--2028397	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2028405--2028447	1	43.0	1	80	0	50	9	0	0	90	0.45
2028407--2028444	8	4.9	8	93	6	69	10	0	0	89	0.49
2028407--2028444	15	2.4	16	95	4	69	10	0	0	89	0.49
2030927--2030971	22	2.0	23	82	4	56	35	20	0	44	1.51
2039144--2039238	42	2.3	42	92	0	154	16	26	24	32	1.96
2039128--2040979	128	14.3	127	75	10	706	17	26	19	36	1.94
2039103--2040089	85	11.4	85	72	10	538	16	26	19	37	1.93
2039073--2040089	43	23.6	43	72	6	493	16	26	19	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13