genome.fa.s69.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold69
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2104606

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
595964--596154	27	6.1	33	77	17	120	34	14	31	19	1.92
596011--596092	27	3.0	27	94	0	146	24	17	36	21	1.94
595907--596154	34	7.8	33	74	16	175	34	14	31	18	1.91
596195--596445	28	8.9	28	79	7	258	20	17	27	34	1.95
596227--596443	84	2.6	84	87	0	317	18	18	27	35	1.95
597127--597183	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
597140--597202	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
597126--597209	32	2.6	32	100	0	168	33	13	17	35	1.89
597254--597281	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
597234--597299	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
599489--599559	27	2.6	27	97	0	133	22	43	19	14	1.87
606502--606562	15	4.0	15	70	4	59	39	13	14	32	1.85
606547--606621	20	3.8	20	80	7	98	41	13	12	33	1.81
606544--606621	40	2.0	39	89	2	120	41	14	11	33	1.81
614213--614243	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
616313--616874	79	7.1	79	84	5	613	34	13	23	29	1.92
616313--616874	237	2.4	234	85	4	738	34	13	23	29	1.92
619210--619343	49	2.7	50	90	1	207	41	15	17	26	1.89
629880--629908	15	1.9	15	100	0	58	10	13	0	75	1.04
633227--633319	36	2.7	36	81	14	108	30	25	12	31	1.93
633749--633802	20	2.7	20	88	0	81	35	18	11	35	1.86
633868--633892	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633849--633913	32	2.0	33	90	3	105	40	16	15	27	1.89
634006--634049	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
634722--634762	21	2.0	21	95	0	73	29	26	0	43	1.55
635618--635661	19	2.2	19	84	8	52	43	9	11	36	1.72
636941--636981	21	2.0	21	85	9	57	21	19	2	56	1.54
636963--637003	21	2.0	21	85	0	55	19	24	0	56	1.42
640213--640280	26	2.5	27	85	4	84	25	20	29	25	1.99
640128--640407	102	2.7	104	82	6	305	29	15	27	28	1.96
640316--640385	27	2.5	28	84	9	90	21	20	32	25	1.97
642754--642830	31	2.5	31	100	0	154	38	18	12	29	1.88
642873--642924	13	3.5	13	73	26	50	30	19	15	34	1.93
642873--642943	32	2.2	32	94	0	124	32	19	14	33	1.92
642880--642944	19	3.8	18	73	24	68	32	18	13	35	1.90
642981--643057	21	3.7	21	85	3	102	36	16	11	35	1.86
643814--643900	26	3.2	26	65	15	68	21	18	32	27	1.97
643767--644677	55	16.0	55	82	10	1025	24	20	28	27	1.99
643767--644677	116	8.0	112	83	9	1073	24	20	28	27	1.99
643767--644677	171	5.3	171	91	4	1308	24	20	28	27	1.99
644409--644495	28	3.1	28	63	21	74	26	19	26	27	1.99
645662--645754	1	93.0	1	73	0	69	0	4	9	86	0.71
645662--645751	42	2.1	42	85	6	119	0	4	10	85	0.72
645662--645740	31	2.5	31	84	10	97	0	5	8	86	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645662--645754	23	4.2	22	81	10	93	0	4	9	86	0.71
645682--645751	31	2.2	31	85	12	90	0	1	12	85	0.66
645662--645754	11	8.5	11	80	13	102	0	4	9	86	0.71
660836--660861	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
660897--660963	19	3.9	18	70	23	63	29	17	14	37	1.91
660899--660994	32	3.0	32	90	0	138	32	18	13	35	1.90
660919--660975	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
660932--660995	19	3.7	18	74	23	66	35	20	10	32	1.87
661032--661108	21	3.7	21	91	3	120	35	18	11	35	1.87
661306--661382	32	2.4	32	91	0	127	36	18	14	31	1.90
661356--661380	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
662088--662330	49	4.9	49	80	6	258	32	18	25	24	1.97
662384--662496	35	3.4	34	81	4	131	38	13	29	18	1.89
662530--662618	31	2.8	31	82	3	106	34	15	30	19	1.93
662622--662966	30	12.0	29	81	9	431	19	14	33	32	1.92
662590--662971	57	6.7	57	93	0	620	19	14	33	32	1.92
663927--663983	20	3.0	20	69	5	55	35	12	15	36	1.85
664012--664065	20	2.7	19	83	11	65	31	16	18	33	1.93
665657--665690	3	11.3	3	93	0	59	35	0	35	29	1.58
669139--669309	71	2.4	71	98	0	324	37	15	16	30	1.90
671432--671476	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
673280--673310	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673675--673741	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
674200--674225	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
674180--674243	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
675704--675728	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
677162--677321	84	1.9	84	82	7	200	26	18	3	51	1.63
678852--678918	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
679377--679402	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
679357--679420	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
681676--681714	13	3.0	13	96	0	69	30	12	15	41	1.85
684260--684298	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
686543--686588	20	2.3	20	82	17	60	30	21	0	47	1.51
688918--688980	33	1.9	33	87	9	94	30	9	15	44	1.79
694424--694936	162	3.2	162	93	2	863	42	12	11	34	1.78
695836--695887	19	2.5	20	82	14	61	9	19	0	71	1.13
695870--695912	13	3.4	13	84	9	54	2	25	0	72	0.97
696192--696235	17	2.5	17	89	10	63	75	0	0	25	0.81
696192--696235	9	5.0	9	81	13	56	75	0	0	25	0.81
696713--696748	19	1.9	19	88	5	56	50	2	13	33	1.57
696459--697863	328	4.3	323	80	10	1528	50	7	13	28	1.69
795508--795532	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
795582--795635	19	2.8	20	83	8	67	38	14	16	29	1.89
799934--800072	70	1.9	74	84	5	187	39	4	9	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800531--800592	32	1.9	33	90	3	99	33	16	12	37	1.87
800529--800615	20	4.8	19	75	22	71	33	13	16	36	1.88
800659--800689	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
800643--800711	33	2.1	33	89	5	104	31	13	17	37	1.88
809414--809440	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
809490--809528	20	2.0	20	94	0	69	28	10	17	43	1.82
809509--809536	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
809490--809558	33	2.1	33	89	5	104	31	11	17	39	1.85
812971--813007	15	2.4	16	82	17	51	64	0	0	35	0.94
813491--813520	11	2.7	11	94	0	51	66	0	0	33	0.92
814711--814969	33	7.8	33	76	4	182	33	25	18	22	1.96
814712--814970	99	2.6	99	73	6	238	33	25	18	22	1.96
817613--817663	17	3.1	16	72	13	50	56	5	0	37	1.23
818024--818085	31	2.0	32	87	6	92	46	1	0	51	1.10
818099--818143	21	2.0	23	87	8	67	31	0	0	68	0.89
819125--819151	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
823764--823817	20	2.8	20	91	2	83	31	12	18	37	1.89
825038--825091	23	2.3	24	81	12	67	55	1	9	33	1.42
825232--825281	25	2.0	25	88	0	73	48	0	2	50	1.12
825355--825398	19	2.3	19	82	17	56	52	0	2	45	1.13
829458--829490	16	2.1	16	94	0	57	57	3	0	39	1.14
829560--829657	33	2.9	34	73	16	96	47	1	1	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830425--830464	19	2.0	21	90	9	66	47	0	0	52	1.00
830426--830470	19	2.2	19	84	11	54	53	0	0	46	1.00
830631--830703	32	2.1	36	80	14	84	42	1	4	52	1.29
831761--832018	33	7.8	33	77	4	189	22	17	25	34	1.96
833571--833664	29	3.2	29	68	21	88	46	7	3	42	1.47
833552--833667	58	2.0	58	96	0	214	47	6	4	42	1.48
838221--838396	88	2.0	88	94	0	307	38	14	20	26	1.91
842279--842403	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
842279--842423	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
842412--842436	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13