genome.fa.s69.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold69
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2104606

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842477--842503	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
845840--846441	308	2.0	304	91	2	974	41	7	13	36	1.73
846418--846467	25	2.0	25	84	0	64	36	0	2	62	1.07
846798--846973	16	11.1	16	63	21	59	46	2	1	50	1.21
846886--846966	31	2.6	30	92	7	135	48	2	0	49	1.14
846909--846961	15	3.5	15	72	12	54	43	3	0	52	1.19
847216--847295	35	2.4	34	82	12	94	46	1	1	51	1.17
847264--847304	21	1.9	22	90	5	66	51	0	2	46	1.14
847309--847355	23	2.0	23	100	0	94	36	0	4	59	1.17
847718--847764	23	2.0	23	83	0	58	31	8	4	55	1.49
847831--847872	21	2.0	21	86	9	59	64	2	0	33	1.07
848074--848166	31	3.1	30	79	8	102	59	3	5	32	1.36
848103--848140	19	2.1	18	90	5	58	60	0	0	39	0.97
848796--848838	10	4.2	10	79	5	50	69	0	0	30	0.88
848790--848832	21	2.0	21	95	0	77	74	0	0	25	0.82
849146--849189	14	3.1	14	84	12	63	56	0	0	43	0.99
850944--851066	47	2.6	47	94	0	210	47	4	0	47	1.20
850981--851061	29	3.2	29	63	34	76	51	3	0	44	1.19
852094--852150	19	2.8	20	84	7	71	35	17	15	31	1.92
852240--852291	20	2.6	20	90	6	79	38	19	13	28	1.89
853589--853846	33	7.8	33	76	4	189	22	18	25	34	1.96
853946--854008	33	1.9	33	83	6	83	14	17	30	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854726--854811	28	3.1	27	79	12	86	65	0	3	31	1.10
854749--854811	18	3.5	17	77	14	63	66	0	1	31	1.01
859590--859770	52	3.5	52	94	0	317	28	17	18	35	1.93
859790--859848	21	2.8	21	100	0	118	33	10	16	38	1.83
869204--869327	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
869204--869347	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
869336--869360	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
869399--869436	20	1.9	19	94	5	67	52	10	10	26	1.68
870158--870589	49	9.1	49	83	10	522	32	17	25	24	1.97
870158--870589	92	4.5	94	83	7	485	32	17	25	24	1.97
870525--870657	66	2.0	66	98	0	257	31	19	23	25	1.98
870595--870749	43	3.5	43	84	10	220	30	20	25	24	1.98
870437--871071	158	4.0	158	96	1	1153	30	19	25	24	1.98
870687--870815	66	2.0	66	95	0	231	29	20	24	24	1.99
870753--870907	43	3.5	43	84	10	220	29	19	25	25	1.98
870796--871022	115	2.0	113	85	10	309	29	19	25	24	1.98
870845--870973	66	2.0	66	95	0	231	29	20	24	24	1.99
870907--871131	49	4.7	49	89	3	309	32	16	24	26	1.97
871131--871200	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
871185--871581	70	5.7	70	86	11	500	32	11	35	20	1.89
871185--871581	37	11.4	36	87	9	521	32	11	35	20	1.89
871185--871581	107	3.8	106	90	6	579	32	11	35	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871450--871605	63	2.5	64	88	5	237	30	14	32	23	1.94
873044--873146	1	103.0	1	75	0	89	0	1	10	87	0.63
873044--873146	10	10.1	10	82	13	122	0	1	10	87	0.63
873044--873143	16	6.4	15	79	16	114	0	2	11	87	0.64
882836--882862	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
886985--887108	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
886985--887128	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
887117--887141	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
887180--887217	20	1.9	19	94	5	67	52	10	10	26	1.68
887939--888370	49	9.1	49	83	10	522	32	17	25	24	1.97
887939--888370	92	4.5	94	83	7	485	32	17	25	24	1.97
888306--888438	66	2.0	66	98	0	257	31	19	23	25	1.98
888376--888530	43	3.5	43	84	10	220	30	20	25	24	1.98
888218--888852	158	4.0	158	96	1	1153	30	19	25	24	1.98
888468--888596	66	2.0	66	95	0	231	29	20	24	24	1.99
888534--888688	43	3.5	43	84	10	220	29	19	25	25	1.98
888577--888803	115	2.0	113	85	10	309	29	19	25	24	1.98
888626--888754	66	2.0	66	95	0	231	29	20	24	24	1.99
888688--888912	49	4.7	49	89	3	309	32	16	24	26	1.97
888912--888981	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
888966--889362	70	5.7	70	86	11	500	32	11	35	20	1.89
888966--889362	37	11.4	36	87	9	521	32	11	35	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888966--889362	107	3.8	106	90	6	579	32	11	35	20	1.89
889231--889386	63	2.5	64	88	5	237	30	14	32	23	1.94
890474--890603	61	2.2	59	83	4	154	37	13	26	23	1.91
890539--890776	113	2.1	113	81	3	273	39	13	24	22	1.90
890679--891664	52	18.6	52	72	8	312	37	14	22	25	1.92
890778--890948	61	2.8	62	78	1	164	33	12	27	26	1.92
890934--891664	104	7.0	104	83	1	768	38	14	21	25	1.91
890949--891668	156	4.6	155	79	4	660	38	14	20	25	1.91
891727--891949	32	7.0	32	77	8	174	22	18	31	27	1.97
891727--891949	64	3.5	62	79	8	227	22	18	31	27	1.97
891878--892035	30	5.3	29	80	10	131	31	13	28	26	1.94
891909--892022	59	1.9	60	84	8	153	34	13	26	26	1.93
892074--892137	31	2.1	31	82	5	76	39	15	23	21	1.92
894319--894366	24	2.0	24	84	8	62	29	0	2	68	1.01
894558--894598	19	2.4	17	88	12	57	43	2	0	53	1.13
895208--895248	17	2.2	20	84	16	54	51	2	2	43	1.28
895323--895380	25	2.4	24	83	11	66	46	3	0	50	1.18
895501--895550	19	2.5	20	76	20	52	34	6	2	58	1.34
895609--895659	21	2.4	21	83	6	59	62	1	0	35	1.06
895853--895919	28	2.3	29	77	12	75	61	2	5	29	1.35
896389--896424	16	2.2	17	90	5	56	52	0	0	47	1.00
896570--896616	2	23.5	2	95	0	85	48	2	0	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897567--897619	23	2.3	23	77	6	54	47	0	0	52	1.00
898527--898600	38	2.0	38	89	7	116	50	1	0	48	1.09
898539--898618	37	2.2	37	84	6	101	53	2	0	43	1.14
899199--899440	116	2.1	116	86	6	292	54	1	2	40	1.23
899926--899965	20	2.0	20	90	9	64	30	0	0	70	0.88
899803--900152	134	2.7	128	85	10	464	40	2	1	55	1.23
899970--900221	123	2.0	122	81	8	289	44	1	1	52	1.20
900770--900796	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
900916--900950	5	6.8	5	87	6	52	74	0	2	22	0.95
900902--900952	21	2.4	23	78	18	65	66	0	1	31	1.03
906229--906268	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
906737--906787	20	2.6	20	84	3	68	31	13	17	37	1.89
906816--906869	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
913009--913033	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
913142--913191	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
915870--916157	78	3.7	78	83	4	328	32	15	25	26	1.95
916104--916183	28	2.8	29	84	7	94	30	18	28	22	1.98
916114--916185	28	2.6	28	90	0	117	25	19	30	25	1.98
916035--916261	106	2.2	104	87	3	312	31	16	26	25	1.97
916144--916312	76	2.2	76	82	5	205	33	14	24	27	1.95
916193--916442	130	1.9	130	88	3	378	33	14	25	27	1.94
916299--916595	79	3.8	78	82	6	343	31	14	26	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916323--916544	76	2.9	76	85	6	295	33	14	25	26	1.94
916533--916694	51	3.2	51	85	4	195	32	8	27	31	1.86
917866--917899	17	2.0	17	100	0	68	47	17	23	11	1.81
919066--919133	20	3.8	20	70	25	78	39	13	19	27	1.89
919087--919145	13	5.0	13	69	23	58	38	13	16	30	1.88
919067--919145	33	2.4	33	95	0	149	39	13	17	29	1.89
919198--919249	21	2.6	21	84	6	72	36	15	9	38	1.80
919558--919594	19	1.9	19	100	0	74	32	16	13	37	1.87
920208--920258	20	2.6	19	84	6	66	35	13	15	35	1.87
920303--920332	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13