genome.fa.s69.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold69
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2104606

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985--2027	23	1.9	22	85	4	59	55	2	20	20	1.54
11015--11134	62	1.9	62	87	0	177	34	15	15	35	1.89
11864--12070	104	2.0	106	88	5	314	21	12	19	45	1.83
14051--14083	17	2.1	16	88	11	50	42	6	12	39	1.67
14354--14471	31	3.6	31	78	9	128	30	24	12	32	1.92
14400--14468	36	1.9	35	85	2	93	30	26	8	34	1.86
14822--14881	20	3.0	20	97	0	111	41	15	8	35	1.77
14983--15047	33	2.0	33	87	3	96	38	13	15	32	1.87
15662--15723	29	2.1	30	94	5	110	20	16	14	48	1.81
15665--15723	28	2.1	27	90	9	91	20	16	13	49	1.80
21124--21161	20	1.9	20	100	0	76	39	13	10	36	1.79
21106--21213	52	2.1	52	87	3	155	33	17	13	35	1.90
21261--21324	33	2.0	32	90	3	101	39	15	15	29	1.89
21419--21473	23	2.4	25	79	17	73	41	10	5	41	1.63
23554--23605	21	2.4	22	84	9	63	46	11	5	36	1.64
24002--24054	22	2.5	22	96	3	99	37	22	3	35	1.72
25689--25728	21	2.0	20	85	14	55	47	0	20	32	1.50
25699--25738	21	1.9	21	89	0	62	55	0	17	27	1.43
30546--30576	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
30524--30592	33	2.1	33	83	5	86	40	17	10	31	1.83
30621--30693	20	3.7	19	81	7	67	38	15	15	31	1.88
30642--30693	19	2.7	20	87	3	70	42	11	15	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33176--33240	33	2.0	33	87	6	96	33	16	15	33	1.91
33196--33220	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33270--33316	20	2.4	20	82	3	60	38	17	14	29	1.89
33310--33389	33	2.4	33	93	0	133	40	16	11	32	1.84
33339--33563	104	2.2	104	95	1	398	32	16	17	33	1.93
33448--33472	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35634--35681	20	2.5	20	89	3	71	81	0	12	6	0.87
35634--35681	10	4.9	9	78	16	51	81	0	12	6	0.87
36254--36303	19	2.5	20	81	12	59	52	4	4	40	1.39
37847--38017	77	2.2	77	98	0	333	25	22	11	40	1.88
42049--42187	52	2.7	51	82	4	163	43	12	13	30	1.81
42243--42309	20	3.3	20	85	2	89	32	20	7	38	1.81
45800--45846	21	2.2	21	92	0	76	46	10	12	29	1.76
45807--45876	21	3.3	21	82	4	79	45	11	14	28	1.79
48126--48152	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
49562--49599	12	3.2	12	85	10	51	36	5	5	52	1.47
49835--49984	71	2.1	71	91	3	241	30	12	16	40	1.86
57187--57306	51	2.3	53	81	7	147	39	10	21	29	1.86
57244--57472	80	2.9	80	77	7	229	35	12	23	28	1.92
61157--61209	24	2.3	23	87	9	72	5	5	13	75	1.16
61158--61209	8	6.6	8	83	14	56	5	5	13	75	1.18
65592--65623	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73423--73453	16	1.9	16	93	0	53	51	0	3	45	1.17
75353--75426	37	2.0	37	89	0	112	41	2	6	48	1.44
76454--76610	72	2.2	74	82	7	189	47	7	5	40	1.53
77610--77639	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
80035--80079	23	2.0	23	100	0	90	42	22	13	22	1.88
83973--84003	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
84469--84523	17	3.4	17	75	25	64	56	3	0	40	1.17
84950--84990	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
85253--85345	39	2.4	39	81	3	107	40	2	12	44	1.55
85348--85757	166	2.5	163	83	2	482	42	8	15	33	1.76
85824--86020	92	2.2	92	82	2	236	41	7	18	32	1.77
86136--86247	45	2.5	45	85	7	149	20	12	8	58	1.59
89750--89798	21	2.3	22	80	16	59	34	2	4	59	1.28
91117--91453	180	1.9	179	87	4	500	42	12	12	32	1.81
92577--92618	21	2.0	21	81	9	50	4	21	11	61	1.48
93036--93127	42	2.2	42	82	5	116	46	8	19	25	1.78
93066--93156	29	3.1	29	69	12	87	46	9	18	25	1.80
93045--93176	58	2.3	58	92	2	214	46	8	18	25	1.77
93104--93176	15	5.0	15	75	9	62	49	9	17	23	1.76
93045--93173	14	9.1	14	72	13	93	46	8	19	25	1.78
93260--93295	3	13.0	3	83	16	51	30	0	0	69	0.89
93256--93295	19	2.2	18	95	4	71	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93297--93341	6	7.7	6	83	11	58	0	2	13	84	0.72
93294--93339	13	3.7	12	82	8	56	0	2	13	84	0.71
93892--93942	22	2.3	22	83	9	68	1	21	0	76	0.88
93902--93949	12	4.1	12	75	5	53	2	25	2	70	1.09
93893--93942	23	2.2	23	89	3	75	2	20	0	78	0.86
94597--94634	20	1.9	20	94	0	67	42	13	10	34	1.78
95207--95258	27	1.9	27	84	7	70	26	3	17	51	1.62
101345--101369	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101325--101394	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
101435--101459	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101468--101588	52	2.3	52	95	0	215	35	18	17	28	1.93
106112--106241	64	2.0	65	89	4	201	45	7	13	33	1.71
113645--113707	32	2.0	32	83	0	81	30	6	23	39	1.80
115350--115459	41	2.7	41	97	0	202	33	28	16	21	1.95
129664--129798	70	2.0	67	86	4	189	37	27	5	29	1.80
135008--135048	3	13.7	3	100	0	82	68	0	31	0	0.90
135383--135416	6	5.7	6	100	0	68	17	0	50	32	1.47
135935--135970	10	3.7	10	88	7	56	61	2	0	36	1.11
136310--136352	16	2.8	16	86	13	56	53	0	0	46	1.00
138556--138605	22	2.2	23	82	3	57	50	2	0	48	1.12
138932--139332	72	5.5	73	79	2	351	30	25	14	28	1.95
138932--139330	145	2.8	144	77	4	365	30	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139617--140062	74	6.0	72	76	8	308	32	27	11	29	1.91
140008--140118	57	2.0	56	82	5	134	30	33	8	27	1.86
140346--140397	26	2.0	27	96	3	97	50	19	15	15	1.79
141460--141520	21	2.9	21	78	7	70	29	19	4	45	1.71
143655--143860	91	2.3	89	78	9	204	29	21	11	37	1.89
149567--150021	36	12.6	36	76	8	343	36	20	9	33	1.86
149577--150154	72	8.1	72	74	7	381	36	20	10	32	1.86
149577--150009	108	4.0	106	79	7	397	36	20	9	33	1.85
149596--150004	146	2.8	143	81	2	381	36	20	9	33	1.85
152066--152365	157	1.9	157	85	2	415	39	20	14	25	1.90
152684--153374	151	4.6	151	84	3	795	40	11	11	37	1.77
153098--153127	11	2.7	11	89	0	51	23	0	3	73	0.98
152724--153382	303	2.2	301	85	3	883	40	10	10	37	1.75
154532--155365	167	5.1	164	82	5	857	50	9	9	30	1.67
154532--155317	164	4.8	163	82	6	838	50	9	9	29	1.67
156439--156890	110	4.0	110	78	9	375	37	9	10	42	1.72
156439--156881	223	2.0	220	82	10	513	38	9	9	42	1.71
161749--161783	17	2.1	17	88	0	52	40	22	5	31	1.78
163470--163684	107	2.0	107	99	0	421	43	9	9	37	1.70
166448--166492	21	2.1	21	87	0	63	31	6	22	40	1.80
176745--176798	21	2.6	21	84	0	72	46	12	11	29	1.77
178263--178301	18	2.2	18	86	9	53	76	0	7	15	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185066--185097	6	5.3	6	96	0	55	21	12	34	31	1.91
190926--190971	21	2.2	21	96	0	83	45	4	23	26	1.71
203938--203983	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
204376--204437	2	32.0	2	84	12	85	48	1	0	50	1.10
204507--204538	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
206376--206406	2	15.5	2	93	0	53	51	0	48	0	1.00
210596--210620	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
211244--211273	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
212541--212614	32	2.5	28	75	21	71	41	6	4	47	1.49
212912--212973	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13