genome.fa.s69.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold69
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2104606

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1365951--1366083	27	4.7	27	82	14	135	28	18	33	19	1.95
1365969--1366035	34	2.0	34	90	0	107	34	13	34	17	1.89
1366064--1366247	31	5.9	31	84	8	230	30	15	28	25	1.95
1366064--1366247	64	2.9	65	84	8	236	30	15	28	25	1.95
1366064--1366247	95	2.0	93	90	2	287	30	15	28	25	1.95
1369538--1369562	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1369601--1369690	13	6.0	13	71	26	63	34	16	14	34	1.89
1369615--1369711	19	5.8	18	72	27	97	37	17	12	32	1.87
1369602--1369709	32	3.4	32	97	0	198	35	17	13	33	1.90
1370462--1370932	43	9.7	52	74	13	360	31	18	25	24	1.97
1370519--1370587	22	3.2	22	70	12	61	30	18	23	27	1.98
1370517--1370577	22	2.8	22	73	11	63	31	18	22	27	1.97
1370465--1370936	95	4.9	94	83	9	551	31	18	25	24	1.97
1370614--1370682	22	3.2	22	70	12	61	30	18	23	27	1.98
1370612--1370672	22	2.8	22	73	11	63	31	18	22	27	1.97
1370465--1370942	197	2.5	198	84	6	597	32	17	25	24	1.97
1370648--1370942	49	5.9	52	80	10	316	32	16	26	24	1.96
1370655--1370942	146	1.9	148	82	8	359	32	17	25	24	1.97
1370947--1371052	28	3.6	30	74	19	107	18	18	30	32	1.96
1371067--1371257	34	5.6	35	78	9	180	36	10	31	21	1.88
1371053--1371257	68	3.0	67	80	6	207	36	10	31	21	1.88
1371262--1371366	29	3.6	28	84	6	129	19	18	30	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1371252--1371369	28	4.0	30	84	6	161	22	16	30	31	1.95
1371252--1371377	58	2.2	59	84	2	166	22	15	31	30	1.95
1386574--1386863	140	2.0	143	83	7	360	29	10	16	43	1.82
1387511--1387998	155	3.1	155	77	8	411	25	16	18	39	1.91
1388963--1389142	97	1.9	95	81	9	222	40	11	20	28	1.87
1391446--1391584	52	2.7	51	85	1	188	43	10	15	30	1.81
1391640--1391692	20	2.6	20	78	3	61	33	18	9	37	1.83
1398866--1398937	20	3.6	20	75	7	83	29	18	13	38	1.89
1398903--1399039	52	2.7	51	89	3	195	25	17	11	45	1.82
1405403--1405475	32	2.3	32	82	0	83	10	6	31	50	1.64
1405579--1405624	24	1.9	24	82	8	58	34	2	0	63	1.07
1405549--1405613	29	2.2	29	83	5	78	38	1	0	60	1.07
1405640--1405679	18	2.2	18	90	0	62	50	0	2	47	1.14
1408620--1408719	18	5.8	18	73	9	91	45	5	6	44	1.50
1408620--1408766	16	8.8	16	72	12	73	42	5	6	44	1.53
1408645--1408766	36	3.6	32	89	6	138	40	4	6	47	1.51
1408849--1408874	13	2.0	13	100	0	52	61	15	15	7	1.55
1413556--1413603	18	2.7	18	80	0	60	35	10	8	45	1.68
1413618--1413673	16	3.5	16	82	0	67	39	5	5	50	1.48
1414139--1414189	14	3.4	14	73	21	50	64	0	0	35	0.94
1414146--1414193	25	2.0	24	83	4	60	62	0	0	37	0.95
1418285--1418311	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418427--1418487	22	2.8	22	82	5	61	63	0	3	32	1.10
1418534--1418580	21	2.1	21	88	7	67	65	2	0	31	1.04
1418807--1418843	18	2.1	17	90	5	56	54	0	0	45	1.00
1419107--1419143	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1419289--1419320	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1419859--1419889	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1420410--1420624	27	8.4	27	70	24	130	43	0	0	55	1.07
1420405--1420624	68	3.9	55	74	22	163	44	0	0	55	1.07
1420412--1420608	68	2.8	68	91	6	299	44	0	0	54	1.07
1421570--1421754	88	2.1	88	89	0	280	56	11	5	27	1.56
1422779--1422804	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1422957--1423029	16	4.8	15	73	17	62	47	1	0	50	1.09
1425184--1425217	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1429399--1429430	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
1430189--1430237	19	2.5	19	80	3	53	36	4	2	57	1.30
1430277--1430364	33	2.7	32	77	11	90	57	0	1	40	1.06
1431288--1431335	24	2.0	24	84	12	62	62	2	0	35	1.07
1431731--1431775	23	1.9	23	90	4	72	20	4	11	64	1.42
1432174--1432212	16	2.5	16	91	4	62	64	0	2	33	1.08
1433597--1433630	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1435117--1435153	18	1.9	18	89	10	56	37	5	2	54	1.38
1437022--1437175	48	3.3	47	78	3	166	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1437024--1437196	94	1.8	96	81	5	217	35	13	13	38	1.83
1437936--1437988	20	2.6	21	90	6	90	41	9	16	32	1.81
1438994--1439032	21	1.9	20	89	5	60	23	20	10	46	1.81
1440014--1440039	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1439994--1440057	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1440133--1440173	20	2.0	20	85	0	55	24	9	17	48	1.76
1440777--1440865	44	2.0	44	100	0	178	38	21	6	33	1.80
1440793--1440874	23	3.7	23	66	12	71	40	20	4	34	1.74
1442651--1442689	13	3.0	13	88	0	60	35	12	17	33	1.88
1442675--1442754	20	3.8	20	73	15	70	43	15	15	26	1.85
1448959--1449014	20	2.8	20	88	0	76	30	16	16	37	1.90
1450778--1450842	19	3.8	18	75	24	77	33	12	16	36	1.87
1450780--1450887	32	3.4	32	88	5	164	34	15	17	32	1.92
1450799--1450823	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1451172--1451296	51	2.4	50	84	9	162	32	24	11	32	1.90
1451230--1451540	103	2.9	102	82	8	329	27	27	15	29	1.96
1451383--1451457	27	2.7	27	81	6	89	25	32	18	24	1.97
1453498--1453709	110	1.9	110	91	0	343	25	26	14	33	1.95
1455028--1455669	79	8.2	79	80	6	637	32	12	24	30	1.92
1454981--1455668	158	4.4	156	80	8	767	33	11	24	30	1.91
1455179--1455632	230	2.0	230	83	6	589	33	12	24	29	1.92
1455604--1455720	51	2.3	50	85	5	164	34	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1455745--1456260	158	3.3	156	82	5	619	33	11	25	30	1.91
1455745--1456256	237	2.2	234	84	4	645	32	11	25	30	1.92
1455751--1456260	79	6.5	79	80	5	550	33	11	25	29	1.92
1458642--1458671	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
1458653--1458709	20	2.8	20	97	0	105	45	12	14	28	1.80
1459376--1459459	42	2.0	43	88	2	125	46	14	20	19	1.84
1459377--1459481	42	2.5	42	82	1	120	39	19	21	20	1.93
1459463--1460200	61	12.2	61	83	3	814	27	19	26	26	1.99
1461055--1461083	12	2.5	12	94	5	51	0	17	0	82	0.66
1461078--1461130	10	5.6	10	84	13	76	1	0	15	83	0.74
1461077--1461130	17	3.0	17	81	10	63	1	0	14	83	0.73
1461079--1461136	17	3.2	17	85	9	62	1	1	15	81	0.86
1461414--1461438	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
1473209--1473915	79	8.9	79	83	1	747	35	12	23	28	1.92
1473224--1473914	237	2.9	236	84	4	874	35	12	23	28	1.92
1473771--1474115	189	1.8	189	85	1	494	36	11	22	29	1.89
1473960--1474212	79	3.2	78	86	5	357	33	12	23	29	1.92
1474167--1474240	28	2.6	28	95	0	130	28	18	27	25	1.98
1474090--1474316	107	2.1	107	87	5	325	32	13	25	28	1.93
1474012--1474398	186	2.1	186	99	0	756	33	12	24	29	1.93
1474187--1474775	79	7.5	79	81	5	479	34	12	24	28	1.92
1474198--1474775	237	2.4	238	84	3	747	33	12	24	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1474198--1474775	158	3.7	158	88	2	786	33	12	24	28	1.92
1477134--1477185	20	2.6	20	90	0	86	48	15	11	25	1.78
1481695--1481790	49	1.9	50	85	2	131	28	19	12	39	1.88
1484187--1484803	79	7.9	79	77	5	491	28	24	12	34	1.92
1484187--1484803	160	3.9	159	78	5	594	28	24	12	34	1.92
1484741--1484854	51	2.2	52	85	4	160	28	25	10	35	1.89
1484658--1484911	130	2.0	129	82	5	307	27	24	12	35	1.92
1484786--1485069	79	3.6	77	75	7	250	28	20	12	38	1.89
1497352--1497402	10	5.2	10	78	4	50	84	3	7	3	0.86
1498369--1498695	61	5.4	61	84	2	394	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13