genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  1  of  33  ( 3929 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1854--1888	13	2.7	13	95	0	61	37	17	17	28	1.92
8085--8110	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8065--8128	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
9897--9937	21	1.9	22	85	5	57	39	2	0	58	1.11
14301--14346	10	4.7	10	83	2	58	47	6	4	41	1.49
16192--16416	114	2.0	114	90	0	360	35	13	21	29	1.92
19468--19608	52	2.7	53	87	4	198	35	18	15	30	1.92
26682--26723	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
28155--28194	20	2.0	21	95	5	73	30	17	15	37	1.90
30716--30743	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
36853--36903	20	2.5	21	84	12	70	33	21	11	33	1.90
36932--36986	19	2.8	20	78	13	69	34	16	16	32	1.91
37594--37677	26	3.3	26	84	3	116	33	7	16	42	1.75
39988--40056	23	3.0	23	86	2	75	57	28	11	1	1.42
40002--40056	23	2.4	23	93	0	92	60	30	9	0	1.28
41913--41962	19	2.6	19	87	3	64	30	16	14	40	1.87
41992--42045	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
45332--45356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45312--45378	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
45420--45444	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
45433--45581	52	2.9	51	88	4	226	33	16	17	32	1.93
51556--51584	11	2.5	12	88	11	51	34	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51698--51750	19	2.7	19	85	2	61	37	11	13	37	1.80
54039--54082	22	2.0	22	86	4	63	40	9	9	40	1.68
54182--54243	33	1.9	33	90	3	99	33	12	11	41	1.79
57013--57044	15	2.2	15	94	5	57	84	0	15	0	0.63
58803--58994	88	2.2	90	85	3	255	31	25	15	28	1.95
59128--59820	47	14.6	47	78	5	531	22	19	16	41	1.90
59207--59390	93	2.0	94	81	3	219	23	21	15	39	1.92
59854--60060	44	4.7	44	79	9	197	24	21	13	41	1.88
59787--60055	132	2.0	133	87	2	389	22	21	13	42	1.87
59787--60061	88	3.1	87	73	10	227	23	20	13	42	1.87
60967--60996	12	2.6	12	94	5	53	53	46	0	0	1.00
60996--61176	85	2.1	85	87	0	263	47	26	13	12	1.78
61199--61275	23	3.3	23	81	3	75	63	20	9	6	1.46
61200--61259	23	2.6	23	89	0	84	63	21	8	6	1.45
61859--61898	13	3.1	13	88	0	62	35	15	15	35	1.88
61872--61934	32	2.0	31	93	3	108	33	14	15	36	1.88
61968--61993	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70185--70235	26	2.0	26	92	0	84	39	3	11	45	1.59
70185--70243	26	2.3	26	87	0	82	37	5	13	44	1.66
70665--70703	19	2.1	19	100	0	78	33	0	15	51	1.44
71225--71272	14	3.9	13	75	22	50	41	0	0	58	0.98
71853--71938	44	1.9	45	83	2	111	38	13	17	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71995--72034	21	1.9	21	90	10	64	35	0	0	65	0.93
78494--78519	10	2.6	10	100	0	52	34	26	11	26	1.91
88099--88147	25	2.0	25	84	8	64	28	14	16	40	1.87
88844--88887	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
92785--92815	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
94619--94663	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
105235--105286	20	2.7	20	87	3	70	30	9	19	40	1.83
105368--105392	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107451--107614	82	2.0	82	100	0	328	24	17	28	30	1.97
114091--114154	33	2.0	33	90	3	103	25	12	21	40	1.88
114236--114260	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
117218--117482	29	9.2	29	80	6	209	27	27	15	29	1.96
117214--117475	58	4.6	58	76	7	230	26	28	15	29	1.96
117477--117620	59	2.4	59	86	2	173	29	26	20	23	1.99
117946--118044	52	1.9	52	85	4	137	28	23	16	32	1.96
118554--118607	25	2.1	25	83	10	65	40	16	14	27	1.88
120412--120759	143	2.5	140	80	6	371	42	11	11	34	1.77
121712--121752	18	2.2	19	87	12	59	14	9	7	68	1.39
128074--128111	20	1.9	20	94	0	67	26	13	10	50	1.73
133284--133347	33	2.0	32	90	3	101	28	12	21	37	1.90
133304--133328	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
133389--133441	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135379--135426	21	2.3	21	96	0	87	25	4	27	43	1.72
135762--135802	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
135936--135971	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
143454--143507	20	2.7	21	83	13	69	31	12	18	37	1.89
152291--152340	25	2.0	25	92	0	82	38	2	28	32	1.68
157602--157653	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
157735--157759	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
157879--157920	23	2.0	21	86	13	59	38	14	7	40	1.73
162528--162552	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
165852--165891	21	2.0	20	85	5	53	35	2	10	52	1.48
166514--166566	7	8.0	7	83	6	58	71	0	0	28	0.86
166514--166560	13	3.5	14	80	8	53	70	0	0	29	0.88
166515--166568	20	2.7	19	88	8	81	68	0	0	31	0.90
167159--167198	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
167603--167648	23	2.0	23	91	0	74	50	2	0	47	1.13
167575--167632	16	3.6	16	72	9	55	51	3	3	41	1.35
169619--169664	20	2.4	20	85	7	60	58	0	0	41	0.98
173788--173834	20	2.4	19	86	13	60	36	14	10	38	1.81
174457--174533	22	3.5	22	82	3	93	25	29	3	40	1.74
174457--174530	21	3.4	21	76	12	78	27	29	4	39	1.75
178326--178378	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
178430--178455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187057--187113	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
187099--187127	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
187115--187167	20	2.6	21	78	3	63	41	15	15	28	1.87
187219--187244	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
196827--196895	35	2.0	35	88	2	104	28	23	13	34	1.92
197409--197474	33	2.0	33	82	5	80	39	16	13	30	1.87
199594--199635	22	1.9	22	95	0	75	11	14	47	26	1.78
209197--209262	35	1.9	34	93	3	114	33	22	10	33	1.89
209775--209812	20	2.1	19	85	14	53	28	10	13	47	1.76
221250--221288	20	1.9	21	94	5	71	43	20	15	20	1.88
221297--221321	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
221279--221340	32	1.9	33	90	3	99	32	16	14	37	1.89
224968--225000	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
230977--231018	21	2.0	21	95	0	75	54	4	16	23	1.61
232907--232971	32	2.0	32	87	3	94	27	16	15	40	1.89
232936--232993	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
233038--233068	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
233022--233088	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
241114--241165	19	2.5	22	75	18	65	36	3	40	19	1.70
241709--241735	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
241690--241754	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
241821--241851	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246313--246361	24	2.0	25	84	7	66	53	0	0	46	1.00
246736--246854	30	4.0	29	81	8	150	60	0	0	38	1.03
246750--246803	18	2.9	18	72	2	54	64	0	1	33	1.04
246736--246854	61	2.0	59	88	8	179	60	0	0	38	1.03
246736--246879	60	2.4	59	84	13	181	58	0	1	40	1.07
247205--247237	16	1.9	18	88	11	52	12	36	0	51	1.39
248775--248800	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
251206--251245	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
251206--251248	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
251263--251317	18	2.9	19	78	10	60	49	1	0	49	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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