genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  15  of  33  ( 3929 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343977--2344044	20	3.2	21	74	17	70	47	0	0	52	1.00
2343983--2344051	20	3.5	20	72	16	63	49	0	0	50	1.00
2352261--2352293	3	11.3	3	93	6	59	63	0	0	36	0.95
2354551--2354615	33	2.1	33	83	13	84	69	3	1	26	1.12
2354559--2354615	16	3.5	17	75	13	57	66	3	1	28	1.18
2355904--2355950	24	2.0	24	86	0	67	48	0	0	51	1.00
2355903--2355963	31	2.0	31	90	3	97	45	0	0	54	1.00
2357274--2357319	20	2.4	18	83	13	65	32	8	8	50	1.64
2360020--2360057	20	1.9	19	89	5	58	26	7	52	13	1.67
2361313--2361414	41	3.0	31	69	25	80	53	1	0	43	1.18
2361428--2361471	23	1.9	24	86	9	65	61	2	0	36	1.09
2361733--2361771	15	2.5	15	83	4	51	69	2	0	28	1.02
2368875--2368916	15	2.9	15	89	3	59	40	4	30	23	1.75
2373067--2373091	5	5.0	5	100	0	50	0	0	60	40	0.97
2374075--2374148	32	2.2	32	80	11	85	54	0	1	44	1.08
2374854--2374960	10	11.1	10	66	22	59	43	0	0	55	1.06
2375626--2375701	33	2.3	32	78	10	82	39	1	2	56	1.21
2375685--2375725	17	2.4	17	80	19	50	31	0	0	68	0.90
2378306--2378340	18	1.9	18	88	0	52	14	11	45	28	1.79
2381022--2381066	23	1.9	23	86	4	63	35	0	0	64	0.94
2381057--2381115	26	2.2	28	76	14	70	40	1	5	52	1.33
2381099--2381129	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381694--2381736	16	2.7	15	85	7	59	55	9	0	34	1.32
2381907--2381947	15	2.7	15	84	0	55	63	0	0	36	0.95
2381898--2381986	15	5.7	15	72	10	54	56	3	0	40	1.16
2381898--2381986	47	1.9	46	81	6	108	56	3	0	40	1.16
2381932--2382004	36	2.0	35	86	5	101	50	4	0	45	1.20
2382207--2382231	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2382206--2382258	17	3.1	17	76	17	56	33	0	0	66	0.92
2382205--2382264	13	4.7	12	74	25	52	33	0	0	66	0.92
2382216--2382280	34	2.0	34	82	11	82	35	0	0	64	0.94
2382280--2382340	18	3.6	17	70	16	56	34	0	1	63	1.04
2382204--2382308	47	2.1	52	81	8	121	33	0	0	65	0.99
2382353--2382403	20	2.5	21	84	9	70	62	1	0	35	1.06
2382362--2382414	28	1.9	27	88	3	79	60	0	0	39	0.97
2382413--2382444	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
2382483--2382563	32	2.6	31	84	9	94	41	0	0	58	0.98
2383402--2383445	13	3.3	13	84	12	54	45	0	9	45	1.35
2383748--2383799	27	1.9	27	88	0	77	55	7	5	30	1.52
2385766--2385794	14	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
2387093--2387145	10	5.2	10	78	10	54	58	0	0	41	0.98
2387908--2387945	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
2389167--2389201	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2389396--2389424	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391774--2391811	20	1.9	20	89	10	60	47	2	0	50	1.15
2393012--2393042	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
2394691--2394726	17	2.1	17	89	0	54	52	5	0	41	1.24
2394968--2394992	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2401473--2401530	24	2.4	25	80	8	75	50	0	0	50	1.00
2404336--2404390	24	2.2	25	83	3	67	47	0	0	52	1.00
2404662--2404690	15	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
2405986--2406016	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
2407856--2408114	79	3.3	79	81	3	281	30	19	13	36	1.90
2411842--2411867	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2411919--2411971	20	2.6	21	84	3	72	30	15	13	41	1.85
2411959--2411983	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2413060--2413084	12	2.1	12	100	0	50	8	16	8	68	1.38
2414031--2414056	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2419936--2419965	12	2.5	12	94	0	51	33	0	23	43	1.54
2420567--2420619	22	2.5	21	81	6	70	45	13	5	35	1.67
2424612--2424666	26	2.1	26	83	12	69	54	1	1	41	1.21
2424693--2424732	12	2.8	15	75	25	50	40	0	0	60	0.97
2424930--2424969	16	2.5	16	95	0	71	37	5	0	57	1.21
2433957--2433995	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2434567--2434623	25	2.2	26	81	12	73	50	0	0	49	1.00
2434895--2434934	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434891--2434953	24	2.6	25	80	11	69	46	0	1	52	1.10
2435174--2435207	14	2.6	13	90	9	52	50	11	2	35	1.54
2435752--2435792	22	1.9	21	85	5	55	46	0	0	53	1.00
2438284--2438309	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2450822--2450857	14	2.6	14	95	0	63	44	5	0	50	1.25
2455635--2455662	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2456439--2456500	25	2.7	22	85	9	72	30	3	0	66	1.08
2457691--2457723	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2459976--2460018	17	2.5	17	88	0	59	41	0	0	58	0.98
2463254--2463300	24	2.0	23	83	4	58	48	2	0	48	1.13
2464431--2464457	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
2466183--2466228	25	1.9	24	82	8	58	32	19	13	34	1.90
2468947--2468982	14	2.6	14	91	8	56	61	0	0	38	0.96
2469070--2469122	20	2.4	23	79	20	69	41	1	0	56	1.10
2469805--2469898	45	2.0	44	84	10	116	48	2	0	48	1.13
2470451--2470475	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2471249--2471289	18	2.3	18	91	0	64	21	36	21	19	1.95
2471267--2471454	57	3.3	57	89	3	245	26	24	23	25	2.00
2471497--2471538	18	2.3	18	91	0	66	26	11	38	23	1.90
2471831--2471868	14	2.6	14	95	4	67	42	0	7	50	1.31
2473250--2473280	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2473542--2473585	24	1.9	23	86	9	63	50	0	13	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474096--2474125	12	2.5	12	100	0	60	33	10	13	43	1.77
2475455--2475479	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2475432--2475499	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
2476017--2476054	18	2.1	18	90	9	60	60	0	0	39	0.97
2476441--2476768	179	1.9	172	79	8	374	43	5	10	41	1.61
2477875--2477908	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2478988--2479029	19	2.4	17	84	11	57	54	2	0	42	1.13
2478989--2479029	18	2.2	18	91	4	64	56	2	0	41	1.13
2479404--2479435	2	16.0	2	93	0	55	3	46	0	50	1.17
2479463--2479538	39	2.0	37	82	12	91	35	1	1	61	1.12
2479485--2479560	27	2.8	28	80	13	79	34	0	1	64	1.02
2479526--2479618	25	3.6	25	76	13	75	40	0	3	55	1.16
2479608--2479649	22	2.0	22	90	4	68	47	0	0	52	1.00
2479736--2479773	20	2.0	19	90	10	60	42	0	0	57	0.98
2480166--2480235	27	2.4	30	76	11	74	37	2	0	60	1.12
2481471--2481502	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
2491339--2491393	25	2.2	25	86	0	74	32	9	49	9	1.66
2495035--2495059	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2496128--2496351	74	3.0	74	82	4	281	30	33	15	20	1.94
2496378--2496425	18	2.4	22	80	16	59	45	0	0	54	0.99
2496412--2496454	22	2.0	22	90	9	70	65	0	0	34	0.93
2496860--2496899	2	20.0	2	94	0	71	50	0	47	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501388--2501566	11	16.6	11	71	16	110	37	2	0	59	1.10
2501388--2501566	6	31.2	6	62	27	52	37	2	0	59	1.10
2501397--2501464	19	3.6	19	77	13	68	38	0	0	61	0.96
2501423--2501501	26	2.9	26	77	19	81	43	1	0	55	1.07
2501427--2501464	18	2.1	19	90	5	60	44	0	0	55	0.99
2502957--2503004	16	3.0	16	84	0	60	56	6	0	37	1.25
2516994--2517086	48	2.0	47	86	2	132	49	2	6	41	1.40
2518293--2518321	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
2518529--2518590	16	4.0	16	74	16	58	40	0	1	58	1.08
2518527--2518585	30	2.0	30	90	6	93	35	0	1	62	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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