genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  6  of  33  ( 3929 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868283--868307	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
868263--868330	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
869172--869269	51	1.9	52	87	2	144	31	22	7	38	1.81
872603--872627	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
872583--872646	33	2.0	32	87	3	92	28	14	20	37	1.91
872762--872800	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
874796--875150	165	2.2	164	81	4	394	32	11	7	48	1.67
877097--877447	155	2.3	154	85	5	476	25	19	20	35	1.96
877325--877576	128	2.0	128	88	3	373	24	20	20	34	1.96
878977--879015	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
879619--879711	32	2.8	33	80	15	118	33	13	23	29	1.94
879619--879705	36	2.5	36	85	7	110	32	14	24	28	1.95
881284--881327	21	2.1	21	87	8	63	59	0	20	20	1.39
884935--884959	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
891219--891245	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
894916--894959	20	2.2	20	84	8	54	29	11	25	34	1.91
895315--895407	36	2.8	32	81	15	109	30	13	26	29	1.95
896226--896425	35	5.7	35	86	0	247	22	22	13	41	1.88
896226--896449	70	3.2	70	85	2	281	23	22	12	41	1.88
896226--896418	105	1.8	105	90	0	314	22	22	12	41	1.88
896226--896449	35	6.4	34	83	7	238	23	22	12	41	1.88
896226--896466	105	2.3	104	84	5	297	23	22	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896434--896544	46	2.4	46	86	0	150	20	23	11	44	1.84
898370--898398	10	3.0	10	95	5	51	27	0	0	72	0.85
900083--900585	154	3.3	155	83	3	595	26	17	19	35	1.94
903811--904314	166	3.1	161	83	10	641	27	9	7	55	1.59
904954--904986	11	3.0	11	95	0	57	84	0	15	0	0.61
905957--906274	141	2.3	141	89	2	480	32	14	14	38	1.86
906448--907134	156	4.4	155	82	4	742	24	17	20	38	1.93
906723--907209	156	3.1	157	82	5	472	25	18	20	36	1.95
913331--913383	17	3.0	17	78	13	54	43	0	5	50	1.25
914460--914587	17	7.7	16	72	14	66	38	10	9	42	1.71
915807--915843	9	3.9	9	89	10	56	83	0	16	0	0.64
915807--915843	19	1.9	19	89	10	58	83	0	16	0	0.64
916367--916406	21	1.9	21	84	0	53	22	2	10	65	1.35
916619--916651	16	2.0	17	88	5	50	69	3	0	27	1.03
919892--919917	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
924651--924680	12	2.4	13	94	5	53	73	0	0	26	0.84
924740--924787	21	2.3	22	78	10	55	54	10	2	33	1.46
926115--926187	20	3.7	19	85	7	76	38	16	15	30	1.89
935023--935053	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
935001--935069	33	2.1	33	86	5	95	36	17	13	33	1.88
935098--935153	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
936226--936539	106	2.9	103	84	7	371	37	9	21	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941365--941394	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
965011--965037	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
967468--967525	12	4.8	12	75	8	55	63	8	0	27	1.23
968568--968812	130	1.8	130	84	6	314	48	4	7	38	1.52
968891--968942	22	2.3	22	76	3	59	36	5	5	51	1.50
969984--970062	16	4.9	16	76	4	88	55	3	1	39	1.26
973308--973361	20	2.7	20	91	0	81	37	14	14	33	1.88
974307--974344	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
975378--975402	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
975456--975510	20	2.7	21	80	2	67	27	14	14	43	1.84
977490--977542	20	2.5	21	81	12	63	5	28	47	18	1.72
979709--979833	27	4.9	24	76	13	106	20	7	25	46	1.76
979766--979835	24	2.8	25	89	6	99	21	8	25	44	1.80
984303--984427	27	4.9	24	75	13	106	20	8	25	45	1.78
984360--984429	24	2.8	24	87	6	88	21	10	25	42	1.84
989170--989195	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
989150--989215	33	2.0	32	88	2	96	33	12	19	34	1.89
989247--989301	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
990452--990492	14	3.0	14	75	17	50	68	2	0	29	1.03
990480--990520	22	1.9	21	85	14	57	58	0	2	39	1.11
990746--990833	44	2.0	44	97	0	167	47	15	12	23	1.80
991791--991822	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
992169--992247	33	2.5	33	87	6	110	22	25	15	36	1.93
998460--998488	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1003416--1003537	60	2.0	60	100	0	244	37	12	22	27	1.90
1004597--1004642	5	9.4	5	90	4	76	41	2	0	56	1.11
1007980--1008076	20	4.7	20	75	16	81	35	13	16	35	1.88
1007980--1008076	43	2.3	40	84	8	115	35	13	16	35	1.88
1009231--1009470	95	2.5	95	80	9	231	45	3	5	45	1.42
1009863--1009910	21	2.2	21	82	10	53	29	10	10	50	1.70
1011659--1011734	22	3.4	22	82	7	91	47	25	3	23	1.69
1011666--1011736	23	3.1	22	84	8	90	47	25	5	21	1.72
1012702--1012997	7	41.3	7	67	16	103	5	19	0	75	1.04
1012691--1012994	8	36.6	8	67	16	86	5	19	0	74	1.05
1012770--1012842	12	5.9	12	77	15	51	2	20	0	76	0.90
1012741--1012986	131	1.9	129	80	12	288	4	20	0	74	1.03
1012798--1012937	73	1.9	75	88	5	214	5	22	0	72	1.04
1014696--1014735	21	1.9	21	84	0	53	32	5	5	57	1.42
1016235--1016287	21	2.5	22	84	9	74	45	5	7	41	1.56
1017159--1017227	28	2.5	27	83	6	84	37	10	5	46	1.62
1017250--1017880	28	22.4	28	70	11	240	37	9	6	47	1.61
1017250--1017450	55	3.6	54	76	14	187	39	9	4	46	1.58
1017498--1017741	111	2.2	112	80	6	271	40	9	5	44	1.59
1017672--1017897	82	2.7	81	76	10	206	36	9	7	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1017558--1017897	110	3.1	110	76	7	273	38	9	7	45	1.64
1018336--1018379	12	4.0	11	85	8	63	81	0	18	0	0.68
1018335--1018378	8	5.4	8	83	5	52	84	0	15	0	0.63
1018339--1018372	4	8.8	4	90	6	52	82	0	17	0	0.67
1042888--1042920	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
1048361--1048402	14	2.7	15	89	10	59	30	4	0	64	1.14
1048361--1048401	8	5.2	8	80	14	50	31	2	0	65	1.05
1049669--1049698	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
1057483--1057618	70	1.9	70	96	0	254	44	7	10	38	1.67
1060403--1060453	2	25.5	2	91	0	84	47	0	3	49	1.20
1061169--1061214	18	2.5	19	82	10	60	63	0	0	36	0.95
1061434--1061469	17	2.1	17	100	0	72	41	16	11	30	1.83
1061576--1061639	11	5.8	11	71	12	51	34	1	0	64	1.03
1068252--1068292	20	2.0	20	100	0	82	29	9	4	56	1.53
1068508--1068546	19	2.1	19	95	0	69	48	0	28	23	1.51
1068660--1068762	54	1.9	54	88	4	154	42	12	16	28	1.84
1073848--1073909	20	3.1	19	77	13	63	58	1	1	38	1.18
1073858--1073914	20	2.9	21	76	10	66	61	1	0	36	1.07
1085854--1085981	67	1.9	67	100	0	256	31	16	14	37	1.89
1089692--1090018	84	3.8	84	80	7	304	29	22	12	34	1.92
1095659--1095719	24	2.4	26	83	8	72	59	1	0	39	1.08
1095680--1095719	18	2.3	18	86	4	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1097823--1097991	79	2.1	79	84	0	212	33	13	24	28	1.93
1097949--1098018	28	2.5	28	83	0	95	30	18	28	22	1.98
1097975--1098394	79	5.3	79	93	1	653	31	16	25	25	1.96
1098392--1098549	51	3.1	49	84	8	192	34	10	24	30	1.90
1100842--1100935	40	2.3	40	94	0	161	42	15	17	24	1.88
1100842--1100935	20	4.7	20	83	7	111	42	15	17	24	1.88
1100953--1101007	20	2.8	20	100	0	110	40	14	20	25	1.90
1100994--1101019	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1101832--1102036	73	2.8	72	78	7	218	32	2	11	53	1.50
1102170--1102510	72	4.7	71	80	8	352	31	0	12	55	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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