genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418049--1418455	171	2.4	170	79	6	430	41	15	26	15	1.87
1418775--1418886	42	2.7	42	73	2	109	30	18	32	18	1.95
1418888--1420338	43	33.8	43	75	5	768	39	16	25	18	1.91
1418949--1420338	87	16.2	88	72	10	681	39	16	25	18	1.91
1418891--1420143	217	5.8	215	76	7	689	39	16	25	18	1.91
1420029--1420342	165	1.9	165	84	3	418	41	16	23	18	1.90
1420436--1420741	44	7.0	44	76	7	277	40	13	24	21	1.90
1421873--1421925	6	8.8	6	78	15	56	1	1	11	84	0.77
1421872--1421928	7	8.1	7	78	21	50	1	1	12	84	0.79
1421872--1421926	14	4.2	12	80	19	58	1	1	10	85	0.75
1421872--1421926	25	2.2	25	90	0	83	1	1	10	85	0.75
1421873--1421925	17	2.9	17	86	8	61	1	1	11	84	0.77
1422151--1422389	112	2.1	112	77	4	239	39	13	17	28	1.88
1422648--1422699	21	2.5	21	77	20	63	3	23	0	73	1.00
1422666--1422700	16	2.2	16	90	5	54	2	22	0	74	0.95
1426366--1426662	157	1.9	156	81	7	361	38	19	16	25	1.92
1426525--1426795	146	1.9	146	83	6	345	39	20	16	23	1.92
1435609--1435638	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1436624--1436656	15	2.3	15	89	5	50	66	0	0	33	0.92
1439402--1439433	16	2.0	16	93	0	55	40	0	9	50	1.35
1440651--1440682	16	2.0	16	93	0	55	56	3	6	34	1.40
1441658--1441693	18	2.1	17	89	5	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1441976--1442026	22	2.4	21	83	3	66	52	0	0	47	1.00
1441973--1442022	21	2.4	20	80	9	64	56	0	0	44	0.99
1442078--1442122	15	3.1	15	87	9	58	51	0	0	48	1.00
1443268--1443307	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
1444349--1444384	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1444889--1444934	15	3.0	16	76	17	53	47	0	0	52	1.00
1447298--1447518	34	6.5	33	82	9	266	40	25	8	25	1.83
1447298--1447518	102	2.2	101	88	1	343	40	25	8	25	1.83
1451928--1452147	34	6.5	33	79	9	237	41	25	7	25	1.81
1451930--1452147	68	3.2	67	83	3	267	41	25	7	25	1.81
1451928--1452147	102	2.2	102	85	2	316	41	25	7	25	1.81
1453648--1453700	24	2.2	24	83	3	72	56	1	0	41	1.10
1456961--1457008	21	2.2	22	88	3	71	45	0	2	52	1.12
1460020--1460056	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1460495--1460519	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1460871--1460929	19	3.1	19	71	20	50	38	0	1	59	1.08
1460881--1460944	19	3.3	19	72	12	58	34	0	3	62	1.11
1469603--1469703	51	2.0	51	86	3	141	24	18	11	44	1.84
1469655--1469972	56	5.7	56	70	7	153	23	19	14	43	1.87
1472451--1472520	19	3.6	18	71	17	59	45	2	1	50	1.25
1472777--1472823	21	2.1	22	92	7	78	44	0	0	55	0.99
1474912--1474957	21	2.2	21	84	7	58	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1476429--1476468	19	2.1	19	90	0	62	57	0	2	40	1.12
1479030--1479086	21	2.6	22	81	13	73	36	0	0	63	0.95
1479125--1479180	26	2.2	26	83	6	69	26	5	1	66	1.23
1479269--1479306	18	2.1	19	85	5	51	50	2	5	42	1.39
1479519--1479548	9	3.2	9	90	9	51	56	0	0	43	0.99
1479519--1479547	10	3.0	10	95	5	51	58	0	0	41	0.98
1480054--1480102	17	2.8	17	78	6	53	6	12	4	77	1.09
1480489--1480554	26	2.4	26	87	7	87	68	0	1	30	0.99
1480489--1480579	28	3.3	27	78	15	89	63	1	1	34	1.09
1480558--1480607	16	3.1	16	75	18	59	58	2	0	40	1.10
1480764--1480803	21	1.9	21	89	0	62	55	0	0	45	0.99
1482151--1482201	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
1482209--1482239	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
1483519--1483555	15	2.4	16	86	13	51	43	0	0	56	0.99
1484331--1484403	31	2.4	31	84	4	87	34	4	2	58	1.31
1484347--1484407	31	2.0	30	90	3	95	31	3	0	65	1.09
1484949--1485005	18	3.1	18	76	14	62	57	0	0	42	0.98
1486614--1486639	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1487551--1487585	14	2.5	14	90	0	52	48	0	0	51	1.00
1487649--1487680	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
1487843--1487907	29	2.5	26	83	16	89	58	0	0	41	0.98
1488703--1488736	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1489157--1489203	19	2.4	20	75	3	51	46	0	4	48	1.21
1489250--1489289	19	2.0	20	86	13	57	40	2	0	57	1.12
1490159--1490212	25	2.2	24	80	9	65	44	0	3	51	1.19
1490585--1490638	13	4.3	13	76	23	62	42	0	0	57	0.98
1490592--1490635	16	2.7	16	83	13	54	43	0	0	56	0.99
1490580--1490671	13	7.4	13	71	11	59	45	0	0	54	0.99
1490775--1490818	14	3.1	14	83	9	54	56	0	0	43	0.99
1491167--1491202	17	2.2	16	90	5	54	50	2	0	47	1.15
1491387--1491430	14	2.9	15	76	10	54	47	0	0	52	1.00
1491562--1491590	8	3.8	8	90	9	51	79	0	0	20	0.74
1491562--1491591	15	2.0	15	100	0	60	80	0	0	20	0.72
1492865--1492964	28	3.4	29	85	12	134	39	0	1	60	1.04
1492886--1492970	27	3.0	26	71	24	66	42	0	1	56	1.07
1493169--1493213	14	3.2	14	80	0	54	51	0	0	48	1.00
1496131--1496189	17	3.6	16	75	13	57	30	0	11	57	1.35
1501568--1501781	78	2.8	73	79	10	182	41	16	10	31	1.83
1501576--1501784	76	2.7	78	78	7	212	41	15	10	33	1.81
1508193--1508233	21	1.9	22	85	5	57	43	14	17	24	1.86
1510198--1510906	55	12.9	55	87	6	946	28	29	20	22	1.98
1510736--1510882	47	3.0	47	79	17	179	29	29	21	18	1.97
1511690--1511754	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
1514104--1514201	51	1.9	51	83	8	128	31	20	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514202--1514254	27	2.0	27	92	0	88	24	35	16	22	1.95
1514209--1514277	27	2.5	27	86	6	86	24	34	17	23	1.96
1514231--1514593	80	4.6	79	76	2	316	27	26	14	31	1.94
1514235--1514626	159	2.5	157	82	6	486	28	26	13	32	1.93
1518043--1518097	20	2.7	20	82	2	65	38	9	18	34	1.82
1520681--1521323	52	12.4	53	75	11	521	39	2	4	53	1.34
1520701--1520777	39	2.0	39	87	5	111	38	2	6	51	1.41
1520741--1521315	52	11.0	51	79	8	522	39	1	5	53	1.35
1520741--1521315	105	5.5	106	79	9	619	39	1	5	53	1.35
1520741--1521315	157	3.7	160	82	6	667	39	1	5	53	1.35
1521258--1521364	44	2.4	44	87	6	146	45	0	0	52	1.13
1521653--1521699	9	4.9	10	78	17	55	36	0	0	63	0.94
1521646--1521689	19	2.3	18	88	7	61	38	0	0	61	0.96
1521648--1521696	14	3.3	16	70	18	52	38	0	0	61	0.96
1524218--1524394	33	5.6	32	71	17	104	58	1	0	38	1.12
1524196--1524332	15	9.6	14	68	21	56	56	2	1	39	1.20
1524260--1524358	24	4.2	22	74	18	76	56	1	0	42	1.06
1524247--1524351	33	3.1	34	81	10	110	56	0	0	41	1.12
1524302--1524388	29	2.7	31	78	19	83	59	1	0	39	1.05
1524591--1524633	6	7.7	6	82	12	56	32	0	0	67	0.91
1524591--1524628	11	3.4	11	88	3	58	31	0	0	68	0.90
1524592--1524626	17	2.1	16	89	5	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1525289--1525330	13	3.6	12	81	18	61	64	0	0	35	0.94
1527005--1527035	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
1527874--1527975	29	3.7	29	68	13	70	60	2	2	33	1.26
1528055--1528113	15	3.9	15	74	10	57	45	1	0	52	1.10
1528059--1528104	17	2.8	18	75	18	55	47	0	0	52	1.00
1528298--1528343	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
1528419--1528489	27	2.6	27	86	6	90	46	22	7	23	1.76
1530373--1530418	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
1532872--1532917	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
1532994--1533064	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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