genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  17  of  33  ( 3929 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662198--2662242	17	2.7	15	81	18	54	73	0	2	24	0.95
2662187--2662267	39	2.1	38	84	13	103	71	2	1	24	1.05
2662547--2662578	11	2.6	13	85	14	50	31	0	15	53	1.43
2662943--2662991	17	2.8	18	78	9	57	32	4	2	61	1.26
2662980--2663023	17	2.7	16	82	6	61	59	0	0	40	0.98
2665049--2665090	14	3.1	13	81	18	50	38	0	0	61	0.96
2667170--2667211	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2667449--2667475	13	2.1	13	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2667528--2667556	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2669945--2669984	14	2.8	15	92	7	66	75	0	0	25	0.81
2672791--2672847	16	3.6	15	77	13	53	45	1	1	50	1.22
2683921--2683953	1	33.0	1	93	0	57	0	96	0	3	0.20
2683915--2683953	13	3.1	13	92	3	62	0	92	2	5	0.46
2684010--2684044	16	2.1	17	89	5	54	11	17	0	71	1.14
2684008--2684049	21	2.0	22	85	4	59	14	16	0	69	1.20
2686442--2686495	21	2.6	21	77	13	67	68	0	0	31	0.90
2686445--2686490	22	2.1	23	92	8	78	73	0	0	26	0.83
2686741--2686783	19	2.3	19	84	8	52	48	4	2	44	1.36
2686903--2686951	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2690185--2690227	18	2.4	18	88	0	59	34	9	23	32	1.87
2690984--2691050	16	4.2	16	70	12	57	37	8	11	41	1.73
2691753--2691777	12	2.1	12	100	0	50	28	8	0	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695231--2695269	20	2.0	20	85	10	53	33	5	7	53	1.51
2698004--2698040	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
2698154--2698196	22	2.0	22	90	0	68	60	9	2	27	1.40
2698182--2698299	21	5.7	21	78	8	82	55	10	1	33	1.44
2698203--2698342	42	3.4	41	77	5	140	52	8	2	35	1.47
2698182--2698337	83	1.9	83	84	7	210	52	8	2	35	1.47
2698287--2698342	21	2.7	20	74	15	51	50	8	5	35	1.57
2699922--2699959	19	2.0	19	85	10	51	34	0	0	65	0.93
2700718--2700758	17	2.7	15	88	11	57	36	0	2	60	1.10
2700882--2700919	16	2.3	17	90	4	60	68	0	2	28	1.03
2700889--2700936	24	2.0	23	92	4	78	66	0	0	33	0.92
2701432--2701484	3	18.3	3	78	7	56	37	0	0	62	0.96
2703704--2703746	22	1.9	23	86	13	63	34	2	0	62	1.08
2703714--2703836	49	2.5	49	76	16	130	45	1	0	52	1.10
2706020--2706078	30	1.9	32	93	6	104	22	18	22	37	1.94
2708415--2708455	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
2716034--2716067	18	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
2715987--2716057	30	2.6	26	70	20	63	46	4	0	49	1.21
2716973--2717061	38	2.4	39	82	3	103	28	28	13	30	1.94
2717039--2717141	35	2.8	36	80	4	127	27	24	13	34	1.93
2716995--2717133	38	3.7	38	80	5	158	28	25	13	32	1.94
2721751--2721815	20	3.2	20	83	12	71	40	4	0	55	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2722199--2722229	14	2.2	14	94	0	53	77	6	16	0	0.97
2724456--2724521	26	2.6	25	83	9	71	34	3	1	60	1.21
2725647--2725951	50	6.1	50	90	2	461	31	17	18	33	1.94
2729120--2729479	50	7.2	50	82	1	343	33	14	16	35	1.89
2729120--2729479	100	3.6	100	84	3	411	33	14	16	35	1.89
2729120--2729475	150	2.4	150	83	2	439	33	14	16	35	1.89
2731565--2731604	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2732598--2732718	60	2.0	60	87	6	174	40	11	4	43	1.60
2733241--2733288	17	2.6	19	83	12	64	35	2	0	62	1.07
2735600--2735690	41	2.3	41	81	10	102	68	2	26	3	1.17
2737534--2737846	75	4.1	75	84	6	387	20	10	41	27	1.85
2737589--2737810	39	5.8	39	83	6	265	18	10	42	27	1.83
2737491--2737846	75	4.7	75	82	7	386	20	9	42	27	1.83
2737711--2737833	39	3.2	38	67	10	99	20	8	46	24	1.79
2737926--2738092	87	1.9	87	85	0	226	15	8	44	31	1.77
2738791--2738840	23	2.2	23	82	7	57	32	2	0	66	1.03
2742813--2742847	14	2.5	14	90	9	54	57	2	0	40	1.14
2742955--2742999	23	2.0	23	82	8	56	44	2	4	48	1.35
2744551--2744585	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
2745778--2745802	8	3.1	8	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2748987--2749171	34	5.5	34	84	4	223	40	26	7	25	1.82
2748987--2749171	68	2.7	68	88	0	246	40	26	7	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753237--2753299	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
2753606--2753786	34	5.4	34	84	4	215	39	26	7	25	1.83
2753606--2753786	68	2.7	68	87	0	238	39	26	7	25	1.83
2754625--2754908	36	7.7	36	72	4	217	20	9	43	26	1.82
2754631--2754908	75	3.7	75	90	1	427	20	9	42	26	1.83
2754874--2754997	54	2.3	55	78	9	130	16	4	50	28	1.63
2754859--2755114	138	1.8	139	81	5	322	17	6	46	29	1.73
2755144--2755220	36	2.2	34	80	13	86	22	6	49	22	1.72
2754984--2755316	162	2.1	161	82	5	395	18	7	44	28	1.78
2755650--2755684	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2757358--2757466	34	3.2	34	75	10	114	25	4	23	45	1.72
2761922--2762071	34	4.4	34	88	2	216	22	5	28	44	1.74
2765088--2765133	24	2.0	24	86	4	67	6	17	0	76	1.00
2766105--2766962	32	26.8	32	96	0	1504	15	19	34	30	1.93
2766945--2767518	27	21.0	27	89	3	882	28	14	34	22	1.94
2766945--2767518	109	5.3	108	92	3	875	28	14	34	22	1.94
2766945--2767518	164	3.5	162	90	3	891	28	14	34	22	1.94
2768571--2768605	1	35.0	1	94	0	52	0	0	5	94	0.32
2768569--2768605	19	1.9	19	100	0	74	0	0	10	89	0.49
2775370--2775415	24	2.0	24	86	4	67	6	17	0	76	1.00
2777168--2777232	6	10.7	6	73	20	55	60	0	0	40	0.97
2777172--2777230	11	5.5	11	75	18	54	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777947--2778005	27	2.3	27	79	5	68	47	3	1	47	1.29
2784722--2784770	26	1.9	25	84	12	64	44	6	4	44	1.47
2788896--2788957	32	1.9	33	86	3	90	32	4	8	54	1.51
2789499--2789578	34	2.4	34	93	0	142	40	26	8	25	1.84
2794018--2794126	34	3.2	34	84	0	146	42	22	8	26	1.82
2800449--2800732	36	7.6	36	70	9	172	21	9	44	24	1.81
2800452--2800732	75	3.7	75	91	1	427	21	9	44	24	1.81
2800761--2801131	90	4.4	86	73	16	260	19	7	45	27	1.77
2800818--2800899	36	2.3	35	83	8	103	14	8	45	31	1.75
2800818--2801128	87	3.7	87	76	12	297	19	7	44	28	1.78
2800689--2800944	138	1.8	139	81	7	315	17	7	46	28	1.74
2800895--2801039	36	3.9	36	71	8	103	21	7	44	26	1.79
2800899--2801038	75	1.9	75	90	3	228	20	7	44	27	1.79
2803237--2803266	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2803548--2803579	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
2805174--2805204	14	2.2	14	94	0	53	22	9	6	61	1.50
2808245--2808283	13	2.9	13	88	3	60	17	2	28	51	1.59
2808456--2808491	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
2815301--2815344	2	22.0	2	90	0	70	2	52	0	45	1.13
2816593--2816625	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2828513--2828565	2	26.5	2	86	0	70	45	3	3	47	1.39
2830816--2830856	11	3.5	11	83	9	55	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2830822--2830886	29	2.3	27	80	17	71	55	0	0	44	0.99
2830842--2830894	26	1.9	29	85	11	76	52	0	0	47	1.00
2831613--2831688	32	2.4	33	84	6	102	32	1	1	64	1.10
2831634--2831688	16	3.4	16	80	5	67	32	0	0	67	0.91
2833817--2833870	26	2.1	26	83	13	67	35	3	0	61	1.14
2833806--2833870	28	2.3	29	82	12	73	33	3	3	60	1.28
2834111--2834154	22	2.0	22	82	8	54	29	2	6	61	1.34
2834449--2834516	32	2.1	33	86	2	93	52	1	2	42	1.25
2835299--2835339	16	2.9	15	82	17	52	65	0	0	34	0.93
2836324--2836433	9	12.3	9	69	19	54	32	1	0	65	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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