genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  16  of  33  ( 3929 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520652--2520795	71	2.0	71	90	0	225	41	9	7	40	1.66
2521371--2521451	40	2.0	40	95	0	144	40	17	12	29	1.86
2524710--2524740	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2525134--2525166	3	11.0	3	93	0	57	63	3	33	0	1.10
2525209--2525240	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2526457--2526528	36	2.0	36	97	2	137	45	2	2	48	1.31
2527335--2527380	22	2.1	22	87	0	65	41	0	2	56	1.11
2527374--2527438	33	1.9	34	82	14	82	52	0	1	46	1.10
2529179--2529226	25	2.0	25	87	4	71	41	0	2	56	1.11
2529206--2529260	18	3.1	18	75	15	51	36	0	1	61	1.06
2530007--2530053	14	3.4	14	80	8	51	42	0	0	57	0.98
2530969--2531001	15	2.2	15	100	0	66	30	21	12	36	1.90
2531343--2531368	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2532637--2532672	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2533260--2533293	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2533424--2533453	15	1.9	16	93	6	53	3	13	0	83	0.77
2535229--2535256	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2544831--2544875	14	3.1	15	75	24	51	66	0	0	33	0.92
2544985--2545027	18	2.3	18	88	8	59	51	0	0	48	1.00
2545008--2545074	27	2.4	27	79	18	68	49	0	0	50	1.00
2545018--2545059	21	2.0	20	86	4	57	54	0	0	45	0.99
2545507--2545553	2	23.5	2	91	0	76	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2545921--2546008	22	3.9	22	67	15	63	53	3	0	43	1.17
2546464--2546528	25	2.6	25	76	14	62	43	0	1	55	1.09
2546478--2546557	20	4.1	20	76	7	76	41	0	0	58	0.98
2546956--2546987	13	2.4	14	85	15	50	71	6	0	21	1.07
2547636--2547669	17	2.0	17	100	0	68	5	23	11	58	1.55
2549309--2549342	18	2.0	16	88	11	50	32	0	0	67	0.91
2550830--2550868	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
2551612--2551643	16	2.1	15	94	5	55	50	0	0	50	1.00
2552313--2552355	21	2.0	20	82	8	50	51	4	0	44	1.22
2552355--2552450	48	2.0	49	89	6	151	52	4	1	42	1.27
2552807--2552887	19	4.3	19	74	9	67	49	0	0	50	1.00
2557187--2557222	17	2.1	17	94	0	63	44	11	11	33	1.75
2561960--2562034	26	3.0	24	76	16	73	58	0	0	41	0.98
2561955--2562029	31	2.3	31	81	6	87	56	0	0	44	0.99
2563372--2563408	2	18.5	2	100	0	74	48	51	0	0	1.00
2565018--2565048	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2567008--2567154	52	2.7	51	85	8	177	42	8	10	39	1.69
2567028--2567154	52	2.4	54	90	5	195	40	7	10	41	1.68
2567503--2567531	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2567913--2567977	30	2.1	31	91	2	105	50	18	9	21	1.74
2568405--2568447	3	14.3	3	90	0	68	67	0	30	2	1.03
2570786--2570813	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571845--2571881	14	2.5	16	87	12	53	51	0	0	48	1.00
2573878--2573915	14	2.7	14	95	0	67	47	0	0	52	1.00
2574039--2574069	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2575004--2575033	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2577218--2577263	20	2.3	20	81	11	58	45	0	0	54	0.99
2583487--2583513	11	2.5	11	100	0	54	18	0	0	81	0.69
2584210--2584239	15	2.1	15	93	6	53	73	0	3	23	0.98
2584587--2584635	21	2.3	21	100	0	98	63	4	0	32	1.13
2586343--2586394	25	2.1	26	89	7	81	46	0	0	53	1.00
2587040--2587075	13	2.8	13	86	0	54	63	0	0	36	0.94
2587086--2587143	23	2.5	24	81	13	68	50	1	0	48	1.11
2587482--2587531	14	3.8	13	82	10	57	60	0	4	36	1.16
2587476--2587563	28	3.2	29	76	10	71	57	0	3	38	1.15
2588825--2588865	21	2.0	21	85	9	57	65	0	4	29	1.13
2588839--2588885	23	2.1	21	81	18	51	63	0	4	31	1.13
2589475--2589523	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2589918--2589977	29	2.1	28	84	9	77	46	0	0	53	1.00
2589935--2590001	12	5.0	14	71	18	54	50	1	0	47	1.10
2589929--2590016	27	3.3	28	77	20	75	46	1	0	52	1.08
2590421--2590454	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2591626--2591677	23	2.2	24	87	12	74	57	0	0	42	0.98
2591626--2591677	22	2.3	23	87	12	72	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2591611--2591679	23	2.8	23	76	24	70	57	0	0	42	0.98
2591777--2591811	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2592329--2592384	21	2.6	21	86	8	69	28	0	5	66	1.14
2593356--2593397	14	2.7	16	78	17	52	35	0	4	59	1.19
2593426--2593497	26	2.8	26	75	10	76	56	1	0	41	1.07
2595036--2595073	20	1.9	20	84	10	51	55	10	0	34	1.34
2596316--2596421	49	2.1	50	80	13	121	53	0	4	40	1.28
2596674--2596699	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2602177--2602207	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2605297--2605354	31	1.9	30	85	3	80	34	0	1	63	1.04
2605652--2605693	21	2.0	22	85	4	59	45	0	14	40	1.45
2606007--2606071	28	2.6	24	74	23	62	52	0	0	47	1.00
2610014--2610192	84	2.0	88	88	7	267	27	9	11	51	1.68
2611283--2611311	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
2614686--2614731	24	1.9	24	100	0	92	34	0	13	52	1.40
2615470--2615496	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2616305--2616373	29	2.5	28	73	4	68	46	7	5	40	1.55
2618209--2618240	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2618702--2618744	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2618791--2618816	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2619207--2619262	21	2.6	22	75	16	55	46	0	0	53	1.00
2619199--2619252	19	2.8	20	71	20	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620606--2620640	12	2.9	12	84	16	54	57	0	0	42	0.99
2620606--2620655	24	2.1	24	88	0	73	52	0	0	48	1.00
2620575--2620669	36	2.7	36	76	9	97	53	0	1	45	1.07
2620808--2620878	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
2620987--2621030	13	3.5	13	78	12	56	47	2	0	50	1.13
2621517--2621560	18	2.4	19	81	11	56	25	0	0	75	0.81
2621632--2621658	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2624069--2624106	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2624299--2624328	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2629785--2629816	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
2631141--2631170	15	1.9	16	93	6	53	90	0	6	3	0.56
2631509--2631550	22	2.0	22	85	4	59	66	4	7	21	1.35
2634189--2634253	30	2.2	30	86	5	87	56	0	0	43	0.99
2635496--2635525	14	2.1	14	93	0	51	40	23	13	23	1.90
2635707--2635771	17	3.7	17	80	15	71	58	0	0	41	0.98
2635905--2635941	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2636984--2637035	20	2.6	21	81	9	63	46	0	0	53	1.00
2637008--2637081	10	7.7	10	75	13	59	43	0	0	56	0.99
2637004--2637066	20	3.1	20	84	13	76	41	0	0	58	0.98
2637009--2637093	25	3.5	25	72	16	81	43	0	0	56	0.99
2637025--2637148	23	5.0	25	65	24	75	45	0	0	54	0.99
2637012--2637148	32	4.0	36	74	15	105	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637002--2637094	46	2.0	47	87	10	138	43	0	0	56	0.99
2637049--2637147	30	3.2	31	73	15	87	45	0	0	54	0.99
2637349--2637373	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2637456--2637497	6	7.0	6	97	0	66	33	45	16	4	1.69
2637620--2637662	6	7.2	6	83	0	59	13	37	34	13	1.85
2645981--2646029	21	2.3	22	79	13	57	59	0	0	40	0.98
2646369--2646416	16	2.9	17	70	17	55	58	0	2	39	1.10
2648011--2648051	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2652608--2652632	13	1.9	13	100	0	50	16	0	12	72	1.13
2662187--2662264	22	3.7	22	74	20	69	73	2	1	23	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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