genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

This is table  5  of  33  ( 3929 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763372--763396	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
763353--763416	32	2.0	32	87	0	92	40	14	12	32	1.83
773489--773609	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
773489--773629	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
773709--773733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
778688--778808	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
778688--778828	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
778817--778841	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
778905--778929	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
778883--778949	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
779829--780572	49	15.7	49	80	11	747	31	18	25	25	1.97
779873--780572	92	7.5	92	84	8	767	30	18	26	25	1.98
780113--780180	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
780572--780641	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
780644--781609	353	2.7	349	86	7	1264	30	12	34	21	1.91
781393--781443	26	1.9	27	92	4	86	21	17	35	25	1.95
780681--781615	34	29.0	32	77	15	843	30	12	35	21	1.91
780679--781711	321	3.2	319	88	7	1408	30	12	35	21	1.91
782862--782901	15	2.7	15	84	0	53	0	7	10	82	0.84
790093--790213	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
790093--790233	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
790222--790246	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790311--790335	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
790289--790355	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
791232--791974	49	15.7	49	84	7	909	30	18	25	25	1.97
791276--791974	92	7.5	92	87	6	881	30	18	25	25	1.98
791515--791582	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
791974--792043	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
792048--793107	34	32.8	33	79	12	959	30	12	34	21	1.91
792081--793111	323	3.2	323	93	4	1660	30	12	35	21	1.91
793088--793232	31	4.7	30	82	6	157	28	17	28	24	1.98
793056--793229	93	1.9	93	82	2	224	28	17	31	22	1.97
801499--801617	52	2.3	52	94	4	213	30	17	18	33	1.94
801499--801637	52	2.7	50	87	6	197	31	17	18	32	1.94
801626--801650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
801714--801738	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
801693--801758	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
802635--803372	49	15.7	49	83	8	855	30	18	25	25	1.98
802680--803372	92	7.5	91	86	6	849	30	18	25	25	1.98
802915--802982	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
803372--803443	34	2.1	36	89	10	114	19	16	37	26	1.93
803448--804975	34	47.1	32	77	15	1274	31	12	35	21	1.91
803480--804969	323	4.6	321	90	7	2235	30	12	35	21	1.91
804553--804706	28	5.2	27	78	15	94	28	13	35	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803448--805063	96	16.6	93	76	15	1063	31	12	34	21	1.91
804953--805091	32	4.5	31	83	6	156	30	16	28	24	1.97
804953--805091	62	2.2	63	87	3	192	30	16	28	24	1.97
813380--813500	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
813380--813520	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
813509--813533	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
813598--813622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
813576--813642	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
814236--814612	175	2.2	169	81	7	411	36	15	25	22	1.93
814518--815260	49	15.7	49	83	8	877	30	18	25	25	1.98
814562--815260	92	7.5	92	86	7	849	30	18	25	25	1.98
814801--814868	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
814562--815260	185	3.7	185	87	6	918	30	18	25	25	1.98
815260--815328	33	2.1	34	91	8	115	20	17	36	26	1.94
815292--816390	34	33.9	34	78	14	1004	30	12	34	21	1.91
815367--816393	320	3.2	322	92	4	1604	30	12	34	21	1.91
816338--816515	32	5.7	32	82	3	164	28	16	30	24	1.97
816370--816515	62	2.3	63	87	3	197	28	17	28	24	1.98
816338--816512	94	1.9	93	82	1	224	29	17	30	22	1.96
816401--816515	31	3.7	30	84	7	142	27	19	27	25	1.98
817542--817575	15	2.3	15	89	0	50	0	8	5	85	0.75
824775--824895	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824775--824915	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
824904--824928	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
824993--825017	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
824971--825037	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
825914--826656	49	15.7	49	84	7	900	31	18	25	25	1.97
825958--826610	92	7.0	92	87	5	879	31	18	25	25	1.97
826197--826264	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
826656--826725	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
826730--828240	34	46.8	33	79	13	1389	30	12	35	21	1.91
826762--828244	323	4.6	323	94	3	2468	30	12	35	21	1.91
828221--828365	31	4.7	30	82	6	157	28	17	28	24	1.98
828189--828362	93	1.9	93	82	2	224	28	17	31	22	1.97
829393--829426	15	2.3	15	89	0	50	0	8	5	85	0.75
836632--836752	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
836632--836772	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
836761--836785	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
836850--836874	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
836828--836894	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
837707--838054	49	7.0	53	78	12	305	32	16	25	24	1.96
837771--838064	49	6.1	49	84	6	413	31	18	26	24	1.97
837771--838064	141	2.0	146	90	5	463	31	18	26	24	1.97
837814--838064	92	2.7	92	85	7	351	31	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841666--841745	9	8.7	9	76	14	74	85	10	5	0	0.75
841666--841759	19	4.8	20	79	11	81	82	11	4	1	0.85
841685--841733	8	5.9	8	90	4	71	87	10	2	0	0.62
841674--841736	1	63.0	1	74	0	54	87	7	4	0	0.67
841666--841761	45	2.1	45	84	3	122	83	11	4	1	0.84
842978--843341	31	11.8	31	86	3	513	21	28	16	34	1.95
842968--843344	92	4.1	91	86	4	515	20	28	15	34	1.94
842978--843482	154	3.2	154	86	7	649	20	28	15	34	1.94
843301--843389	44	2.0	44	97	0	169	15	25	15	42	1.87
843355--843517	65	2.5	64	85	3	204	19	29	14	36	1.91
843360--843540	97	1.9	97	81	4	222	21	29	14	34	1.93
843477--843654	34	5.5	33	77	9	154	19	30	11	38	1.88
843359--843646	32	9.0	32	80	10	225	20	29	13	36	1.91
843583--843641	27	2.2	26	94	5	109	20	33	13	32	1.91
843551--843701	59	2.5	60	80	4	160	22	30	15	31	1.95
843858--844917	49	21.6	49	81	7	1199	23	26	17	31	1.97
843858--844917	101	10.8	101	89	3	1378	23	26	17	31	1.97
845740--845779	20	2.0	20	100	0	80	35	15	10	40	1.80
846642--846682	21	1.9	22	90	5	66	21	17	17	43	1.87
852732--852770	20	2.0	20	94	0	69	38	12	17	30	1.88
852810--852851	20	2.1	20	90	0	66	47	9	14	28	1.75
857651--857678	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857727--857789	19	3.7	18	70	24	55	34	14	14	36	1.86
857649--857789	32	4.4	32	72	7	117	31	14	17	37	1.89
858793--858998	78	2.6	80	80	7	208	27	22	12	37	1.90
858932--859046	51	2.3	50	86	3	149	33	26	9	31	1.88
859360--859434	20	3.7	19	74	13	62	34	12	14	38	1.83
859463--859530	33	2.1	32	88	2	100	36	16	13	33	1.87
865685--865720	13	2.8	13	86	0	54	30	19	13	36	1.91
865852--865892	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
867505--867555	26	2.0	26	100	0	102	39	0	29	31	1.57
868160--868209	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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