genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1671862--1672077	104	2.1	104	81	6	251	24	22	14	38	1.91
1672825--1672898	20	3.6	20	70	20	62	35	16	9	39	1.81
1674530--1674883	79	4.5	79	86	3	484	31	14	26	27	1.95
1674530--1674931	79	5.2	76	85	3	482	31	14	26	27	1.95
1677203--1677228	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1681367--1681402	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
1681780--1681843	27	2.4	26	77	12	67	40	0	3	56	1.15
1681759--1681821	17	3.8	16	74	17	58	39	0	1	58	1.07
1687968--1688222	105	2.4	103	82	5	298	31	29	11	27	1.92
1687983--1688273	157	1.9	157	86	4	417	31	29	12	27	1.92
1687968--1688275	52	5.9	52	81	4	307	30	29	12	26	1.93
1689155--1689201	21	2.2	21	84	0	67	10	44	4	40	1.59
1696008--1696227	83	2.7	82	83	4	255	34	10	26	28	1.90
1696270--1696515	78	3.2	79	86	4	322	36	11	26	26	1.90
1698641--1698762	59	2.1	59	100	0	244	22	13	27	36	1.91
1698957--1699071	51	2.3	50	83	5	135	44	13	13	28	1.82
1698957--1699087	50	2.6	50	81	10	135	45	11	14	29	1.80
1698990--1699087	50	2.0	50	87	4	144	44	11	16	27	1.81
1699150--1699200	20	2.5	21	90	3	77	31	19	9	39	1.84
1701943--1701995	19	2.7	20	77	13	65	28	16	15	39	1.89
1702082--1702110	11	2.6	11	100	0	58	6	24	0	68	1.13
1702782--1703685	101	9.4	97	76	13	460	32	18	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1702929--1703447	192	2.7	190	88	2	736	31	18	25	24	1.97
1703030--1703399	91	4.0	91	81	8	424	30	19	25	24	1.98
1703121--1703686	52	11.9	51	74	14	428	31	18	24	25	1.97
1703175--1703686	139	3.7	140	87	2	697	31	17	25	25	1.97
1703453--1703680	51	4.8	46	76	11	210	31	18	23	26	1.98
1703546--1703684	43	3.1	43	79	8	152	33	17	20	28	1.95
1703723--1704013	27	10.0	27	77	14	249	30	13	34	21	1.92
1703798--1704109	34	9.8	34	75	14	261	35	13	31	19	1.90
1703771--1704105	61	5.4	61	85	4	388	34	13	32	19	1.90
1703688--1704098	122	3.4	120	83	8	464	34	14	32	19	1.91
1703690--1703952	88	3.0	85	75	16	268	31	14	33	20	1.92
1704102--1704364	31	8.6	30	85	2	310	30	14	29	25	1.94
1704102--1704357	61	4.2	61	83	5	329	30	14	29	26	1.95
1704102--1704364	92	2.9	92	90	2	397	30	14	29	25	1.94
1705575--1705605	15	2.1	15	100	0	62	0	0	19	80	0.71
1705568--1705598	12	2.5	13	94	5	55	0	0	16	83	0.64
1712086--1712148	19	3.6	19	70	24	66	36	20	9	33	1.85
1712073--1712148	32	2.4	32	93	0	125	35	19	11	32	1.88
1712772--1712796	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1712874--1712936	18	3.4	18	72	14	58	42	0	0	57	0.99
1713633--1713790	77	2.1	77	90	2	246	38	16	7	37	1.77
1717490--1717741	50	5.0	50	96	0	434	29	21	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1722139--1722347	50	4.2	50	91	0	319	29	20	19	31	1.97
1728007--1728066	26	2.3	27	78	21	74	46	0	1	51	1.10
1728181--1728244	11	6.4	10	72	17	53	67	3	1	28	1.15
1728184--1728250	27	2.5	27	79	18	77	65	4	2	26	1.26
1728770--1728857	32	2.8	32	83	0	122	44	29	11	14	1.80
1728759--1728857	16	6.2	16	72	1	74	45	29	11	14	1.79
1729680--1729753	16	4.6	16	81	1	85	43	28	14	13	1.84
1729770--1729801	15	2.1	15	94	0	55	37	40	12	9	1.75
1730042--1730088	23	2.0	22	84	15	60	68	10	4	17	1.35
1730294--1730345	13	4.2	13	74	16	56	73	0	1	25	0.94
1730292--1730345	24	2.3	23	90	3	81	72	0	1	25	0.95
1731298--1731420	27	4.3	28	78	8	106	40	3	1	54	1.26
1731356--1731419	32	2.0	32	93	0	110	40	4	1	53	1.31
1731364--1731420	16	3.6	16	73	17	55	40	5	1	52	1.34
1734286--1734354	36	1.9	36	100	0	138	55	0	27	17	1.43
1734382--1734416	13	2.6	14	86	9	54	51	0	8	40	1.33
1740459--1740509	20	2.6	19	87	6	66	39	17	11	31	1.86
1740569--1740594	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1742812--1742856	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1744659--1744689	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1746528--1746553	8	3.2	8	100	0	52	11	0	26	61	1.30
1746690--1746769	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1746755--1746793	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1746914--1746960	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1746916--1746958	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1749219--1749273	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
1749333--1749358	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1750113--1750469	155	2.3	155	79	3	362	40	18	15	25	1.90
1751843--1751878	11	3.4	10	88	11	54	0	13	8	77	0.98
1751843--1751885	21	2.1	21	83	12	54	0	18	6	74	1.04
1752079--1752103	13	1.9	13	100	0	50	0	32	0	68	0.90
1752119--1752464	180	1.9	181	86	4	493	18	26	14	41	1.88
1752611--1752662	22	2.5	22	84	6	63	7	28	19	44	1.78
1752768--1752801	13	2.5	14	85	9	52	0	8	5	85	0.75
1752912--1752960	13	3.8	13	82	12	57	69	0	0	30	0.89
1752913--1752953	16	2.5	17	77	22	52	68	0	0	31	0.90
1752903--1752967	25	2.6	25	80	9	62	66	1	1	30	1.10
1753403--1753446	20	2.1	22	83	8	56	70	6	6	15	1.31
1753169--1753774	163	3.7	162	85	6	701	55	9	9	26	1.62
1753169--1753881	163	4.4	159	82	7	643	53	9	9	27	1.63
1755336--1755392	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1755316--1755416	32	3.1	32	95	1	175	35	11	16	35	1.86
1755314--1755411	19	5.8	18	70	28	81	34	12	16	36	1.86
1755454--1755478	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755487--1755615	52	2.5	52	97	0	240	34	17	18	28	1.94
1759968--1760221	52	4.9	51	89	1	328	33	32	11	23	1.90
1761083--1761130	21	2.3	21	85	0	60	10	47	2	39	1.49
1762648--1762881	122	1.9	122	84	3	310	34	13	23	29	1.93
1766263--1766339	28	2.8	28	76	4	75	24	20	31	23	1.98
1768719--1768833	20	5.8	19	83	6	131	44	11	15	28	1.81
1770792--1770835	20	2.1	22	87	8	65	59	20	9	11	1.59
1773945--1773984	21	2.0	21	95	5	73	40	12	22	25	1.89
1774886--1775056	52	3.4	51	81	4	193	45	15	12	26	1.82
1777014--1777059	23	2.0	23	91	0	74	26	13	30	30	1.93
1778099--1778694	166	3.7	163	80	9	570	28	13	7	50	1.68
1778439--1778712	152	1.8	152	85	7	387	29	15	6	48	1.69
1778263--1778852	318	1.9	317	78	5	663	28	13	7	50	1.69
1780670--1781322	154	4.2	156	77	7	555	24	16	20	38	1.92
1783762--1783942	82	2.2	82	86	3	240	39	11	20	28	1.88
1783970--1784237	79	3.5	77	78	7	274	33	10	26	29	1.90
1786616--1786693	31	2.5	31	85	4	104	41	15	15	28	1.87
1787395--1787457	18	3.4	18	72	14	58	42	0	0	57	0.99
1788171--1788319	79	1.9	79	87	0	217	38	13	9	38	1.77
1788788--1788839	2	26.0	2	92	0	86	50	0	1	48	1.12
1791571--1791601	5	6.2	5	96	0	53	22	0	0	77	0.77
1792463--1792541	31	2.5	32	74	15	83	44	1	0	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1792560--1792595	13	2.6	14	82	8	56	30	0	0	69	0.89
1793857--1793883	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1798692--1798783	15	6.5	15	70	17	54	42	3	2	52	1.30
1798680--1798765	27	3.1	27	86	5	111	38	3	2	55	1.29
1798774--1798835	32	1.9	32	87	6	90	40	6	1	51	1.37
1801613--1801640	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1801782--1801822	9	4.8	9	85	14	52	56	0	2	41	1.13
1801781--1801815	13	2.6	13	90	4	52	54	0	2	42	1.15
1801997--1802099	16	6.1	17	71	17	72	43	0	0	55	1.06
1802029--1802078	11	4.6	11	75	12	50	44	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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