genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
557662--558205	125	4.3	126	80	7	570	32	15	29	22	1.95
559391--559466	26	2.8	28	80	8	93	1	2	17	78	0.93
559432--559503	12	6.4	12	73	12	64	0	4	16	79	0.89
559390--559481	28	3.2	28	79	14	107	1	2	16	80	0.87
559390--559496	31	3.5	30	83	7	128	0	2	16	79	0.90
559390--559510	30	4.1	30	79	14	110	1	4	16	77	1.00
559419--559510	31	3.0	31	85	7	118	1	4	16	78	0.97
566612--566639	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
566594--566659	33	2.0	33	88	5	98	39	13	16	30	1.87
566683--566734	13	3.5	13	73	26	50	34	17	13	34	1.89
566691--566754	19	3.7	18	74	23	66	37	17	10	34	1.85
566683--566753	32	2.2	32	94	0	124	36	18	11	33	1.86
567773--567934	78	2.1	77	80	9	177	30	14	14	40	1.86
567798--567982	78	2.4	79	80	9	207	31	12	15	40	1.84
569214--569261	20	2.4	20	75	6	53	29	16	12	41	1.85
579881--579911	13	2.4	13	100	0	62	45	16	9	29	1.79
582873--582929	12	4.8	12	74	8	53	63	8	0	28	1.24
584376--584414	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
585379--585460	17	4.9	16	94	4	128	56	1	0	42	1.07
585379--585459	33	2.4	32	90	8	126	56	1	0	41	1.07
588436--588498	33	1.9	33	93	0	108	25	22	17	34	1.95
588436--588513	33	2.5	32	85	6	97	24	25	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594832--594874	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
595315--595353	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
597421--597455	15	2.2	16	90	5	54	14	20	14	51	1.76
601511--601536	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
601491--601554	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
602918--602952	13	2.8	13	91	4	54	80	5	11	2	1.00
604493--604517	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
609445--609566	60	2.0	60	100	0	244	37	12	22	27	1.90
610638--610678	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
614014--614109	20	4.7	20	72	19	72	36	12	16	34	1.87
614014--614109	43	2.4	39	82	10	104	36	12	16	34	1.87
614978--615028	28	1.9	25	84	11	66	50	0	3	45	1.20
615210--615258	18	2.6	18	81	12	55	44	0	2	53	1.12
620948--621062	50	2.3	50	89	0	176	40	14	17	26	1.88
624672--624737	35	1.9	34	87	3	96	33	9	24	33	1.87
627543--627623	29	2.8	29	73	12	76	50	2	6	40	1.40
627558--627665	30	3.6	30	75	14	89	44	4	11	39	1.61
627542--627636	30	3.2	28	78	11	93	48	2	6	43	1.40
630946--631079	50	2.7	50	78	2	144	28	17	11	41	1.85
633447--633925	79	6.1	78	78	8	461	27	24	12	35	1.92
633448--633917	157	3.0	156	78	6	527	27	25	12	34	1.92
633446--633925	158	3.0	156	77	7	522	27	24	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641620--641666	13	4.0	13	74	25	59	36	17	12	34	1.87
641718--641772	19	2.8	20	83	5	76	32	18	18	30	1.95
653620--653666	13	4.0	13	74	25	59	36	17	12	34	1.87
656383--656407	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
657375--657828	61	7.5	60	81	5	441	26	26	17	28	1.98
657806--658191	42	9.3	41	74	15	280	19	26	13	40	1.89
657806--658191	86	4.7	82	76	12	328	19	26	13	40	1.89
657806--658191	128	3.1	123	79	7	341	19	26	13	40	1.89
658044--658110	35	1.9	35	90	6	109	19	26	17	35	1.94
657806--658188	163	2.3	164	80	9	404	19	26	13	40	1.88
658806--658937	50	2.6	50	89	2	203	30	18	11	39	1.86
661290--661760	79	6.0	78	83	3	514	26	24	14	34	1.94
661290--661780	158	3.1	156	84	6	578	26	24	14	34	1.93
661319--661749	237	1.8	238	87	0	648	26	23	16	34	1.95
662510--662579	33	2.1	34	86	7	99	32	21	12	32	1.91
671091--671115	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
674075--674121	22	2.1	22	84	0	58	53	0	21	25	1.46
675052--675101	19	2.6	19	87	3	64	40	16	14	30	1.87
683378--683422	23	2.0	23	82	8	56	40	22	6	31	1.80
683838--683867	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
684057--684096	21	1.9	21	90	10	64	37	7	7	47	1.60
685426--685460	19	1.9	17	88	11	52	74	0	22	2	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685425--685470	14	3.1	15	77	22	53	76	0	19	4	0.96
685417--685480	29	2.2	29	81	8	78	79	1	14	4	0.96
691550--691586	18	2.1	18	94	0	65	83	2	5	8	0.88
703589--703635	9	5.8	8	79	20	53	85	12	0	2	0.70
703598--703635	12	3.3	11	89	10	58	86	13	0	0	0.56
704954--705052	40	2.5	41	75	8	96	22	18	13	46	1.83
709903--709928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
714451--714485	3	11.7	3	87	0	52	28	31	2	37	1.72
716816--716867	20	2.9	18	81	15	63	23	1	1	73	1.04
724231--724256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
725422--725460	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
725400--725480	33	2.5	33	81	4	92	35	14	11	38	1.82
731220--731340	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
731220--731360	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
731349--731373	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
731438--731462	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
731416--731482	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
732359--733101	49	15.7	49	84	7	909	30	18	25	25	1.97
732403--733101	92	7.5	92	87	6	881	30	18	25	25	1.98
732642--732709	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
733101--733170	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
733175--734234	34	32.8	33	79	12	977	30	12	35	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733208--734238	323	3.2	323	93	4	1669	30	12	35	21	1.91
734215--734359	31	4.7	30	82	6	157	28	17	28	24	1.98
734183--734356	93	1.9	93	82	2	224	28	17	31	22	1.97
735386--735425	15	2.7	15	84	0	53	0	7	10	82	0.84
741037--741177	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
741166--741190	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
741256--741280	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
741234--741300	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
742092--742483	171	2.3	172	93	1	669	36	14	24	24	1.92
742370--743338	52	20.0	52	80	12	732	31	17	25	25	1.97
742480--743295	144	5.7	144	83	10	1119	31	17	25	25	1.97
742330--743344	288	3.5	288	97	0	1859	31	17	25	25	1.97
743349--743441	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
743448--744640	34	37.0	34	77	16	863	31	13	33	20	1.91
743411--744519	128	8.5	137	78	13	762	31	13	34	20	1.91
743738--744608	61	13.9	62	76	16	461	30	13	34	21	1.92
743838--744104	27	9.0	26	70	20	129	28	14	33	22	1.94
743663--744428	407	1.8	414	82	10	976	30	13	34	21	1.92
744405--744483	27	2.9	27	96	0	140	18	17	39	24	1.92
744072--744516	98	4.6	97	80	13	419	29	13	36	20	1.91
743866--744615	125	6.0	122	77	14	554	30	13	34	21	1.92
744440--744497	27	2.1	27	83	0	71	31	12	36	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744496--744610	30	3.9	30	84	10	164	25	13	37	23	1.92
752852--752972	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
752852--752992	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
752981--753005	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
753071--753095	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
753049--753115	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
758098--758297	53	3.9	53	87	5	277	31	17	18	33	1.94
758286--758310	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
763157--763278	54	2.3	51	89	9	176	28	18	20	31	1.97
763157--763297	53	2.7	51	81	12	162	30	18	19	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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