genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5741892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115597--2115642	19	2.2	21	71	28	53	43	0	0	56	0.99
2115604--2115718	38	3.1	38	77	8	119	41	1	2	53	1.25
2115604--2115674	18	3.8	18	82	10	81	40	0	1	57	1.07
2115667--2115789	31	4.2	30	66	21	73	40	4	6	48	1.48
2115674--2115782	55	2.0	55	83	3	139	40	4	7	47	1.52
2116116--2116180	20	3.2	21	78	10	82	58	3	0	38	1.14
2120551--2120587	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2121359--2121445	41	2.1	41	97	0	165	33	32	4	29	1.78
2122192--2122235	11	3.9	11	79	5	52	65	2	0	31	1.05
2122658--2122700	12	3.2	13	81	15	52	9	6	2	81	0.95
2125880--2125945	12	5.7	12	79	15	59	51	0	0	48	1.00
2127072--2127147	31	2.4	31	91	2	125	39	1	7	51	1.39
2127213--2127248	8	4.3	9	89	10	51	47	5	0	47	1.25
2128989--2129108	58	2.1	58	90	1	188	24	20	0	54	1.50
2129213--2129245	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2130150--2130179	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
2130618--2130704	31	2.5	35	78	16	101	55	1	0	43	1.07
2130645--2130692	16	2.8	17	81	9	53	54	0	0	45	0.99
2130632--2130682	16	3.2	16	80	5	59	50	1	0	47	1.12
2130672--2130729	17	3.8	16	69	30	54	62	0	0	37	0.96
2130682--2130722	19	2.2	18	87	12	57	63	0	0	36	0.95
2130595--2130726	29	4.4	31	71	18	93	57	1	1	39	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131143--2131172	14	2.2	14	94	5	53	76	0	0	23	0.78
2131435--2131476	2	21.0	2	90	0	66	45	0	4	50	1.23
2131411--2131476	12	5.3	12	82	7	78	40	3	9	46	1.51
2135709--2135748	21	1.9	21	89	0	62	52	0	7	40	1.30
2136617--2136658	21	2.0	22	85	4	59	19	0	9	71	1.13
2137502--2137531	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
2137719--2137790	16	4.4	17	69	22	55	56	1	0	41	1.07
2137989--2138096	18	6.1	18	67	23	59	31	2	2	62	1.23
2138000--2138084	32	2.7	33	80	7	86	31	3	1	63	1.19
2138442--2138475	17	1.9	18	88	5	52	61	0	0	38	0.96
2138447--2138498	19	2.8	19	82	8	54	61	0	0	38	0.96
2139075--2139105	11	2.8	11	95	0	53	87	0	12	0	0.55
2144016--2144049	17	2.0	17	88	0	50	32	0	8	58	1.29
2145995--2146057	21	2.9	21	79	9	56	46	7	3	42	1.49
2147566--2147748	34	5.4	34	86	3	244	39	26	7	26	1.83
2148743--2148787	20	2.2	21	85	14	60	46	0	2	51	1.13
2149020--2149056	15	2.2	17	86	13	51	54	0	0	45	1.00
2149030--2149068	20	2.0	20	90	5	62	51	0	0	48	1.00
2150717--2150750	15	2.3	15	89	0	50	23	5	5	64	1.38
2151393--2151449	21	2.8	20	86	7	71	50	0	10	38	1.37
2151960--2152014	22	2.4	23	81	6	67	80	0	16	3	0.86
2152107--2152146	18	2.3	18	87	12	57	25	0	2	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153180--2153209	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
2153232--2153274	21	2.0	21	86	8	61	67	0	0	32	0.91
2153337--2153430	24	3.8	24	72	14	75	59	3	1	36	1.20
2153409--2153457	18	2.5	21	81	18	70	63	0	0	36	0.95
2153382--2153469	32	2.6	34	77	10	101	61	2	0	36	1.09
2154124--2154185	19	3.3	19	77	6	56	61	0	0	38	0.96
2155625--2155690	28	2.4	28	97	0	123	54	0	0	45	0.99
2159761--2159794	17	2.1	17	88	5	52	26	0	14	58	1.36
2162953--2162990	2	20.0	2	84	10	53	55	0	0	44	0.99
2163419--2163463	18	2.5	18	89	7	65	31	0	0	68	0.89
2269238--2269283	20	2.4	19	81	3	56	0	30	2	67	1.03
2269609--2269648	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2280887--2280928	22	2.0	21	90	9	68	30	0	2	66	1.04
2281550--2281595	22	2.1	22	88	4	67	36	0	8	54	1.32
2282145--2282209	25	2.6	25	79	11	62	36	0	3	60	1.13
2282153--2282208	26	2.2	25	83	3	67	33	0	1	64	1.04
2282292--2282356	22	2.9	22	73	15	62	49	6	3	41	1.43
2283600--2283625	8	3.2	8	100	0	52	73	11	15	0	1.11
2289228--2289290	30	2.1	29	91	2	99	33	17	22	26	1.96
2289876--2289925	11	4.5	11	74	18	50	50	6	2	42	1.38
2289862--2289925	32	2.0	33	84	3	85	50	6	3	40	1.43
2289905--2289929	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289883--2289966	21	4.0	21	70	3	71	50	7	4	38	1.51
2289893--2289993	42	2.4	42	89	0	157	50	5	5	37	1.51
2290008--2290056	24	2.1	24	84	3	64	48	6	8	36	1.58
2290082--2290140	19	3.1	19	75	18	59	54	6	5	33	1.49
2290970--2291145	21	8.5	21	71	13	96	51	10	5	33	1.58
2291213--2291294	20	4.0	21	78	10	62	50	7	7	35	1.58
2291256--2291307	20	2.6	20	76	11	61	51	3	7	36	1.49
2292134--2292159	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2293714--2293744	11	2.7	11	95	5	53	48	0	0	51	1.00
2294005--2294075	21	3.4	21	78	18	78	50	0	0	49	1.00
2294048--2294085	17	2.2	18	85	4	51	52	0	0	47	1.00
2294232--2294281	21	2.3	23	80	16	63	36	2	0	62	1.07
2294229--2294287	21	2.8	21	73	14	59	35	3	0	61	1.13
2295202--2295231	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2295948--2295983	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2299552--2299578	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2300244--2300313	22	3.1	22	78	9	70	34	2	1	61	1.20
2300251--2300318	21	3.2	20	78	14	64	32	2	1	63	1.18
2300670--2300718	24	2.0	24	88	0	71	81	0	18	0	0.69
2301466--2301579	59	1.9	59	82	3	140	30	11	7	50	1.65
2302021--2302081	24	2.6	25	75	19	67	19	0	14	65	1.27
2303362--2303441	21	4.0	21	68	19	55	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303410--2303452	15	2.9	15	82	6	52	67	0	0	32	0.91
2305775--2305813	20	1.9	20	84	5	51	51	5	10	33	1.58
2307410--2307454	14	3.5	13	77	22	58	44	4	0	51	1.21
2308292--2308359	20	3.3	21	87	8	95	41	5	17	35	1.74
2308396--2308534	51	2.7	51	78	3	136	30	11	10	46	1.74
2317160--2317191	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2319158--2319195	19	2.0	20	84	5	51	39	5	10	44	1.61
2319157--2319195	20	2.0	20	85	10	53	38	5	10	46	1.60
2323378--2323504	8	14.9	8	70	21	64	57	0	0	42	0.98
2323381--2323504	18	6.7	17	67	27	58	57	0	0	42	0.98
2323376--2323506	33	3.8	34	77	12	117	57	0	0	42	0.98
2323439--2323516	37	2.1	37	81	9	88	65	0	0	34	0.93
2323462--2323521	24	2.3	26	76	18	63	66	0	0	33	0.92
2324617--2324673	30	1.9	30	100	0	114	29	14	12	43	1.81
2329040--2329072	15	2.3	15	90	10	52	69	0	0	30	0.88
2329036--2329076	21	2.0	21	85	0	55	68	0	0	31	0.90
2329266--2329339	31	2.5	30	89	6	116	37	0	1	60	1.05
2329266--2329356	28	3.1	29	82	10	105	40	0	3	56	1.16
2329435--2329468	15	2.1	15	89	10	50	44	0	0	55	0.99
2329418--2329468	17	3.1	17	80	11	61	43	0	0	56	0.99
2329853--2329906	26	2.1	27	82	6	67	50	0	1	48	1.11
2329882--2329944	25	2.6	24	79	16	69	60	1	1	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330127--2330176	18	2.8	19	82	17	63	60	0	2	38	1.09
2331737--2331786	17	2.9	17	79	5	57	28	0	0	72	0.86
2332997--2333058	30	2.1	28	85	11	81	32	0	4	62	1.16
2340127--2340167	21	2.0	21	85	0	55	24	2	12	60	1.43
2340168--2340208	19	2.2	19	87	12	59	53	0	0	46	1.00
2340190--2340235	24	2.0	24	83	8	60	56	0	0	43	0.99
2340825--2340851	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2341152--2341283	63	2.1	63	82	2	158	41	0	3	53	1.24
2341441--2341471	16	1.9	16	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2343463--2343497	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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