genome.fa.s76.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5639--5680	22	2.0	22	85	4	59	57	0	0	42	0.99
5702--5746	18	2.6	17	86	6	56	48	0	0	51	1.00
6048--6076	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
6058--6100	20	2.2	19	83	4	50	62	0	0	37	0.95
8554--8614	28	2.2	26	78	16	68	1	40	1	55	1.19
8569--8618	22	2.3	22	82	0	64	2	42	0	56	1.11
8628--8671	17	2.5	18	77	3	54	36	2	0	61	1.09
8662--8721	21	3.0	20	76	9	59	26	0	3	70	1.03
8685--8724	14	2.9	14	85	7	55	22	0	0	77	0.77
8662--8724	20	3.0	20	79	4	63	26	0	3	69	1.03
8655--8717	21	2.9	22	74	9	58	28	0	3	68	1.05
8800--8844	20	2.3	20	84	3	56	37	0	0	62	0.96
8822--8884	26	2.4	25	76	5	72	44	0	0	55	0.99
9584--9671	31	3.0	30	73	5	81	48	1	1	48	1.16
9654--9700	5	9.4	5	78	17	53	36	0	0	63	0.94
20700--20820	52	2.3	52	95	0	215	29	18	17	34	1.94
20700--20840	52	2.7	51	89	4	203	31	17	17	33	1.94
20918--20942	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20896--20962	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
21611--21648	20	1.9	20	100	0	76	44	10	13	31	1.77
21617--21687	20	3.5	20	78	0	70	42	12	11	33	1.79
37317--37345	11	2.5	12	88	11	51	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37715--37753	21	1.9	20	84	5	51	35	0	2	61	1.10
38566--38614	25	2.0	24	84	11	64	44	2	20	32	1.63
49663--49786	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
49663--49806	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
49795--49819	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49860--49926	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
49882--49906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54570--54594	13	1.9	13	100	0	50	60	24	0	16	1.36
56193--56274	25	3.3	25	93	3	130	56	0	0	43	0.99
56193--56259	14	5.2	13	72	20	61	53	0	0	46	1.00
56448--56651	11	19.5	11	65	22	68	37	0	2	59	1.16
56443--56512	6	11.3	6	72	22	56	34	0	2	62	1.10
56531--56632	39	2.7	38	74	12	95	39	0	0	58	1.11
60924--60968	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
62079--62104	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
62771--62866	44	2.4	39	72	23	90	48	1	0	50	1.07
62806--62860	27	2.0	27	82	0	65	47	0	0	52	1.00
65869--66503	154	4.1	153	74	10	510	41	17	13	27	1.88
65846--66396	304	1.8	303	80	5	657	42	17	13	27	1.86
67360--67413	27	2.0	27	100	0	108	40	14	0	44	1.46
67417--67447	15	2.1	15	100	0	62	38	19	6	35	1.77
68696--68728	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68788--68840	23	2.3	23	78	12	56	26	7	1	64	1.31
71716--71774	31	1.9	31	89	0	91	62	1	0	35	1.05
73172--73197	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
73154--73217	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
77272--77302	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
79527--79572	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
81954--81979	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
81936--81999	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
84632--84671	21	1.9	21	84	0	53	57	0	15	27	1.38
84721--84746	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
84732--84775	21	2.1	21	82	0	52	59	9	6	25	1.53
87797--87852	22	2.5	22	76	2	58	53	8	5	32	1.55
87908--87950	21	2.0	21	82	13	52	37	6	2	53	1.41
89508--89553	10	4.3	11	78	10	51	58	2	2	36	1.22
90591--90667	16	4.8	16	74	6	66	37	20	19	22	1.94
92657--92727	28	2.5	30	80	15	96	50	0	0	49	1.00
92661--92732	31	2.5	29	84	13	96	48	1	0	50	1.09
94308--95511	301	4.0	302	92	0	1946	40	8	16	35	1.78
98079--98113	18	1.9	18	100	0	70	45	5	0	48	1.26
98080--98123	18	2.5	18	88	3	63	47	4	2	45	1.35
98115--98237	60	2.0	61	90	1	194	32	5	6	55	1.49
98482--98857	94	4.0	94	96	1	684	38	9	8	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101582--101630	15	3.3	15	76	0	53	71	4	8	16	1.26
101580--101633	20	2.7	20	76	0	63	70	5	7	16	1.30
106767--106814	22	2.2	22	85	14	64	58	0	2	39	1.10
107045--107079	16	2.1	16	89	5	52	71	0	0	28	0.86
107500--107535	2	18.0	2	94	0	63	47	0	52	0	1.00
109090--109131	19	2.3	19	88	8	61	28	0	0	71	0.86
109566--109617	19	2.8	20	82	11	65	53	0	1	44	1.11
110365--110424	2	30.0	2	89	0	75	48	6	1	43	1.39
111477--111523	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
114888--114917	13	2.3	13	100	0	60	53	13	10	23	1.69
121364--121396	15	2.2	15	89	10	50	69	0	6	24	1.10
122839--123036	69	2.8	72	79	4	267	36	20	8	34	1.83
123890--123927	19	2.0	20	94	5	69	7	10	15	65	1.45
131840--131891	17	2.9	17	80	8	59	40	0	1	57	1.10
131906--132016	16	7.2	16	71	19	65	45	0	2	51	1.15
131938--132024	22	4.1	22	66	19	67	43	0	2	54	1.13
135791--135820	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
136202--136239	19	2.0	19	89	0	58	68	0	0	31	0.90
136773--136823	21	2.4	21	76	0	57	37	7	5	49	1.56
138229--138486	123	2.1	123	97	0	480	32	13	11	41	1.81
141870--142070	96	2.1	97	89	2	307	50	6	14	27	1.69
145240--145295	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146206--146280	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
146203--146280	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
146768--148170	29	48.9	29	90	3	2037	22	17	32	28	1.96
146756--148171	57	24.7	57	89	3	2031	22	16	32	28	1.96
149404--149466	1	63.0	1	77	0	63	0	1	9	88	0.57
149391--149467	11	6.9	11	81	10	86	1	2	10	85	0.75
149391--149467	23	3.4	23	82	8	95	1	2	10	85	0.75
153701--153774	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
153719--153794	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
153701--153794	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
153833--153858	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
154316--154382	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
155899--156072	84	2.1	84	80	6	192	54	3	17	24	1.59
159509--159582	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
159527--159602	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
159509--159602	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
159641--159666	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
160124--160190	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
169459--169515	23	2.5	23	100	0	114	63	8	10	17	1.51
170426--170500	20	3.8	20	75	3	62	40	12	13	34	1.81
170423--170500	40	2.0	39	82	2	93	39	12	12	34	1.82
172406--172457	20	2.6	20	100	0	104	34	19	5	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174792--175351	79	7.1	78	77	10	487	26	24	13	35	1.92
176773--176840	32	2.1	32	89	5	102	20	26	14	38	1.91
177495--177975	241	2.0	240	96	0	881	38	18	11	31	1.86
178030--178539	258	2.0	258	82	3	632	36	21	17	24	1.94
178031--178568	52	10.5	51	73	4	299	36	22	17	23	1.95
184827--184878	22	2.4	22	87	6	70	53	1	3	40	1.30
186256--186336	36	2.2	36	84	4	101	23	13	29	33	1.93
186273--186349	36	2.1	36	85	0	100	20	10	29	38	1.86
188311--188346	18	2.0	18	89	10	56	61	0	0	38	0.96
188372--188423	16	3.2	16	73	13	52	30	0	1	67	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13