genome.fa.s76.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782126--782750	153	4.1	152	76	9	518	39	17	16	26	1.91
784355--784397	15	2.9	15	79	3	52	65	0	0	34	0.93
784368--784403	6	6.5	6	81	18	51	66	0	0	33	0.92
789304--789328	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
789286--789363	33	2.4	32	91	2	120	35	16	15	32	1.90
789337--789361	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
794107--794156	20	2.5	20	86	0	64	34	18	12	36	1.87
794205--794258	20	2.7	20	85	2	72	35	14	11	38	1.82
794724--794752	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
795202--795325	58	2.1	57	83	4	167	49	4	4	41	1.45
798142--798236	28	3.4	28	85	4	111	31	12	24	31	1.92
798196--798745	79	7.0	78	80	8	542	34	13	25	27	1.93
798063--798317	135	1.9	135	82	8	322	33	13	23	28	1.93
798195--798745	158	3.5	155	82	6	637	34	13	25	27	1.93
798198--798745	236	2.3	237	81	6	648	34	13	24	27	1.93
801135--801241	20	5.7	20	81	12	145	45	9	18	26	1.79
801126--801196	34	2.1	34	97	0	133	47	11	16	23	1.79
808186--808220	16	2.2	16	90	10	54	31	0	20	48	1.50
808363--808540	37	4.7	37	76	7	135	26	15	20	37	1.93
808450--808592	38	3.8	36	75	9	126	27	14	18	38	1.90
808423--808592	76	2.3	73	83	5	198	25	16	18	38	1.92
808364--808592	37	6.1	38	74	10	127	27	16	18	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811054--811254	78	2.6	78	79	8	196	32	13	28	25	1.94
816012--816132	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
816012--816152	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
816141--816165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
816230--816254	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
816208--816274	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
816577--816664	9	10.0	9	71	22	71	3	20	0	76	0.93
816575--816664	26	3.4	27	76	13	89	3	20	0	76	0.92
816573--816660	21	4.3	20	72	17	65	3	18	0	78	0.89
817360--817400	19	2.1	20	86	4	57	12	4	4	78	1.07
817787--817860	28	2.6	28	89	0	112	17	24	29	28	1.97
817792--817883	28	3.3	28	84	0	103	17	22	28	31	1.97
817779--817899	28	4.3	28	81	0	80	17	20	30	31	1.96
817944--818022	28	2.8	28	86	0	104	24	18	25	31	1.98
818871--818908	17	2.2	18	85	4	51	63	5	13	18	1.48
818871--818908	16	2.2	17	86	13	51	63	5	13	18	1.48
822701--823062	158	2.3	157	82	3	424	35	11	23	29	1.90
822711--823058	79	4.4	78	78	8	348	35	10	23	29	1.89
824905--824971	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
824925--824949	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
825012--825036	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
825045--825172	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829940--830059	52	2.3	53	85	2	154	30	11	26	30	1.92
829993--830202	80	2.6	80	79	4	246	32	9	25	32	1.88
829862--830129	132	2.0	131	84	3	342	31	8	26	33	1.87
832539--832677	51	2.7	51	79	7	138	43	8	15	32	1.77
836132--836317	58	3.2	58	75	6	164	28	16	10	44	1.81
837226--837294	25	2.8	24	80	10	70	20	7	1	71	1.18
837226--837277	26	2.1	26	85	7	72	21	5	1	71	1.17
839083--839117	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
841476--841509	15	2.3	15	89	0	50	58	2	0	38	1.13
846532--846778	97	2.5	97	88	0	359	30	13	29	26	1.94
848713--848786	20	3.7	20	74	0	76	33	10	12	43	1.77
859110--859180	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
859150--859286	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
859310--859340	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
859328--859382	21	2.5	22	94	5	103	27	25	10	36	1.89
859459--859484	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
863773--863834	11	5.7	10	81	14	70	85	9	3	1	0.78
863773--863834	22	2.8	22	85	9	81	85	9	3	1	0.78
863772--863823	1	52.0	1	76	0	50	88	9	1	0	0.59
865047--865903	28	30.1	28	89	5	1158	27	30	19	22	1.98
865047--865903	85	10.0	85	89	4	1173	27	30	19	22	1.98
866460--866533	20	3.7	20	79	0	94	33	13	12	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871022--871077	20	2.8	20	89	2	78	37	17	14	30	1.90
871616--871743	47	2.7	47	93	1	222	28	25	4	42	1.75
871648--871736	26	3.6	26	67	14	80	24	28	4	42	1.74
879724--879789	20	3.7	20	73	26	83	33	18	12	36	1.88
879722--879823	33	3.1	33	95	2	179	34	18	12	34	1.89
879724--879803	13	7.2	12	74	25	86	33	17	12	36	1.87
880030--880070	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
880110--880180	20	3.6	19	75	7	61	40	15	12	30	1.85
880150--880286	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
880310--880340	10	3.1	10	95	0	53	25	29	3	41	1.71
880328--880382	21	2.5	22	94	5	94	29	25	9	36	1.87
880459--880484	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
880963--881029	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
881308--881364	19	2.9	19	89	2	87	33	17	19	29	1.95
881349--881375	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
882349--883699	28	47.6	28	81	8	761	25	15	30	28	1.96
883007--883698	55	12.7	55	87	3	909	28	14	32	25	1.95
882916--883698	27	28.6	28	85	3	915	27	15	31	25	1.95
884740--884764	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
889805--890040	96	2.4	97	85	2	323	31	11	27	29	1.92
893370--893419	24	2.1	24	85	7	66	46	0	2	52	1.12
899423--899448	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899487--899562	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
899508--899580	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
899487--899580	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
900198--900261	32	2.0	32	100	0	128	46	25	3	25	1.67
902055--902126	13	6.0	13	73	18	75	41	15	15	27	1.87
902079--902190	20	5.7	20	68	25	87	46	16	12	25	1.81
902068--902145	33	2.4	33	100	0	156	46	15	12	25	1.81
904200--904230	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
908292--908317	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
908356--908431	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
908377--908449	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
908356--908449	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
911008--911078	15	5.1	15	75	19	73	52	1	1	45	1.18
911162--911205	20	2.2	20	87	4	61	45	2	0	52	1.13
911256--911288	2	17.0	2	93	6	59	0	48	0	51	1.00
911978--912010	13	2.4	14	85	10	50	36	0	6	57	1.23
912702--912745	18	2.4	19	81	14	56	54	2	2	40	1.25
912916--912967	5	10.2	5	78	17	54	36	0	0	63	0.95
915333--915401	34	2.0	34	83	5	86	62	5	0	31	1.19
915966--916011	18	2.6	18	82	3	58	4	0	19	76	0.96
917397--917599	87	2.3	90	85	5	263	37	15	9	37	1.80
917447--917631	87	2.1	87	81	3	210	37	13	8	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921345--921401	29	2.0	29	92	0	96	47	3	3	45	1.37
921663--921730	33	2.0	33	82	2	82	35	0	7	57	1.27
921678--921754	33	2.3	33	88	0	109	33	1	5	59	1.28
924974--925007	17	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
934718--934846	52	2.5	52	96	0	231	28	17	17	35	1.93
934855--934879	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
934922--934986	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
934917--934984	32	2.1	32	97	0	127	36	17	11	33	1.86
934941--934965	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
946139--946180	18	2.5	17	84	7	50	54	4	0	40	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13