genome.fa.s76.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562464--1562490	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1567017--1567057	15	2.7	15	96	0	73	21	17	7	53	1.67
1571725--1571791	20	3.3	20	82	0	89	32	11	13	41	1.81
1571725--1571851	20	5.9	20	70	18	85	29	14	11	44	1.81
1571766--1571899	51	2.7	51	91	2	209	27	17	11	43	1.84
1575468--1575505	20	1.9	20	100	0	76	31	15	10	42	1.81
1578837--1578890	23	2.4	23	82	11	60	42	12	5	38	1.67
1579890--1579933	17	2.6	17	79	13	54	34	2	11	52	1.50
1586382--1586456	20	3.8	20	76	0	87	33	14	13	38	1.85
1598998--1599387	49	8.0	49	80	7	409	34	15	24	24	1.95
1598998--1599387	100	4.0	100	84	5	453	34	15	24	24	1.95
1599404--1599902	29	17.5	29	75	10	326	22	17	29	31	1.97
1599625--1599701	30	2.6	30	85	4	93	20	16	33	28	1.95
1599478--1599902	144	3.0	145	88	2	583	22	17	29	30	1.97
1601336--1601372	16	2.2	16	95	4	65	0	0	13	86	0.57
1615043--1615085	21	2.0	22	86	4	61	55	0	16	27	1.41
1619952--1620138	79	2.4	79	82	4	216	36	13	22	26	1.92
1620073--1620188	51	2.3	51	89	3	171	30	12	25	31	1.93
1620171--1620244	28	2.7	28	83	6	98	27	21	31	20	1.98
1620312--1620480	51	3.3	51	81	1	187	32	13	25	28	1.94
1622794--1622818	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1623526--1623625	42	2.4	42	81	8	116	42	11	29	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1623648--1623739	42	2.2	42	88	0	130	47	16	21	14	1.81
1623762--1623945	100	1.8	100	87	4	273	29	19	26	25	1.98
1624905--1624966	15	4.1	14	85	10	79	0	1	12	85	0.67
1624909--1624956	14	3.4	13	88	11	60	0	2	10	87	0.62
1624911--1624969	6	10.2	6	80	14	54	0	1	13	84	0.69
1624892--1624967	35	2.2	35	86	6	109	0	3	11	84	0.76
1624917--1624964	14	3.4	14	75	13	53	0	0	14	85	0.60
1626233--1626291	13	5.1	12	75	21	63	33	16	13	35	1.88
1626233--1626309	33	2.3	32	89	8	111	31	16	16	35	1.92
1630878--1631045	91	1.8	91	97	0	318	30	8	14	45	1.75
1633619--1634009	153	2.5	151	75	10	355	31	7	9	51	1.63
1640597--1640673	37	2.0	40	85	12	108	36	3	0	59	1.16
1641697--1641745	20	2.5	20	86	0	71	38	16	12	32	1.86
1641844--1641886	22	2.0	22	90	9	70	39	9	6	44	1.64
1644304--1644359	27	2.0	29	89	6	89	37	8	16	37	1.80
1644306--1644366	29	2.2	27	85	5	77	39	9	16	34	1.82
1645956--1646446	165	3.0	165	80	5	537	28	12	7	51	1.65
1646998--1647047	11	4.5	11	80	5	55	84	4	12	0	0.76
1646998--1647047	13	4.0	12	82	7	55	84	4	12	0	0.76
1646998--1647055	21	2.8	21	86	5	73	81	3	15	0	0.83
1647783--1647846	26	2.4	27	92	5	103	50	3	20	26	1.63
1648078--1649072	157	6.4	157	79	6	791	23	19	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1648291--1648585	143	2.1	144	86	1	414	25	15	21	37	1.93
1648462--1649103	156	4.1	155	81	5	552	22	19	21	36	1.95
1654486--1654590	48	2.2	48	84	0	129	20	22	18	39	1.93
1654605--1654719	44	2.6	44	83	2	142	23	22	16	37	1.94
1654605--1654735	44	3.0	42	77	10	120	22	22	16	38	1.93
1654826--1654918	43	2.2	42	80	7	98	19	26	19	34	1.96
1654856--1654984	43	3.0	43	80	5	120	18	30	18	32	1.95
1654948--1655349	42	9.5	42	74	6	224	22	28	17	31	1.96
1655029--1655284	85	3.1	84	77	8	245	22	29	17	30	1.97
1655083--1655328	83	2.9	83	74	5	183	21	29	16	32	1.95
1655079--1655338	125	2.1	127	83	2	319	21	28	17	31	1.96
1655390--1656509	42	26.4	42	73	7	557	21	28	18	31	1.97
1655232--1655509	153	1.8	153	82	6	366	24	30	16	29	1.96
1655384--1656466	85	12.8	83	75	9	344	22	28	18	31	1.97
1655579--1656371	43	18.6	42	72	8	218	21	28	18	31	1.97
1655390--1656400	128	8.0	124	74	10	360	21	28	18	30	1.97
1655412--1656509	212	5.2	212	76	4	854	21	28	18	31	1.97
1655401--1656513	170	6.6	169	76	6	773	21	28	18	31	1.97
1657697--1658237	154	3.5	153	76	4	512	38	21	17	23	1.93
1659395--1659424	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
1659375--1659441	33	2.0	33	85	5	91	35	16	11	35	1.86
1666566--1666618	20	2.7	20	96	0	97	39	13	11	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666662--1666724	33	1.9	33	87	6	92	38	19	12	30	1.89
1666794--1666845	20	2.6	20	90	0	86	32	15	21	30	1.94
1667364--1667823	163	2.8	161	88	2	661	40	9	11	38	1.74
1668631--1668669	11	3.5	11	83	16	53	0	25	0	74	0.82
1669304--1669786	165	2.9	162	81	6	558	50	8	14	26	1.70
1671008--1672298	84	15.5	84	67	8	385	43	13	25	17	1.86
1671198--1671675	252	1.9	251	82	3	593	42	13	25	18	1.86
1671103--1671501	168	2.4	168	84	1	514	42	12	26	17	1.85
1671272--1671746	252	1.9	252	82	2	605	44	13	25	17	1.85
1671594--1671906	160	2.0	161	83	3	407	43	15	25	15	1.86
1673810--1673852	14	3.0	14	93	3	68	41	13	13	30	1.84
1677762--1677806	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1680855--1681015	41	3.8	42	73	11	132	34	18	27	19	1.95
1680881--1681772	85	10.5	83	73	9	486	34	17	26	21	1.95
1680895--1681768	338	2.6	337	77	6	924	34	17	26	21	1.95
1681730--1681843	43	2.7	43	84	4	133	33	17	28	20	1.95
1681315--1681842	254	2.1	256	80	5	579	34	16	27	21	1.95
1681303--1681894	254	2.3	251	78	6	557	33	17	27	21	1.95
1681634--1682163	127	4.2	126	71	9	349	34	18	27	19	1.95
1680648--1682327	42	39.7	42	69	7	327	34	17	27	20	1.95
1681972--1682391	85	5.0	85	75	4	321	33	17	28	19	1.95
1681992--1682393	170	2.4	169	77	5	391	33	17	28	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1682455--1682577	42	2.9	41	76	9	131	40	17	24	17	1.90
1682771--1682949	48	3.8	47	72	5	164	40	17	21	20	1.91
1683667--1683782	44	2.6	45	79	4	128	43	12	20	23	1.85
1684568--1684600	9	3.7	9	84	15	50	3	18	0	78	0.87
1684567--1684601	18	1.9	18	100	0	70	5	17	0	77	0.96
1688385--1689051	156	4.3	153	79	5	631	37	21	16	24	1.93
1688387--1689051	311	2.1	311	81	3	757	38	21	16	24	1.93
1689591--1689827	128	1.9	127	84	4	325	42	16	9	31	1.80
1690207--1690885	43	16.0	43	79	4	524	19	29	20	30	1.97
1690200--1690871	298	2.3	297	82	2	785	19	29	20	30	1.97
1691438--1691486	20	2.5	19	80	3	53	32	18	12	36	1.88
1695367--1695393	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1695377--1695433	19	2.9	19	84	2	78	33	17	14	35	1.90
1695483--1695507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1697105--1697135	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
1703186--1703261	33	2.3	33	81	0	80	26	28	14	30	1.95
1704165--1704189	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
1704176--1704231	20	2.8	20	89	2	78	28	16	17	37	1.91
1709814--1709840	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
1709825--1709872	19	2.5	19	89	3	69	29	18	12	39	1.88
1711545--1712139	166	3.6	165	84	3	716	28	10	8	52	1.65
1711545--1712155	167	3.7	165	84	2	751	28	11	8	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1713922--1714830	157	5.8	156	83	3	909	23	19	20	36	1.95
1714689--1714964	141	2.0	141	88	0	408	21	19	19	39	1.93
1721450--1721480	12	2.6	12	94	0	53	32	9	25	32	1.88
1727585--1727622	13	2.9	13	92	0	67	31	18	15	34	1.92
1728808--1728836	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
1732298--1732506	91	2.3	91	87	0	292	41	13	14	30	1.85
1732437--1732510	20	3.7	20	83	7	96	40	13	16	29	1.86
1734417--1734469	20	2.7	20	78	0	70	35	15	16	32	1.90
1734437--1734501	33	2.0	33	93	0	112	35	18	13	32	1.90
1734429--1734495	20	3.7	20	72	25	76	34	17	14	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13