genome.fa.s76.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  8  of  13  ( 1456 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1383057--1383398	52	6.5	53	70	17	205	29	26	12	31	1.93
1383174--1383242	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
1383120--1383512	107	3.7	105	73	11	341	27	27	14	30	1.95
1383062--1383397	104	3.2	103	71	13	297	30	25	12	31	1.93
1383382--1383458	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
1383060--1383465	212	1.9	212	89	3	638	28	27	13	30	1.94
1393248--1393323	11	7.2	10	77	15	73	82	5	11	0	0.81
1394289--1394884	59	10.3	59	86	6	737	26	28	20	24	1.99
1395621--1395698	21	3.7	21	87	3	113	37	12	15	34	1.86
1395734--1395798	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
1395736--1395806	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
1395755--1395779	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1396385--1396416	11	3.1	11	86	13	50	78	21	0	0	0.76
1398299--1398417	52	2.3	49	80	12	139	29	29	10	30	1.91
1405716--1405774	28	2.1	28	100	0	118	40	27	13	18	1.88
1406357--1406446	37	2.4	37	83	3	110	28	12	17	41	1.86
1407069--1407560	259	1.9	260	92	0	824	38	11	12	37	1.80
1408253--1408300	24	2.0	24	92	8	80	43	4	0	52	1.20
1411317--1411368	18	2.9	18	94	0	86	34	28	9	26	1.88
1411291--1411380	36	2.6	35	82	5	103	35	25	7	31	1.84
1411291--1411380	18	5.2	17	79	9	85	35	25	7	31	1.84
1412970--1413033	20	3.2	20	79	0	74	32	17	9	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1426967--1427037	9	7.8	9	81	7	72	81	15	0	2	0.80
1426966--1427026	9	6.7	9	85	10	88	85	13	0	1	0.68
1426964--1427028	17	3.7	18	80	10	80	81	16	0	1	0.77
1426976--1427049	29	2.5	29	86	4	94	81	13	1	4	0.91
1426967--1427038	18	3.9	18	82	12	85	81	15	0	2	0.79
1426968--1427038	17	3.9	17	79	20	74	81	15	0	2	0.80
1428270--1428735	28	16.5	28	84	6	532	29	32	16	21	1.95
1428381--1428421	21	2.0	21	90	9	66	34	36	9	19	1.85
1428404--1428700	85	3.5	85	90	2	434	29	31	16	21	1.95
1428811--1428933	49	2.6	45	79	9	113	22	26	18	31	1.97
1429628--1429702	20	3.8	20	81	0	96	32	13	14	40	1.85
1434772--1434802	14	2.2	14	100	0	62	29	12	6	51	1.65
1436061--1436131	18	3.9	18	92	0	106	33	28	8	29	1.86
1436064--1436130	9	7.4	9	72	0	53	34	26	7	31	1.84
1436061--1436143	18	4.8	17	86	7	89	36	26	7	30	1.83
1446323--1446931	320	1.9	320	93	0	1058	35	16	21	26	1.95
1453519--1453972	28	15.8	28	84	5	543	29	31	16	21	1.96
1453544--1454017	144	3.3	141	82	7	493	30	31	16	22	1.95
1454108--1454381	48	5.8	48	85	0	336	19	28	16	35	1.93
1454112--1454381	144	1.9	142	85	3	371	19	28	16	35	1.93
1458914--1458939	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1459636--1459680	21	2.1	21	95	0	81	33	31	6	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1460328--1460395	34	2.0	34	100	0	136	14	17	38	29	1.90
1461523--1461560	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
1463649--1463679	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1465483--1465527	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1467758--1467783	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1472226--1472251	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1474721--1474746	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1476831--1476861	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1480919--1480944	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1484215--1484392	48	3.8	48	90	1	252	33	18	28	19	1.96
1484215--1484417	48	4.3	47	88	1	241	33	18	27	20	1.96
1484215--1484392	94	1.9	95	85	2	250	33	18	28	19	1.96
1484540--1484713	28	6.0	29	83	7	203	18	15	34	31	1.93
1484540--1484714	56	3.0	58	85	5	246	18	15	34	30	1.92
1484745--1484922	48	3.8	48	90	1	252	33	19	27	19	1.96
1484839--1484913	25	3.2	25	61	14	59	32	21	26	20	1.97
1484855--1484928	24	3.2	24	60	21	57	35	18	27	18	1.95
1484745--1484947	48	4.4	45	85	5	228	33	19	26	20	1.96
1485070--1485243	28	6.0	29	83	7	203	18	15	34	31	1.93
1485070--1485244	56	3.0	58	85	5	246	18	15	34	30	1.92
1484185--1485773	530	3.0	530	99	0	3151	29	16	28	25	1.97
1485275--1485452	48	3.8	48	88	1	243	33	19	27	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485369--1485443	25	3.2	25	61	14	59	32	21	26	20	1.97
1485385--1485458	24	3.2	24	60	21	57	35	18	27	18	1.95
1485275--1485477	48	4.4	45	84	5	219	33	18	26	20	1.96
1485600--1486390	227	3.5	226	84	4	951	21	16	31	30	1.96
1485600--1486384	28	27.5	28	84	6	844	21	16	31	30	1.96
1499761--1500008	91	2.7	91	90	0	370	41	13	14	29	1.84
1499813--1499974	20	7.6	20	78	14	144	39	14	13	32	1.85
1500738--1500773	3	12.0	3	93	0	63	30	2	0	66	1.06
1501474--1501568	9	10.6	9	80	20	94	78	1	12	7	0.99
1501477--1501561	35	2.4	35	98	2	161	78	1	12	7	1.00
1502055--1502096	19	2.2	20	86	4	59	7	7	14	71	1.29
1502051--1502101	24	2.1	24	85	10	68	7	7	13	70	1.32
1502203--1502266	11	5.8	11	80	8	51	29	3	3	64	1.24
1502214--1502301	35	2.5	35	85	5	106	32	1	4	61	1.24
1502675--1502709	15	2.3	15	95	0	61	22	0	8	68	1.16
1512006--1512053	24	2.0	24	83	0	60	41	6	22	29	1.78
1512181--1512206	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1513326--1513445	40	3.0	40	79	9	111	19	20	16	44	1.87
1513793--1514060	65	4.1	66	75	7	179	20	23	14	41	1.89
1516852--1516958	47	2.3	47	100	0	214	34	18	28	18	1.95
1516836--1517430	48	12.8	48	73	14	256	31	17	26	25	1.97
1517075--1517235	39	3.9	39	72	16	135	26	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1517027--1517290	87	3.0	87	91	2	406	26	18	27	27	1.98
1517114--1517430	135	2.3	138	84	4	419	29	17	26	26	1.98
1517210--1517436	91	2.4	91	84	5	276	29	18	26	25	1.98
1517589--1517769	30	5.9	30	82	5	193	30	15	28	24	1.96
1517573--1517774	31	6.4	31	80	6	203	31	14	29	24	1.94
1517759--1518033	29	9.6	28	76	7	239	21	18	29	30	1.97
1517759--1518033	57	4.8	57	82	3	275	21	18	29	30	1.97
1518393--1518477	37	2.3	37	97	0	161	43	14	16	25	1.85
1519502--1519546	23	2.0	24	91	8	76	4	2	8	84	0.84
1523975--1524000	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1524061--1524133	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1524039--1524133	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
1524739--1524784	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
1526590--1526628	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1526614--1526692	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
1528706--1528736	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1532798--1532823	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1532884--1532956	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1532862--1532956	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
1538895--1539075	52	3.5	52	93	0	290	28	18	17	35	1.94
1539084--1539108	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1539149--1539212	32	1.9	33	90	6	103	32	15	14	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1547156--1547183	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1547313--1547350	20	1.9	19	94	5	67	39	13	10	36	1.79
1547576--1547853	66	4.2	65	76	4	191	21	24	14	39	1.91
1547619--1547853	66	3.6	64	78	7	197	19	24	16	39	1.91
1550049--1550091	20	2.1	21	87	12	63	23	2	16	58	1.50
1550056--1550098	19	2.2	20	84	12	54	27	4	13	53	1.60
1550246--1550287	21	2.0	21	95	0	75	14	4	11	69	1.34
1550158--1550357	110	1.8	110	92	0	337	28	5	17	49	1.68
1557978--1558036	31	1.9	30	83	10	75	64	5	1	28	1.24
1562424--1562479	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13