genome.fa.s76.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192738--192793	28	2.0	28	100	0	112	46	7	7	39	1.59
192799--192840	6	7.0	6	100	0	84	33	0	16	50	1.46
193169--193231	29	2.2	29	97	0	117	11	15	19	53	1.71
194207--194247	21	1.9	22	85	14	59	39	2	2	56	1.26
194470--194497	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
194497--194523	2	13.5	2	100	0	54	48	51	0	0	1.00
194882--194919	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
199929--200002	36	2.1	36	87	5	105	22	13	28	35	1.92
199937--200015	36	2.2	36	83	0	95	21	10	29	39	1.86
215358--215403	19	2.4	21	86	13	64	50	0	0	50	1.00
216625--216655	11	2.7	11	95	5	53	54	12	0	32	1.38
220728--220752	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
222728--222769	6	7.3	6	78	10	52	23	4	0	71	1.05
222728--222769	11	3.7	11	93	3	66	23	4	0	71	1.05
224259--224314	20	2.7	21	89	10	80	28	16	12	42	1.84
226408--226444	14	2.7	13	91	8	56	16	16	10	56	1.66
238327--238382	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
238433--238484	19	2.7	20	84	6	79	44	13	11	30	1.79
250173--250212	21	1.9	21	84	0	53	57	2	22	17	1.52
256781--256816	13	2.8	13	91	0	54	38	16	8	36	1.79
261275--261299	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
261339--261408	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261364--261388	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
262243--262295	21	2.4	22	90	6	81	43	0	18	37	1.51
262835--262898	33	2.0	32	90	3	101	29	17	12	40	1.86
262864--262918	19	2.8	20	88	2	76	36	14	12	36	1.84
262865--262918	20	2.8	19	88	2	72	37	12	12	37	1.83
264506--264620	57	2.0	57	91	0	185	17	14	11	56	1.67
266540--266825	153	1.9	154	82	5	366	32	10	8	48	1.68
266830--266854	13	1.9	13	100	0	50	16	4	8	72	1.24
267329--267375	10	4.7	10	78	19	53	72	0	27	0	0.85
270780--270925	51	2.9	51	91	1	240	45	11	15	26	1.81
271269--271357	13	5.9	13	69	27	52	34	13	19	32	1.90
271250--271384	32	4.2	32	95	0	216	34	12	18	34	1.89
271249--271376	19	7.7	18	68	28	88	35	12	17	34	1.88
271408--271474	34	2.0	33	85	2	89	26	13	13	46	1.80
274043--274212	52	3.3	51	81	2	196	30	27	11	31	1.91
274223--274428	78	2.6	79	79	3	227	24	29	16	29	1.97
277830--277958	52	2.5	52	92	0	222	29	18	17	34	1.94
277830--277978	52	2.9	51	86	4	210	30	18	17	33	1.94
277967--277991	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
278032--278163	33	4.0	33	96	1	239	34	16	12	35	1.87
278066--278164	20	5.7	20	68	30	91	34	17	13	35	1.88
278086--278143	13	3.9	13	73	26	53	32	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279035--279565	52	10.8	52	76	13	276	32	16	25	25	1.96
279159--279226	22	3.1	22	62	19	52	30	17	25	26	1.97
279141--279518	43	8.2	43	74	14	297	31	17	26	25	1.97
279093--279560	144	3.3	142	82	6	545	31	17	25	25	1.97
279141--279518	92	4.1	92	83	7	419	31	17	26	25	1.97
279090--279559	236	2.0	238	90	2	741	31	17	25	25	1.97
279582--279733	28	5.3	28	87	5	191	19	16	27	36	1.93
279582--279738	86	1.8	84	81	12	196	21	15	27	35	1.94
279724--279798	35	2.2	35	80	2	89	34	9	33	22	1.86
279782--279947	29	5.8	29	81	4	174	24	17	30	28	1.97
279628--279953	86	3.7	88	72	13	265	26	15	29	28	1.96
281139--281176	16	2.5	15	87	8	58	7	2	0	89	0.57
294128--294168	19	2.1	19	86	9	55	43	14	17	24	1.86
295109--295133	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
295173--295239	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
295195--295219	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
566647--566699	20	2.7	20	93	0	88	45	15	7	32	1.74
566760--566784	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
566742--566804	33	1.9	33	86	0	90	38	19	9	33	1.84
566834--566887	19	2.8	20	80	2	65	38	16	12	31	1.87
567607--567661	21	2.7	21	88	2	76	36	16	12	34	1.87
567626--567805	74	2.4	74	89	0	272	33	14	15	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
567813--567837	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
567795--567858	33	2.0	32	87	3	92	39	14	15	31	1.87
569974--570015	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
571040--571081	21	2.0	21	85	0	57	2	23	0	73	0.94
571443--572217	164	4.7	163	81	6	773	50	9	9	30	1.67
571470--572207	329	2.2	329	81	6	870	51	8	10	29	1.66
571443--572311	329	2.6	329	77	8	858	50	8	10	30	1.66
573546--573746	79	2.5	78	84	3	269	31	16	26	25	1.96
573704--573771	27	2.5	27	86	9	93	30	14	29	25	1.95
573761--573857	51	1.9	51	91	4	160	35	7	23	34	1.83
573757--573873	51	2.3	51	85	5	157	33	9	25	31	1.88
576231--576364	50	2.7	50	91	3	209	41	17	15	24	1.89
576974--577270	84	3.5	85	78	7	305	41	12	25	20	1.87
576950--577302	42	8.4	41	74	11	261	39	13	25	22	1.90
576974--577270	85	3.5	85	79	7	298	41	12	25	20	1.87
577040--577307	85	3.2	85	80	6	260	41	12	25	21	1.88
577277--577764	61	8.0	60	82	5	464	29	19	25	25	1.99
577274--577744	183	2.6	183	84	6	587	29	19	25	25	1.99
578571--578620	13	3.8	12	78	17	55	0	6	14	80	0.90
591031--591282	79	3.2	77	86	3	324	31	15	26	26	1.96
591234--591307	28	2.7	27	89	8	105	25	20	31	22	1.98
591155--591355	107	1.9	107	86	2	287	31	14	27	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
591294--591399	51	2.1	51	92	0	176	33	8	25	33	1.86
594332--594373	21	2.0	22	90	4	68	54	9	0	35	1.33
599173--599412	99	2.4	97	78	8	252	28	22	11	37	1.88
599527--599567	21	2.0	21	85	9	57	36	17	19	26	1.94
601110--601156	22	2.1	22	88	4	67	40	0	0	59	0.97
601096--601171	16	4.6	17	79	8	68	42	0	1	56	1.07
601907--601999	29	3.2	29	84	4	107	44	2	0	53	1.12
602105--602205	50	2.0	51	94	1	177	37	11	19	30	1.88
607376--607434	16	3.7	16	81	0	64	35	32	18	13	1.90
608722--609041	174	1.9	163	85	11	445	38	9	11	40	1.73
609568--609610	16	2.8	16	82	6	54	48	13	11	25	1.77
610608--610661	20	2.7	20	88	11	76	33	18	14	33	1.92
610689--610746	19	3.1	18	88	11	89	32	15	17	34	1.91
610730--610755	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
614382--614411	15	1.9	16	93	6	53	13	6	13	66	1.43
617836--617910	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
617833--617910	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
618472--619023	29	18.9	29	86	6	717	22	16	31	29	1.96
618472--619023	57	9.4	58	86	6	690	22	16	31	29	1.96
618471--619023	144	3.8	145	88	3	765	22	16	31	29	1.96
620266--620313	1	48.0	1	78	0	51	0	0	10	89	0.48
620265--620312	8	6.0	8	85	9	71	0	0	12	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620255--620313	9	6.9	9	75	16	63	0	1	11	86	0.65
620243--620313	32	2.2	32	87	2	99	1	2	11	84	0.79
620269--620311	15	2.9	15	90	10	63	0	0	11	88	0.52
620266--620313	23	2.1	23	92	7	80	0	0	10	89	0.48
621117--621142	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
623353--623397	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
625201--625239	15	2.6	15	88	8	53	53	15	17	12	1.72
627301--627339	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
629887--629912	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
631544--631571	13	2.2	13	100	0	56	14	46	0	39	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13