genome.fa.s76.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2182696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032574--2032813	79	3.1	77	81	3	293	26	27	13	33	1.93
2037585--2037713	52	2.5	52	94	0	240	27	17	18	35	1.94
2037722--2037746	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2037791--2037842	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2039261--2039442	78	2.3	79	76	0	177	23	15	13	47	1.81
2040724--2040809	41	2.1	41	97	0	163	53	8	6	31	1.57
2042045--2042130	41	2.1	41	97	0	163	54	9	5	30	1.56
2043371--2043450	41	2.0	41	94	0	142	52	7	8	31	1.60
2049103--2049158	23	2.5	22	75	18	60	76	5	16	1	1.05
2055449--2055575	8	15.6	8	70	19	68	41	0	0	58	0.98
2055448--2055591	20	7.5	20	67	24	71	40	0	0	59	0.98
2055469--2055499	15	2.0	16	93	6	55	25	0	0	74	0.82
2055512--2055574	19	3.7	18	72	27	57	46	0	0	53	1.00
2055512--2055588	25	3.0	26	81	12	88	44	0	0	55	0.99
2055533--2055594	11	5.2	11	79	14	61	40	0	0	59	0.97
2055810--2055845	17	2.0	19	89	10	58	25	0	0	75	0.81
2056738--2056800	22	2.9	21	80	15	65	69	1	4	23	1.16
2056739--2056800	23	2.7	23	79	16	67	69	1	4	24	1.17
2057187--2057212	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2059667--2059978	79	3.9	79	78	10	323	25	25	14	33	1.94
2059666--2059976	158	2.0	158	84	6	407	26	25	14	33	1.95
2063874--2063908	19	1.9	19	88	11	56	60	5	0	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064183--2064239	22	2.5	23	80	13	64	28	5	5	61	1.39
2064408--2064473	32	2.0	33	88	2	98	50	1	0	48	1.10
2068866--2069014	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
2069003--2069027	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2069089--2069113	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2069968--2070702	377	1.9	377	99	0	1445	30	14	11	43	1.80
2071114--2071151	18	2.1	18	95	0	67	23	5	18	52	1.65
2076672--2076800	52	2.5	52	93	0	222	28	17	17	36	1.93
2076672--2076820	52	2.9	51	80	9	176	30	16	17	34	1.93
2076878--2076928	20	2.6	20	84	3	68	45	17	7	29	1.77
2077795--2077843	21	2.3	22	86	10	66	8	22	0	69	1.14
2078106--2078150	14	3.3	13	85	14	56	77	0	0	22	0.76
2078106--2078151	19	2.5	19	89	3	67	78	0	0	21	0.76
2078106--2078151	9	4.9	10	79	10	53	78	0	0	21	0.76
2078374--2079401	166	6.2	164	83	6	1195	51	7	12	28	1.67
2078374--2079415	165	6.3	162	83	4	1121	51	7	12	28	1.67
2080470--2080600	43	3.1	43	74	10	142	35	16	32	16	1.90
2080762--2081227	89	5.2	89	89	2	659	38	16	22	21	1.93
2080762--2081220	179	2.6	178	88	2	663	38	16	23	21	1.93
2082275--2082326	20	2.6	20	90	0	77	42	11	15	30	1.82
2082380--2082405	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2082360--2082427	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084796--2084865	22	3.1	22	91	4	113	31	27	0	41	1.56
2086698--2086751	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
2086698--2086766	20	3.5	19	86	7	68	37	17	15	28	1.91
2087326--2087431	38	2.8	38	87	8	139	41	18	1	37	1.62
2092942--2092967	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2096462--2096518	20	2.9	20	84	7	73	29	15	15	38	1.89
2096502--2096532	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
2096483--2096547	33	2.0	33	87	6	96	30	18	15	35	1.92
2096598--2096626	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2099039--2099065	14	1.9	14	100	0	54	29	0	29	40	1.57
2101947--2102028	19	4.6	19	82	17	113	32	12	18	36	1.88
2101966--2102036	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
2101985--2102009	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2110897--2110921	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2110964--2111061	19	5.8	18	70	28	81	36	17	13	32	1.88
2110959--2111059	32	3.1	32	95	1	175	35	17	12	33	1.88
2110983--2111039	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2111780--2111906	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
2111856--2112839	43	20.9	52	77	13	706	31	17	25	25	1.97
2111964--2112839	43	19.1	43	79	12	863	30	18	25	25	1.98
2111911--2112839	92	10.0	92	87	6	1208	30	17	25	25	1.97
2112201--2112268	21	3.2	21	62	25	52	27	17	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111911--2112839	184	5.0	184	88	7	1337	30	17	25	25	1.97
2112835--2112941	32	3.4	32	84	6	155	20	16	32	29	1.95
2112942--2113279	97	3.4	99	85	4	452	34	13	32	20	1.90
2113175--2113360	61	3.0	62	87	4	268	31	12	34	22	1.91
2113087--2113461	161	2.3	164	82	8	473	33	12	32	21	1.91
2113087--2113426	158	2.1	164	83	8	446	32	12	32	21	1.91
2113302--2113455	66	2.3	68	80	4	170	31	13	33	21	1.92
2113300--2113462	34	4.9	34	78	10	156	33	12	33	20	1.91
2113263--2113463	100	2.0	97	83	8	246	33	12	33	20	1.90
2114415--2114466	15	3.4	16	76	12	65	0	9	9	80	0.90
2114711--2114738	14	2.0	14	100	0	56	0	0	14	85	0.59
2117667--2117740	20	3.8	20	76	3	78	33	13	12	40	1.82
2117667--2117743	39	2.0	39	84	5	102	33	12	12	40	1.82
2118650--2118705	22	2.6	22	94	5	98	17	8	8	64	1.48
2125160--2125232	20	3.6	20	79	3	92	36	13	17	31	1.89
2125178--2125253	21	3.7	21	76	3	91	43	11	15	28	1.83
2125160--2125253	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
2125292--2125317	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2129379--2129409	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2130169--2130248	20	3.8	20	78	15	88	26	13	15	45	1.83
2130234--2130272	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
2132726--2132798	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132744--2132819	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2132726--2132819	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2132858--2132883	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2140524--2140584	11	5.2	11	79	18	61	85	8	3	3	0.82
2140524--2140584	12	5.1	12	82	6	70	85	8	3	3	0.82
2140524--2140584	22	2.7	23	85	10	72	85	8	3	3	0.82
2140524--2140574	25	2.0	25	88	0	75	88	7	1	1	0.67
2141804--2142548	28	25.9	29	86	4	937	28	30	17	23	1.97
2141806--2142560	86	8.8	85	86	5	939	28	30	17	23	1.97
2143074--2143148	20	3.8	20	81	0	96	33	13	13	40	1.83
2143074--2143151	40	2.0	39	89	2	120	33	12	14	39	1.84
2144059--2144116	22	2.7	23	92	7	95	20	8	8	62	1.51
2150550--2150647	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
2150545--2150645	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
2150569--2150625	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2152259--2152333	18	3.8	19	81	12	89	81	17	0	1	0.76
2152268--2152320	26	2.0	27	88	3	81	83	16	0	0	0.66
2152259--2152333	29	2.5	29	81	12	89	81	17	0	1	0.76
2153744--2153847	35	2.9	36	87	2	158	18	32	11	37	1.87
2153653--2153847	63	3.0	65	78	13	193	20	32	12	34	1.90
2153814--2153867	27	2.0	27	100	0	108	22	37	14	25	1.93
2153624--2153908	98	2.9	93	80	14	310	22	32	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153781--2153908	63	2.0	63	80	8	145	21	32	13	32	1.92
2153940--2154763	52	16.8	49	80	8	812	23	25	18	32	1.97
2153940--2154411	43	10.0	43	77	14	359	23	25	19	32	1.97
2154100--2154168	21	3.2	21	64	31	56	24	26	18	30	1.98
2154093--2154158	22	3.0	22	62	33	52	24	25	19	30	1.98
2154213--2154763	101	5.4	101	89	3	775	23	26	17	32	1.97
2153940--2154763	202	4.2	193	83	8	911	23	25	18	32	1.97
2155413--2155451	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
2155487--2155551	19	3.8	18	71	24	68	32	10	16	40	1.84
2155489--2155558	32	2.2	32	94	0	122	32	11	17	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13