genome.fa.s84.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2025335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17--202	54	3.3	55	81	14	222	26	20	24	27	1.99
69--345	151	1.8	151	85	4	389	25	20	27	26	1.99
305--465	56	3.0	53	83	7	191	27	21	22	27	1.99
1--566	260	2.1	263	83	7	731	28	19	26	26	1.99
1553--1613	23	2.8	22	80	11	63	3	4	8	83	0.89
1551--1616	14	4.6	14	74	22	57	3	6	7	83	0.90
11760--11825	19	3.8	19	77	22	90	33	12	18	36	1.88
11762--11825	32	2.0	32	100	0	128	34	12	18	34	1.89
11781--11806	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11867--11891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11900--12028	52	2.5	52	96	0	240	34	17	19	27	1.95
16157--16184	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
16227--16291	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
16247--16271	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24813--24948	50	2.7	51	91	1	220	41	13	18	26	1.88
26246--26433	86	2.2	86	81	6	211	34	11	27	26	1.91
26279--26474	86	2.3	87	80	8	222	37	11	23	27	1.89
26286--26553	86	3.1	86	75	10	215	37	12	22	27	1.90
30104--30275	56	3.1	56	83	3	184	24	15	25	34	1.95
34537--34598	9	6.9	9	74	7	54	3	17	0	79	0.87
34570--34609	13	3.2	13	80	20	50	0	22	0	77	0.77
34546--34609	24	2.7	24	83	11	78	3	20	0	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35191--35517	166	2.0	167	84	2	435	52	10	9	27	1.66
35362--35677	155	2.0	154	80	4	350	50	8	9	31	1.66
39051--39075	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
39033--39094	32	1.9	33	90	3	99	38	12	16	32	1.86
42060--42215	79	2.0	79	96	0	285	34	12	19	32	1.90
42458--42496	20	1.9	21	89	5	62	43	12	30	12	1.81
43089--43444	190	1.9	189	85	0	487	30	13	23	32	1.94
46587--46649	11	5.5	12	76	17	55	7	15	0	76	1.01
46589--46628	19	2.1	19	90	0	62	2	15	0	82	0.77
50422--50597	87	2.0	87	91	0	280	38	17	15	29	1.90
50738--50799	20	3.1	20	95	0	115	40	8	19	32	1.81
53602--53632	14	2.3	14	94	5	55	12	0	9	77	0.99
53601--53632	13	2.3	15	84	15	50	12	0	9	78	0.97
53646--53675	16	1.9	15	93	6	51	30	16	6	46	1.73
55507--55560	20	2.6	21	82	2	65	27	14	16	40	1.88
56830--57402	156	3.7	155	77	6	398	24	17	20	36	1.94
60288--60326	17	2.3	17	83	12	53	79	0	17	2	0.84
60283--60327	16	2.6	18	80	16	51	80	0	17	2	0.82
60908--61203	112	2.6	110	81	8	332	32	16	14	37	1.89
61509--61703	87	2.2	88	80	0	212	24	16	14	44	1.85
62429--62630	89	2.3	89	90	0	323	30	31	12	25	1.93
62922--62994	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62940--63015	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
62922--63015	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
63054--63079	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
68277--68478	89	2.3	89	89	1	316	30	31	12	24	1.93
68770--68842	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
68788--68863	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
68770--68863	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
68902--68927	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75032--75110	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
75097--75135	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
77564--77636	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
77582--77657	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
77564--77657	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
77696--77721	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78914--79095	35	5.2	35	81	2	197	24	24	8	42	1.83
78938--79095	69	2.3	70	87	1	219	25	24	8	41	1.84
79084--79203	46	2.6	47	91	1	188	21	25	11	40	1.87
79249--79338	44	2.0	44	81	8	103	16	15	22	45	1.85
79426--79526	45	2.3	44	83	8	116	20	20	17	40	1.91
79354--79526	44	3.9	43	71	13	145	19	20	17	43	1.88
79311--79703	133	3.0	131	84	2	482	20	23	15	40	1.90
79508--79703	44	4.5	44	74	7	175	20	26	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79313--79754	132	3.3	131	80	5	460	20	23	16	40	1.91
79729--79811	43	1.9	44	82	7	107	22	24	15	37	1.93
82071--82127	11	5.1	11	83	10	71	77	0	19	3	0.92
82071--82134	22	2.9	22	81	11	76	76	0	17	6	0.98
86304--86358	19	2.8	20	80	5	67	38	20	10	30	1.87
86344--86370	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
88313--88358	13	3.6	13	88	5	76	39	13	15	32	1.85
95293--95343	21	2.5	19	79	14	57	58	15	1	23	1.47
95300--95343	21	2.0	22	91	4	72	61	15	0	22	1.34
98306--98344	19	2.1	19	85	9	53	23	23	15	38	1.92
101146--101437	144	2.0	145	87	2	426	32	17	14	35	1.90
102070--102123	21	2.6	21	85	5	65	31	3	24	40	1.72
103803--103851	23	2.2	22	81	3	53	65	14	4	16	1.42
104315--104387	28	2.6	28	93	0	119	23	12	34	30	1.91
110045--110230	79	2.4	81	82	6	222	32	9	26	31	1.88
110157--110215	28	2.0	28	83	9	73	28	8	28	33	1.87
110045--110267	79	2.8	79	79	4	211	32	9	26	30	1.89
110126--110398	130	2.1	130	80	7	295	34	9	25	30	1.88
110250--110399	80	1.9	78	80	5	176	34	9	25	31	1.87
111112--111178	28	2.3	29	82	12	84	73	4	17	4	1.18
111151--111208	30	2.0	29	82	3	71	74	6	13	5	1.20
111158--111212	21	2.5	22	75	13	69	72	3	16	7	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111222--111268	21	2.1	23	92	7	80	59	17	19	4	1.53
126208--126252	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
128055--128085	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
132726--132751	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
135183--135224	15	2.8	16	82	10	61	30	16	2	50	1.58
136006--136031	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
136070--136145	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
136091--136163	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
136070--136163	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
138576--138614	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
138600--138678	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
140694--140724	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
144785--144810	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
144849--144924	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
144870--144942	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
144849--144942	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
147736--147831	50	1.9	50	93	0	165	32	9	27	31	1.88
147725--148058	129	2.6	128	82	5	404	32	13	25	28	1.93
147864--147980	51	2.3	51	87	0	171	29	13	27	29	1.94
147915--148353	79	5.6	78	79	5	411	32	13	25	27	1.94
150694--150826	48	2.7	49	84	4	171	43	13	15	27	1.84
153674--153728	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153780--153831	20	2.6	20	85	8	70	40	17	13	28	1.87
159972--160048	13	5.9	13	92	0	127	31	20	15	32	1.94
160169--160214	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
162511--162565	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
162637--162662	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
162618--162682	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
167958--169131	42	28.6	42	71	12	485	16	24	17	41	1.89
168474--168549	36	2.1	36	90	0	116	11	25	19	43	1.85
168390--169118	119	6.0	120	69	12	332	15	23	17	43	1.87
168266--169131	161	5.3	159	73	12	481	15	23	17	43	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13