genome.fa.s84.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2025335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  6  of  13  ( 1500 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804923--804972	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
806689--806730	20	2.2	20	86	4	59	38	4	21	35	1.75
807301--807326	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
807313--807387	20	3.8	20	80	3	89	34	17	14	33	1.90
810177--810228	20	2.6	20	90	0	86	40	17	13	28	1.87
813594--813722	52	2.5	52	94	0	222	30	18	16	34	1.93
813594--813742	52	2.9	51	88	4	210	31	18	16	33	1.93
813731--813755	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
813820--813844	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
813798--813864	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
814641--815207	49	11.9	49	79	10	581	32	17	24	25	1.97
814694--815207	92	5.5	92	91	2	742	31	17	24	25	1.97
815207--815504	32	9.2	33	86	7	443	18	18	34	28	1.94
815200--815500	65	4.7	65	89	6	465	18	18	34	29	1.94
815213--815537	97	3.3	97	81	11	339	19	17	33	28	1.95
815506--816249	34	22.6	34	74	16	366	32	13	33	20	1.91
815607--816120	61	8.1	62	77	12	472	31	13	34	20	1.91
815640--815856	27	7.3	27	73	19	173	30	12	36	19	1.90
815816--816233	35	12.2	38	76	17	261	34	12	32	20	1.90
815830--816261	70	6.4	68	75	16	302	33	13	32	21	1.91
815929--816270	31	10.5	30	74	14	159	33	13	32	21	1.92
815668--816270	263	2.3	266	91	2	975	33	13	33	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815609--816253	229	2.8	230	79	13	585	32	13	33	20	1.91
816059--816264	75	2.9	69	79	11	202	34	11	32	21	1.90
816662--816704	21	2.0	22	90	4	70	27	27	2	41	1.68
816756--816801	18	2.6	18	89	0	65	43	8	0	47	1.34
821182--821414	116	2.0	116	98	0	448	27	18	15	37	1.91
822583--822627	23	1.9	24	86	13	67	42	24	6	26	1.79
822990--823014	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
823023--823151	52	2.5	52	93	0	213	35	16	17	31	1.92
826588--826640	20	2.7	20	91	5	81	32	20	13	33	1.91
832223--832258	16	2.3	16	95	4	65	33	11	5	50	1.61
832229--832265	9	4.3	9	86	13	60	35	10	8	45	1.69
835364--835427	33	1.9	33	83	0	83	32	14	18	34	1.91
835396--835434	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
836845--836909	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92
836865--836889	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
845548--845586	20	2.0	20	90	5	62	28	15	17	38	1.91
845636--845660	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
845618--845680	33	1.9	33	84	12	85	36	15	15	31	1.90
846497--846521	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
846610--846678	24	2.9	24	77	0	75	28	23	5	42	1.77
846755--846801	20	2.3	21	73	23	55	34	12	21	31	1.91
848780--848838	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851422--851493	33	2.2	33	92	2	119	48	8	22	20	1.76
851437--851505	33	2.2	31	87	10	97	44	7	30	17	1.75
852411--852479	24	2.9	24	77	0	75	28	23	5	42	1.77
853461--853497	16	2.3	16	100	0	74	16	40	5	37	1.71
853912--853961	26	1.9	26	100	0	100	54	4	4	38	1.38
857164--857284	59	2.0	60	91	1	199	52	11	15	20	1.74
857487--857536	15	3.3	15	86	5	57	80	4	16	0	0.87
857505--857538	17	1.9	18	94	5	61	85	0	14	0	0.60
858006--858047	12	3.5	12	93	6	68	33	0	0	66	0.92
857991--858076	25	3.4	25	73	20	72	34	0	0	65	0.93
858066--858109	22	2.0	23	86	13	65	38	0	0	61	0.96
858071--858119	23	2.2	21	78	7	53	40	0	0	59	0.98
860530--860576	14	3.3	14	80	14	60	27	8	19	44	1.79
860598--860658	29	2.1	29	87	0	86	27	19	21	31	1.97
860491--860658	73	2.3	73	81	5	189	29	19	18	32	1.95
860530--860664	15	9.3	14	76	7	65	28	17	19	35	1.94
864637--864685	20	2.4	21	86	10	66	55	0	4	40	1.19
864945--864969	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
866374--866591	91	2.4	92	92	2	257	55	9	5	28	1.54
866874--866929	29	1.9	29	82	13	71	32	8	26	32	1.87
866979--867016	19	2.0	20	85	15	53	28	5	15	50	1.66
872374--872417	20	2.2	20	84	8	54	29	9	15	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873400--873455	27	2.1	27	100	0	112	28	10	0	60	1.30
877538--877594	28	2.0	29	83	12	75	47	5	1	45	1.35
878487--878535	23	2.1	23	100	0	98	38	0	0	61	0.96
878758--878812	21	2.6	22	77	11	62	50	9	7	32	1.61
879763--879873	30	3.7	30	69	15	86	29	4	24	41	1.74
883046--883089	21	2.1	21	83	8	54	25	31	2	40	1.68
884887--884925	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
887000--887031	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
891087--891139	19	2.7	20	79	8	63	28	11	15	45	1.80
891108--891250	63	2.3	63	97	1	270	30	19	16	32	1.94
891642--891688	21	2.3	20	81	3	58	29	10	0	59	1.31
893187--893220	10	3.3	10	88	8	50	47	8	0	44	1.34
895033--895187	20	7.8	20	75	8	154	38	12	14	34	1.84
895038--895187	40	3.8	40	94	1	248	38	12	14	34	1.84
895988--896796	28	28.2	28	85	4	972	22	16	30	29	1.96
896045--896801	114	6.7	114	88	3	1053	22	16	31	29	1.96
898007--898071	20	3.0	21	83	14	80	1	4	12	81	0.91
898013--898054	12	3.6	12	84	9	52	2	2	9	85	0.77
898011--898088	9	9.0	9	73	10	56	1	3	12	82	0.88
898013--898080	10	6.5	10	83	13	66	1	4	11	82	0.88
904851--904894	11	4.1	11	82	5	54	2	11	0	86	0.66
904855--904892	18	2.1	19	95	5	69	2	10	0	86	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906699--906724	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
908108--908169	22	3.0	21	88	4	81	37	9	9	43	1.71
915422--915480	31	1.9	31	92	0	100	23	13	13	49	1.78
915464--915539	20	3.8	20	85	0	98	34	9	17	39	1.81
916737--917147	28	14.5	28	83	6	454	30	30	16	22	1.96
916731--917147	115	3.7	114	81	6	470	29	30	16	23	1.96
917230--917447	48	4.7	46	86	1	222	21	26	17	34	1.95
917270--917447	48	3.8	48	87	1	234	20	26	17	35	1.95
918198--918235	20	1.9	20	100	0	76	34	18	10	36	1.85
918222--918297	31	2.5	31	91	2	118	26	17	11	44	1.83
925393--925440	14	3.6	13	78	13	53	8	12	0	79	0.94
925385--925441	26	2.1	27	87	9	82	8	12	0	78	0.95
925390--925441	12	3.7	14	77	15	54	7	13	0	78	0.94
928473--928511	19	2.0	20	90	5	62	41	0	5	53	1.23
930031--930188	84	1.9	84	86	0	226	39	13	17	30	1.87
935176--935215	21	1.9	21	89	0	62	35	7	22	35	1.82
938358--938553	100	2.0	100	92	2	333	43	11	4	41	1.59
941271--941317	23	2.1	23	92	4	78	42	6	2	48	1.40
942224--942294	23	2.9	24	81	14	83	49	0	2	47	1.16
942356--942398	16	2.7	16	85	7	52	65	2	4	27	1.25
943758--943795	19	2.0	20	84	5	51	5	2	10	81	0.94
948595--948647	19	2.7	19	88	2	70	28	15	13	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948676--948749	20	3.7	20	78	8	71	36	9	16	37	1.81
950949--951005	21	2.8	21	79	12	57	56	5	14	24	1.59
957819--957891	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
957819--957913	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
957952--957977	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
964073--964151	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
964138--964176	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
965959--966030	36	2.0	36	97	0	135	33	2	23	40	1.69
966657--966729	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
966657--966751	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13