genome.fa.s84.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2025335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  10  of  13  ( 1500 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1471355--1471380	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1471419--1471494	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1471439--1471512	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1471419--1471512	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1472135--1472206	36	2.0	36	94	0	126	38	23	2	34	1.70
1474255--1474419	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
1476471--1476496	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1476535--1476610	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1476555--1476628	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1476535--1476628	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1477709--1478028	58	5.6	58	92	1	511	32	30	16	20	1.95
1477709--1478043	28	11.7	28	84	6	420	33	30	16	19	1.94
1478055--1478397	49	6.9	49	83	3	391	24	24	18	32	1.97
1479093--1479163	32	2.2	32	87	5	99	33	12	15	38	1.85
1479208--1479232	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1479399--1479423	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1479473--1479623	52	2.9	52	92	1	248	35	17	17	29	1.93
1480799--1480833	17	2.1	17	94	0	61	14	11	22	51	1.74
1482682--1482706	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1482659--1482726	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
1485067--1485108	21	2.0	21	86	9	59	40	4	23	30	1.75
1485167--1485194	10	2.8	10	100	0	56	0	0	39	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485249--1485286	13	2.9	13	92	0	58	34	13	18	34	1.89
1485491--1485516	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
1493196--1493328	31	4.2	32	81	10	141	22	27	13	36	1.92
1493197--1493328	30	4.2	30	79	8	113	22	27	13	36	1.92
1493206--1493326	63	1.9	63	81	5	147	23	26	14	34	1.94
1493331--1493985	32	20.9	32	72	13	454	21	29	11	36	1.89
1493331--1493704	93	4.0	90	72	18	256	22	31	10	35	1.89
1493363--1493487	61	2.1	58	83	7	153	22	31	10	36	1.88
1493358--1493713	157	2.3	152	81	8	430	22	31	10	35	1.89
1493582--1493987	94	4.3	93	73	13	332	20	29	12	37	1.90
1493363--1493782	217	1.9	214	87	3	601	22	31	11	34	1.90
1493331--1493989	62	10.6	61	74	12	418	21	29	11	36	1.89
1493769--1494027	125	2.1	122	80	9	292	20	27	13	37	1.91
1494211--1494433	32	7.0	32	82	8	231	31	28	17	22	1.96
1494228--1494433	64	3.2	64	89	1	306	32	28	17	21	1.96
1494228--1494430	96	2.1	96	86	5	277	32	29	16	21	1.96
1494482--1494897	52	8.0	52	76	5	340	24	24	17	33	1.96
1494850--1494983	43	3.1	43	91	0	214	27	25	16	30	1.97
1494850--1494917	22	3.1	22	63	32	56	25	27	16	30	1.96
1495692--1495732	15	2.7	15	92	0	64	75	2	2	19	1.03
1496050--1496098	18	2.7	18	75	12	55	24	20	10	44	1.82
1497677--1497834	69	2.3	69	82	4	194	34	18	7	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1499377--1499418	19	2.3	18	87	4	57	23	4	0	71	1.05
1510752--1510865	54	2.1	55	95	4	205	53	11	10	24	1.68
1511956--1512056	9	10.9	9	68	14	53	51	0	0	47	1.07
1511959--1511995	13	2.6	15	87	8	51	59	0	0	40	0.97
1512026--1512109	16	5.5	15	74	13	73	44	0	1	54	1.07
1513144--1513173	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1513381--1513408	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1513618--1513660	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
1514548--1514589	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
1519817--1519886	22	3.2	22	97	0	131	25	24	14	35	1.93
1519875--1519900	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
1521969--1522012	21	2.1	21	86	0	61	61	2	18	18	1.45
1524655--1524726	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
1524719--1524881	52	3.1	52	78	6	134	33	11	25	29	1.91
1524867--1524938	27	2.6	27	82	6	83	22	18	34	25	1.96
1527268--1527293	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1527247--1527311	33	2.0	31	88	5	94	41	16	15	26	1.88
1527331--1527398	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1527353--1527377	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1527334--1527396	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1528206--1528989	59	13.5	59	89	4	1018	25	21	28	25	1.99
1530000--1530056	5	11.6	5	77	15	57	0	1	12	85	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1530000--1530056	16	3.4	18	77	18	70	0	1	12	85	0.66
1530000--1530058	23	2.6	23	86	10	86	0	1	11	86	0.65
1530009--1530059	11	4.7	11	87	2	68	0	1	11	86	0.66
1529993--1530059	22	3.0	22	84	8	91	0	4	11	83	0.78
1542541--1542607	28	2.4	28	87	0	89	25	19	31	23	1.98
1542595--1542765	52	3.3	51	76	10	168	32	11	25	29	1.91
1542749--1542823	27	2.7	28	89	2	107	21	20	34	24	1.96
1545296--1545321	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1545275--1545341	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1545366--1545426	32	1.9	32	90	6	97	40	13	9	36	1.77
1545359--1545428	19	4.1	18	73	26	71	42	11	10	35	1.74
1545613--1545651	21	1.9	21	94	5	71	28	38	7	25	1.83
1547429--1547453	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1548756--1548781	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1550998--1551042	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1552846--1552876	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1554890--1554969	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1554955--1554993	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1555103--1555149	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1555105--1555147	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1558389--1558449	26	2.3	26	94	0	113	14	14	22	47	1.81
1558908--1559368	158	2.9	155	80	4	512	37	11	23	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1558908--1559359	79	5.7	80	78	5	402	37	11	23	27	1.89
1559633--1559662	10	2.9	10	95	5	51	50	0	3	46	1.18
1560558--1560654	37	2.9	33	82	13	119	28	26	12	31	1.93
1562926--1563044	51	2.3	52	83	1	150	40	12	17	29	1.87
1563875--1564294	28	14.7	28	77	5	358	21	16	32	29	1.95
1563804--1564286	114	4.2	114	80	4	476	22	16	30	30	1.96
1567937--1567990	20	2.7	20	82	2	72	33	18	9	38	1.83
1569177--1569214	15	2.4	16	87	12	53	0	15	0	84	0.63
1569252--1569291	15	2.6	16	92	4	64	2	2	7	87	0.71
1569251--1569298	15	3.0	15	80	20	53	4	4	8	83	0.90
1573023--1573108	29	2.8	32	68	24	85	26	12	9	51	1.70
1574064--1574221	78	2.1	76	87	2	226	36	12	18	32	1.88
1580181--1580233	20	2.6	21	85	11	74	41	13	16	28	1.86
1580181--1580252	21	3.5	21	86	7	85	40	12	16	30	1.86
1580277--1580352	40	1.9	40	91	0	125	35	14	11	38	1.83
1580280--1580357	20	4.0	20	74	1	77	32	15	10	42	1.80
1582772--1583085	97	3.2	98	77	8	309	28	20	10	40	1.86
1583945--1584415	79	6.1	77	75	11	371	29	20	11	38	1.88
1584130--1584402	145	1.9	147	83	5	365	29	19	12	38	1.89
1592641--1592694	20	2.7	20	80	11	74	31	16	12	38	1.87
1605982--1606060	7	11.6	7	78	10	76	84	11	2	1	0.77
1605979--1606034	1	56.0	1	78	0	58	89	10	0	0	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1605980--1606064	22	4.2	20	78	13	84	84	10	3	1	0.79
1607282--1607895	28	21.3	29	84	5	698	28	28	17	24	1.97
1607282--1607895	57	10.7	58	84	5	687	28	28	17	24	1.97
1608832--1608903	20	3.6	20	77	7	74	33	15	11	40	1.82
1608778--1608953	91	1.9	91	89	2	273	30	17	11	40	1.85
1613233--1613257	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1613210--1613277	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
1613349--1613373	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1613822--1613940	52	2.3	52	89	1	177	31	19	12	36	1.89
1618790--1618840	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13