genome.fa.s84.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2025335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1110654--1110837	59	3.1	59	81	7	189	30	15	27	26	1.96
1110669--1110837	58	2.9	58	82	6	164	29	15	28	26	1.96
1110785--1110932	79	1.9	79	87	2	217	36	12	22	27	1.91
1113339--1113394	20	2.7	20	80	5	67	42	10	14	32	1.80
1113463--1113489	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1114053--1115371	61	21.4	61	79	7	964	30	17	25	26	1.98
1114055--1115370	251	5.3	246	82	6	1265	30	17	25	26	1.97
1114053--1115365	120	10.6	121	76	9	1007	29	17	25	26	1.98
1119030--1119108	41	1.9	41	92	0	131	16	25	17	40	1.90
1119376--1119419	23	1.9	23	81	9	54	20	25	13	40	1.89
1119283--1119602	178	1.8	175	84	3	444	20	29	13	36	1.91
1119479--1119608	42	3.1	41	72	10	111	16	27	14	40	1.88
1119620--1119794	85	2.1	84	84	6	221	21	32	14	32	1.93
1119806--1119979	83	2.1	83	79	2	188	20	21	12	45	1.83
1121214--1121621	165	2.5	164	82	5	482	28	9	8	52	1.64
1123689--1123983	156	1.9	154	81	4	360	24	15	20	39	1.91
1123689--1124047	156	2.3	154	78	6	359	24	14	19	40	1.89
1123938--1124228	155	1.9	155	81	5	356	22	15	20	41	1.89
1131965--1132004	20	2.0	20	100	0	80	35	15	15	35	1.88
1133556--1133620	33	2.0	32	88	8	96	33	15	13	36	1.87
1133762--1133806	20	2.2	21	80	11	58	33	8	20	37	1.83
1134880--1134934	20	2.8	18	84	13	65	45	16	10	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1134933--1134987	20	2.7	21	85	2	76	43	12	14	29	1.82
1141349--1141389	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
1143109--1143152	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
1143820--1143844	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1143800--1143868	34	2.1	32	89	5	102	39	17	11	31	1.85
1145335--1145368	17	2.0	17	88	0	50	41	8	26	23	1.83
1145452--1145476	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1148896--1148943	21	2.3	21	85	0	60	18	20	0	60	1.36
1148904--1148947	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1151066--1151099	17	2.0	17	88	0	50	41	8	26	23	1.83
1151182--1151246	20	3.6	20	73	26	81	41	15	15	27	1.87
1151201--1151226	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1151182--1151247	33	2.0	33	100	0	132	42	15	15	27	1.86
1152627--1152678	21	2.4	21	78	15	61	57	1	23	17	1.49
1156700--1156785	35	2.5	36	85	12	119	29	12	24	33	1.92
1156699--1156787	36	2.7	31	79	19	99	29	12	25	32	1.92
1162936--1162960	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
1162942--1162990	21	2.4	21	86	3	64	65	12	0	22	1.26
1163844--1164056	91	2.4	90	83	7	270	32	25	14	27	1.95
1164445--1164789	35	9.9	35	79	3	313	23	19	11	45	1.83
1164445--1164789	105	3.3	104	80	4	385	23	19	11	45	1.83
1164778--1164920	46	3.1	46	81	4	162	20	23	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1164798--1164927	46	2.8	46	83	4	163	20	22	12	44	1.85
1164778--1164941	46	3.6	45	79	8	150	20	23	12	44	1.84
1167149--1167189	11	3.2	13	80	16	50	82	0	12	4	0.81
1167160--1167206	10	4.6	10	84	7	60	85	0	12	2	0.70
1167145--1167206	23	2.8	22	79	16	74	80	0	16	3	0.83
1167153--1167203	24	2.2	23	89	3	75	82	0	15	1	0.76
1168000--1168034	13	2.7	13	91	8	54	77	0	0	22	0.78
1168122--1168525	137	2.9	140	87	6	559	35	11	9	43	1.73
1169989--1170094	20	4.8	20	73	22	97	24	13	16	45	1.83
1170076--1170105	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
1172458--1172609	79	1.9	79	85	2	207	26	26	14	31	1.95
1174001--1174027	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1180834--1180887	21	2.7	20	88	8	74	37	11	18	33	1.86
1183592--1183641	17	2.9	17	82	11	66	86	10	2	2	0.75
1187142--1187218	28	2.8	27	84	7	93	24	31	16	27	1.97
1187175--1187499	79	4.1	79	81	6	291	27	25	14	32	1.95
1187170--1187499	158	2.1	158	79	5	344	27	25	14	32	1.95
1201523--1201578	10	5.6	10	82	6	69	87	10	1	0	0.62
1201518--1201578	18	3.5	18	80	17	74	86	11	1	0	0.63
1201512--1201591	11	7.3	11	76	10	65	85	8	6	0	0.76
1201513--1201578	29	2.2	29	86	5	87	86	10	3	0	0.68
1201521--1201578	1	58.0	1	75	0	53	87	10	1	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1202686--1203136	123	3.7	121	84	5	565	26	26	19	27	1.99
1202686--1203137	61	7.5	62	87	4	563	26	26	19	27	1.99
1203182--1203562	62	6.1	63	87	5	483	24	26	18	30	1.98
1203182--1203572	187	2.1	186	87	4	547	24	25	19	30	1.98
1203587--1204159	41	13.8	40	74	12	376	20	26	13	39	1.90
1203689--1203800	37	2.9	36	83	10	109	20	24	17	37	1.94
1203628--1204111	166	2.9	161	81	8	528	20	25	13	40	1.89
1203876--1203996	38	3.1	38	78	16	104	18	25	15	40	1.90
1203803--1204155	86	4.2	86	78	8	239	21	26	13	38	1.90
1203865--1204188	124	2.6	120	77	11	318	20	27	12	38	1.90
1203585--1204181	166	3.6	165	77	8	459	20	26	13	39	1.89
1204172--1204264	32	2.8	33	80	6	89	23	31	16	29	1.96
1204869--1204921	20	2.7	20	90	0	88	26	15	13	45	1.82
1207292--1207361	28	2.5	28	90	4	106	22	27	20	30	1.98
1207316--1207467	78	1.9	79	88	4	227	28	25	13	32	1.93
1211955--1212111	64	2.4	66	73	13	155	34	16	13	35	1.88
1213388--1213481	20	4.8	20	75	12	88	35	17	15	31	1.91
1213388--1213442	19	2.8	19	81	13	67	32	18	16	32	1.93
1216903--1216979	20	3.8	20	79	6	84	38	12	18	29	1.88
1216915--1217050	40	3.6	40	71	17	146	41	13	14	30	1.84
1216924--1217061	71	1.9	71	97	0	258	42	13	15	29	1.84
1216859--1217050	91	2.1	91	85	1	251	40	13	17	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1216996--1217050	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
1219041--1219141	40	2.5	40	96	0	184	30	17	34	16	1.93
1219288--1219702	28	14.7	28	85	4	514	23	15	29	31	1.96
1220921--1220946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1220903--1220966	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1227122--1227160	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1227277--1227316	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
1229312--1229337	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1229294--1229357	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1230499--1230535	12	3.1	12	96	0	65	2	0	8	89	0.58
1244382--1244447	20	3.3	20	86	0	96	43	13	10	31	1.78
1244323--1244548	91	2.5	91	86	2	294	42	12	13	31	1.82
1244472--1244518	20	2.3	20	92	0	76	38	17	10	34	1.84
1244481--1244537	20	2.9	20	92	7	91	33	15	10	40	1.82
1246961--1247007	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
1247910--1247964	21	2.6	21	85	0	65	16	20	0	63	1.31
1247918--1247968	21	2.4	21	86	0	66	15	19	0	64	1.29
1250033--1250131	13	8.5	13	72	24	96	37	15	12	35	1.84
1250033--1250131	46	2.2	46	96	0	180	37	15	12	35	1.84
1250069--1250148	33	2.4	33	83	4	108	36	16	13	33	1.88
1250199--1250251	20	2.7	20	100	0	106	26	15	22	35	1.93
1250646--1250682	19	1.9	19	100	0	74	27	8	10	54	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1253359--1253413	11	5.1	11	76	8	51	60	1	0	38	1.08
1253776--1253808	16	2.0	17	88	5	50	63	3	3	30	1.24
1256099--1256168	35	2.0	35	100	0	140	20	25	20	34	1.96
1270037--1270066	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
1270038--1270117	16	4.9	16	72	11	56	47	1	2	48	1.23
1271085--1271139	29	2.0	28	89	10	87	27	12	0	60	1.33
1274188--1274228	20	2.0	20	90	0	64	26	14	14	43	1.84
1314680--1314751	34	2.1	35	84	7	94	55	12	15	16	1.69
1317557--1317590	3	11.3	3	87	0	50	29	29	0	41	1.57
1323320--1323408	44	2.0	46	80	10	103	31	12	3	52	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13