genome.fa.s84.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2025335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323360--1323398	19	2.0	20	85	14	55	30	2	2	64	1.21
1324807--1324954	79	1.9	79	84	2	199	32	13	26	27	1.94
1324886--1325007	51	2.4	51	90	0	190	30	13	27	28	1.94
1324776--1325083	130	2.4	130	82	4	363	32	12	26	28	1.92
1324936--1325241	79	3.9	77	83	3	344	30	14	27	27	1.95
1324936--1325241	158	1.9	158	87	1	443	30	14	27	27	1.95
1326273--1327143	441	2.0	442	92	2	1464	40	15	20	23	1.90
1328955--1329950	55	17.3	55	80	10	948	25	20	26	27	1.99
1328955--1329929	172	5.6	171	89	4	1274	25	20	26	26	1.99
1328952--1329927	117	8.5	113	79	11	909	25	20	26	26	1.99
1329883--1330142	94	2.8	94	88	1	380	24	18	30	27	1.98
1335312--1336175	443	2.0	443	99	0	1719	29	16	24	29	1.96
1338632--1338687	14	4.0	14	81	9	69	48	8	0	42	1.34
1338636--1338691	28	2.0	28	96	0	103	48	7	0	44	1.30
1339047--1339084	18	2.1	18	90	5	58	36	0	5	57	1.21
1341045--1341094	24	2.0	25	92	3	84	48	0	2	50	1.12
1341086--1341120	12	2.9	12	86	0	52	68	0	0	31	0.90
1341076--1341128	15	3.3	15	82	10	61	62	0	0	37	0.96
1342991--1343058	28	2.4	28	79	15	77	35	11	8	44	1.72
1344558--1344899	97	3.5	97	86	1	443	36	11	24	27	1.90
1348466--1348693	58	3.9	56	78	8	208	26	10	14	48	1.75
1348549--1348692	29	5.0	28	72	23	111	25	8	16	49	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1348459--1348688	116	2.0	115	81	7	270	26	10	13	49	1.75
1350923--1351055	51	2.6	51	89	2	207	30	18	10	41	1.84
1352728--1352753	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1352708--1352771	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1354561--1354732	80	2.2	79	86	3	238	28	26	12	33	1.92
1354561--1354765	79	2.6	79	83	3	259	28	26	11	33	1.91
1354702--1354817	51	2.3	51	86	0	160	28	23	12	36	1.90
1354752--1355155	79	5.1	79	78	7	374	27	20	14	37	1.92
1357045--1357164	27	4.2	27	80	14	141	20	32	15	31	1.94
1357080--1357146	34	2.0	34	87	0	98	17	32	11	37	1.87
1357053--1357179	61	2.1	61	89	2	193	18	33	12	35	1.89
1357182--1357304	29	4.2	30	78	9	121	30	31	18	19	1.96
1357182--1357304	57	2.1	58	85	5	160	30	31	18	19	1.96
1357182--1357291	30	3.8	29	80	9	109	29	31	19	20	1.96
1357375--1357579	48	4.8	39	74	15	122	27	26	19	26	1.99
1357324--1357685	135	2.7	134	89	1	526	25	26	18	29	1.98
1357554--1358134	52	11.5	52	77	6	500	24	25	17	32	1.97
1357554--1358088	101	5.3	101	85	2	666	24	25	17	32	1.97
1357429--1358039	202	3.1	198	86	6	788	24	26	18	30	1.98
1368168--1368222	28	2.0	28	92	0	92	25	21	21	30	1.98
1368196--1368644	109	4.1	109	82	4	399	29	17	19	33	1.94
1370902--1371028	27	4.6	27	83	5	148	19	33	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1370902--1371027	54	2.3	54	86	5	164	19	32	17	30	1.95
1371047--1371436	52	7.7	49	76	6	287	25	25	15	34	1.95
1372260--1372284	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
1375790--1375834	20	2.2	20	100	0	90	26	17	11	44	1.82
1377661--1377735	20	3.8	20	87	0	114	32	14	13	40	1.85
1381643--1381692	26	2.0	24	81	11	57	14	12	12	62	1.56
1383069--1383095	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
1383095--1383119	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1383323--1383402	2	40.0	2	80	5	81	45	10	0	45	1.37
1383975--1384005	1	31.0	1	93	0	53	0	96	3	0	0.21
1386134--1386163	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
1386163--1386192	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1395319--1395358	16	2.6	15	84	4	53	35	0	2	62	1.09
1396050--1396084	18	1.9	18	94	0	61	42	0	5	51	1.25
1398053--1398092	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
1399613--1399830	34	6.5	34	85	5	282	40	27	7	24	1.82
1399611--1399830	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
1403896--1403958	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
1404259--1404474	34	6.4	34	84	5	269	40	26	7	25	1.83
1404257--1404474	67	3.2	67	87	1	310	40	27	7	24	1.82
1405257--1405317	29	2.1	28	85	8	79	57	0	0	42	0.98
1405588--1405632	23	2.0	23	81	0	54	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1406887--1406927	2	21.5	2	80	9	50	53	2	41	2	1.27
1406889--1406927	11	3.5	11	85	3	51	53	2	41	2	1.28
1406887--1406928	16	2.7	15	88	7	57	54	2	40	2	1.26
1407296--1407335	18	2.2	18	90	0	62	82	10	5	2	0.91
1408035--1408076	18	2.2	20	91	8	70	45	0	4	50	1.23
1408021--1408073	16	3.3	15	76	19	52	39	0	5	54	1.24
1408042--1408082	19	2.2	18	86	4	55	43	2	2	51	1.28
1411282--1411354	7	9.6	7	76	16	65	78	2	2	16	0.99
1411515--1411679	88	1.9	88	89	0	258	29	18	9	43	1.80
1413299--1413430	69	2.0	66	84	4	174	32	16	9	41	1.80
1414216--1414241	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1415923--1415965	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
1416240--1416286	21	2.3	20	82	10	60	46	4	17	31	1.67
1416246--1416286	21	1.9	21	90	5	64	51	4	17	26	1.65
1416584--1416623	13	2.9	13	82	13	53	40	25	0	35	1.56
1416584--1416631	15	3.4	14	77	11	53	43	22	0	33	1.54
1420941--1421081	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
1421070--1421094	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1421161--1421185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1421139--1421205	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1421243--1421284	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1426259--1426284	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427727--1428287	49	11.7	49	85	8	748	30	18	26	24	1.98
1427771--1428238	92	5.0	92	90	4	687	30	18	26	24	1.98
1428287--1428356	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
1428361--1428923	34	16.9	33	80	13	500	33	12	34	20	1.90
1428341--1428925	71	8.7	68	79	12	542	32	12	34	20	1.90
1428471--1428524	27	2.0	27	85	0	72	24	12	38	24	1.90
1428431--1428558	61	2.1	61	84	5	161	33	11	34	20	1.89
1428361--1428920	132	4.2	132	82	10	592	32	12	34	20	1.90
1428395--1428923	166	3.2	163	80	13	559	32	12	34	20	1.90
1428719--1428920	104	1.9	107	92	4	347	32	12	34	20	1.90
1428932--1429014	31	2.7	31	94	0	139	21	20	30	27	1.98
1430344--1430406	8	7.9	8	81	11	76	0	0	12	87	0.55
1430329--1430405	23	3.5	22	83	7	102	0	0	12	87	0.56
1430331--1430403	21	3.4	21	80	16	87	0	0	13	86	0.58
1430329--1430407	36	2.2	36	91	4	126	0	0	12	87	0.55
1430329--1430404	33	2.3	32	93	4	125	0	0	13	86	0.56
1430329--1430407	1	79.0	1	74	0	68	0	0	12	87	0.55
1437281--1437421	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
1437410--1437434	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1437500--1437524	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1437478--1437544	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1437582--1437623	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442599--1442624	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1444062--1444094	13	2.5	13	100	0	66	33	15	18	33	1.92
1446286--1446333	24	2.0	24	100	0	96	29	20	8	41	1.81
1446963--1447368	202	2.0	205	88	5	619	25	27	21	26	1.99
1451164--1451191	13	2.2	13	100	0	56	35	14	17	32	1.90
1451143--1451208	33	2.0	33	85	5	89	37	13	19	28	1.90
1455763--1455833	32	2.2	32	87	0	97	32	14	19	33	1.92
1455878--1455902	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
1455919--1456040	52	2.3	52	92	0	217	36	18	17	27	1.94
1469880--1469940	9	6.9	9	75	3	61	83	11	4	0	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13