genome.fa.s84.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold84
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2025335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168888--169131	83	2.9	83	75	6	167	17	26	15	40	1.89
170213--170257	24	1.9	23	81	4	54	68	6	15	8	1.36
171471--171522	16	3.3	16	72	5	61	55	1	0	42	1.10
171792--171844	9	6.1	9	76	24	60	73	0	3	22	0.99
171794--171842	17	2.9	17	100	0	98	73	0	4	22	1.00
175640--175741	52	2.0	52	88	1	152	42	17	14	25	1.88
175695--175760	31	2.2	31	94	2	116	40	19	13	25	1.89
175798--175851	20	2.7	20	85	2	72	31	18	12	37	1.89
177492--177518	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
177597--177627	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
177398--177622	106	2.1	106	96	0	414	29	16	14	39	1.88
177672--177728	19	2.9	19	86	5	69	35	15	17	31	1.92
177694--177756	32	1.9	33	90	3	101	39	14	17	28	1.89
181933--182486	158	3.6	159	72	15	541	28	26	13	31	1.94
181962--182240	79	3.6	75	76	14	235	27	24	14	32	1.95
182220--182303	31	2.6	32	75	9	89	28	29	11	29	1.92
182280--182539	79	3.3	78	75	6	249	28	27	13	30	1.94
183431--183518	13	6.0	13	75	23	77	35	14	15	34	1.89
183412--183504	18	5.7	18	75	24	107	34	12	17	35	1.88
183412--183517	31	3.4	31	97	1	194	33	14	16	34	1.89
183556--183583	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
183536--183602	33	2.0	33	88	5	100	29	16	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188003--188040	20	2.0	20	94	5	69	36	15	15	31	1.90
188131--188182	19	2.7	19	87	3	59	40	15	13	30	1.86
192073--192163	19	5.4	19	70	28	89	35	18	12	34	1.88
192065--192163	32	3.1	32	98	0	189	35	19	12	33	1.88
192092--192148	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
193020--193230	49	4.5	49	73	12	201	31	19	24	24	1.98
193068--193282	39	5.0	39	69	19	124	30	19	23	26	1.98
193119--193230	48	2.3	49	87	1	154	33	20	23	22	1.97
192970--193322	136	2.6	136	89	2	521	31	19	25	23	1.98
193156--193316	88	1.8	88	83	0	214	33	21	21	23	1.97
193340--193417	30	2.7	29	80	4	86	19	21	25	33	1.97
193408--193524	34	3.4	34	91	2	189	37	11	30	19	1.88
193408--193538	34	3.9	34	90	5	185	38	12	30	18	1.87
193572--193661	32	2.8	33	86	1	128	33	13	32	21	1.92
193642--193791	28	5.2	29	77	10	137	21	16	30	32	1.95
195150--195231	11	7.5	11	84	9	105	1	0	12	86	0.63
195152--195220	4	17.8	4	78	14	56	1	0	14	84	0.70
195171--195231	1	61.0	1	80	0	68	0	0	9	90	0.46
195150--195230	25	3.2	25	86	6	101	1	0	12	86	0.63
208640--208667	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
208720--208782	19	3.6	19	76	24	84	36	19	11	33	1.87
208712--208782	32	2.2	32	97	0	133	36	19	11	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209633--209901	49	5.7	48	72	15	188	31	18	23	25	1.98
209732--209810	39	2.0	39	87	0	113	26	20	24	29	1.99
209635--209986	136	2.6	136	91	1	553	31	18	23	26	1.97
209868--209946	39	2.0	39	87	0	113	26	20	24	29	1.99
210032--210115	34	2.7	30	77	13	80	27	16	29	26	1.97
210068--210177	54	2.0	54	100	0	220	36	12	30	20	1.90
210125--210214	35	2.6	34	91	5	144	40	11	30	18	1.86
210255--210344	32	2.8	33	87	1	128	33	13	33	20	1.91
211886--212158	79	3.5	77	78	6	280	32	13	25	28	1.94
229476--229527	19	2.7	20	90	3	79	34	19	15	30	1.93
229497--229561	33	2.0	32	87	3	94	38	15	13	32	1.87
229840--229884	14	3.2	15	75	12	51	66	2	4	26	1.22
233041--233788	61	12.3	59	78	6	683	25	26	18	29	1.98
233778--233916	42	3.3	43	86	6	176	23	23	12	41	1.88
233802--233916	43	2.7	43	85	9	130	20	21	12	45	1.84
234612--234739	50	2.6	49	83	2	157	30	17	10	40	1.84
237076--237510	79	5.5	79	77	6	400	28	27	12	31	1.93
237076--237510	158	2.8	158	81	3	538	28	27	12	31	1.93
237469--237565	51	1.9	51	82	4	124	31	20	9	38	1.84
237580--237694	51	2.3	51	89	3	171	28	26	13	31	1.94
237372--237773	130	3.1	128	82	5	488	28	25	12	33	1.93
237631--237820	79	2.4	79	90	2	283	27	25	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240320--240358	12	3.2	12	85	0	51	48	2	5	43	1.38
240688--240727	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
244488--244545	22	2.7	21	68	7	53	39	13	12	34	1.82
244563--244665	16	6.4	16	84	5	118	58	6	1	33	1.36
244563--244686	48	2.6	48	78	7	119	58	7	2	31	1.38
247053--247092	21	2.0	20	90	9	64	45	0	0	55	0.99
247546--247599	15	3.6	14	77	22	56	24	1	0	74	0.92
247539--247586	24	2.0	25	91	4	80	27	4	0	68	1.07
247567--247607	11	3.5	11	93	6	64	19	0	2	78	0.87
247606--247647	19	2.2	19	83	8	50	16	4	4	73	1.17
249299--249398	2	49.5	2	89	2	155	50	4	1	45	1.27
249845--249893	23	2.1	24	84	3	64	57	2	0	40	1.10
249875--249940	20	3.0	22	78	14	57	56	0	4	39	1.20
251416--251452	2	18.0	2	88	5	56	45	2	2	48	1.30
251417--251458	19	2.2	19	100	0	84	42	4	4	47	1.45
252868--252908	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
252942--253000	20	2.9	21	82	10	77	40	15	15	28	1.87
252988--253124	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
253148--253233	10	8.1	10	68	21	50	26	24	9	39	1.85
253286--253311	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
256592--256654	19	3.6	19	70	24	66	39	15	11	33	1.83
256582--256652	32	2.2	32	92	0	115	38	16	11	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258274--258313	17	2.4	17	82	0	53	82	7	10	0	0.84
260952--261154	79	2.6	79	82	3	221	29	16	30	24	1.97
261174--261337	51	3.2	49	80	13	143	33	12	25	28	1.92
261202--261338	51	2.6	52	83	5	161	33	13	25	27	1.93
261380--261505	51	2.4	50	81	7	144	31	11	23	33	1.91
261102--261507	211	1.9	212	85	4	561	31	13	26	28	1.94
263819--263873	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
263893--263947	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
264287--264311	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
265163--268378	101	32.9	101	88	5	4426	32	17	25	24	1.97
265163--268378	294	11.0	293	89	3	4285	32	17	25	24	1.97
265163--268378	389	8.2	390	89	4	4240	32	17	25	24	1.97
268371--268448	33	2.5	32	82	10	99	19	14	35	30	1.91
268378--268442	33	2.0	33	90	0	103	18	15	33	32	1.92
268483--268614	37	3.9	34	83	11	162	30	12	36	20	1.90
268449--268606	68	2.3	67	79	7	167	28	13	36	22	1.92
268483--268586	37	2.9	37	94	4	178	31	11	37	19	1.87
268556--268729	61	2.8	60	80	5	199	27	16	30	26	1.96
268550--268734	31	6.1	30	76	7	158	29	15	30	24	1.95
270013--270054	18	2.4	17	84	7	57	0	0	16	83	0.65
270013--270072	20	2.9	20	82	12	68	1	1	18	78	0.92
270024--270062	18	2.2	18	86	9	53	2	2	15	79	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270035--270086	22	2.2	25	80	10	65	5	5	13	75	1.18
270815--271641	59	14.4	55	86	6	742	25	20	28	25	1.99
270946--271090	55	2.9	47	83	12	157	18	22	29	29	1.97
270993--271636	59	10.9	59	89	3	840	25	20	29	24	1.99
272622--272667	13	3.6	12	83	13	56	0	6	8	84	0.77
283765--283881	52	2.3	51	91	4	182	31	18	16	33	1.93
283890--283914	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
283955--284021	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
283977--284001	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
288735--288934	79	2.6	78	80	4	206	30	16	28	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13