genome.fa.s98.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold98
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1546936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1205--1258	19	2.8	20	88	5	83	38	11	11	38	1.76
3808--4007	93	2.2	92	82	3	231	33	15	8	43	1.76
4013--4140	67	1.9	67	85	4	179	32	19	9	38	1.84
4356--4430	39	1.9	39	83	0	96	41	12	2	44	1.55
4417--4455	19	2.0	20	95	5	71	35	12	5	46	1.65
5520--5568	25	1.9	25	87	4	71	22	0	2	75	0.90
6995--7141	79	1.9	79	81	5	181	32	14	25	27	1.95
7074--7240	51	3.3	51	83	1	203	32	15	25	26	1.96
7174--7554	79	4.9	79	83	4	434	33	14	26	26	1.94
6993--7319	179	1.8	181	83	2	444	33	14	24	27	1.94
7174--7554	155	2.4	156	91	3	604	33	14	26	26	1.94
7485--7656	51	3.4	51	83	7	213	30	13	29	27	1.94
10186--10211	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10198--10239	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
10264--10326	19	3.6	19	74	24	66	38	19	9	33	1.84
10257--10358	32	3.2	32	92	0	168	37	17	9	35	1.83
10283--10339	13	3.9	13	74	24	51	38	17	8	35	1.81
10295--10359	19	3.8	18	71	23	59	38	16	7	36	1.78
10396--10473	21	3.7	21	91	1	120	39	16	8	34	1.80
11238--11276	20	2.0	20	85	10	53	35	5	5	53	1.45
11840--11891	21	2.5	20	78	9	59	71	1	1	25	1.07
13746--13789	14	3.1	14	76	0	52	47	2	9	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14118--14166	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
16754--16800	22	2.2	21	84	3	58	51	8	14	25	1.71
16760--16802	21	2.0	22	90	4	70	51	4	13	30	1.62
21697--21753	21	2.7	21	88	0	87	28	15	14	42	1.86
23607--23863	34	7.3	34	79	5	199	39	22	8	29	1.83
23607--23975	68	5.3	68	72	13	250	39	22	8	29	1.84
23607--23789	69	2.7	67	80	8	208	39	21	7	31	1.80
23607--23863	103	2.4	102	78	7	248	39	22	8	29	1.83
23861--23938	39	2.1	37	83	9	95	44	20	8	25	1.80
27172--27238	23	3.0	23	85	12	79	70	0	26	2	1.02
28548--28588	16	2.6	16	96	0	73	41	14	2	41	1.59
30063--30539	152	3.1	150	72	12	355	40	16	14	27	1.89
32607--33310	154	4.6	152	83	4	663	40	15	17	27	1.89
32916--33391	154	3.1	153	79	8	522	40	16	15	27	1.88
37114--37139	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
39358--39402	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
41203--41233	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
43246--43325	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
43311--43349	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
43470--43516	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
43472--43514	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
45846--45871	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46819--46972	41	3.8	40	73	10	132	43	13	25	17	1.86
46828--46993	82	2.0	82	83	5	212	43	12	25	17	1.84
46939--47608	82	8.2	81	72	7	347	40	14	25	19	1.90
46960--47612	162	4.0	162	74	7	369	39	14	26	20	1.90
47190--47351	41	4.0	40	69	10	112	40	14	24	20	1.90
47884--48059	41	4.3	42	73	10	132	40	14	25	20	1.90
47667--48229	82	7.0	82	73	6	297	40	13	24	21	1.89
48755--49096	152	2.2	153	84	4	449	44	13	16	25	1.84
48738--49099	76	4.8	75	77	7	372	43	12	17	25	1.85
49205--50073	60	14.5	61	74	7	393	49	16	14	19	1.80
49206--50073	120	7.2	121	72	8	538	49	16	14	19	1.80
49326--49913	180	3.3	177	72	9	497	48	15	15	19	1.81
49205--50015	361	2.2	360	79	3	898	48	16	15	19	1.81
50470--50939	88	5.3	88	83	1	503	44	14	17	24	1.86
50600--50924	44	7.4	44	66	14	168	44	14	18	23	1.86
51407--51627	112	2.0	112	82	3	275	38	14	15	32	1.88
53419--53451	6	5.7	6	92	3	50	75	0	15	9	1.03
55201--55566	155	2.3	157	78	4	400	24	16	20	38	1.93
60432--60714	153	1.9	152	85	5	392	43	18	12	25	1.85
64094--64257	40	3.8	40	71	16	139	42	12	15	28	1.84
64093--64258	20	7.8	20	69	14	89	42	12	15	28	1.84
64274--64337	20	3.2	20	76	8	76	42	14	15	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64041--64331	91	3.2	92	92	2	460	43	12	15	28	1.83
64887--65258	48	7.8	48	93	0	609	34	16	28	20	1.94
65367--65800	28	14.9	28	84	4	454	23	17	29	28	1.97
65367--65800	143	3.0	143	87	3	593	23	17	29	28	1.97
65383--65800	171	2.4	171	84	4	507	23	17	30	28	1.97
67042--67096	1	55.0	1	81	0	65	0	1	7	90	0.51
67014--67098	29	2.9	28	79	11	91	2	4	9	83	0.87
67020--67096	10	7.8	10	77	13	79	1	3	7	87	0.73
67020--67097	18	3.9	19	85	10	86	1	3	8	85	0.76
76914--76976	19	3.7	18	76	24	73	33	12	20	33	1.90
76933--76957	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
76914--76984	32	2.2	32	97	0	133	32	12	21	33	1.91
91011--91119	8	14.9	7	73	22	73	79	12	5	1	0.98
91015--91120	31	3.2	33	76	12	103	79	12	6	1	1.00
91011--91107	28	3.4	28	78	8	90	80	11	6	2	0.97
92547--92641	28	3.4	27	80	9	111	29	31	14	24	1.95
92650--92717	35	2.0	35	91	2	111	19	32	13	35	1.90
92653--92734	34	2.4	35	85	2	103	18	29	15	36	1.92
92708--92804	30	3.3	30	84	7	137	35	29	16	18	1.93
92825--93417	101	5.9	99	85	4	710	23	26	18	31	1.98
92812--93423	150	4.1	150	81	5	671	22	26	18	32	1.97
92812--93423	202	3.0	200	86	4	806	22	26	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94168--94230	19	3.7	18	72	24	64	31	14	20	33	1.92
94168--94238	32	2.2	32	94	0	124	30	14	21	33	1.92
97492--97531	19	2.0	20	85	4	55	72	7	7	12	1.27
101373--101443	12	6.5	11	76	15	51	39	2	47	9	1.51
101369--101476	42	2.6	42	93	0	189	40	2	47	9	1.50
107672--107723	20	2.5	21	84	3	70	40	15	17	26	1.89
107767--107830	33	2.0	32	90	3	101	39	20	9	31	1.84
112449--112680	79	3.0	78	76	5	189	33	18	13	34	1.90
112677--112896	59	3.7	58	71	7	147	43	14	13	29	1.83
112701--112910	59	3.6	59	74	9	178	44	12	12	30	1.80
113061--113104	22	2.0	23	82	13	56	68	2	0	29	1.02
114483--114523	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
114532--114556	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
115048--115091	23	1.9	23	86	9	63	29	9	20	40	1.83
121454--121674	79	2.8	79	76	10	220	34	14	23	27	1.94
121610--121725	51	2.3	51	89	3	171	35	12	21	30	1.91
121816--121889	28	2.7	28	87	8	91	25	18	31	24	1.98
124161--124220	20	3.0	20	80	4	75	36	11	18	33	1.87
124161--124215	21	2.7	20	88	2	74	36	12	18	32	1.88
124202--124265	13	5.3	13	71	17	66	35	14	18	31	1.91
124181--124262	34	2.4	34	100	0	164	34	14	19	31	1.92
124247--124303	20	2.8	20	89	0	96	42	15	15	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125045--125109	33	1.9	34	84	3	87	33	23	0	43	1.54
126271--126306	16	2.2	16	90	0	54	13	16	11	58	1.63
126502--126559	20	2.9	21	79	7	75	41	0	25	32	1.56
135095--135152	19	3.0	19	87	2	89	36	17	10	36	1.84
135181--135254	20	3.7	19	92	7	105	32	13	18	35	1.90
136846--136879	3	11.3	3	87	0	50	35	2	35	26	1.72
144897--144973	37	2.1	37	82	4	93	33	14	12	38	1.84
144918--144973	17	3.1	17	80	14	76	33	10	12	42	1.77
144919--145022	20	5.8	19	73	20	73	34	14	13	37	1.85
145051--145115	33	2.0	32	82	11	78	33	13	20	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13