genome.fa.s98.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold98
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1546936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  6  of  13  ( 1465 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765656--765711	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
765781--765806	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
771950--771987	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
774304--774359	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
774411--774474	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
774429--774454	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
774411--774474	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
776562--776635	20	3.7	20	90	3	105	32	16	14	36	1.89
784013--784039	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
784672--784710	20	1.9	21	94	5	71	20	15	20	43	1.88
792438--792562	20	5.7	20	71	22	90	44	12	14	28	1.82
792438--792573	71	1.9	71	89	0	209	44	12	14	27	1.81
793959--794011	19	2.7	20	85	2	63	37	18	13	30	1.89
793982--794029	20	2.5	19	79	3	51	41	18	12	27	1.86
796524--796548	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
802041--802116	20	3.8	19	73	13	64	38	14	13	34	1.85
804453--804477	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
806171--806195	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
806254--806304	21	2.4	22	93	6	95	37	11	23	27	1.90
806350--806486	53	2.6	53	89	1	220	26	16	18	38	1.92
806474--806528	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
810149--810248	34	2.9	34	82	7	130	30	23	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810806--810868	33	1.9	33	90	6	101	38	17	12	31	1.87
811585--811617	13	2.6	13	90	4	50	42	15	12	30	1.83
814353--814396	21	2.1	20	84	16	54	22	15	4	56	1.57
816001--816102	34	3.0	34	85	7	143	28	24	11	35	1.91
817380--817434	26	2.1	26	100	0	110	30	25	20	23	1.98
827605--827681	28	2.7	29	84	7	88	22	16	35	25	1.95
827689--827787	51	1.9	52	87	2	146	37	11	22	29	1.88
830146--830171	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
830125--830191	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
830990--831884	61	15.3	60	85	9	1081	24	20	28	25	1.99
830990--831883	116	7.7	116	87	6	1199	24	20	28	25	1.99
831235--831337	36	3.2	36	61	28	93	30	19	24	26	1.98
838069--838141	28	2.6	28	83	10	89	23	17	34	24	1.96
838127--838250	51	2.4	52	83	5	160	33	11	24	30	1.90
840605--840630	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
840670--840801	19	7.9	18	71	28	123	36	15	12	36	1.84
840692--840780	13	5.9	13	72	27	70	33	15	13	37	1.87
840673--840799	32	4.0	32	98	0	245	35	15	12	36	1.86
840837--840894	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
842067--842133	32	2.1	32	91	0	107	20	29	20	28	1.98
842128--842309	33	5.7	32	79	3	188	28	25	19	26	1.99
842128--842266	65	2.2	64	89	3	208	27	27	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842128--842309	65	2.8	63	81	8	206	28	25	19	26	1.99
842406--842666	52	5.0	52	78	6	278	24	25	15	34	1.95
842423--842662	103	2.3	104	79	4	270	23	26	16	34	1.95
845097--845139	21	2.0	21	86	8	61	32	11	4	51	1.59
851032--851061	8	3.6	8	91	8	51	10	23	43	23	1.83
856205--856234	8	3.6	8	91	8	51	10	23	43	23	1.83
858888--858915	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
860766--860808	21	2.0	21	86	0	59	41	16	13	27	1.86
862057--862113	19	2.9	19	84	2	69	31	15	19	33	1.93
862078--862211	20	6.6	20	72	13	76	32	16	17	32	1.93
862161--862216	20	2.8	20	94	0	94	33	10	19	35	1.87
867950--868141	79	2.4	78	77	4	197	35	14	22	27	1.93
868284--868338	28	2.0	28	85	0	74	34	20	25	20	1.96
868401--868567	51	3.3	51	83	2	203	31	11	25	31	1.91
870865--870889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
872473--872517	22	2.0	22	100	0	90	37	13	8	40	1.76
872517--872587	28	2.5	28	100	0	142	42	16	18	22	1.89
872595--872634	13	3.1	13	81	0	53	32	15	12	40	1.84
875152--875213	20	3.2	19	84	6	79	33	12	16	37	1.87
875158--875213	19	2.9	19	87	10	78	33	14	16	35	1.88
877699--877725	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
877791--877844	20	2.7	20	85	0	72	40	11	14	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887142--887193	17	2.7	21	75	25	69	30	17	19	32	1.95
887098--887252	80	1.9	80	97	0	292	31	22	16	29	1.96
890763--890858	20	4.8	20	89	3	131	39	14	13	32	1.85
890785--890838	12	5.2	12	68	32	52	35	18	11	35	1.86
891744--892857	28	38.9	28	80	4	1039	24	17	29	28	1.97
891744--892857	57	19.4	57	79	5	1047	24	17	29	28	1.97
891738--892857	85	13.0	85	80	5	1069	25	17	29	28	1.97
894098--894137	21	1.9	21	89	0	62	7	0	7	85	0.76
894097--894142	21	2.2	21	80	3	58	6	0	10	82	0.83
894101--894151	10	5.8	9	86	11	54	7	0	11	80	0.90
901222--901276	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
901306--901355	19	2.6	19	93	0	82	38	14	12	36	1.83
902108--903009	101	9.5	101	84	7	696	30	18	26	24	1.98
902206--902999	49	16.8	50	75	13	647	29	18	26	24	1.98
902506--902840	39	7.9	39	74	16	274	26	20	26	25	1.99
902545--903009	48	10.1	48	77	13	453	29	19	26	24	1.98
902457--902889	87	5.0	87	95	0	731	27	20	26	25	1.99
902457--902990	174	3.0	175	89	4	764	29	19	26	24	1.99
903032--903141	33	3.3	33	73	17	95	38	10	33	18	1.84
903032--903223	34	6.0	32	70	16	121	34	10	34	19	1.87
903099--903244	61	2.4	61	86	5	192	29	13	34	22	1.92
903146--903244	27	3.4	27	68	20	74	27	14	34	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903225--903356	32	4.0	32	84	3	165	37	13	27	21	1.91
903225--903356	64	2.0	67	88	4	198	37	13	27	21	1.91
904567--904613	23	2.0	23	87	4	67	2	2	19	76	0.99
912943--913020	32	2.4	32	91	0	120	35	14	16	33	1.89
919869--919921	1	53.0	1	92	0	88	0	96	0	3	0.23
919868--919921	14	3.9	14	97	2	101	0	94	0	5	0.31
919870--919927	26	2.2	27	90	3	91	0	93	3	3	0.43
926929--926954	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
930810--930870	21	3.0	20	83	6	79	80	18	0	1	0.80
930812--930870	14	4.3	14	81	18	63	79	18	0	1	0.81
933499--933764	44	5.8	44	69	17	143	24	28	18	29	1.98
933472--933866	91	4.2	90	76	16	360	23	26	18	31	1.97
935110--935151	19	2.3	18	83	4	57	33	11	16	38	1.86
949963--950113	52	2.9	52	91	1	239	29	16	17	36	1.92
950069--950115	21	2.2	21	88	3	67	29	14	14	40	1.87
950144--950195	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
950839--951102	101	2.6	101	89	1	395	34	17	25	22	1.96
950839--951102	49	5.2	51	82	6	304	34	17	25	22	1.96
951018--951276	86	3.0	87	81	11	255	32	17	27	23	1.96
951124--952281	49	24.9	49	78	11	1206	30	19	26	24	1.98
951124--952283	92	12.5	88	86	6	1102	30	19	26	24	1.98
952318--952857	61	8.3	65	83	6	481	33	12	33	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952313--952859	34	16.8	34	74	14	399	33	11	33	21	1.90
952648--952828	27	6.2	27	73	16	146	31	12	34	20	1.91
952797--952988	32	6.0	32	78	8	90	34	15	27	22	1.94
952850--952988	32	4.5	31	82	6	140	30	15	28	25	1.96
952868--952989	31	4.0	30	81	7	120	31	16	27	24	1.96
953983--954023	15	2.7	15	84	3	55	2	7	7	82	0.91
953983--954017	16	2.2	16	90	5	54	2	8	2	85	0.79
954261--954318	6	9.7	6	82	17	68	1	0	13	84	0.70
957973--958101	52	2.5	52	93	0	222	28	19	17	34	1.94
958110--958134	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13