genome.fa.s98.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold98
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1546936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1392712--1393050	160	2.1	161	79	6	364	22	23	12	40	1.89
1392895--1392971	41	1.9	40	84	12	104	22	25	10	41	1.85
1392632--1393050	82	5.2	79	76	8	335	22	23	13	40	1.89
1392628--1393079	81	5.6	79	75	7	327	22	23	13	40	1.89
1393860--1393951	13	6.0	13	69	30	58	30	13	13	43	1.81
1393840--1393967	33	3.9	33	94	1	213	29	13	12	44	1.80
1393839--1393937	20	5.7	20	68	30	91	31	13	11	44	1.78
1402677--1402728	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
1403092--1403248	41	3.9	41	81	5	183	19	20	14	45	1.84
1403106--1403275	41	4.2	41	80	3	130	21	22	11	43	1.85
1403196--1403702	82	6.2	82	73	6	411	20	24	14	40	1.90
1403092--1403380	122	2.4	123	80	1	303	20	23	13	42	1.88
1403155--1403821	41	16.3	41	70	5	177	20	23	14	41	1.89
1403196--1403708	163	3.1	161	74	9	455	20	24	14	40	1.90
1408067--1408191	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
1408067--1408211	52	2.8	52	88	4	195	31	17	17	34	1.93
1408197--1408238	13	3.2	13	93	0	75	38	16	14	30	1.89
1409093--1409953	49	18.1	52	74	16	277	32	17	24	25	1.96
1409160--1409987	43	17.9	43	80	11	828	31	17	24	25	1.97
1409120--1409987	92	9.3	91	90	5	992	31	17	24	25	1.97
1409811--1409965	51	3.1	51	90	4	235	29	18	25	25	1.98
1409993--1410105	33	3.4	33	91	4	167	20	18	35	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1410098--1410945	34	25.6	34	74	13	428	33	13	32	20	1.92
1410047--1410262	98	2.2	101	82	8	257	30	13	33	21	1.93
1410091--1411007	68	13.9	67	76	11	649	33	13	32	20	1.92
1410493--1411049	32	17.2	31	76	14	251	32	14	32	21	1.93
1410165--1411006	395	2.1	395	96	0	1533	33	14	31	20	1.92
1410327--1411007	164	4.1	154	75	12	415	33	13	32	20	1.92
1410906--1411049	31	4.6	30	86	10	182	27	15	32	24	1.95
1413833--1413957	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1413833--1413977	52	2.8	52	89	4	204	30	17	17	34	1.93
1413963--1413990	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1414032--1414086	20	2.8	20	85	0	74	45	12	10	30	1.77
1414492--1414550	31	1.9	31	93	3	102	32	22	15	30	1.94
1415565--1415616	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
1416367--1416405	20	2.0	20	100	0	78	41	17	5	35	1.72
1418179--1418217	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1420288--1420318	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1424382--1424407	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1424362--1424423	32	1.9	33	90	3	99	27	12	16	43	1.84
1436124--1436408	157	1.8	153	80	4	338	31	15	16	36	1.90
1440861--1442655	52	34.7	52	72	10	1024	35	15	25	23	1.94
1441119--1442614	259	5.8	257	75	7	709	35	15	25	23	1.94
1442842--1443014	33	5.6	32	74	18	129	33	13	31	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442874--1443032	59	2.7	60	82	8	209	34	12	32	20	1.90
1442792--1442993	92	2.2	93	87	7	288	31	13	32	22	1.93
1442908--1443024	27	4.1	27	76	17	94	34	13	30	21	1.92
1442967--1443024	27	2.1	27	93	6	100	34	13	31	20	1.92
1442792--1443026	92	2.6	89	84	10	259	32	13	32	22	1.92
1443043--1443124	30	2.5	33	80	13	107	31	14	32	20	1.93
1443043--1443135	30	3.0	30	85	6	105	31	17	31	20	1.95
1443071--1443139	30	2.3	30	92	0	111	28	20	30	20	1.97
1446677--1446749	34	2.1	35	82	7	87	17	16	10	54	1.70
1447624--1447649	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1447688--1447763	21	3.7	21	83	3	109	28	17	10	43	1.82
1447709--1447781	20	3.6	20	83	3	101	31	19	12	36	1.88
1447688--1447781	41	2.3	41	96	0	170	29	18	11	40	1.86
1450234--1450272	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1450258--1450336	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
1452343--1452373	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1454177--1454221	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1456435--1456460	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1456499--1456574	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1456520--1456592	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1456499--1456592	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1458004--1458336	128	2.6	127	84	3	380	18	24	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458267--1458457	81	2.4	81	79	5	188	21	26	13	38	1.90
1458471--1458565	49	1.9	49	80	4	111	22	26	13	37	1.91
1458601--1458698	49	2.0	49	88	4	144	27	28	6	37	1.81
1458390--1458695	130	2.4	130	79	3	346	24	27	10	36	1.89
1459896--1459946	20	2.4	22	84	12	63	21	7	3	66	1.34
1459843--1460261	163	2.6	161	79	10	388	29	10	9	50	1.68
1462652--1462735	21	4.1	20	76	13	82	32	13	15	39	1.86
1462780--1462847	20	3.4	20	85	0	91	30	11	16	41	1.84
1463486--1463968	153	3.1	152	78	5	454	26	17	18	37	1.93
1465456--1465662	65	3.2	66	79	8	199	41	13	23	22	1.89
1465456--1465826	131	2.8	132	79	7	310	40	14	23	20	1.89
1465456--1466234	66	11.9	65	72	10	342	41	13	24	20	1.88
1465840--1466212	197	1.9	196	79	7	425	41	13	23	20	1.88
1466281--1466390	31	3.5	31	70	15	89	46	14	21	17	1.84
1466295--1466395	32	3.1	32	73	10	105	44	13	22	18	1.85
1466265--1466361	32	2.9	34	74	13	94	45	16	20	17	1.86
1466293--1466392	31	3.1	31	73	10	101	44	14	24	18	1.86
1466232--1466477	66	3.7	65	80	5	239	43	12	23	20	1.86
1466796--1467120	66	5.0	65	76	5	233	39	12	28	19	1.88
1466961--1467082	65	1.9	65	80	0	145	40	11	28	18	1.86
1471656--1471870	107	2.0	108	80	4	238	44	13	21	20	1.86
1472136--1472810	41	16.8	40	74	9	324	41	15	20	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472127--1472835	80	8.8	79	73	8	454	41	15	20	22	1.89
1472144--1472804	121	5.5	121	74	9	451	40	15	20	22	1.90
1472131--1472822	161	4.3	160	78	6	653	41	15	20	22	1.90
1472186--1472810	40	15.6	40	76	7	417	41	15	20	22	1.89
1473766--1473988	118	1.9	118	90	0	356	46	14	17	22	1.84
1474483--1474665	93	2.0	93	82	6	228	37	16	11	34	1.85
1475230--1475276	19	2.5	19	82	3	60	12	23	0	63	1.28
1475326--1475367	13	3.3	13	86	3	59	4	7	2	85	0.80
1475323--1475369	15	3.1	14	82	11	58	4	8	2	85	0.81
1475326--1475376	21	2.5	21	78	12	61	3	7	3	84	0.86
1479435--1479460	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1481675--1481719	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1483524--1483553	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
1485627--1485652	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1485773--1485818	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1488865--1488920	20	2.8	20	88	0	76	37	16	16	30	1.90
1488990--1489015	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1488972--1489036	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
1491246--1491295	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1495204--1495241	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1495353--1495398	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1497090--1497169	39	2.0	40	83	7	101	36	6	23	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1497806--1497831	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1499288--1499314	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1499269--1499333	32	2.0	33	90	3	105	41	13	15	29	1.86
1499634--1499926	133	2.2	133	87	1	392	47	13	17	21	1.82
1500544--1500577	17	1.9	18	88	5	52	5	14	2	76	1.09
1503817--1503870	21	2.7	19	85	5	72	37	12	16	33	1.87
1503817--1503899	19	4.6	19	75	20	79	34	10	18	36	1.85
1503858--1503882	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1503839--1503914	32	2.4	32	90	0	116	34	11	17	36	1.86
1503931--1503983	20	2.7	20	96	0	97	35	16	11	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13