genome.fa.s98.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold98
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1546936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1264712--1265019	158	1.9	158	82	3	379	27	24	12	35	1.92
1265987--1266268	88	3.2	88	76	8	252	22	24	15	37	1.93
1266321--1266405	43	2.0	43	83	4	109	21	29	16	32	1.95
1266386--1266627	44	5.5	44	67	10	136	24	23	14	37	1.92
1266376--1266663	88	3.3	87	79	6	285	23	25	13	37	1.92
1265956--1267011	393	2.7	391	84	2	1323	22	23	14	38	1.92
1266779--1268468	88	19.3	88	74	9	750	20	22	14	41	1.89
1266868--1267288	132	3.2	128	73	15	333	21	23	15	39	1.91
1266841--1267325	44	11.0	43	68	10	187	21	23	15	39	1.91
1267351--1267500	44	3.5	43	69	12	119	21	22	14	42	1.88
1267395--1268329	308	3.0	308	79	5	1005	20	22	15	41	1.89
1267870--1268408	132	4.1	132	71	8	394	20	21	15	42	1.88
1267559--1268213	220	3.0	217	80	4	665	20	21	15	41	1.89
1268707--1268832	44	2.9	44	76	7	130	19	26	15	37	1.93
1268447--1270702	176	12.9	174	70	9	608	21	23	14	40	1.90
1268453--1269027	88	6.6	87	77	4	433	21	23	14	39	1.91
1269018--1269301	88	3.2	88	77	3	270	21	21	16	40	1.91
1269706--1270695	88	11.2	87	74	8	312	20	23	14	40	1.90
1269579--1270572	44	22.6	44	69	9	203	20	22	14	41	1.89
1268231--1270440	220	10.1	219	71	7	980	21	23	14	40	1.90
1269887--1270131	132	1.9	132	79	1	285	19	23	15	41	1.89
1270067--1270316	132	1.9	132	85	3	342	20	25	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1270072--1270349	132	2.1	132	82	2	335	19	25	15	38	1.91
1270195--1270695	177	2.8	175	82	5	528	20	24	15	39	1.91
1270072--1270606	44	12.1	44	71	6	204	20	25	14	39	1.91
1270199--1270704	88	5.7	88	81	4	491	20	24	15	39	1.91
1270813--1270933	43	2.8	43	82	7	147	14	23	20	40	1.90
1271184--1271407	83	2.7	83	82	8	251	19	20	12	47	1.82
1272012--1272052	21	1.9	22	85	5	57	31	0	17	51	1.46
1272499--1273042	164	3.3	166	85	3	738	28	10	8	52	1.66
1272499--1273042	165	3.3	166	85	2	729	28	10	8	52	1.66
1272499--1273102	329	1.8	332	82	5	792	28	10	8	51	1.67
1272931--1273177	136	1.8	136	83	3	327	28	12	7	51	1.68
1272931--1273206	136	2.0	136	80	7	312	28	12	8	50	1.69
1274898--1274923	9	2.9	9	100	0	52	42	11	0	46	1.40
1275191--1275732	155	3.5	155	80	5	470	25	17	18	38	1.93
1276596--1277133	273	2.0	272	86	4	753	36	16	16	29	1.91
1280327--1280448	51	2.4	51	85	8	160	28	15	13	41	1.86
1280327--1280449	52	2.4	51	86	6	162	28	15	13	42	1.85
1281800--1281852	20	2.7	20	81	0	61	35	9	13	41	1.76
1282305--1282342	13	2.8	14	88	8	60	63	28	0	7	1.23
1287872--1287907	14	2.6	14	90	0	54	30	22	13	33	1.93
1290482--1290537	20	2.8	21	83	5	71	32	12	12	42	1.80
1292941--1292984	22	2.0	22	95	0	79	0	34	13	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1304511--1304588	20	3.9	20	76	17	72	80	15	2	1	0.88
1304492--1304587	37	2.7	34	85	10	113	81	12	5	1	0.91
1304492--1304588	39	2.6	36	82	12	99	80	13	5	1	0.93
1304511--1304588	4	19.5	4	72	15	54	80	15	2	1	0.88
1308437--1308471	19	1.9	17	88	11	52	20	25	8	45	1.79
1309666--1309953	49	5.9	49	90	0	371	25	27	16	31	1.96
1309972--1310105	47	2.9	47	89	0	178	23	29	14	33	1.94
1310935--1310988	26	2.1	26	85	0	72	35	14	14	35	1.88
1311009--1311037	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
1312445--1312484	21	1.9	21	85	10	55	52	5	2	40	1.37
1314647--1314672	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1316887--1316931	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1318743--1318772	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
1323378--1323403	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1325353--1325397	22	2.0	22	95	0	81	20	15	15	48	1.80
1331342--1331367	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1332073--1332116	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1333920--1333945	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1337857--1337901	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1340117--1340142	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1342308--1342333	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1342392--1342464	20	3.7	20	81	7	103	31	20	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1342372--1342464	40	2.3	41	98	1	179	30	19	12	37	1.89
1344932--1344970	20	2.0	20	94	0	69	51	10	15	23	1.73
1348349--1348469	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1348349--1348489	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1348478--1348502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1348570--1348594	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1348548--1348614	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1352475--1352519	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1354736--1354761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1354820--1354892	20	3.7	20	81	7	103	31	20	13	34	1.92
1354800--1354892	40	2.3	41	98	1	179	30	19	12	37	1.89
1359683--1359746	33	1.9	33	90	0	101	26	29	17	26	1.97
1360676--1360713	13	2.9	13	96	0	67	36	13	15	34	1.87
1360700--1360737	20	1.9	20	94	0	67	44	10	15	28	1.80
1361768--1361822	21	2.8	20	83	13	69	38	10	16	34	1.84
1361809--1361866	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
1361790--1361860	32	2.2	32	97	0	133	33	11	19	35	1.88
1361768--1361852	19	4.7	19	75	19	83	36	11	17	34	1.86
1366472--1366529	21	2.8	21	77	15	66	53	1	24	20	1.55
1369884--1369929	19	2.4	19	85	0	65	34	10	13	41	1.79
1370939--1370991	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
1371617--1371707	39	2.3	41	79	9	107	34	23	5	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1373546--1373583	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1375664--1375694	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1377496--1377540	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1379768--1379793	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1379747--1379811	32	2.0	32	87	6	94	29	12	13	44	1.81
1380489--1380557	36	1.9	36	88	2	104	31	13	27	27	1.93
1380482--1380578	36	3.0	30	75	18	95	28	13	25	31	1.94
1385886--1385961	39	1.9	39	84	5	100	53	11	17	17	1.72
1386144--1386628	66	7.4	66	73	8	227	44	12	23	19	1.84
1386447--1386537	34	2.8	34	71	17	84	41	10	26	20	1.86
1386486--1386687	66	3.1	64	80	7	226	43	14	24	17	1.86
1386397--1386687	132	2.2	130	80	9	333	42	12	25	19	1.87
1387322--1387507	66	2.8	66	74	9	175	45	12	23	17	1.83
1387475--1387647	66	2.6	66	77	11	185	37	10	30	21	1.87
1387612--1387813	66	3.1	65	73	13	180	43	12	24	19	1.85
1387563--1387807	132	1.9	132	80	8	293	42	11	25	20	1.85
1387722--1387882	66	2.4	66	82	2	180	47	16	19	16	1.83
1387747--1387906	66	2.4	65	82	3	176	45	16	21	15	1.85
1389314--1389349	8	4.4	8	86	6	54	83	5	0	11	0.80
1389316--1389367	25	2.0	26	85	3	70	76	5	5	11	1.13
1389351--1389399	18	3.0	17	77	16	59	69	8	12	10	1.37
1389638--1389681	11	4.2	10	81	18	54	86	4	9	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389955--1390158	105	1.9	105	81	3	241	35	14	13	36	1.86
1391112--1391290	90	2.0	90	91	0	286	17	14	15	51	1.76
1391181--1391530	60	5.8	60	75	5	253	18	14	17	49	1.79
1391165--1391390	30	7.5	30	66	15	119	17	12	17	51	1.76
1391181--1391453	120	2.3	120	82	5	320	17	14	18	49	1.79
1391285--1391512	120	1.9	119	83	6	291	17	14	20	48	1.80
1391181--1391509	180	1.8	179	83	7	434	17	13	18	49	1.79
1392384--1392581	82	2.4	81	81	3	216	20	25	12	42	1.86
1392563--1392619	20	2.8	20	84	10	80	19	19	12	49	1.79
1392724--1392866	41	3.5	41	76	7	146	20	23	13	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13