genome.fa.s98.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold98
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1546936

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153761--153821	13	5.2	13	74	22	71	39	16	14	29	1.88
153743--153841	33	3.0	33	92	2	155	40	14	15	30	1.86
153775--153843	20	3.8	20	75	25	80	39	13	14	33	1.85
153873--153967	19	5.6	19	72	27	106	34	18	12	33	1.89
153860--153969	32	3.4	32	97	0	202	33	17	13	35	1.89
153892--153948	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
154691--155114	49	8.5	49	79	7	399	33	18	25	22	1.97
154735--155110	150	2.5	150	88	2	538	32	18	25	22	1.97
154682--155124	101	4.4	101	77	5	418	33	18	25	23	1.97
155146--155520	28	13.2	28	82	7	397	21	17	29	31	1.96
155123--155520	84	4.6	85	82	3	437	22	17	29	31	1.96
156969--157016	12	4.2	12	73	10	55	0	0	14	85	0.60
156960--157018	25	2.4	24	83	11	66	0	0	16	83	0.66
170648--170703	20	2.8	20	94	0	103	41	10	14	33	1.80
170733--170795	19	3.6	19	74	24	75	36	14	12	36	1.84
170751--170777	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
170726--170795	32	2.2	32	94	0	122	37	14	12	35	1.84
171518--171893	49	7.7	49	73	10	279	32	18	25	23	1.97
172287--172312	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
178629--178674	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
181101--181126	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
181083--181147	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181974--182378	28	14.4	28	81	8	434	20	16	30	32	1.95
186522--186546	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
186501--186565	33	2.0	33	90	3	105	33	15	13	36	1.87
186531--186589	20	3.0	20	79	13	70	40	16	11	30	1.85
187693--187995	79	3.8	79	90	0	471	32	14	24	28	1.94
187927--188046	51	2.4	51	89	0	177	31	13	25	30	1.93
187848--188124	130	2.1	129	88	2	403	33	13	24	28	1.93
187987--188203	78	2.8	79	87	4	314	34	13	23	29	1.92
187771--188254	208	2.3	209	88	4	703	33	12	24	29	1.92
188135--188409	104	2.7	103	79	7	283	32	12	25	29	1.92
188128--188571	155	2.9	151	74	11	407	32	11	26	29	1.92
188417--188473	28	2.0	29	89	3	89	29	15	29	24	1.96
188136--188571	51	8.4	51	73	13	299	32	11	26	29	1.92
189523--189622	43	2.3	43	92	0	173	6	20	39	35	1.77
189523--189649	43	3.0	43	83	4	123	7	21	37	33	1.82
189964--190114	26	5.8	26	95	0	259	11	27	7	52	1.65
190149--190191	4	10.5	4	85	14	61	23	0	0	76	0.78
190140--190187	9	5.4	9	87	5	71	20	0	0	79	0.74
190144--190187	13	3.3	13	84	15	63	22	0	0	77	0.77
190223--190249	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
190881--191411	55	9.4	55	84	7	652	25	21	25	27	1.99
190881--191413	172	3.1	166	86	6	746	25	21	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190881--191413	227	2.4	227	90	1	847	25	21	25	27	1.99
191210--191297	26	3.3	26	66	20	72	22	20	30	26	1.98
191334--191544	95	2.2	95	91	2	352	25	18	29	26	1.98
198509--198535	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
202736--202760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
202823--202847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
202905--202946	21	2.0	21	85	0	57	35	11	14	38	1.83
203589--203613	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203676--203700	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
214618--215159	79	6.9	79	91	0	872	32	13	25	28	1.94
215342--215423	28	2.9	28	85	1	92	24	18	34	23	1.96
215092--215531	51	8.6	50	71	12	281	31	13	27	28	1.94
216470--216555	43	2.0	43	97	0	163	6	22	39	31	1.80
216922--217075	26	6.0	26	96	0	283	11	28	7	51	1.66
217107--217140	4	8.0	4	87	12	50	23	0	0	76	0.79
217102--217143	9	4.7	9	80	19	52	23	0	0	76	0.79
217107--217143	13	2.8	13	100	0	74	24	0	0	75	0.80
220176--220586	130	3.2	131	82	6	394	37	13	23	26	1.91
220389--220506	51	2.3	51	88	5	168	33	12	26	27	1.92
220439--220610	79	2.2	79	83	6	222	34	13	25	26	1.94
220571--220642	28	2.6	28	88	0	108	29	20	25	25	1.99
220491--220717	107	2.1	108	86	4	309	32	13	26	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223051--223179	51	2.5	51	85	0	168	42	10	17	30	1.81
223071--223187	51	2.3	51	86	0	171	43	11	15	29	1.82
224702--224728	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
224799--224823	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
224779--224843	33	2.0	33	90	6	105	33	13	20	32	1.91
234022--234150	52	2.5	52	97	0	240	27	17	19	34	1.95
234138--234163	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
234204--234301	32	3.0	32	90	1	142	36	17	9	36	1.82
235040--235178	43	3.1	43	78	17	156	30	17	25	26	1.97
234996--235180	49	3.8	49	81	11	231	31	17	24	26	1.97
235191--235446	49	5.1	51	77	13	230	35	16	23	25	1.95
235306--235444	43	3.1	43	78	15	163	31	18	24	25	1.98
235253--235444	92	2.0	93	87	5	271	33	17	23	25	1.96
234882--235696	266	3.1	265	93	1	1339	35	15	24	24	1.94
235262--235446	49	3.8	49	81	13	231	32	17	23	25	1.97
235470--235707	43	4.8	52	81	9	239	32	17	24	25	1.97
235519--235712	95	2.1	94	88	4	284	32	17	25	24	1.96
235707--236169	33	14.2	33	88	5	687	19	17	36	27	1.94
235707--236169	65	7.1	65	90	4	681	19	17	36	27	1.94
235700--236169	98	4.8	97	88	5	711	18	17	36	27	1.94
236169--236224	27	2.1	27	89	0	85	32	14	30	23	1.94
236197--236482	34	8.8	33	76	10	184	32	14	33	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236197--236459	67	4.0	68	77	6	263	33	14	33	19	1.91
236170--236482	131	2.4	129	78	8	368	32	14	33	19	1.92
236265--236483	95	2.3	90	78	13	217	31	14	33	20	1.92
236216--236707	32	15.5	32	75	13	283	31	15	31	21	1.94
236463--236702	126	1.9	123	86	4	338	30	17	28	24	1.97
236463--236702	62	3.9	62	90	2	340	30	17	28	24	1.97
237655--237689	14	2.6	13	86	8	52	0	0	11	88	0.51
237646--237693	25	1.9	25	83	8	62	0	4	10	85	0.73
237652--237693	11	3.9	11	84	3	59	0	0	11	88	0.53
238020--238064	12	4.0	12	77	11	51	4	0	11	84	0.76
238011--238076	33	1.9	35	84	6	91	6	4	9	80	1.02
244941--245069	52	2.5	52	97	0	240	28	18	17	34	1.94
245078--245102	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245164--245252	13	5.9	13	70	27	61	34	17	12	34	1.88
245143--245272	32	4.0	32	93	1	215	36	16	10	35	1.84
248156--248182	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
248163--248241	20	4.0	20	86	3	106	34	13	16	35	1.88
248163--248241	40	2.0	41	87	5	117	34	13	16	35	1.88
248287--248316	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
248272--248336	33	2.0	33	90	6	105	33	13	18	33	1.90
248624--248681	29	2.0	29	100	0	116	17	13	20	48	1.81
251245--251269	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254846--254871	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
254826--254889	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
254942--254996	20	2.8	20	88	5	76	29	12	16	41	1.85
255515--255595	39	2.1	39	84	11	103	32	24	7	35	1.83
256966--257008	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
257440--257478	13	3.0	13	92	0	60	38	15	15	30	1.88
263593--263618	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263573--263636	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
263780--263831	20	2.6	20	100	0	104	38	19	11	30	1.87
265077--265144	32	2.1	32	86	10	93	41	10	8	39	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13