genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397260.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_51.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10072460

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7633156--7633216	30	2.0	31	90	3	97	49	6	22	21	1.72
7633337--7633383	18	2.6	18	82	3	58	44	25	6	23	1.77
7634188--7634218	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7654494--7654557	27	2.3	28	78	7	69	35	1	3	59	1.23
7661433--7661477	2	22.5	2	90	0	72	53	2	44	0	1.13
7675583--7675622	21	1.9	21	85	10	55	42	22	10	25	1.84
7681454--7681641	93	2.0	93	98	0	367	39	15	28	16	1.89
7691078--7691128	24	2.1	24	85	0	66	15	9	13	60	1.58
7711287--7711313	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7721016--7721044	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
7723671--7723722	26	2.0	26	81	3	61	28	5	3	61	1.37
7725080--7725121	21	2.0	21	85	0	57	42	0	2	54	1.13
7733614--7733657	21	2.1	21	100	0	88	27	22	9	40	1.84
7741016--7741050	2	17.5	2	93	0	61	0	45	2	51	1.16
7744430--7744509	40	2.0	41	85	2	108	18	21	23	36	1.95
7746358--7746382	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
7746929--7746967	20	2.0	20	89	0	60	38	12	7	41	1.72
7747301--7747373	33	2.2	34	85	9	105	31	34	13	20	1.92
7753643--7753818	66	2.7	66	79	6	207	38	21	15	25	1.92
7753587--7753818	65	3.6	65	79	5	220	36	22	14	26	1.92
7755553--7755598	18	2.6	18	78	0	56	58	2	0	39	1.10
7757149--7757187	20	2.0	20	84	0	51	30	10	25	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7774086--7774152	30	2.3	30	84	2	82	49	1	2	46	1.26
7774078--7774152	30	2.6	29	76	4	80	45	1	2	50	1.24
7774203--7774357	27	5.7	27	75	0	139	41	5	9	43	1.60
7774205--7774359	54	2.9	54	84	1	195	42	5	9	42	1.60
7774405--7774460	24	2.3	24	90	0	85	48	3	8	39	1.52
7788869--7788931	22	2.8	23	71	23	62	44	3	1	50	1.27
7794683--7794804	62	2.0	61	91	1	199	15	19	17	47	1.83
7805521--7805562	15	2.8	15	85	7	59	14	14	0	71	1.15
7806288--7806324	19	1.9	19	88	0	56	24	0	0	75	0.80
7824087--7824123	17	2.2	17	100	0	74	29	10	29	29	1.91
7842402--7842434	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7852313--7852352	3	13.3	3	84	10	55	65	0	35	0	0.93
7854938--7854967	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7862924--7862988	21	3.1	21	97	0	121	63	0	0	36	0.95
7878701--7878737	6	6.0	6	96	3	65	16	2	0	81	0.81
7894214--7894247	18	1.9	18	88	5	52	64	2	0	32	1.08
7901191--7901266	37	2.1	37	100	0	152	44	21	10	23	1.83
7911386--7911451	23	2.9	23	74	26	68	53	1	1	43	1.19
7914232--7914333	48	2.1	49	96	1	188	35	18	11	34	1.87
7928784--7928809	11	2.4	11	100	0	52	23	7	19	50	1.73
7931786--7932049	145	1.8	146	90	0	431	24	13	20	41	1.88
7936131--7936161	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7936573--7936612	19	2.1	19	86	9	55	62	0	0	37	0.95
7936581--7936632	18	2.8	18	81	16	54	53	0	0	46	1.00
7936581--7936633	19	2.8	19	86	8	65	52	0	0	47	1.00
7939419--7939462	21	2.2	19	84	8	52	68	4	0	27	1.09
7939912--7939961	26	2.0	24	85	11	66	54	2	0	44	1.11
7948771--7948974	101	2.0	101	91	0	327	36	8	20	34	1.83
7969129--7969176	24	2.0	24	100	0	96	29	4	25	41	1.74
7974383--7974448	5	13.2	5	75	12	55	71	0	0	28	0.87
7974333--7974486	50	3.0	50	79	10	145	68	0	1	29	1.03
7974336--7974465	57	2.3	54	84	11	140	67	0	0	30	1.01
7974395--7974459	24	2.7	24	80	4	60	67	0	0	32	0.91
7974439--7974525	33	2.6	33	85	3	102	66	0	3	29	1.08
7974383--7974522	15	9.4	14	68	21	63	68	0	2	29	1.01
7974336--7974525	14	13.1	14	68	20	74	66	0	2	30	1.07
7980142--7980300	80	2.0	79	81	6	187	40	9	20	28	1.84
7980799--7981234	212	2.1	212	87	3	626	41	7	5	44	1.57
7981882--7981953	34	2.1	34	89	0	108	36	11	15	37	1.83
7986643--7986688	19	2.2	20	81	14	58	39	6	8	45	1.61
7991166--7991234	29	2.3	31	80	7	79	60	1	2	34	1.20
7993168--7993192	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7993462--7993555	29	3.2	29	77	3	109	37	11	13	37	1.82
7993474--7993555	29	2.8	29	83	0	119	40	8	13	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7993767--7993809	23	1.9	22	85	4	59	37	9	6	46	1.63
7993961--7994003	22	1.9	23	85	4	61	60	6	18	13	1.55
7993961--7994003	23	1.9	22	85	4	59	60	6	18	13	1.55
7994485--7994644	5	31.2	5	67	15	51	38	15	5	41	1.70
7994453--7994515	31	2.0	31	87	3	90	39	12	6	41	1.69
7994485--7994601	48	2.4	48	82	2	144	38	14	5	41	1.68
7996767--7996800	17	2.0	17	100	0	68	41	23	17	17	1.90
8016408--8016438	16	1.9	16	100	0	62	74	0	0	25	0.82
8045240--8045271	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
8048738--8048813	7	11.0	7	68	18	52	57	1	1	39	1.15
8048739--8048834	20	5.1	20	71	20	73	55	2	1	41	1.18
8052156--8052207	26	2.0	26	100	0	104	50	11	19	19	1.77
8070124--8070157	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
8080245--8080275	16	1.9	16	100	0	62	54	0	0	45	0.99
8084932--8084963	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8095461--8095490	4	7.2	4	96	3	51	50	0	0	50	1.00
8096387--8096433	24	1.9	25	86	4	69	10	6	4	78	1.06
8112782--8112841	27	2.2	27	90	0	93	40	23	15	21	1.91
8116135--8116169	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8119914--8119996	41	2.0	41	95	0	148	36	12	28	22	1.90
8121293--8121332	16	2.4	17	87	4	55	57	0	0	42	0.98
8121602--8121645	18	2.4	18	85	11	54	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8123046--8123074	3	10.0	3	92	7	51	0	68	0	31	0.89
8129675--8129722	24	2.0	24	95	0	87	29	6	12	52	1.63
8134409--8134610	45	4.5	45	82	2	244	31	15	21	31	1.95
8147932--8147968	15	2.4	16	86	13	51	54	2	0	43	1.14
8148244--8148317	22	3.4	22	81	3	87	28	12	14	44	1.81
8148342--8148396	23	2.4	23	84	0	65	32	5	23	38	1.78
8154050--8154075	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8154665--8154703	4	9.8	4	88	0	60	48	0	23	28	1.51
8154833--8154861	12	2.3	13	88	11	51	65	0	0	34	0.93
8164996--8165097	30	3.5	28	76	18	100	55	2	3	37	1.33
8171283--8171316	15	2.3	15	100	0	68	55	11	8	23	1.63
8174252--8174292	15	2.7	15	85	11	57	68	0	31	0	0.90
8174737--8174795	24	2.5	24	85	0	73	45	18	15	20	1.85
8176441--8176502	30	2.1	30	96	0	115	27	12	22	37	1.91
8180340--8180388	21	2.3	21	82	6	55	40	0	6	53	1.26
8181225--8181372	42	3.6	39	76	15	131	54	2	2	41	1.23
8181339--8181397	28	2.1	29	90	6	95	61	0	1	37	1.07
8181344--8181403	27	2.2	27	88	5	86	61	1	0	36	1.06
8181458--8181554	26	3.8	26	67	19	71	56	2	1	40	1.18
8181475--8181626	21	6.6	22	67	21	73	57	1	0	40	1.10
8181321--8181614	157	1.9	155	85	5	405	55	3	1	39	1.24
8181496--8181553	26	2.1	27	84	6	73	53	3	0	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8181544--8181583	16	2.5	17	84	12	57	70	0	0	30	0.88
8181575--8181615	19	2.0	21	86	9	59	53	0	0	46	1.00
8181352--8181632	75	3.6	76	74	11	248	56	2	1	39	1.21
8186273--8186302	13	2.3	13	100	0	60	46	16	6	30	1.73
8192969--8193011	22	1.9	23	95	4	79	53	0	0	46	1.00
8193315--8193369	11	4.8	12	80	8	62	50	0	1	47	1.11
8193351--8193774	216	1.9	219	83	5	545	41	9	4	44	1.56
8208274--8208314	21	1.9	22	85	5	57	21	2	17	58	1.50
8210215--8210398	93	2.0	94	92	1	307	25	15	26	33	1.95
8213352--8213425	26	3.0	26	76	20	77	54	0	0	45	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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