genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397260.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_51.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10072460

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348336--348375	20	2.0	21	90	5	64	70	7	2	20	1.24
348372--348414	16	2.7	16	82	10	52	62	16	0	20	1.32
350990--351068	38	2.1	38	95	0	140	24	21	21	32	1.98
355803--356069	88	3.0	88	92	1	444	22	26	15	35	1.94
358324--358397	31	2.4	31	78	15	80	44	1	2	51	1.24
359064--360319	642	2.0	635	85	3	1705	43	8	13	35	1.73
362117--362347	22	10.4	21	70	13	92	26	12	21	39	1.88
362169--362329	22	7.2	22	74	7	101	27	11	21	39	1.88
362169--362299	46	2.9	46	80	4	135	29	12	20	37	1.90
362268--362382	23	5.1	23	73	13	78	23	9	26	40	1.85
362353--362425	22	3.3	22	75	9	67	24	12	27	35	1.91
368964--369148	73	2.5	73	76	3	183	25	17	16	39	1.91
371807--371848	21	2.0	21	85	0	57	26	9	21	42	1.83
377349--377502	73	2.1	73	80	2	175	25	19	16	38	1.92
385618--385682	34	1.9	34	90	0	103	38	27	10	23	1.88
385686--385725	21	1.9	21	84	0	53	47	22	7	22	1.76
387861--387917	30	2.0	29	89	6	89	49	10	10	29	1.71
387801--388038	126	1.9	124	80	3	271	42	11	13	31	1.81
388049--388195	71	2.1	71	93	0	249	39	11	14	34	1.82
389415--389682	137	2.0	135	85	7	364	34	10	11	43	1.75
414283--414346	31	2.1	31	85	8	87	37	17	6	39	1.75
420587--420816	80	2.9	80	84	2	302	35	23	9	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
432349--432500	74	2.0	75	94	2	270	44	20	13	22	1.86
446327--446412	35	2.6	32	77	12	91	32	6	13	46	1.71
452509--452652	36	4.0	35	77	12	132	43	16	24	15	1.86
452511--452652	71	2.0	72	81	9	166	43	16	24	15	1.86
460382--460414	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
460730--460850	60	2.0	60	90	0	188	21	32	19	27	1.97
471856--471882	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
474401--474434	17	2.0	17	94	0	59	35	20	11	32	1.89
490745--490819	35	2.1	35	85	4	98	33	17	21	28	1.96
502839--502881	18	2.4	18	84	7	52	11	2	27	58	1.46
525522--525562	18	2.4	17	88	12	57	56	0	2	41	1.13
527530--527584	19	3.1	18	87	7	76	38	0	0	61	0.96
527518--527587	35	2.0	34	83	8	88	42	0	0	57	0.99
527519--527584	19	3.8	17	79	18	66	42	0	0	57	0.98
527537--527584	19	2.6	19	93	6	82	41	0	0	58	0.98
556404--556463	25	2.4	25	80	2	66	61	6	1	30	1.31
557190--557222	16	2.0	17	88	5	50	69	0	9	21	1.15
572779--572821	10	4.1	10	77	11	50	60	0	0	39	0.97
572809--572890	29	2.7	31	80	16	82	64	0	2	32	1.07
578276--578359	41	2.0	41	100	0	168	30	14	16	38	1.89
579150--579194	23	2.0	23	82	8	56	55	8	2	33	1.43
583351--583380	11	2.7	11	94	0	51	53	6	0	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
585457--586816	727	1.9	725	91	1	2224	28	11	21	38	1.88
594983--595179	74	2.7	74	87	5	274	21	17	17	43	1.88
595863--595921	27	2.2	27	87	6	84	47	22	3	27	1.67
599591--599626	10	3.6	10	92	7	56	0	13	5	80	0.88
601073--601260	74	2.6	74	80	6	229	25	18	14	42	1.88
601917--602075	81	2.0	81	94	0	282	30	9	16	43	1.79
604737--605138	45	9.0	45	70	11	220	39	5	9	44	1.62
606101--606131	4	7.5	4	96	3	53	0	29	0	70	0.87
611593--611692	25	3.9	26	73	11	66	39	14	14	33	1.85
615415--615481	35	1.9	35	84	0	89	23	13	31	31	1.93
624743--624841	32	2.9	34	74	8	103	30	26	15	28	1.96
627621--627654	10	3.4	10	83	0	50	41	20	0	38	1.53
627616--627654	20	2.0	20	94	0	69	38	20	0	41	1.53
634743--634785	20	2.2	19	84	12	52	46	20	6	25	1.76
635711--635805	32	2.8	33	74	11	95	43	24	6	26	1.78
635675--635805	67	2.0	67	89	3	201	40	25	6	26	1.81
638469--638740	34	8.0	34	80	4	253	34	19	11	34	1.87
638538--638735	102	1.9	102	88	0	297	33	19	11	35	1.88
638463--638735	68	4.0	67	82	5	307	34	19	11	34	1.88
638748--638812	34	1.9	33	93	3	112	38	12	13	35	1.83
638755--638813	18	3.4	18	66	17	52	35	13	15	35	1.87
648655--648693	19	2.1	19	90	0	60	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
649474--649514	21	2.0	21	85	0	55	51	0	29	19	1.47
661639--661705	21	3.2	21	100	0	134	37	8	4	49	1.55
661694--661731	18	2.1	19	85	5	51	42	5	0	52	1.24
662402--662454	20	2.7	20	85	2	72	43	3	5	47	1.45
662579--662677	52	1.9	51	87	6	146	42	4	8	45	1.52
663546--663572	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
672083--672121	20	1.9	21	84	5	53	30	12	0	56	1.37
688743--688784	19	2.2	19	91	0	66	21	0	14	64	1.29
689284--689310	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
699887--699953	35	1.9	35	84	0	89	41	11	11	34	1.79
701669--701732	30	2.1	30	85	0	83	53	4	4	37	1.43
702919--702959	18	2.1	20	82	13	50	48	0	4	46	1.23
710106--710185	39	2.1	39	92	0	133	45	11	21	22	1.83
713176--713431	127	2.0	127	99	0	503	32	10	16	39	1.84
721394--721562	35	4.8	35	81	0	194	43	14	8	34	1.75
721384--721525	70	2.0	70	90	0	221	40	12	7	38	1.72
721573--721648	32	2.2	35	77	9	59	46	10	6	36	1.65
737519--737704	74	2.5	74	80	6	207	23	20	16	40	1.91
740120--740157	13	2.9	13	84	7	51	2	15	2	78	0.97
745302--745468	70	2.4	69	81	12	207	32	18	23	25	1.97
747647--747690	21	2.0	22	91	4	72	31	0	6	61	1.22
751241--751266	12	2.2	12	100	0	52	34	19	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754044--754089	20	2.3	19	85	14	58	71	0	4	23	1.03
758648--758690	12	3.2	13	83	9	52	37	2	18	41	1.63
761587--761834	136	1.9	134	81	8	310	43	7	5	43	1.55
762050--762169	63	1.9	63	86	3	170	25	25	10	38	1.87
762419--762511	22	4.2	22	76	6	80	27	8	24	38	1.85
762421--762526	23	4.7	23	81	6	92	31	8	24	35	1.85
762409--762527	44	2.6	44	78	4	121	31	8	23	36	1.85
768120--768317	31	6.4	31	86	2	220	35	16	16	32	1.91
768929--769184	35	7.3	35	80	3	257	46	12	7	33	1.69
768915--769184	71	3.9	69	77	10	255	45	12	7	34	1.70
768929--769184	106	2.4	105	81	3	291	46	12	7	33	1.69
774287--774327	19	2.2	19	87	12	59	34	7	12	46	1.69
776733--776982	71	3.6	69	71	7	182	42	12	7	34	1.71
776839--776986	36	4.2	36	80	4	151	43	13	8	34	1.74
776719--776941	107	2.1	106	82	0	284	40	12	6	35	1.70
776732--776982	107	2.4	106	79	3	247	41	12	7	34	1.71
778195--778267	31	2.4	31	92	0	119	34	21	15	28	1.94
778881--779010	47	2.8	45	75	5	125	26	31	13	28	1.93
778901--779049	47	3.2	47	80	5	167	26	28	15	28	1.96
779052--779162	23	4.9	23	68	18	63	24	30	15	29	1.95
779143--779237	47	2.0	46	87	2	136	25	32	13	28	1.94
779171--779237	23	2.9	23	67	10	55	26	35	10	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779157--779298	75	1.9	75	85	0	194	26	33	13	27	1.93
779241--779361	47	2.6	47	86	2	136	28	31	11	28	1.92
779457--779510	23	2.3	23	80	0	63	22	35	12	29	1.91
782181--782222	18	2.3	18	80	12	50	45	0	11	42	1.41
782185--782227	17	2.5	18	85	7	54	41	0	13	44	1.44
782367--782631	126	2.0	126	82	8	314	45	7	4	42	1.52
782665--782701	17	2.4	16	86	13	51	37	0	2	59	1.12
785913--786036	28	4.4	28	69	6	88	36	25	12	25	1.92
795259--795309	27	2.0	26	88	7	77	19	21	33	25	1.97
799281--799393	44	2.6	43	77	5	118	38	10	17	33	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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