genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397260.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_51.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10072460

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  1  of  20  ( 2374 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1236--2537	171	7.6	172	75	5	827	33	12	11	35	1.80
1797--2109	168	1.9	161	85	3	355	36	14	11	33	1.83
4772--9497	513	9.2	513	79	4	4269	35	13	11	37	1.81
5198--9497	171	25.1	171	78	4	3857	35	13	11	37	1.81
4451--9497	342	14.8	341	78	5	4168	35	13	11	37	1.81
11036--11224	98	1.9	97	90	1	297	45	10	2	41	1.51
16980--17017	20	1.9	20	100	0	76	13	26	5	55	1.59
17376--17555	57	3.1	59	79	7	167	39	11	9	40	1.73
17376--17592	29	7.6	28	76	10	192	40	12	8	38	1.74
17463--17592	57	2.3	55	84	7	174	41	16	7	34	1.77
17463--17588	28	4.5	26	77	14	110	42	16	7	33	1.77
20134--20262	67	1.9	67	83	0	168	29	12	24	34	1.92
26926--27148	116	1.9	116	91	1	369	41	15	5	37	1.70
27267--27345	23	3.2	25	71	25	60	55	3	2	37	1.31
34114--34144	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
42909--42939	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
45178--45301	38	3.3	38	68	15	112	37	9	9	42	1.71
45158--45318	75	2.1	75	91	0	268	41	11	7	39	1.70
46040--46513	249	1.9	246	84	5	643	35	14	14	35	1.87
46392--46556	86	1.9	86	86	2	233	31	20	13	34	1.92
50572--50610	20	2.0	20	94	0	69	69	7	2	20	1.26
56919--57004	25	3.4	25	95	0	145	22	32	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74739--74794	28	2.0	29	92	3	96	41	5	14	39	1.68
76697--76854	29	5.4	29	80	11	137	37	12	8	41	1.73
76664--76863	57	3.5	57	80	6	224	35	11	10	43	1.74
76645--76863	28	7.6	28	78	9	210	36	10	10	42	1.74
94091--94126	19	1.9	19	94	5	65	75	2	22	0	0.94
94809--94851	10	4.2	10	79	5	50	25	9	2	62	1.37
96981--97048	35	1.9	35	90	0	109	19	16	23	41	1.90
101061--101106	22	2.1	23	88	8	69	50	17	4	28	1.65
104440--104534	21	4.5	21	79	1	100	27	16	17	37	1.92
108587--108871	35	8.1	35	81	4	263	44	12	9	34	1.74
108587--108878	71	4.2	71	79	7	276	44	12	8	34	1.73
108587--108851	107	2.5	106	86	1	368	43	12	9	34	1.75
130989--131140	29	5.2	29	75	11	98	42	9	12	36	1.75
131009--131121	58	1.9	59	83	5	149	41	7	9	40	1.67
130989--131140	28	5.2	29	77	10	107	42	9	12	36	1.75
138078--138393	159	2.0	159	94	1	562	40	19	14	25	1.89
158112--158231	58	2.1	57	85	4	161	35	5	18	40	1.75
164563--164633	36	2.0	36	94	0	124	33	21	9	35	1.86
168794--168862	34	2.0	34	91	0	111	23	13	14	49	1.78
171089--171116	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
171338--171817	96	5.0	96	88	2	689	48	4	24	22	1.69
174928--175046	62	1.9	62	92	0	202	23	13	33	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176958--176996	20	1.9	21	85	15	55	66	5	7	20	1.36
180147--182115	252	8.0	252	84	7	2449	47	6	13	32	1.67
181663--182335	217	3.0	218	91	5	1005	49	5	10	33	1.62
182864--182905	18	2.2	20	84	16	54	61	0	2	35	1.09
182110--184455	252	9.5	252	83	7	2738	47	6	12	33	1.66
183349--183806	221	2.0	228	85	6	616	48	6	11	32	1.66
182110--184455	963	2.4	993	85	5	3063	47	6	12	33	1.66
183579--184573	251	4.0	250	82	6	1072	48	6	11	33	1.66
193824--193880	20	3.2	20	70	29	65	61	0	7	31	1.23
194094--194126	15	2.2	15	89	10	50	30	15	3	51	1.58
195300--195788	222	2.2	221	90	4	756	52	3	4	39	1.38
195290--195721	112	3.9	112	95	2	746	52	3	4	40	1.38
198905--198967	6	10.8	6	91	6	94	50	12	0	36	1.41
210939--210971	15	2.2	15	89	10	50	57	0	24	18	1.40
212286--212328	23	1.9	22	85	4	59	34	6	2	55	1.39
212680--212709	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
212656--212708	9	5.9	9	84	0	52	18	0	13	67	1.22
214024--214108	35	2.4	37	90	7	131	40	20	11	28	1.87
215419--215560	73	1.9	73	88	2	214	36	16	20	26	1.93
224281--224476	73	2.7	73	81	6	218	35	16	22	26	1.95
225879--225926	22	2.2	21	81	3	60	12	6	8	72	1.26
226213--226548	58	5.7	58	77	5	241	35	16	11	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226440--227417	60	16.4	58	70	12	228	37	14	11	36	1.83
226328--227417	120	9.2	119	71	9	476	37	15	11	35	1.84
226762--227468	60	11.9	58	74	7	234	37	15	11	35	1.84
227011--227144	58	2.3	60	80	2	155	38	16	9	35	1.82
226915--227242	180	1.8	178	81	5	410	37	15	11	35	1.83
234373--234579	71	2.9	71	73	2	202	35	7	13	39	1.73
234346--234566	35	6.3	35	73	4	169	33	6	13	41	1.70
234463--234566	36	2.9	36	88	1	165	33	5	14	46	1.68
236922--237183	132	2.0	132	100	0	524	32	16	21	28	1.96
238352--238376	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
255329--255395	19	3.8	19	79	16	74	38	1	1	58	1.17
267180--267236	10	5.6	10	77	10	62	21	0	1	77	0.86
267183--267237	23	2.5	21	78	21	60	21	0	1	76	0.88
267368--267407	10	3.7	10	81	18	53	0	10	5	85	0.75
267473--267611	31	4.5	31	75	9	113	30	16	17	35	1.92
267560--268594	62	16.9	61	79	4	875	28	19	16	35	1.94
267556--268594	123	8.5	123	79	4	905	28	19	16	35	1.94
267898--267992	30	3.1	30	67	8	84	29	21	15	33	1.94
267601--268594	247	4.0	245	81	3	980	28	19	16	35	1.94
269845--269870	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
270638--270680	18	2.3	19	84	8	61	4	16	0	79	0.90
271835--271998	73	2.2	73	85	0	229	34	17	23	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274379--274422	21	2.1	21	86	0	61	27	0	9	63	1.24
279021--279062	18	2.3	18	88	8	59	47	4	0	47	1.23
289644--289802	42	3.8	41	76	5	156	44	19	12	23	1.85
292111--292313	44	4.6	44	75	8	153	24	19	24	31	1.98
292111--292313	89	2.3	88	82	5	230	24	19	24	31	1.98
293239--293272	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
297140--297357	80	2.7	80	86	5	291	40	10	7	41	1.68
297605--297638	18	1.9	18	88	5	52	26	8	38	26	1.85
297699--297886	49	3.8	49	88	3	263	34	18	22	24	1.96
297699--297895	100	2.0	99	87	4	283	34	17	23	24	1.96
304195--304327	62	2.2	61	93	1	221	51	11	18	19	1.76
305819--305989	40	4.5	37	81	13	190	38	21	18	22	1.94
305811--305989	75	2.4	76	90	0	279	37	20	17	23	1.94
306717--306816	28	3.7	28	68	10	82	32	13	10	45	1.76
307149--307361	80	2.6	78	88	6	293	41	10	8	38	1.71
307182--307307	38	3.1	41	64	8	114	42	11	7	38	1.69
307724--307819	29	3.3	29	64	11	79	39	17	22	19	1.92
307719--307833	58	2.0	58	94	0	203	38	18	22	20	1.94
307801--307993	49	3.9	49	87	2	260	35	18	21	24	1.95
308800--309049	35	7.1	35	72	4	169	38	14	9	34	1.77
308822--308954	71	1.9	71	95	0	239	41	15	8	34	1.77
315861--315892	15	2.1	16	94	5	57	37	0	12	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316880--316944	29	2.3	29	97	2	123	41	0	26	32	1.56
325793--325858	20	3.3	20	76	4	80	34	9	10	45	1.70
325780--325858	39	2.0	39	97	0	149	35	7	10	46	1.66
325780--325838	19	3.1	19	75	4	73	38	5	10	45	1.60
325793--325866	20	3.7	19	71	7	51	32	10	10	45	1.74
326470--326502	17	1.9	17	88	11	50	42	9	3	45	1.51
326675--326807	28	4.9	28	70	15	98	37	9	9	42	1.71
330301--330332	14	2.3	14	100	0	64	28	40	12	18	1.87
341388--341430	9	4.8	9	85	0	50	9	0	4	86	0.71
343292--343323	17	1.9	17	93	6	57	34	18	9	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20