genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397260.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_51.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10072460

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2001036--2001137	24	4.0	24	76	14	87	42	17	11	28	1.85
2001006--2001210	30	7.3	27	71	16	107	40	16	11	31	1.83
2001879--2001927	23	2.0	25	84	7	66	71	0	6	22	1.08
2001957--2002066	57	1.9	57	86	0	157	35	17	12	34	1.88
2009529--2009558	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
2009579--2009614	15	2.3	16	90	4	56	55	5	0	38	1.23
2012241--2012266	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2013523--2013608	38	2.3	38	87	4	120	43	19	13	23	1.87
2013813--2013921	38	2.9	38	91	0	164	31	21	15	32	1.94
2017715--2017935	36	6.2	36	81	1	248	34	18	13	33	1.89
2017726--2017934	108	2.0	106	86	1	292	34	19	12	33	1.90
2019654--2019820	73	2.3	73	85	0	226	37	17	20	23	1.94
2025981--2026055	33	2.3	33	80	0	87	38	12	5	44	1.64
2026116--2026187	30	2.4	30	83	0	90	41	8	15	34	1.77
2031956--2032080	40	3.0	41	81	15	155	28	7	35	28	1.84
2031974--2032064	46	2.0	46	89	4	139	29	6	35	28	1.83
2037092--2037135	3	14.7	3	90	0	70	65	2	2	29	1.16
2040023--2040062	20	2.0	20	95	0	71	17	25	17	40	1.91
2043774--2043804	13	2.4	13	100	0	62	29	29	9	32	1.89
2055347--2055380	6	5.7	6	85	0	50	82	2	0	14	0.79
2059082--2059331	74	3.4	73	89	3	349	26	20	12	40	1.88
2059071--2059405	148	2.3	147	78	8	358	25	19	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080444--2080535	39	2.4	39	83	7	107	32	6	13	47	1.68
2085644--2085668	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2107454--2107478	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2108000--2108049	21	2.3	21	83	10	57	48	0	0	52	1.00
2108821--2108903	32	2.8	29	77	15	89	28	10	25	34	1.90
2111039--2111107	20	3.5	20	77	18	63	44	5	1	47	1.35
2121450--2121569	35	3.3	35	81	6	125	36	9	6	47	1.62
2121992--2122040	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
2125061--2125214	35	4.3	35	81	2	191	46	11	5	37	1.62
2125064--2125214	71	2.1	71	93	0	257	46	11	5	37	1.62
2126424--2126449	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2129333--2129412	19	4.2	19	74	3	70	45	1	8	45	1.42
2134689--2134729	20	2.0	20	90	0	64	53	9	9	26	1.65
2149234--2149335	30	3.5	31	70	16	90	31	30	10	27	1.91
2149314--2149376	31	2.0	31	87	0	90	31	26	9	31	1.88
2149355--2149396	22	1.9	22	95	0	75	28	33	9	28	1.88
2149321--2149429	53	2.1	53	84	3	139	29	28	11	30	1.92
2149454--2149523	31	2.3	31	82	0	86	31	22	12	32	1.92
2149310--2149535	85	2.7	84	78	4	231	30	23	12	32	1.92
2149478--2149585	31	3.5	32	78	6	114	31	17	12	38	1.86
2149454--2149599	62	2.4	62	77	0	166	29	20	13	36	1.91
2155498--2155553	26	2.1	27	77	9	62	23	17	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160377--2160424	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2172086--2172147	30	2.1	29	87	3	88	51	1	8	38	1.41
2178310--2178360	16	3.3	15	78	13	50	15	13	0	70	1.17
2188881--2188924	23	2.0	23	95	4	81	38	31	4	25	1.76
2188920--2189003	43	1.9	43	85	2	114	42	22	9	25	1.83
2188881--2189003	22	5.6	22	73	6	79	40	26	8	25	1.83
2189053--2189112	23	2.8	21	76	14	59	43	18	13	25	1.86
2189093--2189181	22	4.0	22	67	8	72	41	20	11	26	1.86
2189207--2189546	81	4.2	79	82	5	353	37	30	9	22	1.85
2189206--2189546	162	2.1	162	81	4	393	38	30	9	22	1.85
2194585--2194871	143	2.0	143	91	1	459	32	17	18	31	1.94
2203488--2203536	15	3.4	15	77	11	57	42	0	2	55	1.11
2206659--2206687	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
2208224--2208276	25	2.1	25	100	0	106	45	11	20	22	1.83
2208379--2208433	25	2.2	25	100	0	110	52	0	27	20	1.46
2210756--2210796	16	2.5	17	80	15	50	60	9	0	29	1.28
2211899--2211966	20	3.5	20	78	9	68	61	11	1	25	1.38
2213424--2213479	26	2.3	25	84	9	80	32	3	0	64	1.11
2219437--2219477	21	2.0	21	85	9	57	31	2	2	63	1.20
2220028--2220251	104	2.2	104	99	0	439	26	13	22	37	1.92
2220791--2220831	19	2.2	19	86	8	57	34	0	7	58	1.26
2229617--2229705	36	2.5	36	81	1	108	29	13	23	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232328--2232367	21	1.9	21	85	10	55	32	10	15	42	1.79
2237825--2237849	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2245228--2245302	37	2.0	38	92	2	125	29	21	10	38	1.87
2248712--2248751	16	2.4	17	87	8	55	0	17	5	77	0.94
2251223--2251287	20	3.3	20	70	8	62	40	0	6	53	1.26
2253666--2253705	16	2.5	16	87	0	53	42	7	7	42	1.61
2257516--2257548	17	1.9	17	88	11	50	42	9	3	45	1.51
2257690--2257856	59	2.9	58	77	10	153	37	10	9	43	1.71
2257690--2257860	29	5.8	29	76	11	152	37	10	9	42	1.72
2257690--2257857	88	1.9	88	85	4	232	37	10	9	42	1.71
2265472--2265504	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
2268180--2268223	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
2268868--2268902	11	3.0	12	87	8	54	40	17	40	2	1.64
2270469--2270538	29	2.4	28	83	9	86	48	7	5	38	1.54
2270484--2270657	29	6.2	28	75	13	133	43	6	9	41	1.62
2270470--2270657	58	3.3	55	75	10	148	43	6	9	40	1.63
2270607--2270685	28	2.8	28	88	5	106	41	11	10	36	1.75
2275766--2275811	14	3.2	14	81	3	56	32	2	13	52	1.52
2283199--2283263	32	2.0	33	90	3	105	35	0	0	64	0.94
2283920--2283955	16	2.2	16	90	0	54	36	0	11	52	1.37
2286150--2286207	29	2.0	30	90	10	93	58	8	3	29	1.44
2286615--2286723	51	2.1	51	91	3	175	39	2	4	53	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290506--2290541	2	18.0	2	88	0	54	47	47	2	2	1.31
2291672--2291706	18	2.0	17	88	5	52	57	2	0	40	1.14
2293832--2293865	8	4.6	7	89	10	50	64	17	0	17	1.29
2294414--2294555	76	1.9	76	98	0	275	30	14	13	40	1.85
2308907--2309049	36	4.0	36	76	0	133	36	12	16	34	1.86
2310677--2310725	24	2.1	23	85	11	64	28	28	8	34	1.86
2310685--2310735	24	2.1	24	96	0	93	29	27	7	35	1.85
2312071--2312102	2	15.5	2	93	6	55	50	0	3	46	1.17
2318794--2318840	18	2.6	19	86	6	62	42	0	0	57	0.98
2319494--2319532	15	2.5	15	84	16	53	66	0	28	5	1.12
2324589--2324627	20	2.0	20	84	0	51	33	28	2	35	1.71
2329408--2329754	61	5.7	61	83	4	398	35	17	20	27	1.94
2329408--2329774	31	11.9	31	66	15	111	34	16	20	28	1.94
2329389--2329754	123	3.0	120	83	5	455	35	17	19	27	1.94
2329384--2329726	184	1.9	183	87	3	501	35	17	19	27	1.94
2329658--2329848	94	2.0	94	85	1	258	36	14	20	28	1.91
2345513--2345547	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
2345860--2346023	90	1.8	88	96	2	301	46	12	6	34	1.68
2351307--2351350	18	2.4	18	80	3	52	4	27	0	68	1.09
2351303--2351360	22	2.6	22	76	10	73	3	31	0	65	1.09
2351429--2351469	21	2.1	19	86	9	55	14	26	0	58	1.37
2381713--2381747	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382540--2382575	12	3.0	12	91	0	54	2	36	5	55	1.38
2409249--2409344	48	2.0	48	89	4	149	40	14	20	23	1.90
2414426--2414545	36	3.3	35	71	9	98	17	21	16	44	1.87
2419148--2419189	17	2.4	18	88	4	59	47	2	2	47	1.28
2419587--2419640	26	2.1	26	85	0	72	51	1	7	38	1.41
2419613--2419646	15	2.3	15	94	0	59	50	0	8	41	1.34
2419787--2419840	27	2.0	27	96	0	99	37	9	0	53	1.33
2430207--2430244	20	1.9	20	89	10	60	50	0	2	47	1.15
2430920--2430992	21	3.4	21	70	12	60	43	1	2	52	1.24
2431013--2431054	21	1.9	22	85	9	59	45	7	7	40	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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