genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  1  of  51  ( 6083 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213--290	3	26.3	3	76	7	70	44	0	0	55	0.99
212--295	17	4.9	17	76	13	84	46	0	0	53	1.00
473--502	16	1.9	15	93	6	51	33	26	20	20	1.97
1477--1514	20	1.9	20	84	10	51	18	5	7	68	1.34
1651--1681	2	15.5	2	93	0	53	45	3	0	51	1.17
1945--2000	2	29.5	2	82	10	73	50	1	0	48	1.11
1945--2000	11	4.9	12	82	10	73	50	1	0	48	1.11
2496--2555	29	2.1	28	84	6	77	31	5	1	61	1.27
2474--2557	29	2.9	28	75	16	73	30	5	1	61	1.27
4122--4159	20	2.0	20	89	5	60	13	7	13	65	1.46
11735--12567	45	18.6	45	92	1	1377	23	23	19	33	1.97
12746--12788	3	14.3	3	95	0	77	37	0	0	62	0.95
13794--13818	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
14212--14296	31	2.6	32	75	17	77	44	5	0	49	1.26
14513--14539	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
21768--21805	18	2.1	18	100	0	76	31	10	5	52	1.58
22482--22532	22	2.4	22	86	3	68	35	15	11	37	1.84
22482--22543	22	2.9	22	79	11	65	38	12	14	33	1.84
22931--23379	123	3.7	121	87	6	635	40	14	18	25	1.89
23738--23792	3	18.0	3	85	14	69	34	0	0	65	0.93
25228--25264	15	2.6	14	87	8	56	37	2	0	59	1.12
25271--25531	144	1.8	144	89	3	418	39	5	7	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25509--25566	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
26804--26860	20	2.8	20	94	5	98	24	0	38	36	1.56
32324--32360	19	1.9	20	94	5	67	43	0	0	56	0.99
34610--34660	26	2.0	26	84	3	68	35	1	3	58	1.28
44419--44469	24	2.1	24	96	0	93	35	19	7	37	1.81
48412--48486	36	2.2	35	92	7	127	61	0	0	38	0.96
48409--48494	36	2.7	32	78	21	99	59	0	0	40	0.97
51451--51475	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
52261--52302	13	3.1	14	73	13	52	30	30	7	30	1.84
52334--52469	20	6.8	20	88	1	193	38	23	17	20	1.93
53372--53418	24	2.0	24	91	0	76	29	21	14	34	1.93
55692--55727	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
56044--56085	20	2.1	20	100	0	84	19	21	26	33	1.97
56176--56225	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
56609--56645	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
56601--56653	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
56916--56999	39	2.2	39	97	0	159	47	20	15	16	1.82
57237--57274	20	1.9	20	94	0	67	13	18	23	44	1.85
58745--58842	42	2.3	42	79	6	108	25	18	30	25	1.98
60844--61076	31	7.5	31	95	0	403	19	18	21	39	1.92
61573--61615	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
64120--64188	18	3.9	18	73	22	67	15	28	33	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65136--65321	31	6.0	31	92	1	284	19	18	22	38	1.93
65802--65844	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
66123--66180	21	2.8	21	94	0	98	37	36	13	12	1.82
67888--67930	20	2.2	20	91	4	70	11	16	25	46	1.80
68191--68260	22	3.2	22	97	0	131	21	14	42	21	1.88
68472--68522	19	2.6	20	81	6	59	23	9	25	41	1.85
87267--87341	20	3.7	21	89	3	102	44	21	10	24	1.84
87267--87371	20	5.1	21	82	7	65	40	22	12	24	1.89
91131--91212	29	2.8	29	96	1	146	31	14	10	42	1.81
95854--95935	29	2.8	29	96	1	146	31	14	10	42	1.81
100564--100588	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
100588--100639	16	2.9	18	80	16	63	23	0	1	75	0.91
100601--100648	12	3.9	12	86	2	60	20	0	2	77	0.88
100522--100649	20	6.2	21	68	22	83	30	0	0	67	1.01
100522--100647	4	30.8	4	74	15	53	30	0	0	68	1.01
100657--100718	25	2.5	25	84	5	72	19	9	1	69	1.25
103686--103745	11	5.8	11	77	13	65	75	5	18	1	1.07
103720--103756	13	2.9	14	80	19	53	72	5	16	5	1.21
103802--103943	69	2.1	69	90	2	223	39	22	11	26	1.89
104847--104936	32	2.8	32	86	0	135	30	11	18	40	1.86
106007--106066	30	2.0	30	90	0	93	36	25	16	21	1.94
107181--107333	62	2.5	59	85	8	191	25	24	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110711--110813	30	3.4	30	97	0	188	31	24	20	24	1.98
110787--110880	31	3.1	30	75	4	89	30	23	18	27	1.97
110711--110838	60	2.1	61	88	1	186	32	25	19	22	1.97
110796--110891	31	3.1	30	74	12	88	32	20	19	27	1.97
111076--111251	4	44.2	4	98	1	345	50	25	0	25	1.50
112147--112287	64	2.2	63	82	3	167	24	23	18	33	1.97
113121--113476	132	2.7	132	94	1	599	42	8	8	40	1.65
113609--113653	22	2.1	22	88	12	67	66	4	0	28	1.11
113879--113916	2	19.0	2	88	0	58	50	5	0	44	1.24
114955--115006	26	2.0	26	88	0	77	65	0	1	32	1.04
114952--115009	21	2.7	22	77	20	61	63	0	1	34	1.04
115360--115697	121	2.9	121	80	12	343	27	19	14	39	1.90
115359--115758	113	3.5	116	80	12	407	28	19	14	38	1.90
115494--115814	113	2.9	111	85	5	422	29	19	14	37	1.91
115733--115784	17	3.1	17	71	15	54	21	19	9	50	1.76
116165--116221	21	2.6	22	88	5	89	36	15	14	33	1.88
117597--117710	58	1.9	60	80	3	133	28	17	19	34	1.95
117660--117797	75	1.9	74	86	4	197	30	21	15	33	1.94
124032--124062	15	2.1	15	100	0	62	29	25	19	25	1.99
125582--125919	132	2.6	132	93	2	574	43	8	9	38	1.68
126913--126976	21	3.0	21	86	4	85	0	12	23	64	1.28
127394--127460	3	23.0	3	76	11	68	64	1	0	34	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127394--127460	17	3.9	17	78	9	73	64	1	0	34	1.03
127401--127450	23	2.2	23	85	7	66	64	2	0	34	1.05
137766--137812	24	2.0	24	95	0	85	36	12	12	38	1.82
138102--138263	40	4.1	40	95	0	288	24	16	25	33	1.96
140458--140620	39	4.3	38	83	6	181	47	3	5	43	1.42
140462--140620	36	4.2	38	84	5	207	47	3	5	44	1.42
140474--140712	36	6.8	36	77	12	203	45	3	6	44	1.47
140549--140683	63	2.1	65	85	6	186	44	3	5	45	1.45
140510--140749	99	2.3	102	84	11	305	45	4	5	44	1.47
140505--140825	30	9.5	34	78	13	224	45	4	5	45	1.45
142151--142179	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
142288--142374	40	2.2	40	81	4	95	34	24	17	24	1.96
142310--142374	20	3.2	20	93	0	112	36	23	20	20	1.95
142365--142412	19	2.5	19	93	3	78	47	25	12	14	1.79
142572--142613	22	1.9	22	85	0	57	23	35	11	28	1.91
143006--143070	21	3.1	21	88	2	87	16	20	16	46	1.85
143014--143077	20	3.2	20	80	6	67	17	18	17	46	1.84
144650--144693	2	22.5	2	86	4	63	45	2	2	50	1.27
144710--144748	4	9.5	4	88	5	60	23	0	0	76	0.78
144710--144758	25	2.0	25	91	0	80	20	0	4	75	0.96
148191--148373	95	1.9	94	86	3	260	36	18	15	30	1.92
149540--150607	165	6.4	164	77	7	879	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149540--150607	249	4.3	249	89	0	1587	30	24	19	25	1.98
151249--151580	64	4.8	66	77	15	279	46	3	6	44	1.43
151294--151587	100	2.9	98	79	12	330	46	3	5	45	1.41
151462--151529	29	2.3	29	85	7	93	50	2	2	44	1.32
151218--151588	36	10.7	35	76	14	281	45	2	5	45	1.43
152847--152889	14	3.0	14	93	3	68	20	9	0	69	1.15
152990--153019	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
158470--158575	2	54.5	2	92	5	182	50	0	0	49	1.07
158612--158649	18	2.1	19	85	9	53	23	0	2	73	0.95
158608--158646	14	2.8	14	84	0	51	28	0	2	69	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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