genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  39  of  51  ( 6083 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7601975--7602170	36	5.4	37	77	11	158	44	4	7	43	1.50
7601975--7602111	37	3.8	36	82	6	152	43	2	6	47	1.44
7601974--7602311	38	9.0	38	71	17	172	44	4	7	43	1.50
7602182--7602238	30	1.9	30	96	0	105	40	5	8	45	1.58
7602048--7602290	118	2.0	121	90	8	388	44	4	6	43	1.52
7602249--7602351	38	2.7	38	76	17	104	50	2	3	42	1.35
7602269--7602351	43	2.0	42	86	6	116	53	3	4	38	1.40
7606113--7606164	20	2.5	21	84	6	70	53	1	1	42	1.23
7606128--7606177	21	2.4	21	81	15	59	58	4	4	34	1.36
7608706--7609112	202	2.0	204	99	0	800	31	15	21	32	1.94
7614043--7614161	59	2.0	59	98	0	229	30	19	13	36	1.90
7617749--7617780	16	1.9	17	93	6	57	34	21	6	37	1.79
7623329--7623402	29	2.6	29	85	8	89	59	16	0	24	1.37
7624489--7624523	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
7624489--7624521	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7624596--7624629	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
7624717--7624754	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7627790--7627834	7	6.8	6	85	14	54	0	15	2	82	0.77
7627790--7627856	13	4.8	13	82	15	73	1	17	1	79	0.89
7631471--7631591	60	2.0	60	93	0	206	52	4	22	20	1.63
7637593--7637617	13	1.9	13	100	0	50	16	16	40	28	1.89
7638056--7638088	13	2.5	13	100	0	66	54	0	21	24	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7638181--7638270	30	2.8	33	80	12	93	67	0	13	18	1.22
7638470--7638535	2	33.5	2	96	3	125	51	0	0	48	1.00
7638603--7638674	6	11.8	6	76	14	58	56	1	1	40	1.16
7638605--7638657	2	27.5	2	77	7	56	56	1	0	41	1.10
7638750--7638792	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
7638871--7638928	25	2.3	25	100	0	116	44	10	24	20	1.82
7639236--7639273	20	1.9	20	88	0	58	13	39	31	15	1.86
7652602--7652645	24	1.9	23	81	9	54	45	9	13	31	1.75
7655610--7655653	20	2.2	20	100	0	88	36	13	20	29	1.91
7656434--7656749	170	1.9	170	100	0	632	45	8	15	30	1.76
7658229--7658295	32	2.1	32	86	5	91	41	10	28	19	1.84
7663797--7663885	3	29.7	3	93	0	151	35	1	0	62	1.02
7669371--7669402	15	2.2	15	94	5	57	46	6	3	43	1.44
7676663--7676716	10	5.1	10	80	12	63	85	0	9	5	0.75
7676668--7676717	19	2.5	20	87	6	66	84	0	10	6	0.79
7677855--7678162	84	3.7	84	94	2	530	27	13	22	37	1.91
7678781--7679290	113	4.5	113	91	0	806	39	12	19	28	1.88
7679230--7679330	40	2.5	40	98	0	193	54	7	19	17	1.67
7679243--7679290	24	2.0	23	84	11	62	58	6	20	14	1.58
7679664--7679749	3	28.7	3	92	0	145	34	2	0	62	1.08
7682427--7682454	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
7690135--7690176	19	2.3	18	84	12	50	38	2	4	54	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7690565--7690628	22	2.9	23	68	20	64	70	4	3	21	1.20
7694394--7694435	17	2.5	17	84	3	50	50	7	4	38	1.51
7707141--7707182	21	2.0	21	95	0	75	52	16	4	26	1.63
7710629--7710669	22	1.9	21	85	5	55	31	4	0	63	1.15
7710779--7710916	60	2.3	60	94	0	240	32	17	15	34	1.91
7713856--7713963	13	8.3	13	70	19	50	50	1	3	43	1.30
7713853--7713919	18	3.8	18	76	7	57	56	1	0	41	1.08
7713965--7714019	18	3.1	18	71	10	58	43	7	3	45	1.49
7713859--7714082	41	5.4	41	69	16	131	47	4	4	43	1.43
7713898--7714082	13	13.3	13	67	18	63	45	4	5	43	1.49
7714068--7714203	66	2.1	66	90	2	211	44	1	8	45	1.44
7714314--7714369	2	27.0	2	82	7	67	44	1	5	48	1.36
7714300--7714395	20	4.6	20	72	19	70	40	5	6	47	1.51
7714388--7714445	22	2.4	25	83	11	77	55	0	1	43	1.10
7714737--7714815	14	5.8	14	80	5	54	24	0	30	45	1.53
7714738--7714788	26	2.0	26	84	0	66	21	0	29	49	1.50
7715044--7715086	19	2.3	18	80	11	50	30	25	0	44	1.55
7715050--7715089	19	2.0	20	90	4	64	27	27	0	45	1.54
7715198--7715328	2	65.5	2	83	11	162	51	0	3	45	1.16
7715323--7715433	35	3.3	35	70	21	119	57	5	5	31	1.44
7715321--7715453	65	2.0	65	100	0	266	56	6	4	33	1.44
7715770--7715807	12	3.2	12	100	0	76	42	7	15	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7722075--7722135	22	2.9	20	76	9	59	22	39	22	14	1.91
7725554--7725607	2	27.5	2	83	10	67	50	3	0	46	1.19
7725864--7725892	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7725991--7726032	18	2.4	17	88	7	66	47	0	28	23	1.52
7726521--7726567	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
7726519--7726568	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
7727296--7727327	11	2.8	12	90	9	50	78	0	21	0	0.76
7730664--7730705	22	2.0	22	90	4	68	42	2	9	45	1.49
7733763--7733803	15	2.7	15	100	0	82	39	7	14	39	1.74
7736997--7737031	17	1.9	19	88	11	56	51	8	2	37	1.47
7737329--7737369	20	2.0	20	85	9	55	39	12	7	41	1.70
7737580--7737614	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
7739482--7739527	24	1.9	23	82	8	56	32	21	0	45	1.52
7742688--7742722	17	1.9	19	88	11	56	51	8	2	37	1.47
7743243--7743276	15	2.3	15	100	0	68	29	32	23	14	1.94
7744393--7744838	223	2.0	220	97	2	849	36	19	13	30	1.90
7750644--7750696	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
7750686--7750832	20	7.3	20	78	9	165	36	19	20	24	1.95
7750686--7750853	60	2.8	60	88	4	232	35	19	20	25	1.96
7750802--7750842	20	2.0	20	85	0	55	34	19	21	24	1.97
7751688--7751734	24	1.9	24	91	4	76	21	21	21	36	1.96
7753983--7754076	20	4.7	20	85	0	125	36	24	21	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7754081--7754160	19	4.4	19	72	16	80	47	16	20	16	1.83
7754059--7754160	52	1.9	53	88	2	152	46	16	21	15	1.84
7754177--7754261	33	2.5	33	92	1	134	14	23	18	43	1.87
7755473--7755532	21	3.0	18	80	14	57	25	13	36	25	1.92
7756085--7756133	20	2.5	20	83	6	64	36	24	18	20	1.94
7756178--7756321	20	7.5	20	83	9	183	20	18	21	39	1.92
7758192--7758261	20	3.5	20	84	3	79	41	24	18	15	1.89
7758305--7758351	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
7758921--7759032	20	5.6	20	82	2	152	21	20	19	38	1.94
7758918--7759053	41	3.3	40	77	3	146	26	19	19	34	1.96
7759022--7759074	21	2.5	21	87	0	70	32	18	26	22	1.97
7758918--7759053	61	2.2	61	82	0	182	26	19	19	34	1.96
7762260--7762290	13	2.4	13	94	0	53	12	16	25	45	1.83
7762702--7762735	3	11.7	3	87	6	52	67	0	2	29	1.05
7762702--7762736	17	2.1	17	94	0	61	68	0	2	28	1.04
7768411--7768448	19	2.0	20	89	5	60	23	5	21	50	1.69
7780175--7780231	6	9.2	6	78	5	51	75	1	0	22	0.90
7780172--7780231	13	4.8	13	81	4	52	75	1	0	23	0.90
7780174--7780231	15	4.0	14	82	10	64	75	1	0	22	0.89
7780178--7780236	18	3.2	18	81	11	75	72	1	0	25	0.93
7780174--7780229	28	2.0	27	83	10	69	76	1	0	21	0.87
7782270--7782329	30	2.0	30	100	0	120	46	33	6	13	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7783572--7783635	5	13.6	5	83	8	55	78	3	4	14	1.04
7783572--7783634	27	2.3	27	94	5	108	77	3	4	14	1.05
7783554--7783637	27	2.8	30	79	20	95	76	3	3	16	1.07
7784749--7784788	18	2.2	18	90	0	62	75	0	5	20	0.99
7784764--7784837	15	4.8	16	79	14	84	67	0	0	32	0.91
7784766--7784837	12	6.5	12	84	12	84	68	0	0	31	0.90
7784776--7784837	33	1.9	32	90	3	97	66	0	0	33	0.92
7784854--7784958	39	2.6	42	75	20	114	44	7	1	45	1.43
7784846--7785161	37	8.6	37	77	16	245	44	6	2	46	1.42
7784882--7785018	65	2.2	61	82	10	152	44	6	1	47	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51