genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133652--2133751	20	4.9	20	72	16	89	41	18	18	23	1.91
2133534--2133777	41	6.0	41	69	17	125	35	19	17	28	1.94
2134299--2134346	19	2.5	20	75	3	53	43	27	18	10	1.82
2134347--2134501	33	4.5	33	88	6	220	10	23	20	45	1.82
2134364--2134452	14	5.6	14	69	23	61	10	23	22	43	1.83
2136741--2136807	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2136689--2136807	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
2138159--2138194	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2138317--2138356	14	2.9	14	88	0	62	47	25	20	7	1.75
2138367--2138484	19	6.7	19	67	19	85	11	24	20	43	1.85
2138371--2138464	33	2.8	33	96	0	170	11	24	19	44	1.84
2138437--2138530	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
2140717--2140741	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2140928--2140974	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
2140932--2140983	24	2.2	24	82	0	59	36	19	17	26	1.94
2141709--2141795	20	4.3	20	76	2	93	20	18	26	34	1.96
2141689--2141884	61	3.2	61	78	8	209	22	18	22	36	1.95
2141749--2141837	21	4.3	21	67	13	58	20	17	20	41	1.90
2142433--2142542	36	3.1	36	90	3	161	18	23	19	39	1.92
2149531--2149620	32	2.8	32	91	0	144	26	15	3	54	1.57
2149614--2149678	33	1.9	34	81	3	78	35	13	3	47	1.59
2155752--2155844	33	2.9	32	72	3	78	31	27	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158456--2159663	233	5.2	232	84	5	1432	33	15	16	34	1.91
2158456--2159610	465	2.5	464	84	5	1506	33	15	17	33	1.91
2159483--2159595	42	2.7	42	77	10	115	27	21	22	29	1.99
2159935--2160643	134	5.3	134	84	2	807	33	21	14	30	1.93
2159935--2160643	267	2.6	267	83	3	892	33	21	14	30	1.93
2162118--2162222	32	3.2	32	91	4	165	28	17	3	50	1.63
2162118--2162243	32	3.8	32	86	7	155	28	15	3	52	1.60
2169333--2169445	41	2.7	41	82	9	115	32	17	16	32	1.93
2169425--2169519	41	2.3	41	88	0	136	30	16	22	30	1.96
2170060--2170764	134	5.3	134	85	1	896	33	20	15	29	1.94
2180867--2180930	33	1.9	33	83	0	83	31	14	29	25	1.94
2186689--2186734	21	2.2	21	88	0	65	23	4	19	52	1.64
2186695--2186747	21	2.5	21	90	0	79	18	5	26	49	1.70
2191991--2192049	29	2.0	29	96	0	109	42	8	18	30	1.80
2191989--2192040	14	3.6	14	89	5	86	38	7	21	32	1.82
2191989--2192047	14	4.1	14	86	4	82	40	6	18	33	1.77
2192051--2192084	14	2.4	14	90	0	50	23	17	20	38	1.93
2192380--2192451	27	2.5	29	84	6	85	50	0	0	50	1.00
2192988--2193067	41	2.0	41	89	0	124	46	17	16	20	1.84
2193396--2193480	31	2.7	30	79	15	84	42	4	4	48	1.45
2193400--2193493	33	2.9	31	81	12	84	42	5	5	46	1.49
2201110--2201151	19	2.1	21	86	8	61	35	14	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203222--2203398	88	2.0	88	97	0	336	35	16	23	24	1.95
2207507--2207629	50	2.4	50	81	4	122	17	31	30	20	1.95
2209637--2209695	24	2.5	24	97	0	109	23	23	18	33	1.97
2209628--2209710	24	3.5	24	86	0	103	25	21	18	34	1.96
2211960--2211995	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
2212571--2212620	20	2.5	20	93	0	91	42	24	20	14	1.88
2212608--2212646	14	2.9	14	82	17	55	41	30	20	7	1.80
2212642--2212731	20	4.5	20	90	2	137	26	16	17	38	1.91
2212832--2212881	14	3.8	13	72	17	50	26	8	22	44	1.80
2212831--2212880	25	2.0	25	92	0	82	28	8	20	44	1.79
2213249--2213301	24	2.2	24	86	0	70	35	1	13	49	1.53
2214775--2214826	28	1.9	28	84	7	72	51	17	1	28	1.56
2216240--2216315	21	3.6	21	75	7	82	21	21	34	23	1.97
2218756--2218805	22	2.2	23	89	3	75	50	12	2	36	1.51
2221178--2221221	16	2.6	18	78	14	56	65	0	0	34	0.93
2223630--2223675	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
2223834--2223859	13	2.0	13	100	0	52	46	15	23	15	1.83
2225656--2225686	8	3.8	8	91	8	53	64	0	0	35	0.94
2227874--2227981	54	2.0	53	98	1	207	27	28	14	28	1.96
2233987--2234108	24	5.1	24	96	0	217	22	0	30	47	1.51
2234468--2234590	53	2.4	51	85	8	167	56	9	7	26	1.57
2234442--2234581	26	5.3	26	78	14	135	57	8	7	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237550--2237594	8	5.6	8	78	0	54	33	0	31	35	1.58
2237548--2237594	16	2.9	16	84	6	60	36	0	29	34	1.58
2237987--2238061	33	2.3	33	85	0	96	16	20	17	46	1.84
2238753--2238853	6	16.8	6	78	0	94	31	1	17	48	1.59
2238766--2238853	24	3.7	24	82	0	104	29	2	18	50	1.59
2241171--2241232	23	2.7	23	84	0	88	30	24	27	17	1.97
2241997--2242028	14	2.3	14	100	0	64	28	6	6	59	1.46
2242241--2242276	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
2246223--2246627	216	1.9	211	93	2	702	34	17	17	30	1.93
2247742--2247776	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2254031--2254145	60	1.9	60	80	3	133	34	14	12	38	1.84
2264602--2264637	8	4.5	8	100	0	72	38	0	11	50	1.38
2268152--2268203	8	6.5	8	86	6	61	78	0	9	11	0.95
2268151--2268201	15	3.3	15	83	2	66	76	0	11	11	1.02
2268152--2268202	16	3.2	16	83	5	68	78	0	9	11	0.97
2269127--2269356	53	4.3	55	88	2	297	31	15	26	26	1.95
2269350--2269770	54	8.0	51	82	10	395	32	17	24	25	1.97
2269298--2269821	54	9.8	53	79	6	390	33	17	24	24	1.97
2273018--2273058	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
2275212--2275256	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2275409--2275489	3	27.3	3	82	7	103	34	0	1	64	1.02
2275427--2275506	35	2.3	36	84	4	101	41	1	0	57	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277598--2277651	28	2.0	27	85	10	74	33	5	0	61	1.19
2278689--2278759	35	2.0	35	100	0	142	35	14	22	28	1.93
2280982--2281014	16	2.1	16	94	0	57	24	15	9	51	1.72
2288122--2288472	175	2.0	175	98	1	677	36	17	11	33	1.87
2293761--2293839	23	3.7	22	81	8	83	22	31	26	18	1.97
2293761--2293822	23	2.7	23	90	2	90	20	32	25	20	1.98
2297826--2297902	11	5.8	14	69	30	62	71	0	14	14	1.15
2297814--2297909	26	3.6	25	91	8	131	71	0	14	13	1.14
2297813--2297871	19	3.1	19	76	11	59	72	0	13	13	1.11
2299444--2299951	113	4.5	113	91	1	842	37	13	18	29	1.90
2299444--2299951	223	2.3	224	92	2	831	37	13	18	29	1.90
2299856--2300024	74	2.3	73	94	3	304	33	15	18	31	1.92
2299744--2300137	187	2.1	186	97	0	734	36	14	19	30	1.91
2299930--2300414	113	4.3	113	94	1	846	37	13	19	29	1.90
2299630--2300250	300	2.1	299	95	0	1100	36	14	19	29	1.91
2299520--2300363	413	2.1	409	93	1	1438	36	13	18	30	1.90
2300750--2300824	3	25.3	3	84	8	73	36	1	1	61	1.13
2300742--2300773	15	2.1	15	94	0	55	25	3	6	65	1.31
2300786--2300851	24	2.6	25	85	4	80	51	1	0	46	1.10
2302031--2302083	20	2.5	22	76	11	58	26	3	5	64	1.33
2306180--2306236	27	2.1	28	83	3	71	38	35	8	17	1.81
2308949--2308995	15	3.0	16	84	9	62	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308951--2309009	31	2.0	31	80	12	70	47	0	0	52	1.00
2316190--2316938	190	3.9	192	80	4	746	28	12	17	41	1.86
2321533--2321979	26	19.3	26	64	23	142	21	23	13	41	1.88
2321531--2322011	46	10.5	46	85	0	640	21	23	14	41	1.89
2321531--2322011	92	5.2	92	90	0	737	21	23	14	41	1.89
2328735--2328807	20	3.3	20	69	20	56	17	24	16	41	1.90
2328715--2328879	46	3.6	46	85	0	240	20	21	14	43	1.87
2328715--2328905	26	8.0	26	67	21	123	19	21	14	43	1.87
2328801--2328949	72	2.1	72	87	0	208	20	20	13	44	1.85
2328748--2328996	118	2.1	118	92	1	410	19	21	15	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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