genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7927692--7928117	100	4.1	100	82	11	427	53	1	8	35	1.42
7927727--7928109	22	17.3	21	74	18	195	53	1	9	35	1.43
7927717--7927984	36	7.5	34	76	17	192	54	1	7	36	1.39
7928325--7928354	8	3.8	8	95	0	51	33	3	0	63	1.11
7928465--7928495	11	2.8	11	90	0	53	9	25	6	58	1.54
7930742--7930788	20	2.3	20	96	0	85	34	25	19	21	1.96
7930762--7930892	40	3.3	40	82	8	185	40	24	16	19	1.90
7930782--7930921	20	7.0	20	70	6	113	42	25	13	18	1.87
7930762--7930921	80	2.0	80	92	0	266	41	24	14	19	1.88
7930782--7930921	40	3.5	39	81	7	174	42	25	13	18	1.87
7932462--7932497	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
7932806--7932841	14	2.6	15	83	16	51	47	27	19	5	1.72
7932966--7933015	25	2.0	25	100	0	100	28	8	20	44	1.79
7933382--7933436	24	2.3	25	78	9	60	32	7	14	45	1.72
7933401--7933437	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
7934913--7935024	51	2.2	51	87	3	163	55	14	1	28	1.49
7936558--7936601	22	2.0	22	81	0	52	25	15	40	18	1.90
7936704--7936937	20	11.7	20	76	9	192	19	16	22	41	1.89
7936808--7936942	60	2.2	60	90	0	216	18	16	25	40	1.91
7936924--7936977	20	2.7	21	77	8	67	25	14	31	27	1.95
7937540--7937583	22	2.0	23	86	4	63	25	4	4	65	1.30
7938854--7938896	18	2.4	18	84	0	50	48	2	4	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7938904--7938935	6	5.7	6	85	14	50	31	0	18	50	1.48
7938913--7944768	4	1487.0	4	95	4	10673	25	0	25	49	1.51
7948400--7948446	19	2.5	19	96	0	85	27	23	31	17	1.96
7951150--7951210	23	2.9	20	77	13	68	21	26	29	22	1.99
7951162--7951205	23	1.9	23	95	0	79	25	25	29	20	1.99
7954914--7954953	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
7958197--7958412	106	2.0	106	96	0	396	28	25	13	31	1.94
7960071--7960138	31	2.2	31	94	0	118	50	7	1	41	1.39
7965312--7965373	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
7965490--7965587	2	49.0	2	100	0	196	50	0	0	50	1.00
7965849--7965881	14	2.2	16	89	10	52	33	6	6	54	1.50
7970059--7970118	29	2.1	29	93	0	102	45	23	11	20	1.83
7971081--7971108	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7972177--7972219	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
7973339--7973480	30	4.7	30	99	0	275	23	19	23	33	1.97
7976557--7976615	30	2.0	31	93	6	104	33	5	16	44	1.70
7976705--7976782	20	4.1	20	73	18	85	21	35	28	14	1.92
7976731--7976760	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
7976816--7976859	21	2.1	21	100	0	88	13	45	27	13	1.81
7976895--7976937	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
7976965--7977004	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
7978148--7978195	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7979457--7979515	30	2.0	31	93	6	104	33	5	16	44	1.70
7979605--7979682	20	4.1	20	73	18	85	21	35	28	14	1.92
7979631--7979660	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
7979715--7979758	21	2.1	21	100	0	88	13	45	27	13	1.81
7979794--7979836	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
7979864--7979903	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
7981855--7981981	30	4.2	30	100	0	254	23	18	24	33	1.97
7984956--7984989	12	2.9	11	91	8	50	35	2	0	61	1.11
7986735--7986793	23	2.6	23	94	0	109	49	20	11	18	1.79
7987692--7987741	24	2.1	24	100	0	100	28	10	20	42	1.84
7992063--7992147	33	2.7	31	76	5	82	42	2	1	54	1.21
7992078--7992139	31	2.1	31	85	8	85	45	0	1	53	1.10
7992189--7992225	17	2.2	17	90	9	58	45	0	8	45	1.32
7992761--7992981	85	2.6	85	83	3	279	41	7	16	34	1.77
7992884--7992924	18	2.2	19	91	4	66	34	7	24	34	1.83
7992746--7992981	82	2.8	82	82	3	294	40	7	16	35	1.77
7993839--7993886	3	15.3	3	93	4	78	33	0	2	64	1.05
7994977--7995014	19	2.0	19	89	0	58	28	23	2	44	1.67
7995070--7995095	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7995163--7995204	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
7996039--7996074	16	2.2	16	90	5	54	50	0	0	50	1.00
8000915--8000955	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8001419--8001475	16	3.5	16	75	13	62	36	5	5	52	1.47
8001436--8001492	17	3.4	17	76	13	73	29	7	5	57	1.47
8001420--8001493	33	2.2	33	97	0	139	33	6	5	54	1.50
8005622--8005763	65	2.2	64	83	6	171	36	17	17	28	1.93
8005622--8005783	64	2.5	65	82	6	170	33	18	19	27	1.96
8006331--8006378	18	2.7	18	96	0	87	16	25	31	27	1.97
8006331--8006422	22	4.5	22	86	5	92	16	23	30	29	1.96
8008283--8008341	20	3.0	20	90	9	104	33	20	8	37	1.83
8017688--8017871	93	2.0	93	85	0	251	30	19	19	31	1.96
8027528--8027741	112	1.9	110	93	1	365	40	24	14	21	1.89
8035328--8035444	39	3.0	39	98	0	225	28	24	15	31	1.95
8035634--8035694	30	2.0	30	96	0	113	45	18	19	16	1.85
8036323--8036357	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8039614--8039668	18	3.1	18	82	10	60	54	0	3	41	1.18
8040509--8040634	62	2.0	63	86	4	175	26	11	21	41	1.86
8045407--8045432	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8046611--8046816	82	2.5	83	83	5	249	29	21	17	31	1.96
8046551--8046832	42	6.8	41	67	13	157	29	20	18	31	1.96
8049339--8049363	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8050120--8050527	201	2.0	202	98	0	800	35	24	11	28	1.90
8051468--8051499	13	2.5	13	94	0	55	15	43	25	15	1.86
8051446--8051505	18	3.2	18	88	7	84	16	46	21	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053954--8054069	24	4.8	24	89	4	171	25	16	18	39	1.91
8060643--8060809	83	2.0	82	98	1	325	21	20	17	39	1.92
8064134--8064616	229	2.1	230	94	1	871	45	7	8	38	1.63
8064648--8064706	23	2.7	23	89	5	86	35	5	22	37	1.76
8065118--8065181	23	2.8	23	85	0	83	39	4	20	35	1.73
8065599--8065662	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
8066073--8066135	22	2.8	23	82	4	83	33	4	23	38	1.76
8064415--8066534	951	2.2	951	95	2	3809	41	7	10	40	1.68
8064415--8066534	472	4.5	480	95	2	3818	41	7	10	40	1.68
8069575--8070251	113	6.0	113	97	0	1250	29	19	16	35	1.94
8071035--8071545	83	6.2	83	98	0	977	37	21	14	27	1.92
8072667--8072710	1	44.0	1	90	0	70	0	4	0	95	0.27
8072650--8072710	16	3.8	16	88	0	77	0	9	1	88	0.58
8079467--8079622	31	5.0	31	89	1	224	35	22	21	20	1.96
8079838--8079884	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
8080477--8080521	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
8083678--8083833	31	5.0	31	88	1	224	35	21	20	21	1.96
8084049--8084095	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
8084688--8084732	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
8092217--8092318	3	34.7	3	86	7	120	61	0	0	38	0.96
8092432--8092460	14	2.1	14	100	0	58	27	0	6	65	1.18
8097177--8097234	18	3.3	18	66	9	57	13	31	3	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8097171--8097245	34	2.2	34	97	0	141	13	29	2	54	1.52
8098097--8098145	19	2.5	21	80	12	59	16	24	18	40	1.90
8098521--8098608	31	2.8	32	81	5	99	40	12	9	37	1.75
8099509--8099533	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8100854--8100957	32	3.3	32	78	6	104	23	10	25	41	1.86
8101780--8101813	14	2.4	14	90	9	52	17	14	38	29	1.90
8103117--8103164	26	2.0	23	84	12	60	39	2	2	56	1.23
8104754--8104782	13	2.1	14	93	6	51	0	44	6	48	1.29
8112089--8112132	19	2.3	19	88	0	61	27	2	6	63	1.31
8113039--8113066	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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