genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  4  of  51  ( 6083 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
575859--575896	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
577128--577163	18	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
579805--579835	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
581501--581559	25	2.3	25	77	8	66	5	22	0	72	1.03
583972--583999	10	2.8	10	100	0	56	21	14	10	53	1.70
585052--585078	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
588185--588238	21	2.6	21	82	5	65	38	5	33	22	1.77
593574--593636	30	2.1	30	87	0	90	33	3	31	31	1.74
595160--595222	25	2.5	25	89	0	81	47	17	9	25	1.77
597173--597218	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
599034--599074	19	2.2	19	90	0	64	31	12	12	43	1.79
600696--600754	23	2.6	23	88	0	82	45	8	15	30	1.75
600784--600842	23	2.6	23	91	0	73	37	8	20	33	1.83
600669--600915	87	2.8	87	91	0	386	42	11	14	31	1.82
600921--601636	200	3.6	198	87	3	962	29	16	14	39	1.88
605684--605723	15	2.7	15	100	0	80	22	5	22	50	1.68
605777--606932	201	5.8	200	82	5	1332	32	15	14	37	1.87
605777--606932	401	2.9	399	85	4	1556	32	15	14	37	1.87
608876--608914	18	2.2	18	95	0	69	2	41	0	56	1.13
609176--609240	21	3.1	21	90	0	103	20	27	9	43	1.82
609323--609353	15	2.1	15	100	0	62	12	61	6	19	1.53
609322--609356	15	2.5	13	83	16	52	14	57	5	22	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
611478--611535	20	2.9	19	75	9	62	17	17	12	53	1.73
611660--611705	20	2.3	19	78	10	56	17	17	13	52	1.75
611440--611917	182	2.6	182	90	1	735	25	16	13	43	1.85
612711--612760	18	2.8	18	80	16	59	42	0	10	48	1.37
612817--612859	16	2.7	16	81	0	50	53	0	0	46	1.00
612850--612898	20	2.4	21	86	3	64	51	0	6	42	1.27
612911--612977	14	4.7	14	78	7	64	38	0	4	56	1.19
618565--618671	18	5.9	18	85	0	124	29	32	20	16	1.95
618565--618667	54	1.9	54	87	0	152	30	32	21	16	1.95
621225--621258	12	2.9	11	87	12	50	70	2	2	23	1.15
622239--622659	54	7.8	54	83	1	475	34	14	15	35	1.88
622239--622658	108	3.9	108	85	2	538	34	14	15	35	1.88
622992--623077	22	4.0	22	79	7	97	32	20	10	36	1.87
622979--623049	20	3.5	20	73	7	70	29	22	14	33	1.93
622976--623072	42	2.3	42	83	0	131	32	22	11	32	1.90
623897--624050	65	2.4	65	87	2	211	29	22	18	30	1.97
629820--629938	44	2.8	44	85	2	170	31	21	19	27	1.97
629843--629918	23	3.4	23	72	7	75	30	22	18	28	1.97
631880--631983	8	11.9	8	68	17	55	25	0	25	49	1.51
631882--632009	27	4.7	27	97	0	238	25	0	26	47	1.52
632662--632800	65	2.2	65	81	3	156	33	21	15	29	1.94
632690--632850	65	2.5	65	77	4	182	32	22	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633635--634081	54	8.3	54	84	1	527	31	17	16	33	1.93
633635--634081	108	4.1	108	87	0	588	31	17	16	33	1.93
634409--634480	20	3.5	20	70	7	63	27	22	16	33	1.95
634406--634502	42	2.3	42	78	0	113	30	20	14	34	1.93
636011--636044	10	3.4	10	87	0	50	67	0	5	26	1.13
637393--637463	29	2.4	29	77	11	74	50	2	2	43	1.31
637520--637553	16	2.2	15	94	5	59	47	5	5	41	1.52
637570--637621	15	3.4	15	76	10	52	42	1	1	53	1.23
639311--639343	15	2.2	15	100	0	66	18	9	60	12	1.57
643947--643994	24	2.0	24	88	8	71	10	35	8	45	1.68
649028--649099	24	3.0	24	91	4	110	5	36	8	50	1.56
650981--651044	25	2.6	25	89	0	92	45	17	9	28	1.79
653047--653099	3	18.0	3	92	3	90	66	1	0	32	1.03
654007--654041	18	1.9	18	94	0	61	8	14	22	54	1.67
654013--654052	18	2.2	18	86	0	53	7	7	22	62	1.47
656859--656896	20	1.9	20	88	0	58	47	0	0	52	1.00
659147--659194	24	2.0	24	88	8	71	10	35	8	45	1.68
664299--664370	24	3.0	24	93	4	119	5	37	8	48	1.57
666242--666305	25	2.6	25	89	0	92	45	17	9	28	1.79
668297--668343	3	16.0	3	91	4	78	65	2	0	31	1.04
672291--672461	85	2.0	85	100	0	342	30	19	10	39	1.85
673094--673193	24	4.2	24	69	16	91	58	3	6	33	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677052--677082	15	2.1	15	93	0	53	38	22	6	32	1.80
678619--678672	26	2.1	26	89	0	81	18	12	31	37	1.89
685318--685396	26	3.1	26	90	1	124	21	13	27	36	1.92
687283--687427	39	3.7	39	87	3	195	40	26	4	27	1.76
698778--698815	13	2.9	13	100	0	76	15	15	15	52	1.75
705230--705637	202	2.0	203	99	0	809	35	12	17	35	1.87
719342--719388	18	2.6	19	78	18	55	12	14	4	68	1.36
723778--723828	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
729485--729552	20	3.4	19	75	16	59	7	19	1	72	1.16
741855--742006	42	3.5	42	72	17	123	47	7	3	41	1.49
742563--742683	40	3.2	40	67	27	111	23	15	23	36	1.94
742549--742718	72	2.4	72	84	5	227	22	18	23	35	1.96
759852--759897	24	1.9	24	90	0	74	23	19	23	32	1.97
759859--759908	24	2.1	24	84	0	64	26	18	22	34	1.96
763623--763660	15	2.8	13	88	11	51	76	2	0	21	0.91
765087--765187	37	2.6	40	80	12	120	40	9	4	44	1.59
765085--765187	40	2.6	38	77	14	111	40	9	4	44	1.59
765151--765212	24	2.5	24	89	7	90	38	11	4	45	1.61
765087--765281	99	1.9	98	86	8	277	40	9	4	46	1.57
765172--765312	38	3.7	38	79	13	148	40	8	4	46	1.56
765324--765372	23	2.1	24	88	3	73	46	2	0	51	1.12
765358--765393	2	18.0	2	88	11	56	47	2	0	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767954--768000	24	2.0	24	91	0	76	25	14	21	38	1.92
768459--768517	25	2.4	25	88	0	82	45	16	11	25	1.82
768827--768896	35	2.0	35	100	0	140	37	17	22	22	1.94
770166--770249	3	28.3	3	90	2	134	61	0	3	34	1.13
772387--772411	12	2.1	12	100	0	50	40	20	8	32	1.81
774981--775048	26	2.7	25	90	4	84	22	13	36	27	1.91
774989--775048	26	2.3	26	97	0	111	21	13	38	26	1.90
775576--775609	16	2.1	16	89	10	52	50	0	2	47	1.16
775577--775612	19	1.9	19	88	5	56	50	0	2	47	1.15
776928--776969	20	2.0	21	86	4	59	40	11	21	26	1.88
778523--778567	23	2.0	23	90	0	72	17	20	24	37	1.93
783501--783530	12	2.5	12	94	0	51	63	0	10	26	1.26
784169--784232	21	2.9	22	81	6	85	14	21	29	34	1.93
793104--793169	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
793210--793239	14	2.1	14	93	0	51	70	6	3	20	1.25
795113--795454	105	3.2	104	86	2	459	22	18	17	41	1.90
796149--796361	66	3.3	66	69	11	179	40	13	15	30	1.86
798393--798440	16	2.9	16	76	14	53	10	14	0	75	1.06
798390--798484	11	9.8	9	70	22	52	5	16	2	75	1.08
804796--804858	24	2.7	23	78	7	63	50	9	6	33	1.60
807967--808911	198	4.7	200	89	1	1362	31	14	13	40	1.85
807967--808912	402	2.4	397	89	2	1373	30	14	13	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813886--813928	20	2.2	20	83	8	52	39	4	0	55	1.20
813891--813940	24	2.0	25	81	11	59	44	6	0	50	1.26
815912--816284	163	2.3	163	89	0	575	28	15	13	42	1.84
816104--816518	183	2.3	181	86	3	564	28	13	12	45	1.80
822440--822716	105	2.6	106	87	3	376	25	19	15	39	1.91
822655--823272	136	4.6	135	87	2	868	26	20	17	34	1.95
823300--823382	42	2.0	42	92	0	139	32	21	21	24	1.98
823327--823424	22	4.6	22	67	12	60	36	22	19	21	1.95
823326--823452	63	2.0	63	95	0	227	37	20	19	22	1.94
824876--825061	51	3.7	50	85	5	230	24	23	17	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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