genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   

This is table  42  of  51  ( 6083 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8114464--8114519	23	2.4	23	79	8	60	50	1	0	48	1.11
8114924--8114960	19	1.9	20	88	5	58	48	0	0	51	1.00
8120701--8120749	26	1.9	25	84	12	64	75	0	10	14	1.04
8124738--8124795	20	2.9	20	100	0	116	24	20	20	34	1.97
8124803--8124943	64	2.2	63	79	7	142	25	21	17	35	1.95
8125326--8125384	31	1.9	31	86	6	84	40	16	3	38	1.66
8127026--8127071	12	4.0	12	83	8	60	58	8	10	21	1.58
8132889--8132993	51	2.0	52	81	5	124	22	32	28	16	1.96
8133664--8133746	24	3.5	24	80	6	105	48	12	14	25	1.78
8133679--8133723	12	3.8	12	75	0	54	51	11	15	22	1.75
8136478--8136529	3	17.7	3	88	4	79	61	1	0	36	1.07
8136659--8136946	105	2.7	105	84	4	337	23	18	16	40	1.90
8136880--8136935	16	3.3	16	68	22	51	19	23	8	48	1.77
8136872--8137305	225	2.0	219	87	5	622	26	21	15	35	1.94
8138164--8138235	7	10.6	7	72	24	57	11	12	0	76	1.02
8138156--8138227	27	2.7	26	82	18	87	8	13	0	77	0.98
8138158--8138236	20	3.9	20	82	12	90	10	13	0	75	1.03
8138170--8138214	11	4.4	11	76	23	53	8	11	0	80	0.92
8138178--8138253	33	2.2	35	88	9	111	7	13	1	77	1.04
8138156--8138228	13	5.5	13	74	19	62	8	15	0	76	1.00
8138200--8138249	22	2.3	22	79	6	57	8	12	2	78	1.05
8151348--8151399	3	17.7	3	88	4	79	61	1	0	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8160749--8160809	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
8161277--8161438	11	15.5	11	66	19	53	71	1	6	20	1.15
8161376--8161438	5	12.8	5	75	12	51	77	1	4	15	1.01
8161374--8161433	18	3.5	18	72	19	65	78	1	5	15	1.00
8161312--8161430	52	2.3	52	78	12	129	72	1	8	17	1.18
8162621--8162654	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
8162701--8162740	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
8162722--8163234	38	13.7	37	85	9	591	42	6	3	46	1.48
8162725--8163234	73	6.8	73	84	9	550	42	6	3	46	1.48
8163158--8163291	66	2.0	66	88	5	200	44	5	4	45	1.48
8163196--8163251	28	2.0	27	96	3	103	44	5	3	46	1.43
8163203--8163261	28	2.1	28	90	0	91	49	8	1	40	1.43
8163274--8163313	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
8163816--8163946	46	2.8	45	80	9	127	33	29	6	29	1.83
8168482--8168520	20	2.0	19	85	5	51	46	17	20	15	1.84
8174136--8174218	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
8177586--8177615	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
8178903--8178985	29	2.8	29	88	1	121	40	10	15	32	1.82
8181865--8181922	26	2.3	26	87	3	82	44	8	37	8	1.66
8182040--8182115	39	2.0	38	84	7	100	39	2	15	42	1.61
8182132--8182218	43	2.0	45	86	8	126	36	1	11	50	1.46
8182054--8182196	39	3.6	37	70	18	101	37	1	13	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182382--8182415	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
8184651--8184692	17	2.5	17	84	0	66	59	2	0	38	1.10
8184820--8185223	14	30.3	14	70	19	235	44	8	2	44	1.47
8184920--8185067	3	50.3	3	70	6	52	41	4	4	49	1.42
8184820--8185075	26	10.2	26	84	8	282	43	7	3	46	1.46
8185015--8185241	87	2.7	80	89	4	265	45	8	1	44	1.44
8185184--8185241	11	5.1	12	85	10	86	43	5	0	51	1.24
8185428--8185618	49	4.0	48	88	7	268	45	10	1	43	1.45
8185524--8185556	13	2.4	14	90	5	50	39	15	0	45	1.46
8188907--8188967	17	3.4	17	70	24	52	47	11	0	40	1.40
8189369--8189481	50	2.4	47	80	15	137	49	8	0	40	1.40
8189441--8189503	28	2.2	30	91	5	103	58	11	0	30	1.32
8189445--8189510	28	2.4	28	85	10	98	57	10	0	31	1.33
8189879--8189925	21	2.2	21	100	0	94	29	23	27	19	1.98
8191196--8191278	29	2.8	29	88	1	130	42	9	14	33	1.78
8195955--8196037	29	2.8	29	88	1	130	42	9	14	33	1.78
8197135--8197250	58	2.0	58	100	0	232	32	12	22	32	1.91
8199591--8199644	23	2.3	23	90	0	81	46	16	16	20	1.84
8204496--8205085	111	5.3	111	85	1	788	31	13	11	43	1.80
8204496--8205085	223	2.6	222	89	1	887	31	13	11	43	1.80
8205171--8205416	73	3.3	73	87	5	345	34	13	13	39	1.82
8205540--8205828	135	2.1	135	92	0	470	33	12	11	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8207250--8207328	39	2.0	39	90	0	122	17	27	24	30	1.97
8225185--8225253	2	35.5	2	76	16	65	47	1	2	47	1.25
8226368--8226404	12	2.9	13	88	11	51	27	0	0	72	0.84
8227117--8227163	20	2.3	20	96	0	85	34	25	19	21	1.96
8227112--8227256	60	2.4	61	86	6	208	41	22	15	20	1.90
8227157--8227256	20	5.0	20	73	16	91	43	23	15	19	1.88
8229301--8229375	33	2.3	33	100	0	150	18	49	8	24	1.74
8229490--8229539	21	2.4	21	89	0	82	18	16	32	34	1.92
8229942--8230040	21	4.7	21	78	5	110	25	34	18	22	1.96
8231369--8231508	66	2.2	63	85	7	178	30	0	15	52	1.48
8231592--8231663	34	2.1	34	85	10	94	18	22	22	37	1.94
8231843--8231929	39	2.2	39	91	0	147	18	14	18	48	1.82
8232241--8232277	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
8233077--8233112	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
8235535--8235568	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
8236121--8236158	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
8236315--8236405	19	4.7	19	87	5	119	25	10	24	39	1.88
8236313--8236434	40	3.2	39	83	6	151	22	13	23	40	1.90
8236315--8236425	19	5.7	19	87	5	105	24	12	24	38	1.90
8236353--8236427	20	3.8	20	82	8	91	20	14	25	40	1.90
8246033--8246065	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8246443--8246489	10	5.0	10	80	12	55	48	2	0	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8251783--8251834	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8252481--8252552	20	3.6	20	82	0	72	34	30	9	25	1.88
8253428--8253461	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
8253586--8253639	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
8255908--8255942	17	2.1	17	94	0	61	54	25	2	17	1.57
8256152--8256217	20	3.3	20	78	4	62	46	19	15	18	1.83
8257651--8257720	21	3.3	21	95	0	122	24	18	38	18	1.93
8257723--8257773	21	2.4	21	86	0	66	31	15	33	19	1.93
8258056--8258106	21	2.4	21	86	0	66	33	27	17	21	1.96
8258070--8258165	42	2.3	44	75	10	110	33	32	11	22	1.90
8258182--8258231	21	2.4	21	82	0	64	36	32	16	16	1.90
8258346--8258413	21	3.2	21	63	29	54	14	16	39	29	1.88
8258346--8258486	42	3.4	42	92	0	228	17	17	35	29	1.93
8259984--8260041	20	2.9	20	97	0	107	48	20	17	13	1.81
8260420--8260488	22	3.1	22	91	0	111	21	14	42	21	1.89
8260649--8260699	20	2.5	20	96	0	93	15	11	25	47	1.80
8265633--8265680	23	2.1	23	100	0	96	31	16	27	25	1.97
8266616--8266692	20	3.8	20	92	0	127	25	25	9	38	1.85
8270246--8270286	21	2.0	21	85	9	57	68	9	2	19	1.29
8272999--8273026	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8273933--8273990	25	2.2	27	84	6	75	37	1	10	50	1.47
8274209--8274242	4	8.5	4	100	0	68	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8274947--8274994	25	1.9	25	82	0	60	29	2	8	60	1.37
8275189--8275229	20	2.0	20	100	0	82	43	9	4	41	1.59
8280105--8280202	34	2.7	35	89	7	153	55	3	1	40	1.22
8294620--8294645	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8297589--8297617	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
8298227--8298268	18	2.5	17	82	14	52	47	0	0	52	1.00
8298224--8298276	20	2.8	19	75	18	56	47	0	0	52	1.00
8298252--8298290	11	3.4	11	83	13	51	51	0	0	48	1.00
8299460--8299502	21	2.0	23	90	9	72	34	0	0	65	0.93
8307564--8307776	110	1.9	110	98	0	408	42	3	10	43	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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