genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   

This is table  14  of  51  ( 6083 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2752862--2752893	11	2.9	11	90	0	55	68	0	0	31	0.90
2757297--2757374	2	39.5	2	97	2	149	50	0	0	50	1.00
2760699--2760798	27	3.7	27	91	0	155	44	15	14	27	1.84
2764718--2764809	22	4.2	22	92	0	139	34	23	20	20	1.96
2769364--2769409	24	1.9	24	100	0	92	30	13	15	41	1.85
2778158--2778186	15	1.9	15	100	0	58	44	0	6	48	1.29
2778213--2778239	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2780489--2780514	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2780418--2780610	96	2.0	96	98	0	377	36	10	11	41	1.75
2780585--2780622	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
2788504--2788549	24	1.9	24	100	0	92	21	54	4	19	1.61
2791368--2791975	304	2.0	304	93	1	1031	25	26	13	34	1.93
2793790--2793842	26	2.1	25	82	3	61	54	7	0	37	1.29
2797796--2797823	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2804099--2804237	47	3.0	47	84	3	190	30	13	17	37	1.89
2804095--2804229	46	2.9	46	86	1	189	29	12	18	39	1.88
2808894--2809080	99	1.9	99	88	2	286	35	16	17	30	1.92
2810989--2811193	113	1.8	113	89	2	322	35	20	22	21	1.96
2811127--2811490	36	9.9	36	71	9	241	38	20	20	20	1.94
2811013--2811389	149	2.5	148	85	6	483	37	20	21	21	1.95
2811286--2811498	109	1.9	111	84	3	288	39	20	20	19	1.93
2811291--2811497	73	2.8	73	86	2	265	40	19	21	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2811693--2811733	15	2.7	16	79	20	52	19	0	2	78	0.87
2819869--2819906	3	12.7	3	88	0	58	39	0	0	60	0.97
2825977--2826056	21	3.8	21	77	9	72	16	25	35	23	1.95
2825998--2826058	20	2.9	20	82	7	68	18	26	32	22	1.97
2829866--2829905	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2832433--2832489	29	2.0	29	93	3	98	43	3	15	36	1.64
2834298--2834373	36	2.1	38	92	5	129	27	17	13	42	1.86
2834249--2834605	178	2.0	178	98	1	689	25	16	19	38	1.92
2839333--2839384	19	2.7	19	100	0	104	21	30	17	30	1.96
2843212--2843360	29	5.4	28	75	10	126	42	21	6	30	1.77
2843281--2843326	24	1.9	24	81	0	56	45	13	4	36	1.63
2843222--2843384	82	2.0	82	84	2	211	44	20	5	30	1.74
2843401--2843437	13	2.8	13	87	0	56	13	21	45	18	1.84
2850074--2850136	29	2.2	29	82	2	74	44	17	7	30	1.77
2851096--2851148	27	2.0	27	85	7	74	26	20	20	32	1.98
2851853--2851904	19	2.7	19	100	0	104	21	30	17	30	1.96
2854994--2855053	29	2.1	29	90	6	95	41	3	16	38	1.65
2856885--2857023	36	3.9	36	92	0	233	28	15	12	43	1.83
2858930--2859025	35	2.7	35	88	0	138	41	29	1	28	1.63
2860197--2860261	24	2.8	24	81	6	71	33	26	18	21	1.96
2860212--2860269	23	2.5	24	85	2	73	34	27	18	18	1.95
2863736--2863885	31	4.8	31	91	1	248	22	17	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2864054--2864123	31	2.3	31	97	0	131	28	17	21	32	1.96
2868127--2868188	31	1.9	31	87	6	88	53	3	3	40	1.33
2871007--2871199	106	1.9	100	84	6	260	23	18	23	34	1.96
2872297--2872347	15	3.4	15	80	15	61	0	21	1	76	0.88
2872297--2872345	7	6.5	8	80	15	52	0	20	2	77	0.87
2872386--2872434	7	6.9	7	88	2	53	0	16	4	79	0.88
2881689--2881734	22	2.1	21	84	4	56	71	2	15	10	1.23
2886280--2886321	18	2.4	18	88	4	59	52	0	2	45	1.13
2886824--2886888	29	2.2	29	100	0	130	40	15	21	23	1.91
2891324--2891412	42	2.1	42	79	4	99	42	13	19	24	1.87
2892024--2892182	79	2.0	80	95	1	284	40	13	10	34	1.80
2892968--2893085	51	2.3	50	81	7	123	21	31	25	22	1.98
2896697--2896783	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2898914--2899357	111	4.0	111	97	0	816	45	11	7	36	1.67
2899419--2899459	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
2900206--2900684	5	95.8	5	99	0	949	20	0	19	60	1.37
2901015--2901052	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
2906492--2906521	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2907870--2907917	19	2.6	18	87	6	78	31	41	6	20	1.77
2909474--2909500	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2909468--2909509	21	2.0	22	85	4	59	16	2	0	80	0.81
2909923--2909959	17	2.2	17	90	0	56	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2912804--2913013	64	3.2	62	75	12	190	27	15	25	31	1.96
2912910--2912960	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2912974--2913013	21	1.9	21	100	0	80	25	15	27	32	1.95
2915060--2915092	14	2.3	15	90	10	52	48	3	12	36	1.56
2915563--2915663	44	2.3	44	83	8	125	25	21	27	24	1.99
2921444--2921492	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2921444--2921651	64	3.2	64	75	7	174	28	15	23	31	1.96
2921634--2921673	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2923295--2923319	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2924645--2924854	94	2.2	95	86	2	280	33	16	25	23	1.96
2925208--2925361	59	2.6	59	92	1	254	35	12	16	35	1.87
2925703--2926248	68	8.0	68	91	0	822	30	15	24	29	1.96
2926263--2926455	46	4.2	45	83	2	224	49	6	18	25	1.72
2926290--2926372	23	3.6	23	71	14	71	51	4	16	26	1.64
2926263--2926453	91	2.1	92	87	1	267	49	6	17	25	1.71
2927730--2927777	9	5.3	9	78	16	55	77	0	2	20	0.88
2927729--2927780	5	11.2	5	82	17	60	76	0	1	21	0.87
2927736--2927787	13	4.1	13	85	11	72	76	0	0	23	0.78
2927729--2927787	18	3.3	18	82	15	70	76	0	1	22	0.88
2927808--2927856	22	2.3	21	82	3	62	51	6	2	40	1.38
2927856--2927900	23	2.0	23	90	0	72	37	13	4	44	1.64
2927998--2928036	17	2.3	17	86	0	51	46	5	5	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927863--2928096	38	6.1	39	77	12	184	41	9	5	43	1.60
2928058--2928113	24	2.4	23	83	16	64	41	12	3	42	1.60
2928058--2928102	22	2.0	24	91	8	76	40	11	4	44	1.60
2928060--2928113	22	2.3	23	84	6	65	42	12	1	42	1.54
2930349--2930415	35	1.9	35	93	0	116	43	22	0	34	1.54
2931793--2931867	35	2.1	35	87	0	105	44	22	0	33	1.53
2931863--2931939	35	2.2	35	79	4	84	40	1	18	40	1.59
2940607--2940648	15	2.8	15	100	0	84	35	7	11	45	1.69
2944812--2944843	16	2.1	15	94	5	55	40	15	6	37	1.73
2945392--2945448	24	2.4	24	87	0	78	36	19	21	22	1.95
2945429--2945502	23	3.2	23	80	3	87	33	22	20	22	1.97
2945440--2945538	46	2.2	46	83	0	117	34	22	22	21	1.97
2945439--2945530	23	4.0	23	81	2	87	34	22	20	21	1.96
2945469--2945538	23	3.0	24	81	8	90	32	24	24	18	1.97
2949491--2949546	20	2.8	20	77	0	58	28	16	7	48	1.72
2949470--2949563	40	2.3	42	81	7	113	29	11	8	50	1.69
2949853--2949891	21	1.9	21	89	5	62	43	7	17	30	1.77
2956757--2956788	16	2.0	16	100	0	64	43	6	12	37	1.68
2959513--2959560	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
2959530--2959561	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
2985503--2985597	28	3.4	28	86	0	136	13	7	32	46	1.71
2986173--2986222	16	3.0	16	80	8	64	30	28	4	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2988728--2988771	12	3.8	13	82	17	53	50	0	0	50	1.00
2990631--2990660	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
3002493--3002617	31	4.0	31	92	2	198	20	19	22	37	1.94
3003257--3003307	21	2.4	21	86	0	75	31	23	19	25	1.98
3003321--3003362	21	2.0	21	90	0	66	30	19	23	26	1.98
3005643--3005669	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
3013230--3013265	15	2.4	15	95	0	63	33	8	16	41	1.78
3013225--3013281	15	3.9	15	81	4	62	40	8	17	33	1.81
3013264--3013316	20	2.5	21	93	6	90	39	11	15	33	1.83
3013639--3013701	27	2.3	26	82	15	74	52	1	0	46	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51