genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8308923--8309027	19	5.2	19	79	13	102	35	4	27	32	1.78
8309264--8309300	6	6.5	6	87	12	60	0	16	51	32	1.45
8309264--8309300	11	3.3	11	92	3	56	0	16	51	32	1.45
8309265--8309298	17	2.1	16	94	5	59	0	17	50	32	1.47
8309256--8309300	22	2.0	22	87	8	65	0	20	46	33	1.51
8309416--8309570	21	7.5	21	78	8	133	19	18	25	37	1.94
8309437--8309530	20	4.7	20	80	7	118	21	20	27	30	1.98
8309437--8309551	61	1.9	61	94	0	203	20	19	26	33	1.96
8309457--8309607	82	1.8	82	84	2	205	20	18	23	37	1.94
8309415--8309570	41	3.8	41	81	7	183	19	17	25	37	1.94
8309626--8309752	40	3.2	40	70	12	134	26	20	24	28	1.99
8309626--8309691	20	3.3	20	76	0	60	25	21	24	28	1.99
8309581--8309755	80	2.2	80	91	2	280	27	19	22	30	1.98
8312446--8313896	727	2.0	726	93	0	2485	28	21	12	37	1.89
8315605--8315643	18	2.1	18	85	9	51	58	0	2	38	1.12
8316330--8316418	3	29.7	3	97	0	169	33	1	0	65	1.00
8316414--8316449	11	3.2	11	92	4	54	61	2	0	36	1.11
8317745--8317786	18	2.3	19	83	4	50	23	2	4	69	1.20
8317804--8317843	19	2.0	20	85	4	55	37	2	2	57	1.26
8318514--8318557	23	1.9	23	81	9	54	22	4	0	72	1.02
8318541--8318584	18	2.4	18	77	7	54	25	0	2	72	0.96
8318575--8318611	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8330375--8330556	83	2.2	83	93	2	312	27	13	21	36	1.92
8331380--8331910	113	4.7	114	88	2	746	38	12	20	28	1.89
8331381--8331909	229	2.3	229	88	1	760	38	12	19	28	1.89
8332229--8332356	3	42.7	3	95	0	229	33	2	0	64	1.07
8332352--8332387	11	3.2	11	92	4	54	61	2	0	36	1.11
8333685--8333726	18	2.3	19	83	4	50	23	2	4	69	1.20
8333745--8333785	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
8338276--8338327	18	2.9	18	76	0	50	42	3	50	3	1.39
8340983--8341048	33	2.0	33	82	11	82	30	0	27	42	1.56
8340990--8341073	14	6.2	13	68	13	53	25	0	29	45	1.54
8342747--8342832	26	3.3	26	86	4	120	1	18	25	54	1.51
8343203--8343239	17	2.2	17	95	0	65	24	16	29	29	1.96
8343224--8343288	11	5.6	11	74	16	60	26	24	23	26	2.00
8351170--8351230	29	2.1	30	90	3	97	14	11	18	55	1.68
8367054--8367099	20	2.5	19	86	13	62	41	10	23	23	1.86
8374242--8374305	27	2.4	27	97	0	119	39	17	17	26	1.91
8374362--8374396	15	2.3	15	95	0	61	25	31	11	31	1.91
8380291--8380333	16	2.6	17	79	17	54	39	4	2	53	1.34
8382374--8382517	59	2.4	58	80	5	146	35	15	2	47	1.57
8398533--8398621	31	2.9	31	79	5	99	49	4	3	42	1.39
8408021--8408138	60	2.0	60	81	6	141	47	3	13	35	1.60
8414466--8414521	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8414466--8414514	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
8414467--8414521	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
8414534--8414570	13	2.8	13	95	0	65	16	45	18	18	1.85
8414578--8414653	29	2.6	29	87	0	98	21	9	27	42	1.83
8415995--8416032	18	2.1	18	85	9	51	31	10	5	52	1.58
8421327--8421391	19	3.4	19	85	12	87	15	21	29	33	1.94
8421328--8421391	9	6.7	9	87	8	83	14	21	29	34	1.93
8421327--8421391	30	2.2	29	91	5	105	15	21	29	33	1.94
8421404--8421439	13	2.8	13	95	4	65	16	47	19	16	1.83
8421447--8421522	29	2.6	29	87	0	98	21	9	27	42	1.83
8423342--8423380	2	19.5	2	89	0	60	51	5	0	43	1.24
8426133--8426293	75	2.1	75	88	0	241	27	18	24	29	1.98
8430556--8430675	59	2.0	59	98	0	231	43	15	12	28	1.83
8431015--8431058	23	1.9	23	90	0	70	47	4	2	45	1.35
8433853--8433923	16	4.4	16	94	0	115	47	7	16	28	1.73
8435358--8435409	14	3.5	15	79	12	54	38	3	1	55	1.29
8435386--8435473	29	3.0	27	70	20	68	50	4	2	43	1.35
8435645--8435711	23	3.0	21	79	14	71	46	1	5	46	1.36
8435691--8435757	23	2.9	23	82	6	73	50	0	1	47	1.10
8437650--8438027	188	2.0	189	94	0	659	36	15	22	25	1.94
8441113--8441146	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
8449603--8449635	2	17.0	2	87	6	50	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8450880--8450966	44	2.0	44	88	0	129	32	25	18	24	1.97
8451532--8451571	19	2.1	19	85	0	53	17	37	15	30	1.90
8454851--8454902	22	2.4	21	78	9	61	73	5	0	21	1.04
8454903--8454956	20	2.6	21	85	8	76	12	25	37	24	1.91
8460917--8460974	23	2.7	20	77	17	53	53	12	18	15	1.72
8463865--8463916	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
8463905--8464018	20	5.7	20	84	6	140	33	24	18	23	1.97
8464576--8464668	19	5.1	19	75	15	88	12	23	19	44	1.85
8464581--8464643	33	1.9	33	93	0	108	11	23	22	42	1.85
8466121--8466251	63	2.1	63	100	0	262	20	18	37	23	1.94
8468209--8468244	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
8468351--8468397	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
8468426--8468519	33	2.8	33	95	0	161	12	23	19	44	1.85
8468422--8468519	19	5.7	19	68	22	81	12	23	19	44	1.84
8470811--8470835	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
8472120--8472157	20	1.9	20	88	0	58	39	21	21	18	1.93
8472180--8472253	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
8472176--8472243	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
8472157--8472271	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
8474251--8474316	20	3.5	19	83	6	89	36	24	24	15	1.93
8474306--8474343	14	2.7	14	95	0	67	50	26	13	10	1.73
8474356--8474419	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8474404--8474447	20	2.2	20	88	4	63	18	22	20	38	1.93
8474934--8474978	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
8476316--8476353	20	1.9	20	88	0	58	36	21	15	26	1.93
8476322--8476359	20	1.9	20	88	0	58	31	23	18	26	1.97
8476604--8476647	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
8476835--8476948	20	5.7	20	78	6	104	25	17	25	31	1.97
8476815--8476952	41	3.4	41	78	6	136	24	16	23	34	1.95
8476815--8476949	20	6.7	20	77	7	103	25	17	24	33	1.96
8476938--8477030	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
8476877--8477011	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
8476938--8477030	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
8480527--8480566	4	10.5	4	84	10	57	47	0	0	52	1.00
8483809--8483847	19	2.0	20	90	5	62	15	35	5	43	1.69
8484001--8484128	67	1.9	67	93	0	220	40	15	11	32	1.83
8490456--8490485	5	6.0	5	100	0	60	0	40	0	60	0.97
8494146--8494204	25	2.4	25	100	0	118	32	8	32	27	1.87
8495970--8496000	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
8498352--8498381	12	2.5	12	94	0	51	3	10	46	40	1.54
8498338--8498411	34	2.2	35	90	4	116	1	10	47	40	1.47
8498364--8498424	22	2.8	22	90	5	88	0	11	45	42	1.40
8508860--8508887	12	2.3	12	100	0	56	35	0	21	42	1.53
8509922--8509947	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8513606--8513702	24	4.0	24	72	15	83	30	22	21	24	1.99
8514918--8514949	3	10.7	3	93	0	55	3	0	28	68	1.04
8514912--8514952	9	4.6	9	90	0	55	9	0	21	68	1.18
8520771--8520808	19	2.0	19	85	10	51	47	5	2	44	1.39
8524728--8524775	19	2.5	19	96	0	87	39	10	20	29	1.86
8525499--8525577	23	3.4	23	80	5	79	17	22	25	34	1.96
8535797--8536047	39	6.3	40	83	4	152	29	17	15	36	1.91
8535871--8536261	39	10.2	39	85	2	391	29	19	16	34	1.93
8536076--8536183	36	3.0	36	86	1	146	28	21	12	37	1.90
8536333--8536512	43	4.2	43	83	7	231	27	13	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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