genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1950238--1950281	18	2.5	17	78	10	52	27	2	2	68	1.14
1950801--1950834	9	3.9	9	84	7	52	44	0	0	55	0.99
1951554--1951597	17	2.4	18	81	11	54	25	4	0	70	1.06
1956286--1956333	7	6.6	7	86	9	69	87	0	12	0	0.54
1956286--1956336	15	3.4	14	89	10	75	86	0	13	0	0.58
1956291--1956334	13	3.3	13	87	6	70	88	0	11	0	0.51
1956286--1956336	22	2.3	22	93	3	84	86	0	13	0	0.58
1957844--1957972	52	2.6	51	81	6	156	33	18	24	24	1.97
1957844--1957968	49	2.5	50	81	6	146	33	17	24	24	1.96
1959181--1959235	20	2.8	20	82	0	65	27	21	20	30	1.98
1959419--1959473	20	2.8	20	82	0	74	29	20	20	30	1.97
1959538--1959592	20	2.8	20	80	0	74	30	20	20	29	1.97
1959657--1959712	20	2.8	20	73	10	60	35	21	17	25	1.95
1959776--1959830	20	2.8	20	82	0	74	29	21	20	29	1.98
1959895--1959949	20	2.8	20	80	0	74	30	20	20	29	1.97
1960014--1960057	20	2.2	20	87	0	61	27	20	18	34	1.96
1959100--1960141	119	8.8	119	93	0	1733	34	15	17	32	1.91
1960308--1960373	3	22.7	3	84	6	91	36	3	0	60	1.12
1960321--1960373	20	2.7	20	87	0	79	37	3	0	58	1.16
1961506--1961549	18	2.5	17	78	10	52	27	2	2	68	1.14
1962066--1962099	9	3.9	9	84	7	52	44	0	0	55	0.99
1964013--1964047	13	2.7	13	87	12	54	85	0	14	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964019--1964047	14	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
1965114--1965173	21	2.9	21	73	14	52	23	16	26	33	1.96
1965158--1965209	20	2.5	20	78	9	61	23	21	28	26	1.99
1965158--1965214	21	2.8	21	76	10	64	22	19	28	29	1.98
1966703--1966759	18	3.0	18	84	7	69	47	10	14	28	1.76
1969841--1969882	19	2.1	20	86	8	59	30	21	19	28	1.97
1970959--1971097	36	3.9	36	88	0	206	43	13	14	28	1.83
1978120--1978182	18	3.5	18	80	8	67	46	3	4	46	1.40
1980410--1980442	15	2.2	15	89	10	50	66	9	3	21	1.33
1981797--1981921	31	4.0	31	94	2	207	37	23	19	20	1.94
1985401--1985451	3	17.0	3	91	0	84	62	0	0	37	0.95
1985401--1985451	15	3.4	15	97	0	93	62	0	0	37	0.95
1985696--1986478	113	6.8	113	90	2	984	30	17	14	37	1.89
1987161--1987713	94	6.0	94	88	5	844	33	21	15	28	1.94
1987199--1987713	177	2.8	181	92	3	824	34	21	16	27	1.94
1988954--1989052	7	13.7	7	81	16	98	0	18	0	81	0.68
1988953--1989051	12	8.0	12	76	21	82	0	19	0	80	0.71
1988955--1989050	17	5.2	18	80	16	92	0	18	0	81	0.70
1988973--1989055	8	9.7	9	79	16	72	0	19	0	80	0.71
1988955--1989056	32	3.2	31	82	15	113	0	18	0	81	0.69
1988953--1989056	57	1.9	53	88	11	156	0	19	0	80	0.71
1988957--1989056	48	2.1	49	89	9	154	0	19	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996374--1996405	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
2001837--2001890	3	18.0	3	92	0	90	62	0	0	37	0.95
2002291--2002428	36	3.9	36	88	4	208	43	12	15	28	1.83
2004027--2004060	18	1.9	18	88	5	52	44	23	0	32	1.54
2004775--2004934	65	2.5	63	84	9	189	33	21	16	27	1.95
2004912--2004954	19	2.4	19	84	7	54	23	30	18	27	1.98
2004794--2004954	64	2.5	64	81	7	182	29	23	18	27	1.98
2013388--2013547	65	2.5	63	82	9	180	31	21	18	28	1.97
2026663--2026736	21	3.6	21	72	3	69	24	17	22	35	1.95
2026659--2026757	41	2.4	41	93	0	162	22	17	22	38	1.93
2026684--2026809	20	6.2	20	70	11	69	18	18	22	41	1.90
2026769--2026816	19	2.5	19	96	0	87	18	18	18	43	1.88
2026728--2026859	60	2.1	61	86	6	178	19	15	21	42	1.89
2026788--2026899	43	2.7	41	84	10	163	21	16	21	41	1.90
2026994--2027031	6	6.7	6	85	8	53	31	47	18	2	1.62
2027529--2027553	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
2043055--2043099	22	1.9	25	86	13	69	53	4	4	37	1.41
2046141--2046216	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
2058011--2058085	19	4.0	19	71	17	59	46	2	1	49	1.24
2060675--2060730	25	2.2	25	96	0	103	19	41	1	37	1.62
2060955--2060993	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2062940--2063020	23	3.6	22	78	6	83	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2066899--2067115	117	1.9	117	82	5	278	27	16	8	47	1.75
2067321--2067370	21	2.4	21	96	0	91	22	40	4	34	1.72
2067743--2068527	391	2.0	393	88	3	1163	37	17	15	28	1.91
2068910--2068949	21	1.9	21	89	0	62	12	22	37	27	1.90
2069251--2069312	30	2.1	30	100	0	124	25	32	3	38	1.72
2071516--2071571	22	2.5	22	85	0	76	21	28	25	25	1.99
2075852--2075894	19	2.3	19	87	0	59	16	27	6	48	1.71
2077361--2077401	22	1.9	21	85	5	55	17	24	34	24	1.96
2078907--2079145	30	8.0	30	84	3	302	24	35	5	34	1.78
2078907--2079224	90	3.5	90	85	2	363	24	35	5	34	1.78
2078907--2079224	60	5.3	60	80	3	336	24	35	5	34	1.78
2078907--2079228	30	10.7	30	82	3	283	24	36	5	33	1.78
2078916--2079224	120	2.6	120	89	1	440	25	35	5	34	1.78
2081451--2081611	80	2.0	80	100	0	322	33	13	12	40	1.81
2082551--2082610	2	30.0	2	90	6	95	50	1	1	46	1.21
2084814--2084917	3	35.3	3	92	7	178	64	0	0	35	0.94
2085071--2085678	129	4.7	128	77	5	476	29	17	26	25	1.98
2085233--2085678	128	3.5	127	77	7	393	28	18	27	24	1.98
2085819--2085892	37	2.0	38	83	2	96	40	12	18	28	1.87
2093287--2093376	32	2.8	32	83	5	103	58	11	13	16	1.62
2095119--2095219	2	51.0	2	81	13	102	51	2	3	41	1.35
2097504--2097597	40	2.3	40	100	0	188	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2097606--2097658	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
2097648--2097800	20	7.7	20	96	0	279	39	20	19	20	1.93
2097993--2098062	22	3.2	22	87	0	95	27	37	12	22	1.91
2098431--2098480	20	2.5	20	93	0	82	12	14	24	50	1.76
2098445--2098488	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
2100346--2100504	20	8.6	20	72	19	96	42	22	18	16	1.89
2100380--2100534	53	2.9	52	70	14	136	45	20	18	15	1.85
2100547--2100675	20	6.4	20	86	0	141	21	18	20	38	1.93
2101159--2101257	21	4.7	21	71	3	74	23	33	20	23	1.97
2101156--2101266	42	2.6	41	75	8	107	21	36	18	23	1.95
2102796--2102880	33	2.5	33	92	1	134	44	17	23	14	1.85
2102895--2102970	33	2.3	34	93	2	127	11	21	19	47	1.81
2102914--2102990	33	2.3	34	86	2	102	14	23	22	40	1.90
2102962--2103075	20	5.7	20	86	2	149	20	21	24	34	1.97
2105490--2105543	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
2106406--2106491	20	4.3	20	95	0	145	20	22	19	37	1.95
2106488--2106533	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
2110677--2110785	48	2.3	47	87	6	155	47	4	8	39	1.54
2114461--2114492	15	2.1	15	94	0	55	56	3	34	6	1.40
2118788--2118876	29	3.0	28	70	9	70	42	4	21	31	1.73
2118831--2118953	60	2.1	59	85	1	165	47	4	17	31	1.66
2119036--2119095	20	3.0	20	87	2	75	48	25	8	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2119047--2119119	20	3.6	21	83	7	80	45	24	6	23	1.77
2124258--2124308	20	2.5	20	96	0	93	9	19	23	47	1.79
2124819--2125065	20	12.4	20	77	11	202	20	16	23	40	1.91
2124839--2124993	60	2.6	60	90	0	238	21	18	21	38	1.94
2124839--2125071	60	3.9	59	82	7	231	21	16	22	39	1.92
2125116--2125165	20	2.5	19	75	9	55	24	16	32	28	1.96
2133194--2133235	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
2133534--2133586	21	2.5	21	100	0	106	39	16	20	22	1.92
2133606--2133662	20	2.8	21	78	5	71	24	21	12	42	1.87
2133492--2133668	21	8.5	21	73	8	85	29	20	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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