genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  44  of  51  ( 6083 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8536325--8536512	86	2.2	86	92	0	304	28	13	27	30	1.94
8536453--8536560	54	2.0	55	88	1	164	26	17	28	26	1.98
8536560--8536885	90	3.6	90	88	4	453	25	17	20	36	1.94
8538015--8538057	22	2.1	21	84	16	56	23	2	4	69	1.18
8538335--8538371	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8542250--8542279	9	3.3	9	95	0	51	13	36	0	50	1.42
8566975--8567159	31	6.0	31	96	1	327	38	22	19	20	1.94
8571359--8571543	31	6.0	31	94	1	318	38	22	18	20	1.93
8573497--8573588	41	2.2	41	84	0	121	10	27	19	42	1.84
8573987--8574691	55	12.6	54	82	8	674	31	25	16	27	1.96
8574089--8574212	65	1.9	65	88	3	187	34	24	14	26	1.94
8573984--8574698	165	4.3	164	84	5	798	31	24	16	27	1.96
8574152--8574698	55	10.0	55	87	3	789	31	25	15	27	1.96
8574724--8574842	37	3.2	36	85	4	157	20	17	19	42	1.89
8576136--8576179	7	6.4	7	89	2	63	2	22	0	75	0.92
8576115--8576190	7	10.6	7	79	9	55	5	15	0	78	0.91
8576134--8576364	14	15.4	14	71	19	89	7	17	0	74	1.04
8576134--8576241	18	6.1	17	71	11	65	4	20	0	75	0.98
8576150--8576355	17	11.8	18	69	22	63	8	16	0	74	1.05
8576170--8576349	43	4.1	42	75	18	154	8	16	0	75	1.03
8576177--8576249	35	2.1	34	85	9	96	6	17	0	75	1.02
8576156--8576304	58	2.6	56	78	14	135	8	16	0	74	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8576253--8576382	7	19.3	7	76	20	93	11	13	0	74	1.07
8576238--8576355	7	14.1	9	73	21	50	10	14	0	75	1.04
8576301--8576361	5	11.8	5	79	11	54	6	16	0	77	0.98
8576265--8576337	19	3.6	20	83	10	78	8	15	0	76	1.00
8576272--8576382	26	4.2	26	73	21	74	10	15	0	73	1.08
8576293--8576380	26	3.4	26	82	16	96	10	14	0	75	1.06
8576196--8576364	17	11.4	15	74	16	90	9	15	0	74	1.06
8576336--8576381	17	2.8	17	75	15	51	15	10	0	73	1.08
8576264--8576380	25	4.5	27	76	20	88	11	13	0	75	1.05
8585126--8585271	45	3.0	49	77	12	124	36	23	10	28	1.89
8585169--8585271	45	2.2	47	84	6	138	40	19	12	27	1.87
8598560--8598692	66	2.0	66	94	0	230	33	21	6	37	1.80
8599846--8599900	25	2.2	24	83	6	65	43	3	9	43	1.53
8611412--8611452	21	2.0	21	100	0	82	31	4	29	34	1.79
8612178--8612238	23	2.7	23	89	2	88	22	26	27	22	1.99
8616058--8616098	21	2.0	21	100	0	82	31	4	29	34	1.79
8623301--8623433	65	2.0	66	91	1	214	35	8	12	43	1.73
8628528--8628601	31	2.3	32	86	2	96	48	5	1	44	1.34
8628534--8628601	32	2.2	31	86	2	91	50	5	1	42	1.35
8630063--8630107	24	1.9	24	86	4	65	73	2	8	15	1.18
8643570--8643623	22	2.4	23	81	3	56	33	5	5	55	1.46
8646189--8646215	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646213--8646246	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8648261--8648290	16	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
8649638--8649673	18	2.0	18	88	0	54	61	0	13	25	1.33
8650295--8650376	28	2.8	28	76	12	67	63	3	14	18	1.45
8651337--8651379	8	5.7	7	86	8	50	0	4	11	83	0.78
8651337--8651382	22	2.1	22	88	8	67	0	4	10	84	0.75
8653105--8653218	54	2.1	54	83	6	142	19	21	22	36	1.95
8657493--8657548	24	2.3	24	96	0	103	28	16	16	39	1.89
8661380--8661431	19	2.8	18	82	11	52	57	1	1	38	1.21
8664818--8664902	3	28.3	3	95	0	152	65	1	1	31	1.07
8665055--8665641	88	6.9	88	80	9	508	24	18	32	24	1.97
8665242--8665656	128	3.2	128	98	0	787	24	18	32	24	1.97
8665114--8665641	216	2.5	212	81	8	585	24	18	32	24	1.97
8665684--8665760	28	2.6	28	80	13	93	48	14	14	23	1.80
8665762--8665879	63	1.9	62	84	8	159	40	13	18	27	1.88
8666123--8666202	40	2.0	40	95	0	142	36	11	21	31	1.88
8666215--8666283	32	2.2	32	91	0	111	37	11	8	42	1.72
8666223--8666290	32	2.2	32	86	2	93	45	14	7	32	1.73
8666252--8666400	63	2.3	63	80	12	171	44	12	11	31	1.78
8666639--8666765	37	3.7	36	72	16	115	47	10	11	31	1.72
8666589--8666781	67	2.9	66	85	3	230	47	10	11	29	1.74
8666681--8667013	29	11.1	30	73	14	165	46	13	11	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666687--8667041	149	2.4	148	89	2	543	47	14	11	26	1.77
8667289--8667385	36	2.7	35	79	9	97	32	13	18	35	1.90
8667325--8667557	105	2.3	101	84	8	283	37	12	19	30	1.89
8668033--8668084	16	3.5	15	80	20	65	28	0	25	46	1.53
8667999--8668071	4	19.0	4	75	13	73	30	0	20	49	1.49
8675439--8675502	3	21.3	3	93	0	110	65	1	1	31	1.11
8682629--8682671	12	3.5	12	81	6	50	9	6	4	79	1.06
8683867--8683896	15	2.0	15	100	0	60	73	6	0	20	1.05
8690737--8690819	28	3.0	28	78	7	80	37	14	10	37	1.81
8695909--8695937	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8697591--8697625	18	2.1	17	89	10	54	37	28	0	34	1.58
8702886--8702993	37	2.9	37	90	0	171	42	14	9	33	1.78
8703483--8703535	20	2.7	20	76	5	63	20	5	5	67	1.32
8703592--8703668	2	38.5	2	85	5	75	38	1	1	58	1.15
8703614--8703691	38	2.1	38	88	11	117	30	2	1	65	1.14
8706426--8706607	95	1.9	95	84	4	242	34	16	17	31	1.92
8707816--8709025	84	14.6	83	79	5	1232	30	25	19	25	1.98
8707816--8709025	165	7.3	163	80	5	1189	30	25	19	25	1.98
8707834--8709025	249	4.8	249	91	0	1816	30	25	19	25	1.98
8709606--8709717	37	3.0	37	90	0	179	43	11	11	33	1.77
8710280--8710374	35	2.6	34	82	17	111	30	0	3	66	1.07
8710309--8710429	4	30.8	4	69	22	62	26	0	2	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8710284--8710367	37	2.3	35	82	11	91	29	0	3	66	1.08
8710278--8710383	39	2.7	39	84	14	130	29	0	2	66	1.12
8710316--8710389	33	2.3	32	86	11	98	28	1	1	68	1.05
8710347--8710429	24	3.3	26	71	23	70	25	1	2	71	1.06
8710316--8710389	31	2.3	33	84	11	91	28	1	1	68	1.05
8710280--8710430	39	3.8	39	78	17	127	27	0	3	68	1.09
8713283--8713352	31	2.3	31	80	5	79	20	10	31	38	1.85
8716412--8716560	71	2.1	71	98	0	289	41	6	6	45	1.55
8717383--8717456	31	2.3	32	86	2	105	51	14	12	21	1.75
8718343--8718414	6	12.0	6	100	0	144	50	16	0	33	1.46
8718512--8718581	6	11.7	6	100	0	140	50	15	0	34	1.45
8731748--8731804	18	3.2	18	74	18	64	45	3	1	49	1.29
8731733--8731804	36	2.0	36	97	0	135	45	5	1	47	1.34
8733610--8733744	31	4.4	31	81	10	145	43	12	6	37	1.69
8734004--8734038	18	1.9	18	100	0	70	45	5	0	48	1.26
8734004--8734047	18	2.6	17	89	7	63	45	6	0	47	1.29
8741353--8741383	14	2.2	14	100	0	62	32	22	29	16	1.95
8742346--8742682	169	2.0	167	97	2	640	24	17	19	38	1.93
8742678--8742720	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
8744951--8745086	68	2.0	68	100	0	272	17	29	30	22	1.97
8745065--8745179	29	4.0	29	88	2	178	16	41	28	13	1.86
8745065--8745179	57	2.0	58	89	1	178	16	41	28	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8745187--8745269	10	8.3	10	69	19	57	22	48	19	9	1.78
8745183--8745289	30	3.6	30	90	0	178	22	48	18	10	1.78
8748950--8749420	60	7.9	59	87	10	637	41	0	14	44	1.44
8749170--8749210	14	3.1	14	80	20	61	36	0	19	43	1.51
8749170--8749376	25	8.2	25	65	19	83	40	0	14	44	1.46
8749287--8749327	13	3.3	13	80	13	50	39	0	19	41	1.52
8748947--8749420	236	2.0	237	92	6	800	41	0	14	44	1.45
8749585--8749633	19	2.5	20	90	6	73	34	2	16	46	1.58
8749626--8749790	26	6.5	26	71	21	84	45	2	9	42	1.50
8749694--8750099	26	16.5	26	71	20	109	43	2	10	43	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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