genome.fa.s1547.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001547.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10425128

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   

This is table  12  of  51  ( 6083 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328715--2329030	164	1.9	164	87	0	461	19	21	15	43	1.87
2328866--2329030	46	3.6	46	86	0	240	18	21	16	43	1.88
2328735--2329017	92	3.1	92	78	14	200	19	22	15	43	1.88
2329439--2329615	94	1.9	94	87	6	261	27	23	11	37	1.89
2330397--2330426	7	4.1	7	95	4	51	40	16	0	43	1.48
2332792--2332844	16	3.3	15	79	10	61	22	28	13	35	1.92
2334512--2334541	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2335605--2335740	40	3.4	40	85	2	175	30	22	21	25	1.98
2335605--2335758	20	7.7	20	81	5	159	29	22	21	26	1.99
2336541--2336594	24	2.2	24	90	6	83	20	16	20	42	1.89
2338683--2338717	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
2338893--2339242	20	18.7	20	72	15	230	35	21	20	22	1.96
2338898--2339106	34	5.8	35	69	13	111	36	21	21	21	1.95
2338918--2339128	54	3.9	54	93	0	350	36	21	21	21	1.96
2338893--2339280	74	5.3	73	75	9	272	35	21	20	22	1.96
2339375--2339450	29	2.5	30	82	10	91	52	15	3	27	1.60
2340835--2340943	42	2.6	42	74	8	98	22	19	37	21	1.94
2341432--2341498	20	3.5	19	93	4	100	38	26	19	14	1.91
2341443--2341498	20	2.8	20	100	0	112	39	25	19	16	1.91
2343144--2343237	20	4.8	20	84	2	100	46	24	14	13	1.81
2343142--2343248	20	5.5	19	84	5	72	47	24	14	14	1.80
2343609--2343656	22	2.3	21	85	7	62	27	8	33	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343620--2343683	22	2.9	22	92	0	101	21	9	35	32	1.86
2343859--2344016	20	7.9	20	78	5	131	27	20	22	30	1.98
2343923--2344015	40	2.3	40	88	0	150	25	20	20	33	1.97
2344008--2344059	21	2.4	22	74	6	61	36	19	25	19	1.95
2345197--2345230	10	3.2	10	84	15	50	79	0	0	20	0.73
2353931--2353984	23	2.3	25	87	9	78	55	5	0	38	1.23
2353981--2354024	5	8.8	5	97	0	70	45	0	13	40	1.44
2355657--2355697	16	2.6	16	88	3	57	36	4	21	36	1.75
2355783--2355861	23	3.4	23	83	0	95	17	24	24	34	1.96
2367041--2367090	23	2.2	23	92	3	84	26	38	20	16	1.92
2379833--2379933	23	4.4	23	80	0	103	18	23	21	35	1.96
2379809--2379929	46	2.6	46	80	1	107	19	23	21	34	1.96
2379943--2380003	24	2.5	24	89	0	86	22	21	21	34	1.97
2384822--2384901	36	2.2	36	95	0	142	30	26	1	42	1.63
2387304--2387389	42	2.0	41	82	8	102	32	18	11	37	1.87
2387575--2387615	21	2.0	21	95	0	73	51	24	4	19	1.66
2393951--2394006	10	5.0	11	74	20	53	26	1	1	69	1.08
2393951--2394049	45	2.2	44	82	12	114	26	2	4	67	1.19
2394199--2394238	20	2.0	20	90	0	62	20	0	5	75	0.99
2406489--2406531	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2412470--2412668	110	1.8	110	87	2	301	36	22	18	22	1.95
2414600--2414637	20	1.9	20	100	0	76	26	10	5	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414887--2414943	19	3.1	19	82	7	55	19	1	3	75	1.04
2415059--2415095	14	2.5	15	91	4	58	10	13	0	75	1.04
2417172--2417440	122	2.2	123	87	2	380	30	18	16	34	1.93
2417168--2417343	41	4.3	41	68	10	135	27	18	18	35	1.94
2417180--2417498	122	2.6	121	81	5	302	31	18	17	32	1.94
2419724--2419762	16	2.4	17	87	12	55	61	0	0	38	0.96
2419930--2419960	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2424597--2424772	58	3.0	58	88	5	239	34	19	5	41	1.73
2424953--2425068	60	1.9	60	89	3	180	44	4	17	33	1.68
2424951--2425081	60	2.2	61	83	4	176	47	3	16	32	1.64
2426088--2426137	24	2.1	24	100	0	100	24	8	34	34	1.84
2426656--2426720	20	3.2	18	70	29	58	53	3	1	41	1.25
2429976--2430046	36	1.9	37	85	2	99	25	16	15	42	1.88
2430414--2430472	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
2430724--2431412	203	3.4	203	85	3	910	28	19	18	34	1.95
2431354--2431451	39	2.5	39	96	0	178	23	26	10	39	1.86
2433191--2433343	54	2.8	52	85	6	191	39	16	9	33	1.82
2433183--2433343	53	3.0	53	86	3	207	40	17	9	32	1.81
2435546--2435635	22	4.2	21	75	12	85	4	18	1	75	1.03
2435541--2435617	40	1.9	40	84	5	102	3	22	0	74	0.98
2435547--2435622	18	4.2	18	72	11	57	3	19	0	76	0.94
2435581--2435670	46	2.0	46	82	8	112	6	16	2	74	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438332--2438384	9	5.9	9	77	0	52	39	7	0	52	1.30
2438332--2438384	15	3.7	15	78	14	58	39	7	0	52	1.30
2438332--2438388	18	3.2	18	78	7	62	40	7	0	52	1.28
2445685--2447466	889	2.0	889	96	0	3323	34	19	20	24	1.96
2447952--2447988	20	1.9	19	89	10	58	45	13	24	16	1.83
2451099--2451127	15	1.9	15	100	0	58	20	27	6	44	1.77
2451224--2451283	30	2.0	30	96	0	111	30	15	3	51	1.59
2459177--2459213	18	2.1	18	100	0	74	16	29	21	32	1.95
2474639--2474686	13	3.6	14	71	23	50	2	18	2	77	0.97
2479491--2482635	134	23.6	134	80	5	2743	30	22	16	30	1.96
2479491--2482635	536	5.9	535	79	4	3034	30	22	16	30	1.96
2482803--2482838	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2494398--2494456	6	9.7	6	75	17	50	74	0	0	25	0.82
2494403--2494454	8	6.5	8	81	18	56	75	0	0	25	0.81
2494399--2494467	9	7.1	9	78	15	59	72	0	0	27	0.85
2494720--2494810	39	2.5	37	84	8	107	45	9	2	42	1.49
2494616--2494805	37	5.1	36	72	16	138	41	11	4	43	1.59
2495364--2495645	73	3.9	73	87	0	393	23	15	25	34	1.95
2505512--2505542	12	2.6	12	94	0	53	70	3	3	22	1.16
2507585--2507635	21	2.5	20	82	14	61	68	1	0	29	1.00
2507586--2507622	15	2.4	16	91	8	60	70	0	0	29	0.88
2507592--2507626	8	4.4	8	89	10	54	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2507583--2507652	24	3.0	23	80	12	72	65	4	0	30	1.11
2507658--2507690	17	1.9	17	93	0	57	45	6	3	45	1.43
2507633--2507733	43	2.4	44	76	18	106	48	7	0	42	1.39
2507730--2507756	13	2.1	13	100	0	54	40	7	7	44	1.60
2507669--2507890	36	6.1	35	76	15	168	42	9	4	44	1.54
2507669--2507880	37	5.7	38	77	15	180	42	9	3	44	1.54
2507648--2507889	37	6.5	35	75	15	161	42	8	3	44	1.53
2507896--2507973	38	2.1	37	85	7	104	39	8	2	48	1.48
2508037--2508228	61	3.3	61	69	20	181	43	5	4	46	1.46
2508181--2508832	2	331.0	2	63	21	125	48	1	6	42	1.39
2508024--2508270	115	2.1	116	84	5	331	45	4	3	45	1.42
2508024--2508299	115	2.4	115	80	7	321	46	4	3	46	1.39
2508240--2508380	38	3.6	37	80	12	151	46	1	4	48	1.30
2508198--2508380	79	2.3	80	81	8	196	45	1	4	48	1.32
2508364--2508412	7	7.1	7	86	13	59	55	0	10	34	1.34
2508366--2508645	22	13.3	22	73	17	179	52	0	8	39	1.34
2508673--2508810	41	3.3	42	82	10	160	52	1	7	39	1.38
2512280--2512319	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2517519--2517579	30	2.0	30	100	0	122	36	27	6	29	1.82
2518432--2519112	2	340.5	2	68	20	297	40	6	2	50	1.39
2518687--2519151	21	21.8	22	69	20	107	38	8	2	50	1.45
2519062--2519155	12	7.8	12	78	16	54	38	6	2	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519650--2519678	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2519976--2520021	24	1.9	24	82	8	58	34	13	2	50	1.53
2520106--2520265	7	22.6	7	70	21	93	54	0	9	35	1.37
2520105--2520407	14	21.8	14	68	18	82	52	0	8	38	1.36
2519186--2520143	478	2.0	476	93	2	1654	32	11	6	49	1.65
2520103--2520170	34	2.0	33	86	11	93	55	1	7	35	1.37
2520108--2520401	22	13.4	22	73	18	174	52	0	8	38	1.36
2520295--2520343	2	25.0	2	80	12	57	53	0	2	44	1.12
2520096--2520365	58	5.0	55	68	23	109	52	1	7	38	1.36
2520319--2520377	7	8.1	7	78	19	59	55	0	8	35	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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